genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.310.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  310  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89472038--89472278	27	8.9	27	78	7	103	35	18	9	36	1.83
89472243--89472294	27	1.9	27	84	7	70	38	11	13	36	1.81
89472350--89472412	27	2.3	27	81	5	74	38	20	20	20	1.94
89473570--89473617	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
89473654--89473724	20	3.5	20	88	0	106	38	11	18	32	1.86
89473771--89473913	23	6.1	23	87	3	214	27	22	21	27	1.99
89473769--89473915	47	3.1	47	93	0	249	28	22	21	27	1.99
89477556--89477628	37	2.0	37	97	0	137	41	23	17	17	1.90
89480958--89481043	43	2.0	43	84	4	111	25	29	22	23	1.99
89490085--89490113	13	2.2	13	100	0	58	6	6	0	86	0.72
89491372--89491423	26	2.0	26	100	0	104	23	19	19	38	1.93
89510782--89510851	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
89510782--89510863	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
89518712--89518781	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
89518712--89518793	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
89537768--89537986	79	2.8	79	83	4	253	15	18	25	40	1.90
89537767--89537986	40	5.6	40	84	5	268	15	18	25	40	1.90
89537780--89538001	119	1.9	117	82	6	277	15	17	26	40	1.89
89538477--89538501	12	2.1	12	100	0	50	24	8	28	40	1.83
89545200--89545247	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
89545290--89545354	19	3.3	19	85	12	94	35	9	21	33	1.85
89545294--89545349	11	5.4	11	75	12	64	37	10	19	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89545400--89545540	24	6.0	24	88	7	191	29	21	21	26	1.99
89545400--89545521	46	2.6	46	89	6	183	30	21	21	27	1.98
89545730--89545792	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
89553378--89553438	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
89553488--89553606	24	5.0	24	90	5	179	29	21	21	26	1.99
89553488--89553606	47	2.5	48	90	5	179	29	21	21	26	1.99
89553798--89553861	31	2.1	31	87	0	92	37	15	23	23	1.93
89558982--89559027	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
89562189--89562220	16	2.0	16	100	0	64	50	37	6	6	1.53
89563765--89563836	28	2.5	28	78	10	74	30	15	29	25	1.96
89563762--89563837	29	2.7	29	74	10	84	30	14	28	26	1.95
89567933--89567990	24	2.4	24	85	5	82	46	20	22	10	1.81
89567929--89567995	8	8.4	8	71	0	53	50	17	20	10	1.75
89573349--89573416	19	3.4	19	69	11	64	47	1	8	42	1.43
89573341--89573422	41	2.0	41	100	0	164	46	2	12	39	1.54
89579948--89580015	25	2.8	25	90	2	84	41	13	25	20	1.88
89579963--89580015	25	2.1	25	100	0	106	41	15	24	18	1.89
89583775--89583874	29	3.4	29	100	0	200	30	15	28	27	1.96
89583775--89583934	29	5.5	30	87	5	188	27	16	30	25	1.96
89583967--89583991	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
89591251--89591349	29	3.4	29	97	1	182	30	16	26	27	1.96
89591251--89591378	57	2.2	58	87	4	179	28	16	28	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89591442--89591474	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
89597224--89597327	48	2.2	48	92	1	174	26	13	35	24	1.92
89600505--89600548	22	1.9	24	86	9	65	52	4	4	38	1.42
89601586--89601631	2	23.0	2	90	0	74	47	4	0	47	1.21
89603351--89603466	40	2.9	40	92	0	187	32	34	13	18	1.91
89603809--89603904	48	2.0	48	93	4	167	21	27	28	22	1.99
89609577--89609625	25	2.0	25	100	0	98	28	4	28	38	1.75
89611181--89611388	55	3.9	54	83	4	240	21	24	17	36	1.95
89611367--89611488	47	2.6	47	97	0	226	26	24	13	36	1.92
89611580--89611666	44	2.0	44	84	4	113	24	24	14	36	1.93
89619964--89619988	12	2.1	12	100	0	50	28	32	8	32	1.86
89621891--89622274	126	3.0	126	99	0	750	38	18	15	27	1.91
89627028--89627103	38	2.0	38	100	0	152	39	15	2	42	1.61
89630349--89630393	21	2.2	20	84	4	54	62	13	0	24	1.31
89635053--89635077	8	3.1	8	100	0	50	48	16	0	36	1.46
89653025--89653062	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
89654964--89655227	46	5.7	46	92	0	413	39	14	23	22	1.91
89657074--89657170	6	15.8	6	76	16	83	47	16	17	18	1.83
89657058--89657180	31	4.0	31	87	3	160	48	15	17	18	1.81
89657330--89657424	27	3.5	26	85	5	118	35	18	24	21	1.95
89657593--89657653	22	2.8	22	73	9	61	36	21	21	21	1.96
89658079--89658301	27	8.3	27	83	2	261	24	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89658319--89658348	14	2.1	14	100	0	60	33	13	20	33	1.91
89658355--89658693	27	12.6	27	87	0	455	31	8	20	39	1.83
89660628--89660739	6	18.3	6	72	17	88	47	14	17	20	1.82
89660642--89660739	31	3.2	31	89	1	135	46	14	18	20	1.83
89660642--89660752	31	3.6	31	88	2	134	49	13	17	19	1.79
89660889--89660990	27	3.8	26	88	5	132	37	22	22	17	1.94
89661149--89661212	22	2.9	22	81	9	76	35	20	21	21	1.96
89661667--89661807	27	5.2	27	89	3	194	24	19	21	34	1.96
89661641--89661807	54	3.1	53	86	4	219	25	20	20	34	1.97
89661668--89661861	81	2.4	81	82	3	230	26	17	20	35	1.94
89661658--89662050	54	7.3	54	80	6	262	28	12	21	37	1.89
89661789--89662051	27	9.7	27	87	0	355	30	7	21	40	1.81
89666823--89667136	49	6.6	49	73	8	159	24	25	19	30	1.98
89666823--89667078	94	2.7	96	80	7	256	24	26	19	30	1.98
89666932--89667139	46	4.4	48	78	4	219	25	25	19	29	1.98
89666932--89667137	94	2.2	94	85	3	263	25	25	18	30	1.98
89668999--89669113	35	3.3	35	92	1	187	39	29	12	19	1.88
89672109--89672144	17	2.1	17	94	0	63	52	11	0	36	1.37
89671724--89672509	262	3.0	266	90	2	1233	37	16	4	40	1.70
89675584--89675677	31	3.1	31	95	3	172	22	22	15	39	1.92
89675869--89676034	24	7.0	24	91	4	248	26	22	22	28	1.99
89675868--89676034	70	2.3	71	89	5	248	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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89682476--89682642	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
89682475--89682642	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
89682692--89682752	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
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89746955--89747175	40	5.6	40	91	2	349	28	26	22	22	1.99
89746955--89747175	79	2.8	80	93	3	367	28	26	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89746955--89747175	119	1.9	119	92	3	374	28	26	22	22	1.99
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89755785--89755832	21	2.3	20	80	16	53	20	2	0	77	0.88
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89771920--89772146	50	4.5	50	87	2	305	28	20	28	23	1.99
89771920--89772190	100	2.7	100	85	2	332	28	20	27	23	1.99
89775855--89775900	23	2.0	23	100	0	92	34	21	17	26	1.95
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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