genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  166  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45774900--45774937	19	2.0	20	89	5	60	52	31	13	2	1.54
45776760--45777053	50	5.8	50	74	9	231	25	17	25	31	1.97
45776809--45776990	101	1.8	100	82	7	233	26	18	24	30	1.98
45776763--45777050	151	1.9	152	85	6	361	25	17	26	31	1.97
45782220--45782312	48	1.9	48	95	0	168	24	24	25	24	2.00
45782220--45782324	48	2.2	48	91	0	165	24	24	24	25	2.00
45785659--45785825	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
45793637--45793804	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
45797413--45797492	30	2.7	30	80	0	97	28	23	8	38	1.85
45797473--45797552	30	2.7	30	78	0	106	21	26	11	41	1.86
45797412--45797582	60	2.8	60	71	3	146	26	25	11	36	1.90
45797581--45797644	29	2.2	30	83	8	78	17	26	14	42	1.87
45797608--45797663	29	1.9	29	81	0	67	23	26	14	35	1.93
45797640--45797702	29	2.2	29	82	5	74	25	26	15	31	1.96
45806813--45806874	3	20.7	3	93	0	106	35	0	0	64	0.94
45807548--45807597	16	3.1	16	79	0	55	46	20	28	6	1.74
45814325--45814373	25	2.0	25	88	7	75	46	4	10	38	1.57
45817402--45817626	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
45817621--45817750	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
45817583--45817750	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
45825451--45825674	124	1.8	124	85	1	315	30	11	23	34	1.90
45825669--45825798	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45825631--45825798	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
45833487--45833709	122	1.8	123	85	3	315	30	10	23	34	1.89
45833666--45833793	40	3.2	40	80	4	125	25	22	27	24	2.00
45836466--45836512	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
45841037--45841080	20	2.2	20	100	0	88	18	34	34	13	1.90
45841576--45841636	26	2.4	25	78	5	68	29	8	18	44	1.78
45843149--45843185	18	2.0	20	89	10	60	37	2	10	48	1.52
45844263--45844303	20	2.1	19	86	4	55	21	0	31	46	1.52
45846522--45846559	20	1.9	20	89	10	60	44	5	5	44	1.49
45853698--45853792	30	3.2	30	93	0	163	15	24	37	22	1.93
45860301--45860538	48	5.0	48	97	0	440	35	6	26	31	1.82
45860685--45860793	37	2.9	37	91	0	173	23	17	30	28	1.97
45863014--45863168	43	3.6	43	94	0	274	30	32	24	12	1.92
45863161--45863234	38	1.9	38	88	0	112	28	25	22	22	1.99
45864290--45864320	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
45866310--45866383	37	2.0	37	92	5	123	31	13	13	41	1.83
45875738--45875789	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
45875805--45875866	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
45878410--45878450	18	2.3	18	86	0	55	17	26	41	14	1.88
45883308--45883395	45	2.0	45	88	2	133	28	27	15	28	1.96
45883546--45883603	25	2.3	25	85	5	73	53	12	3	31	1.54
45889315--45889455	76	1.9	76	95	0	255	41	17	6	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45890966--45891030	27	2.4	27	86	0	85	26	27	18	27	1.98
45893097--45893228	60	2.2	61	93	2	230	46	15	11	25	1.79
45894942--45894970	7	4.1	7	100	0	58	86	0	0	13	0.58
45895208--45895291	42	2.0	43	95	2	152	44	7	4	44	1.52
45896822--45896869	22	2.2	21	77	3	51	50	4	2	43	1.33
45897357--45897400	20	2.2	20	87	4	61	34	27	20	18	1.96
45898077--45898356	143	2.0	143	94	0	488	28	16	28	26	1.97
45900107--45900224	43	2.8	42	71	11	105	25	16	25	33	1.96
45906306--45906393	44	2.0	44	93	4	151	26	14	26	32	1.95
45906652--45906676	9	2.8	9	100	0	50	60	32	0	8	1.26
45908418--45908450	13	2.4	14	85	15	50	0	12	15	72	1.12
45908765--45908795	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
45908782--45908850	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
45922687--45922827	43	3.3	43	89	1	219	18	26	31	22	1.97
45933197--45933254	29	2.0	29	93	0	98	39	6	24	29	1.81
45933674--45933845	46	3.7	47	78	13	171	22	20	27	29	1.98
45951576--45951744	48	3.6	48	81	7	170	29	21	26	22	1.99
45953624--45953701	40	2.0	40	87	5	113	25	14	26	33	1.94
45953639--45953714	40	1.9	40	91	0	125	25	13	28	32	1.93
45953729--45953824	28	3.4	28	77	5	95	30	11	26	32	1.91
45956133--45956229	37	2.6	37	81	3	97	30	19	22	26	1.98
45956195--45956327	48	2.8	48	89	0	194	25	17	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45957674--45957871	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
45957740--45957857	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
45957708--45957871	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
45965241--45965438	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
45965307--45965424	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
45965275--45965438	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
45971059--45971164	40	2.7	40	83	2	124	22	16	28	32	1.96
45971149--45971260	28	4.0	28	80	0	116	29	13	26	30	1.94
45971149--45971257	56	1.9	56	86	0	155	29	13	27	29	1.94
45973910--45974093	40	4.6	40	81	5	210	26	22	25	25	2.00
45983114--45983138	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
45996564--45996938	50	7.7	50	75	9	283	27	18	29	24	1.98
45996564--45996790	96	2.3	96	79	5	244	28	17	29	24	1.97
45996513--45996886	146	2.6	149	76	10	346	27	18	28	24	1.98
46001675--46001775	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
46009625--46009725	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
46013818--46013879	30	2.1	30	96	0	115	41	22	16	19	1.89
46021506--46021689	91	2.0	91	91	2	298	47	16	13	23	1.81
46023452--46023489	20	2.0	20	89	5	60	21	5	5	68	1.29
46024411--46024455	21	2.1	21	95	0	81	44	15	13	26	1.83
46038288--46038400	29	3.9	29	80	0	91	33	14	15	36	1.88
46038327--46038419	29	3.2	28	77	6	78	38	10	16	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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46055702--46055796	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
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46077232--46077290	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46077236--46077290	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
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46077341--46077459	47	2.5	48	89	5	170	27	21	22	27	1.99
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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