genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  283  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81785101--81785148	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
81785101--81785152	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
81786661--81786696	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
81795123--81795275	72	2.1	71	87	2	234	22	15	22	38	1.92
81795208--81795831	140	4.5	140	96	0	1151	25	16	19	37	1.93
81795673--81795706	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
81795760--81796054	75	3.9	75	85	7	341	31	16	19	31	1.94
81795741--81796058	152	2.1	146	82	8	376	31	16	17	33	1.93
81795208--81796002	420	1.9	404	83	11	1001	28	16	19	35	1.93
81795760--81796054	74	3.9	72	82	9	297	31	16	19	31	1.94
81801299--81801695	213	1.9	216	82	4	518	29	16	21	32	1.95
81801272--81801683	74	5.7	73	75	8	389	29	15	21	33	1.94
81801708--81801925	88	2.5	89	83	3	271	26	16	20	35	1.94
81801883--81802029	54	2.9	50	79	10	172	28	14	18	38	1.90
81802910--81802966	22	2.6	22	91	2	89	29	50	5	14	1.64
81803420--81803475	21	2.7	20	83	10	67	0	41	0	58	0.98
81803916--81804007	3	31.0	3	97	2	177	33	0	0	66	0.92
81809678--81809770	10	9.1	10	76	15	75	59	2	6	32	1.35
81809688--81809774	39	2.1	42	83	12	110	60	2	4	32	1.29
81810208--81810314	26	4.2	26	93	1	189	33	7	23	35	1.83
81816252--81816292	15	2.8	15	79	17	50	60	2	4	31	1.30
81816525--81816558	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81816525--81816561	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
81816517--81816584	25	2.8	24	74	10	59	61	0	4	33	1.16
81816521--81816585	12	5.3	12	76	10	51	60	0	4	35	1.18
81818163--81818192	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
81819622--81819655	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
81820012--81820077	30	2.2	31	81	10	82	59	4	3	33	1.33
81821556--81821642	43	2.0	43	100	0	174	45	17	9	27	1.78
81821567--81821652	43	2.1	39	85	10	111	48	18	5	26	1.70
81821758--81821788	6	5.2	6	92	0	53	64	16	0	19	1.29
81822512--81822583	37	1.9	37	91	5	119	29	16	13	40	1.87
81829536--81829573	16	2.4	16	86	4	51	68	5	0	26	1.11
81829839--81829906	21	3.2	20	76	17	66	58	2	4	33	1.33
81829877--81829962	12	7.7	12	72	15	53	56	0	4	38	1.20
81829848--81829962	10	10.6	10	68	24	65	56	0	6	36	1.30
81829889--81829960	25	2.8	25	81	12	85	55	0	5	38	1.23
81829919--81829971	20	2.8	19	78	16	58	60	1	1	35	1.19
81833296--81833425	47	2.8	47	86	2	163	23	19	26	31	1.98
81834094--81834130	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
81837717--81837816	49	2.0	49	81	7	114	34	15	9	42	1.78
81843464--81843528	30	2.1	32	85	5	89	50	13	7	27	1.69
81846947--81846997	19	2.9	17	83	11	59	41	0	1	56	1.10
81848562--81848600	15	2.6	15	88	8	53	0	0	20	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81850532--81850643	43	2.6	43	84	1	136	19	17	32	30	1.95
81853063--81853165	38	2.7	38	84	0	134	12	18	34	33	1.89
81858376--81858446	35	2.0	35	94	0	124	30	9	21	38	1.86
81865183--81865220	18	2.1	19	85	5	51	31	7	7	52	1.59
81865901--81865948	24	2.0	24	95	0	87	35	25	14	25	1.94
81869121--81869268	43	3.5	42	77	8	147	27	14	25	32	1.95
81871467--81871887	131	3.2	130	84	3	470	26	19	19	35	1.95
81871528--81871887	130	2.7	130	85	4	339	27	18	18	36	1.94
81880129--81880159	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
81886396--81886579	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
81886436--81886624	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
81893906--81894011	40	2.7	39	80	13	119	23	24	30	21	1.99
81901793--81901976	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
81901833--81902021	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
81910265--81910314	21	2.4	21	96	0	91	26	4	14	56	1.56
81920963--81921004	20	2.0	21	86	4	59	21	9	16	52	1.72
81924171--81924259	42	2.1	42	89	0	133	50	13	6	29	1.67
81924284--81924323	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
81928102--81928190	42	2.1	42	91	0	142	50	14	6	28	1.68
81928215--81928254	19	2.2	18	90	4	62	42	12	2	42	1.56
81930714--81930754	2	21.0	2	90	5	66	46	2	0	51	1.14
81935023--81935195	46	3.7	46	80	10	199	22	20	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81935020--81935190	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
81935419--81935456	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
81942598--81942763	45	3.7	44	77	14	162	23	17	28	30	1.97
81942593--81942758	91	1.8	90	87	6	246	22	18	28	30	1.97
81942986--81943023	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
81947789--81948150	27	14.0	26	65	19	107	44	0	13	41	1.48
81947696--81947873	93	1.9	93	82	4	225	45	1	14	39	1.52
81947780--81948224	105	4.3	106	78	7	459	44	0	13	41	1.49
81947728--81948201	204	2.3	203	82	5	597	44	0	13	41	1.49
81948408--81948444	18	2.1	19	90	10	60	40	16	10	32	1.83
81949460--81949484	6	4.2	6	100	0	50	36	0	48	16	1.46
81951269--81951406	53	2.6	52	86	3	179	27	15	27	28	1.96
81954192--81954223	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
81954672--81954829	86	1.8	85	89	4	246	27	26	19	25	1.99
81962510--81962596	43	2.0	43	84	8	115	27	28	19	24	1.98
81969368--81969400	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
81972967--81973133	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
81973959--81974004	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
81977152--81977301	52	2.9	52	82	3	167	26	16	26	30	1.97
81981799--81981869	27	2.6	29	82	8	78	22	21	21	35	1.96
81995581--81995611	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
81996258--81996342	39	2.2	40	86	2	118	29	31	21	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81996457--81996580	22	5.4	22	66	21	74	26	30	9	33	1.89
81996413--81996615	47	4.3	47	89	3	295	27	30	9	33	1.88
82010150--82010224	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
82010127--82010428	49	6.2	49	95	0	518	27	30	8	32	1.88
82011882--82012065	79	2.3	80	82	2	201	23	30	23	21	1.99
82011958--82012065	40	2.7	40	86	0	135	21	30	24	24	1.99
82016538--82016577	21	1.9	21	94	0	71	2	57	17	22	1.52
82021085--82021173	9	9.6	9	74	7	79	30	1	20	48	1.57
82021101--82021161	27	2.3	27	91	0	95	29	1	21	47	1.60
82021353--82021839	241	2.0	241	97	0	913	33	14	17	34	1.90
82021864--82021900	18	2.1	17	90	5	56	56	8	10	24	1.60
82025788--82026073	136	2.1	137	96	0	520	31	25	18	24	1.98
82027855--82027964	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
82041165--82041218	23	2.3	23	87	0	81	12	25	31	29	1.93
82059252--82059472	46	4.7	48	78	11	183	28	18	29	23	1.98
82060823--82060994	49	3.5	49	80	7	233	29	26	19	25	1.98
82060810--82060993	97	1.9	98	95	1	334	28	26	19	25	1.99
82065806--82065878	36	2.0	36	97	0	137	28	23	24	23	1.99
82074172--82074277	53	2.0	53	85	3	142	23	25	15	35	1.94
82074250--82074371	47	2.6	47	93	0	217	25	24	13	36	1.91
82074511--82074595	44	1.9	44	87	0	125	25	23	12	37	1.91
82075133--82075190	30	1.9	30	85	3	80	29	25	8	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82080725--82080925	55	3.7	53	81	7	208	22	24	18	33	1.97
82080957--82081072	45	2.5	47	76	14	125	23	24	19	32	1.97
82081674--82081732	30	2.0	30	82	0	73	28	22	11	37	1.89
82087888--82088047	46	3.5	45	82	8	164	31	17	27	23	1.97
82088035--82088096	31	2.0	31	87	0	88	30	20	24	24	1.99
82088108--82088230	47	2.6	47	94	0	219	26	18	30	24	1.98
82090993--82091112	41	2.9	41	74	7	125	30	22	16	30	1.96
82091805--82091883	39	2.0	39	100	0	158	39	20	17	22	1.92
82103041--82103115	30	2.5	30	89	4	107	20	33	32	14	1.92
82103210--82103260	21	2.5	20	83	6	57	27	25	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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