genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  63  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15063543--15063587	23	1.9	23	82	13	56	42	4	22	31	1.73
15074033--15074229	107	1.9	102	86	7	279	52	12	20	14	1.73
15074997--15075277	76	3.9	74	81	11	321	29	17	24	28	1.97
15075073--15075198	65	1.9	65	95	0	225	34	16	24	23	1.95
15074997--15075274	141	2.0	141	87	4	400	30	17	24	27	1.97
15075268--15075294	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
15075269--15075302	14	2.4	14	90	0	50	17	20	5	55	1.62
15075283--15075873	73	7.7	72	75	14	454	28	16	20	34	1.94
15075138--15077443	146	14.9	157	71	16	963	29	16	20	33	1.94
15075374--15075538	90	1.8	89	93	1	285	30	15	18	35	1.92
15075135--15075759	322	1.9	323	87	3	916	29	17	20	32	1.95
15075849--15076068	116	1.9	117	88	2	336	25	15	22	36	1.94
15075999--15076261	73	3.6	73	90	2	388	26	15	23	34	1.95
15075610--15076340	388	1.9	388	90	2	1173	26	16	22	34	1.95
15076211--15076319	54	2.0	54	89	3	166	26	17	19	36	1.94
15076437--15076583	55	2.7	55	90	3	233	28	14	20	36	1.92
15076534--15077486	74	12.7	74	83	6	1104	32	15	19	33	1.93
15076552--15077486	297	3.1	296	90	3	1392	32	15	19	32	1.93
15078224--15078287	17	3.8	17	74	14	69	73	18	4	3	1.14
15086628--15086656	7	4.3	7	91	8	51	13	0	13	72	1.13
15095278--15095305	14	2.0	14	100	0	56	21	21	0	57	1.41
15096531--15096643	52	2.2	52	95	1	199	31	11	7	49	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15096640--15096716	35	2.5	31	77	20	88	31	2	3	62	1.27
15099825--15100154	48	6.8	48	94	1	507	31	7	29	31	1.86
15099828--15100274	96	4.8	96	80	9	523	31	7	29	31	1.86
15100018--15100274	129	2.0	130	95	1	403	31	7	29	31	1.84
15100066--15100235	81	2.1	81	98	0	331	31	7	29	31	1.84
15100114--15100187	33	2.2	33	97	0	139	32	8	29	29	1.86
15100147--15100274	48	2.7	48	98	0	247	32	7	28	32	1.84
15100319--15100427	37	2.9	37	95	0	191	22	19	32	26	1.97
15102747--15102798	24	2.2	24	96	0	95	36	1	7	53	1.41
15102747--15102810	24	2.7	24	90	4	85	35	3	10	50	1.54
15107189--15107240	24	2.2	24	89	0	77	38	3	7	50	1.50
15107200--15107252	24	2.2	24	86	6	72	37	5	11	45	1.64
15114447--15114511	32	2.0	32	100	0	130	24	9	29	36	1.86
15116028--15116087	17	3.5	17	68	4	57	75	16	5	3	1.12
15116028--15116088	18	3.4	18	69	13	63	75	16	4	3	1.11
15116031--15116120	32	2.7	34	88	11	143	76	14	5	3	1.09
15116159--15116188	12	2.5	12	100	0	60	10	43	0	46	1.37
15118665--15118700	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
15123903--15124126	72	3.1	70	81	2	304	24	14	21	39	1.91
15123997--15124438	199	2.3	196	82	6	512	26	15	22	35	1.94
15123738--15124354	257	2.4	259	94	1	1078	25	14	23	35	1.94
15124171--15124354	72	2.5	73	84	4	239	25	15	25	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15124379--15124712	88	3.7	88	84	4	366	26	16	20	35	1.94
15124608--15124642	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
15124389--15124715	181	1.8	176	81	4	404	26	16	20	37	1.93
15124622--15125690	88	13.2	77	71	16	478	29	16	18	35	1.93
15124622--15125238	79	7.7	77	77	11	498	29	17	18	33	1.94
15124622--15125238	77	7.7	76	76	14	498	29	17	18	33	1.94
15125220--15125281	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
15125436--15125471	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
15124934--15125584	346	1.9	336	89	5	1011	28	15	17	38	1.90
15125550--15125691	72	2.0	73	94	1	250	32	14	19	34	1.91
15125645--15125740	49	2.0	49	95	0	174	30	15	20	33	1.94
15125573--15125812	121	2.0	121	93	0	408	30	15	19	34	1.93
15125694--15126046	75	4.7	75	87	5	466	31	16	18	32	1.94
15125969--15126140	94	1.8	94	82	5	222	28	20	18	32	1.96
15126062--15126424	79	4.5	78	76	12	347	29	16	19	34	1.93
15125821--15126635	254	3.3	239	83	7	892	28	16	18	35	1.93
15126220--15126670	88	5.2	85	72	12	323	27	15	19	38	1.91
15126406--15126467	30	2.1	30	87	6	90	19	9	27	43	1.82
15127288--15127347	17	3.5	17	68	4	57	75	16	5	3	1.12
15127288--15127348	18	3.4	18	69	13	63	75	16	4	3	1.11
15127291--15127380	34	2.7	35	93	6	159	75	14	6	3	1.13
15127339--15127389	15	3.5	14	77	15	50	82	7	5	3	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15127419--15127448	12	2.5	12	100	0	60	10	43	0	46	1.37
15130477--15130552	5	15.0	5	73	17	59	76	0	2	21	0.91
15130480--15130546	7	8.7	7	72	18	53	76	0	2	20	0.92
15130480--15130546	15	4.3	15	77	17	66	76	0	2	20	0.92
15134188--15134243	28	2.0	28	92	0	94	32	21	19	26	1.97
15138220--15138553	3	111.3	3	71	14	190	29	8	1	60	1.34
15147480--15147529	6	8.5	6	76	10	50	20	2	2	76	0.99
15147473--15147529	17	3.3	17	76	11	62	19	3	1	75	1.04
15147472--15147528	22	2.5	22	83	8	71	19	3	1	75	1.04
15151876--15151930	19	2.9	19	89	5	76	27	18	5	49	1.69
15161297--15162389	44	24.5	44	74	7	731	30	19	22	27	1.98
15161483--15162389	134	6.8	132	81	6	830	29	19	23	27	1.98
15161297--15162389	89	12.2	89	72	9	600	30	19	22	27	1.98
15161838--15162023	96	1.9	96	80	6	216	27	20	25	26	1.99
15163690--15163998	3	102.3	3	72	13	172	29	9	0	60	1.34
15165632--15165682	13	3.9	13	73	0	57	37	29	5	27	1.80
15165629--15165690	26	2.4	26	80	0	79	37	24	6	32	1.81
15167880--15167956	40	1.9	40	86	0	109	45	9	12	32	1.74
15171286--15171318	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24
15173028--15173255	46	5.0	46	88	1	314	41	14	24	19	1.89
15173038--15173250	92	2.3	92	93	0	354	42	15	23	18	1.88
15176121--15176164	19	2.2	20	88	4	63	59	6	0	34	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15176817--15177051	9	25.7	9	67	21	82	31	1	4	62	1.24
15176819--15177010	28	6.9	27	72	16	108	31	2	4	61	1.28
15176977--15177084	26	4.2	25	70	15	69	31	0	4	62	1.21
15177018--15177092	17	4.3	18	70	16	50	32	1	5	61	1.27
15181304--15181345	11	3.9	11	78	3	50	73	0	4	21	1.01
15181330--15181390	31	2.0	29	84	6	77	63	1	6	27	1.28
15181336--15181397	28	2.1	29	91	8	99	59	1	9	29	1.38
15181341--15181397	29	2.0	29	93	3	98	57	1	10	29	1.42
15182539--15182612	38	1.9	38	88	0	112	27	8	22	41	1.82
15182761--15182844	30	2.7	31	90	3	134	23	8	17	50	1.74
15184205--15184340	26	5.2	26	93	1	229	33	4	25	36	1.76
15185826--15185874	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
15186125--15186407	136	2.1	137	96	0	523	24	17	25	32	1.97
15190119--15190252	26	5.2	26	94	2	236	32	4	25	37	1.76
15190119--15190252	51	2.6	51	94	5	234	32	4	25	37	1.76
15191739--15191786	24	2.0	25	83	4	62	39	20	14	25	1.91
15192034--15192318	136	2.1	136	96	1	527	24	18	25	31	1.98
15193869--15193940	15	4.7	15	87	6	76	62	1	4	31	1.23
15193862--15193920	3	19.7	3	89	6	93	64	0	1	33	1.04
15194634--15194717	26	3.3	26	75	20	88	57	1	5	35	1.31
15195421--15195462	21	2.0	21	100	0	84	47	4	14	33	1.65
15195811--15195844	15	2.3	15	100	0	68	5	0	50	44	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15195884--15195923	18	2.2	19	86	8	57	62	2	0	35	1.09
15201996--15202130	26	5.2	26	97	0	227	34	5	24	36	1.78
15203745--15203882	27	5.2	27	84	4	156	18	24	22	34	1.96
15203745--15203882	54	2.6	55	86	4	176	18	24	22	34	1.96
15207846--15207979	26	5.2	25	96	2	223	34	5	24	35	1.78
15207846--15207979	51	2.6	50	92	4	223	34	5	24	35	1.78
15209596--15209735	54	2.6	55	88	2	194	18	24	22	34	1.96
15209596--15209735	27	5.2	28	87	7	166	18	24	22	34	1.96
15214869--15214932	17	3.3	20	68	14	62	18	7	4	68	1.32
15214859--15214935	37	2.1	38	97	2	147	19	10	5	64	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444