genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  64  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15216708--15216752	23	2.0	23	95	0	81	53	8	2	35	1.45
15216813--15216870	29	2.0	30	86	3	82	39	15	12	32	1.84
15216829--15216895	31	2.3	27	78	14	71	41	11	10	35	1.76
15216964--15217099	63	2.2	62	82	5	175	49	6	7	36	1.57
15219272--15219400	47	2.7	47	86	1	159	31	30	17	21	1.96
15224263--15224302	21	2.0	21	85	5	55	32	10	10	47	1.70
15227139--15227184	18	2.5	18	82	13	58	71	4	0	23	1.03
15227149--15227201	25	2.2	24	82	3	61	71	1	1	24	1.06
15227328--15227434	36	3.2	34	75	12	98	58	1	4	34	1.29
15227329--15227415	16	5.1	17	73	17	58	58	2	3	35	1.27
15227356--15227458	54	1.9	53	80	11	120	62	1	2	33	1.21
15229009--15229599	119	5.0	119	92	2	947	29	18	16	34	1.94
15237541--15237579	19	2.1	19	85	9	53	41	5	20	33	1.74
15241531--15241576	18	2.5	18	82	13	58	71	4	0	23	1.03
15241541--15241593	25	2.2	24	82	3	61	71	1	1	24	1.06
15241740--15241798	3	19.0	3	74	19	50	62	3	1	32	1.21
15241740--15241798	7	9.5	6	72	20	50	62	3	1	32	1.21
15241720--15241826	36	3.2	34	78	15	109	60	1	3	33	1.25
15241721--15241807	16	5.1	17	73	20	67	60	2	2	34	1.22
15253305--15253398	43	2.2	43	100	0	188	17	22	37	23	1.94
15264309--15264356	24	2.0	24	100	0	96	29	20	8	41	1.81
15268859--15269080	122	1.8	120	88	3	338	39	10	19	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15277797--15277853	27	2.1	27	96	0	105	24	21	14	40	1.90
15278504--15278543	17	2.3	18	95	4	73	45	10	0	45	1.37
15278891--15279001	33	3.3	33	83	3	132	41	0	14	43	1.51
15279105--15279500	126	3.2	125	86	1	544	37	16	17	29	1.92
15283702--15283752	24	2.1	24	85	7	68	68	1	0	29	1.00
15283701--15283752	25	2.1	25	79	13	63	69	1	0	28	0.99
15285734--15285856	46	2.6	45	81	12	124	32	9	5	52	1.58
15285734--15285866	48	2.8	45	82	11	133	31	9	6	52	1.58
15291158--15291196	7	5.6	7	84	0	51	23	0	30	46	1.53
15291158--15291197	21	1.9	21	89	0	62	25	0	30	45	1.54
15291206--15291659	126	3.6	126	88	2	644	25	21	17	34	1.96
15292207--15292256	16	2.8	19	82	17	79	42	24	0	34	1.55
15292344--15292419	25	2.6	30	70	23	81	55	28	0	15	1.41
15292334--15292433	25	4.2	24	74	11	71	55	29	1	15	1.47
15295621--15295680	18	3.3	18	79	9	59	63	0	5	31	1.16
15295738--15295770	10	3.3	10	84	16	50	72	0	3	24	0.98
15295738--15295774	20	1.9	19	89	10	58	70	0	2	27	1.01
15295760--15295812	17	2.8	19	86	8	65	58	7	0	33	1.26
15297561--15297694	37	3.4	40	68	14	100	32	24	17	26	1.97
15299558--15299595	17	2.2	17	90	9	60	28	0	2	68	1.03
15301236--15301285	26	1.9	26	83	0	64	52	6	6	36	1.51
15301388--15301446	26	2.3	24	73	18	57	55	1	8	33	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15301637--15301699	24	2.5	26	85	10	78	58	4	3	33	1.35
15301929--15302025	29	3.5	28	74	14	76	56	3	10	29	1.48
15303896--15303929	14	2.5	13	86	9	50	61	2	8	26	1.40
15303857--15304050	88	2.2	89	85	6	259	38	19	14	27	1.90
15303925--15304815	161	5.5	150	74	17	596	36	20	14	28	1.92
15304063--15304239	88	2.0	87	86	7	243	38	18	14	27	1.90
15304054--15304815	161	4.6	161	80	11	924	36	19	14	28	1.92
15304156--15304311	73	2.1	73	88	8	228	35	19	16	28	1.93
15304379--15304411	13	2.5	13	95	0	57	66	6	9	18	1.40
15304231--15304729	86	5.7	86	78	6	413	36	20	14	28	1.92
15304256--15304729	262	1.8	262	85	4	668	36	20	14	28	1.92
15304231--15304748	89	5.9	89	77	9	523	37	19	14	28	1.91
15304657--15304828	73	2.3	73	86	9	235	37	21	15	26	1.93
15307115--15307258	46	3.1	44	68	21	98	29	27	19	22	1.98
15309068--15309100	14	2.3	15	94	5	59	0	18	0	81	0.68
15314282--15314344	24	2.5	26	85	10	78	58	4	3	33	1.35
15314574--15314670	29	3.5	28	74	14	76	56	3	10	29	1.48
15315633--15315704	28	2.5	28	76	15	67	55	2	5	36	1.38
15316499--15316605	35	3.0	36	77	6	121	3	4	16	74	1.13
15317730--15317839	26	4.2	26	91	2	168	35	4	23	36	1.76
15319321--15319373	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
15324074--15324104	9	3.3	9	91	8	53	77	0	3	19	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15328522--15328552	9	3.3	9	91	8	53	77	0	3	19	0.90
15330036--15330096	25	2.4	25	78	13	63	57	6	4	31	1.46
15330169--15330231	33	1.9	33	83	6	83	50	1	7	39	1.41
15330697--15330726	12	2.5	12	100	0	60	46	0	43	10	1.37
15330764--15330855	34	2.7	34	91	5	141	3	6	17	72	1.19
15331491--15332101	88	7.1	85	71	17	345	36	19	16	27	1.93
15331670--15331731	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
15331843--15332020	79	2.3	77	77	7	187	35	16	17	30	1.92
15331713--15332315	171	3.7	166	78	12	470	33	19	17	29	1.95
15332014--15332315	74	4.0	75	83	6	369	32	21	17	29	1.96
15332014--15332334	151	2.1	148	84	7	407	34	19	17	28	1.95
15332338--15332527	72	2.6	73	82	4	224	35	24	14	25	1.93
15332566--15332788	70	3.1	71	84	5	317	38	22	14	25	1.92
15332338--15332955	257	2.4	256	93	1	1040	35	23	14	26	1.93
15337966--15338001	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
15339660--15339761	37	2.6	38	75	20	95	57	4	4	32	1.41
15339943--15340005	33	1.9	33	83	6	83	50	1	7	39	1.41
15340466--15340495	12	2.5	12	100	0	60	46	0	43	10	1.37
15340780--15340831	19	2.7	20	82	5	54	61	3	21	13	1.48
15343260--15343327	19	3.7	19	92	7	122	36	11	14	36	1.83
15343250--15343335	36	2.4	36	83	15	115	38	10	15	36	1.81
15347067--15347104	16	2.4	16	86	0	58	44	0	5	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15349980--15350013	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
15350101--15350163	29	2.2	29	83	11	76	71	4	6	17	1.25
15351339--15351376	18	2.1	18	85	9	51	68	0	2	28	1.03
15351339--15351509	19	8.2	21	67	20	74	60	2	2	34	1.25
15351340--15351505	21	8.0	19	66	20	59	60	2	3	34	1.25
15355612--15355810	3	66.0	3	70	6	107	57	2	10	30	1.43
15356611--15356637	8	3.4	8	100	0	54	66	22	0	11	1.22
15356995--15357035	4	9.5	4	87	12	55	70	0	2	26	0.99
15356995--15357038	23	1.9	23	86	9	63	70	0	2	27	0.99
15357276--15357412	25	5.2	27	68	21	78	61	2	3	32	1.26
15357373--15357419	18	2.7	18	80	3	51	63	4	0	31	1.13
15357461--15357498	19	2.1	18	90	5	58	60	0	10	28	1.30
15358993--15359402	83	4.9	83	93	0	651	26	20	19	33	1.96
15359352--15359823	119	4.0	118	92	1	741	31	18	15	34	1.92
15371316--15371342	8	3.4	8	100	0	54	66	22	0	11	1.22
15371700--15371740	4	9.5	4	87	12	55	70	0	2	26	0.99
15371700--15371761	22	2.9	23	75	22	71	64	0	4	30	1.14
15371851--15371917	27	2.4	28	82	5	82	64	1	2	31	1.18
15371979--15372113	24	5.2	27	68	20	76	60	2	3	32	1.29
15371981--15372096	46	2.8	40	70	23	94	61	2	4	31	1.29
15372162--15372199	19	2.1	18	90	5	58	60	0	10	28	1.30
15373812--15374002	3	62.0	3	68	13	77	60	4	7	27	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15373816--15373855	13	2.8	14	82	17	55	67	0	7	25	1.16
15373813--15373858	16	2.8	17	90	9	78	67	0	6	26	1.15
15375203--15375228	9	2.9	9	100	0	52	11	0	0	88	0.52
15377296--15377503	91	2.3	90	80	8	217	31	13	24	30	1.93
15379214--15379268	20	2.8	19	83	10	76	36	1	0	61	1.06
15379226--15379283	30	1.9	30	82	6	73	34	0	1	63	1.04
15380673--15380712	21	1.9	21	84	0	53	30	5	10	55	1.54
15380779--15380827	15	3.4	15	73	18	50	22	0	10	67	1.20
15380962--15381076	27	4.3	27	70	11	78	32	8	3	55	1.47
15381143--15381180	13	2.9	13	92	0	67	23	5	0	71	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
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