genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  133  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35089851--35089896	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
35089858--35089902	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
35097436--35097483	25	1.9	25	91	0	78	31	16	27	25	1.97
35100073--35100132	30	2.0	30	83	9	77	51	1	1	45	1.21
35100081--35100129	20	2.3	22	80	16	59	51	2	2	44	1.24
35100227--35100292	33	2.0	33	82	8	82	53	0	1	45	1.09
35100264--35100354	20	4.2	20	81	13	101	57	2	0	40	1.11
35100264--35100359	44	2.2	41	83	7	111	57	3	0	39	1.15
35100390--35100443	24	2.4	22	90	9	83	77	3	3	14	1.04
35103229--35103406	88	2.0	89	89	6	270	23	21	10	44	1.82
35103413--35103469	29	2.0	28	93	3	96	17	19	22	40	1.91
35107674--35107731	24	2.4	24	80	5	64	39	3	3	53	1.35
35109202--35109241	20	2.0	20	85	5	53	52	5	0	42	1.23
35109349--35109407	26	2.3	26	96	0	109	61	5	0	33	1.18
35113863--35113897	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
35119502--35119534	14	2.4	14	90	5	50	18	15	9	57	1.63
35121439--35121469	6	5.0	6	96	4	53	3	48	0	48	1.17
35121643--35121756	32	3.6	31	75	9	113	18	7	0	72	1.13
35121643--35121757	16	7.2	16	65	18	51	18	7	0	73	1.13
35124848--35124939	48	1.9	47	97	2	175	6	21	16	55	1.63
35125622--35125685	18	3.6	18	80	14	78	17	4	21	56	1.59
35128621--35128792	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35128614--35128789	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
35139338--35139509	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
35139331--35139506	46	3.8	46	80	10	214	28	28	21	21	1.98
35141049--35141092	18	2.6	16	80	13	52	50	0	2	47	1.13
35141054--35141093	18	2.2	18	95	0	71	47	0	2	50	1.14
35141184--35141228	14	3.2	14	93	0	72	37	17	8	35	1.81
35141338--35141387	22	2.2	24	86	13	70	56	8	0	36	1.29
35141338--35141387	11	4.4	11	76	18	57	56	8	0	36	1.29
35141338--35141389	13	4.3	13	83	13	67	55	7	0	36	1.29
35141367--35141493	50	2.6	49	76	14	120	57	5	2	34	1.35
35141433--35141493	22	2.8	22	80	12	63	59	3	3	34	1.30
35141451--35141493	22	2.0	23	86	13	65	60	4	2	32	1.30
35141713--35141829	24	5.0	22	74	19	94	55	5	6	32	1.48
35141716--35141829	23	4.8	22	73	23	81	55	5	7	32	1.49
35141902--35141944	23	1.9	22	90	4	68	53	2	6	37	1.41
35141941--35142006	11	6.1	11	75	16	57	56	4	3	36	1.35
35141993--35142031	18	2.0	20	85	9	55	61	2	2	33	1.23
35142914--35142951	12	3.1	12	85	14	51	10	13	0	76	1.02
35143988--35144343	87	4.0	88	80	8	359	38	18	15	26	1.91
35144237--35144271	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
35144025--35144343	89	3.6	87	80	9	328	37	18	15	28	1.92
35144260--35144477	73	3.0	73	88	4	312	32	21	16	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35144255--35144473	75	3.0	74	87	3	316	32	21	16	30	1.95
35154932--35154957	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
35155132--35155185	23	2.2	25	80	6	67	51	3	5	38	1.43
35155157--35155254	39	2.6	37	77	4	99	55	4	6	34	1.44
35155735--35155836	33	3.2	31	89	5	150	4	3	17	73	1.16
35156436--35156580	75	1.9	76	90	2	229	28	22	20	28	1.99
35156548--35156653	54	1.9	55	84	5	144	38	18	13	29	1.89
35156633--35156666	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
35156506--35156766	140	1.9	141	92	2	445	36	20	17	26	1.94
35156738--35156913	71	2.5	70	86	3	230	34	22	13	28	1.93
35164471--35164563	31	2.9	32	92	7	145	3	5	17	74	1.14
35167026--35167075	22	2.2	24	86	13	70	56	8	0	36	1.29
35167026--35167075	11	4.4	11	76	18	57	56	8	0	36	1.29
35167026--35167077	13	4.3	13	83	13	67	55	7	0	36	1.29
35167122--35167182	22	2.8	22	80	12	63	59	3	3	34	1.30
35167140--35167182	22	2.0	23	86	13	65	60	4	2	32	1.30
35167222--35167269	18	2.9	16	79	14	53	58	2	4	35	1.29
35167453--35167493	20	1.9	21	85	14	57	56	4	2	36	1.34
35167370--35167516	22	6.4	21	69	21	75	53	4	7	35	1.48
35167590--35167711	23	5.3	23	71	20	76	54	3	4	37	1.36
35167614--35167660	18	2.8	17	80	6	51	55	2	2	40	1.24
35167630--35167696	11	6.1	11	76	13	57	53	4	2	38	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35167599--35167689	20	4.2	20	72	22	60	52	3	4	39	1.38
35167623--35167707	44	1.9	45	85	7	120	54	3	3	38	1.35
35167683--35167721	18	2.0	20	85	9	55	61	2	2	33	1.23
35167743--35167787	15	2.8	16	80	10	56	60	4	0	35	1.17
35173206--35173235	11	2.6	12	89	10	53	6	23	0	70	1.11
35173317--35173376	16	3.6	17	76	13	63	40	5	0	55	1.22
35173317--35173376	32	1.9	33	83	10	81	40	5	0	55	1.22
35180027--35180193	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
35180043--35180193	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
35181380--35181491	56	2.1	53	83	11	138	27	16	17	38	1.91
35188022--35188188	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
35188038--35188188	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
35195986--35196150	40	4.2	39	79	5	163	24	27	22	26	2.00
35196002--35196109	39	2.7	39	83	9	123	23	29	24	23	1.99
35203976--35204142	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
35203992--35204142	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
35207927--35207982	28	2.0	28	100	0	112	28	14	14	42	1.84
35209134--35209173	13	3.0	13	82	7	53	35	5	0	60	1.19
35218739--35218898	28	5.8	28	81	2	171	37	11	25	25	1.90
35218751--35218898	56	2.7	56	82	3	192	35	12	25	26	1.92
35220980--35221012	6	5.5	6	100	0	66	84	0	0	15	0.61
35241125--35241284	46	3.4	47	75	13	136	25	26	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35248636--35248861	47	4.8	47	75	9	185	21	30	20	28	1.98
35248735--35248902	46	3.6	47	79	10	159	20	28	22	28	1.98
35248637--35248902	140	1.9	141	84	2	356	21	28	20	28	1.98
35250997--35251029	17	1.9	17	93	0	57	21	18	21	39	1.93
35253603--35253664	31	2.0	31	100	0	124	41	12	9	35	1.76
35254449--35254477	10	3.0	10	95	5	51	37	0	0	62	0.96
35255972--35256016	22	2.0	23	83	12	58	31	0	8	60	1.28
35261266--35261296	14	2.2	14	94	0	53	19	25	12	41	1.87
35264203--35264244	12	3.5	12	87	6	50	78	2	19	0	0.86
35264617--35264670	24	2.2	24	86	3	72	38	7	18	35	1.79
35271050--35271116	34	1.9	35	85	8	93	59	5	2	31	1.36
35274381--35274442	29	2.1	30	93	3	108	59	12	3	24	1.48
35274907--35274988	42	2.0	42	92	0	137	14	32	24	28	1.94
35274913--35275023	42	2.6	42	85	2	134	14	34	26	25	1.94
35276272--35276316	23	2.0	23	82	4	56	8	17	24	48	1.75
35276403--35276545	43	3.3	43	90	1	225	34	22	19	23	1.97
35281446--35281479	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
35281680--35281739	27	2.2	26	80	13	68	48	28	1	21	1.60
35281685--35281735	20	2.5	20	74	0	57	47	33	0	19	1.50
35281897--35281936	14	2.9	14	80	0	53	70	20	0	10	1.16
35282195--35282413	41	5.4	40	87	1	294	19	23	22	34	1.96
35282195--35282445	82	3.1	82	80	7	269	19	23	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35282195--35282444	123	2.0	123	82	3	306	19	23	22	35	1.96
35284723--35284750	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
35284748--35284772	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
35285108--35285148	17	2.3	19	79	12	50	21	0	7	70	1.11
35286582--35286612	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
35286593--35286654	30	2.1	30	93	0	106	29	0	9	61	1.28
35288216--35288371	77	2.0	77	96	0	285	57	8	12	21	1.61
35289621--35289681	20	3.3	18	76	13	52	42	4	3	49	1.40
35291418--35291474	8	7.5	8	76	7	57	38	3	0	57	1.16
35291570--35291611	17	2.7	15	76	16	50	59	4	0	35	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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