genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  67  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15870083--15870133	16	3.2	16	86	10	77	25	31	7	35	1.85
15874074--15874114	21	2.0	20	85	4	55	46	12	9	31	1.74
15876729--15876782	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
15876772--15876806	11	3.2	11	91	0	61	25	2	0	71	1.00
15878887--15879068	46	4.0	46	85	1	222	39	14	24	21	1.91
15879351--15879383	17	2.0	17	88	5	50	48	0	18	33	1.48
15880679--15880707	11	2.5	12	94	5	51	20	0	0	79	0.74
15880830--15880892	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
15883655--15883786	47	2.8	48	88	1	185	20	18	30	31	1.96
15885901--15886186	136	2.1	137	95	1	513	31	24	18	25	1.98
15887967--15888127	26	6.2	26	94	2	281	40	23	3	32	1.70
15887967--15888127	77	2.1	78	96	1	297	40	23	3	32	1.70
15888710--15888749	22	1.9	22	85	10	57	32	2	17	47	1.61
15889050--15889109	30	2.0	30	100	0	120	36	6	16	40	1.75
15889218--15889354	64	2.2	64	85	4	188	35	4	6	53	1.47
15889449--15889506	29	2.0	30	86	3	82	32	12	15	39	1.84
15889568--15889617	23	2.2	23	88	0	73	42	2	8	48	1.44
15892660--15892699	21	1.9	21	89	0	62	27	2	2	67	1.16
15892667--15892708	21	2.0	21	86	4	59	26	4	0	69	1.08
15893772--15893814	22	2.0	22	86	4	61	53	11	0	34	1.37
15895800--15895909	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
15901633--15901739	25	4.2	25	95	4	180	33	4	25	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15913407--15913682	146	1.9	145	82	4	349	30	15	20	32	1.94
15913407--15913710	74	4.2	72	78	6	299	29	16	21	32	1.96
15913429--15913728	146	2.0	147	80	4	338	30	17	21	31	1.96
15913577--15913949	171	2.2	171	86	6	520	29	18	19	32	1.95
15913749--15913887	71	2.0	71	88	0	206	30	17	21	30	1.96
15913820--15914064	90	2.8	88	84	6	280	27	18	20	32	1.96
15915481--15915509	14	2.1	14	100	0	58	0	55	0	44	0.99
15915466--15915506	21	2.1	19	90	9	64	0	63	0	36	0.95
15916527--15916599	36	2.0	37	86	7	105	38	8	2	50	1.47
15925989--15926473	131	3.7	129	80	5	481	27	20	18	34	1.95
15925989--15926475	264	1.8	262	80	6	572	26	19	18	34	1.95
15927550--15927616	25	2.7	25	86	2	82	29	2	20	46	1.66
15928115--15928317	3	66.7	3	70	13	94	26	7	3	62	1.39
15928460--15928540	21	4.0	21	79	9	78	27	7	1	64	1.28
15928490--15928518	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
15928609--15928661	20	2.7	20	79	5	54	30	5	1	62	1.29
15936789--15938398	205	7.9	205	94	0	2645	29	18	22	29	1.97
15938452--15938537	44	2.0	43	86	6	120	30	16	27	25	1.97
15938959--15939010	25	2.1	25	89	3	79	38	3	17	40	1.68
15938959--15939024	24	2.7	25	86	4	82	30	3	19	46	1.65
15939523--15939722	3	65.7	3	69	14	88	26	8	3	62	1.40
15939867--15939947	21	4.0	21	79	9	78	27	7	1	64	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15939897--15939925	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
15940016--15940068	20	2.7	20	79	5	54	30	5	1	62	1.29
15941291--15941501	64	3.2	64	62	25	146	30	26	17	26	1.97
15941257--15941542	137	2.1	136	98	0	545	31	25	18	24	1.97
15941790--15941842	26	2.0	27	85	7	74	26	15	22	35	1.93
15943318--15943453	26	5.2	26	92	0	227	36	24	5	33	1.78
15944107--15944233	3	42.7	3	72	13	84	58	3	6	32	1.39
15944171--15944261	43	2.1	43	82	8	105	56	1	9	32	1.40
15945942--15945987	20	2.4	19	89	7	67	60	0	2	36	1.09
15945945--15945987	18	2.3	20	81	18	58	60	0	2	37	1.10
15946176--15946317	35	4.0	35	90	4	214	38	11	13	37	1.80
15946184--15946317	18	7.6	18	84	6	168	38	11	12	37	1.81
15946798--15946857	17	3.5	17	74	21	63	33	1	0	65	1.03
15946799--15946857	16	3.5	16	76	23	59	33	1	0	64	1.04
15946834--15946883	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
15949537--15949613	41	1.9	41	89	2	120	24	19	19	36	1.95
15949749--15950310	86	6.4	87	84	4	643	20	23	21	33	1.97
15949749--15950310	173	3.2	173	83	4	686	20	23	21	33	1.97
15949944--15950086	44	3.3	44	70	20	138	16	25	23	34	1.95
15949965--15950094	42	3.0	44	72	17	153	20	26	21	32	1.97
15962279--15962399	3	40.7	3	71	14	63	57	3	7	31	1.42
15962724--15962783	22	2.7	22	76	7	59	60	6	3	30	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15962758--15962842	24	3.5	23	74	15	73	62	7	1	29	1.29
15963014--15963066	20	2.6	20	87	3	70	58	1	1	37	1.20
15966184--15966359	46	3.8	46	79	12	207	21	20	29	28	1.98
15966181--15966351	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
15968345--15968386	3	14.0	3	94	0	75	64	0	2	33	1.07
15968996--15969088	43	2.2	43	100	0	186	21	24	31	22	1.98
15969466--15969562	21	4.6	21	83	10	135	1	49	19	29	1.55
15970090--15970225	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
15971997--15972281	135	2.1	137	96	1	529	24	18	25	31	1.98
15976048--15976182	26	5.2	26	94	1	227	33	5	25	36	1.78
15976048--15976182	51	2.6	52	96	1	245	33	5	25	36	1.78
15977952--15978234	135	2.1	135	95	2	507	24	17	25	32	1.97
15984310--15984430	9	13.6	9	69	12	63	33	2	20	42	1.65
15984384--15984615	56	4.2	56	89	5	348	34	0	16	48	1.50
15984384--15984594	113	1.9	112	93	3	361	33	0	17	48	1.51
15984540--15984569	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
15984572--15984602	9	3.4	9	90	0	53	29	0	19	51	1.47
15985007--15985097	36	2.5	37	75	22	104	51	2	9	36	1.47
15986950--15987078	58	2.2	59	90	1	197	35	3	40	20	1.71
15987157--15987681	114	4.6	115	81	8	543	37	23	14	24	1.93
15987148--15987681	228	2.3	226	80	4	608	36	23	14	24	1.93
15988551--15988583	16	2.0	17	94	5	59	12	0	42	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15988551--15988630	16	5.2	16	70	19	55	15	0	35	50	1.44
15988524--15988631	45	2.4	45	84	6	139	18	0	32	49	1.48
15988638--15988926	41	7.1	41	80	7	241	18	20	21	39	1.93
15988638--15988926	81	3.5	80	77	8	244	18	20	21	39	1.93
15990399--15990437	18	2.1	19	85	4	53	69	0	2	28	1.02
15990400--15990546	20	6.9	20	68	20	59	62	1	3	32	1.20
15990497--15990544	19	2.6	18	78	12	53	62	2	4	31	1.26
15993889--15994000	26	4.3	26	88	6	158	34	4	25	34	1.76
15993889--15994000	52	2.2	52	87	9	174	34	4	25	34	1.76
15997369--15997530	78	2.1	78	95	2	290	37	24	5	33	1.79
15997369--15997530	26	6.2	26	92	2	254	37	24	5	33	1.79
15998755--15998869	27	4.3	26	84	7	140	17	23	22	36	1.95
15998755--15998869	54	2.1	54	87	3	160	17	23	22	36	1.95
16000968--16001198	3	76.7	3	66	9	67	56	2	9	31	1.43
16001016--16001083	24	2.7	25	78	15	77	51	1	8	38	1.42
16001439--16001538	3	32.7	3	75	7	76	59	2	8	31	1.38
16001600--16001649	22	2.3	21	80	12	57	64	0	8	28	1.22
16006865--16006919	20	2.8	19	83	10	76	36	1	0	61	1.06
16010232--16010372	42	3.3	42	78	13	135	26	24	21	26	1.99
16012653--16012695	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
16012661--16012697	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
16012661--16012720	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16012988--16013021	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
16021522--16021716	78	2.5	78	88	0	273	32	20	22	25	1.98
16021585--16021899	119	2.5	123	83	9	350	31	17	25	25	1.97
16021718--16021991	45	6.1	45	81	6	304	31	15	27	25	1.96
16021677--16021983	89	3.5	88	79	9	354	30	15	28	25	1.96
16021661--16021991	134	2.5	136	82	9	391	31	15	27	25	1.96
16021971--16022005	14	2.5	14	95	0	61	51	14	20	14	1.76
16022357--16022447	19	4.9	19	89	8	152	38	9	15	36	1.81
16022345--16022447	54	1.9	53	90	5	163	38	10	13	36	1.80
16022357--16022470	19	5.8	22	75	22	87	37	8	15	37	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
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