genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  175  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48611701--48611768	28	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
48615986--48616053	28	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
48620273--48620340	28	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
48626097--48626163	33	2.0	33	100	0	134	29	28	11	29	1.92
48626046--48626211	85	2.0	83	87	2	242	28	27	13	29	1.95
48626130--48626245	49	2.3	51	85	7	166	26	29	13	30	1.94
48629373--48629441	28	2.5	28	90	2	104	21	8	26	43	1.81
48631235--48631278	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
48635193--48635259	33	2.0	33	100	0	134	29	28	11	29	1.92
48635142--48635307	85	2.0	83	87	2	242	28	27	13	29	1.95
48635226--48635341	49	2.3	51	85	7	166	26	29	13	30	1.94
48638467--48638535	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
48640323--48640366	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
48642740--48642807	28	2.5	28	95	4	122	17	10	27	44	1.81
48644600--48644643	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
48652216--48652382	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
48660211--48660377	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
48663288--48663495	40	5.2	39	83	3	211	25	25	23	25	2.00
48663288--48663493	80	2.6	81	83	4	240	25	26	23	25	2.00
48671328--48671534	40	5.2	39	82	4	202	25	26	23	25	2.00
48671328--48671533	79	2.6	80	81	6	222	25	26	23	25	2.00
48676135--48676168	16	2.1	16	94	0	59	26	26	32	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48678918--48679094	40	4.4	40	84	4	225	26	27	22	23	1.99
48681239--48681700	123	3.8	123	97	0	852	29	10	25	34	1.89
48681390--48681582	64	3.1	64	60	15	150	28	10	26	34	1.90
48681669--48681872	40	5.1	40	86	0	228	24	21	26	27	1.99
48687821--48687874	21	2.6	21	82	5	65	24	29	24	22	1.99
48689043--48689184	57	2.5	58	83	3	162	31	18	19	30	1.96
48693121--48693258	67	2.1	67	100	0	276	31	16	10	42	1.82
48708693--48708902	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
48716825--48717034	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
48721221--48721286	20	3.3	20	70	8	62	31	18	33	16	1.93
48721202--48721320	40	3.0	40	88	0	166	35	17	29	17	1.93
48721235--48721295	20	3.0	20	73	0	59	34	16	29	19	1.94
48724965--48724996	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
48732440--48732481	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
48732478--48732536	27	2.2	26	84	3	73	23	20	18	37	1.94
48734577--48734626	2	25.0	2	95	0	91	50	0	2	48	1.12
48737335--48737422	39	2.3	39	88	2	124	37	6	5	50	1.53
48740090--48740260	44	3.8	46	78	16	187	21	22	28	27	1.99
48747612--48747784	46	3.7	46	77	10	190	22	20	26	30	1.99
48758353--48758429	31	2.5	31	93	0	127	23	24	19	32	1.97
48758453--48758544	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
48758677--48758812	26	5.3	26	89	3	199	27	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48758862--48758948	20	4.3	20	89	2	131	29	18	10	41	1.84
48758862--48758937	11	7.5	11	66	16	56	28	18	10	42	1.83
48758879--48758955	9	7.8	10	69	16	54	31	18	9	41	1.81
48758984--48759033	25	2.0	25	88	0	73	28	18	22	32	1.97
48759724--48760220	27	18.3	27	73	8	211	31	8	19	39	1.82
48759808--48759909	29	3.6	29	76	10	120	28	7	16	47	1.75
48759777--48759914	56	2.5	56	98	0	267	31	7	16	44	1.77
48760199--48760300	27	3.8	27	84	0	123	36	7	25	30	1.84
48764318--48764344	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
48774150--48774202	28	1.9	27	92	3	88	22	43	18	15	1.87
48775086--48775213	49	2.6	49	80	7	143	23	26	22	27	2.00
48777630--48777986	46	7.6	48	73	15	169	26	28	18	27	1.98
48777824--48777989	46	3.6	47	81	4	194	23	29	19	27	1.98
48777728--48777999	92	2.9	92	78	8	284	26	29	18	26	1.98
48781687--48781823	46	3.0	46	83	0	175	27	30	8	34	1.85
48781797--48782034	47	5.1	47	94	1	370	25	29	12	32	1.93
48781912--48781986	23	3.2	23	62	23	57	26	32	12	29	1.92
48782577--48782616	20	2.0	20	85	0	53	45	7	5	42	1.54
48783272--48783310	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
48786276--48786469	51	3.8	51	87	2	266	29	24	11	34	1.91
48786493--48786584	28	3.4	27	84	13	127	23	26	15	34	1.94
48786504--48786582	24	3.1	25	85	10	106	22	24	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48790891--48791038	45	3.5	42	75	6	127	29	26	17	27	1.98
48790915--48791047	45	3.0	44	76	5	128	31	25	16	26	1.96
48793933--48794043	55	2.0	55	98	0	213	28	21	22	27	1.99
48797116--48797201	40	2.1	40	80	2	91	36	29	17	17	1.93
48797154--48797409	39	6.5	39	89	3	365	29	28	21	19	1.98
48800154--48800300	51	2.9	51	92	0	240	27	25	12	34	1.93
48800324--48800410	28	3.3	27	79	12	108	25	24	13	36	1.92
48800335--48800410	24	3.0	25	82	9	100	23	22	14	39	1.91
48802987--48803159	46	3.7	46	80	10	208	23	21	26	28	1.99
48802984--48803154	93	1.8	93	93	0	297	22	21	27	28	1.99
48806528--48806571	23	1.9	23	86	9	63	47	6	29	15	1.72
48809706--48809768	31	2.0	31	96	0	117	47	12	3	36	1.58
48812676--48812779	6	17.3	6	92	0	154	36	13	47	2	1.58
48812784--48812824	15	2.9	15	86	10	52	34	7	41	17	1.77
48812790--48812955	21	7.6	21	71	10	100	34	13	31	20	1.92
48812676--48812806	6	21.3	6	87	4	82	36	11	46	5	1.63
48812814--48812935	9	12.9	9	70	10	82	33	15	30	20	1.94
48812874--48812923	15	3.3	15	77	0	64	30	18	32	20	1.96
48812796--48812947	39	3.9	39	75	3	117	33	15	31	19	1.93
48812883--48812947	15	4.3	15	80	0	76	32	15	32	20	1.93
48812802--48812955	30	5.1	30	76	3	103	34	14	29	20	1.93
48816471--48816642	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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48843225--48843356	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48876163--48876241	25	3.3	25	63	22	69	31	5	31	31	1.79
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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