Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  122  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31469895--31470002
45
2.4
46
81
7
123
27
15
7
49
1.72
31475342--31475371
15
2.1
14
93
6
51
43
33
0
23
1.54
31478423--31478486
31
2.1
31
90
0
101
25
23
15
35
1.94
31478680--31478813
25
5.4
24
85
7
146
26
24
22
26
2.00
31478814--31478870
20
2.8
20
94
0
105
33
19
10
36
1.86
31479957--31480194
27
8.7
27
77
4
192
31
8
19
39
1.83
31479956--31480194
54
4.4
54
79
4
228
31
9
19
39
1.83
31479956--31480208
81
3.1
80
74
11
226
31
9
20
38
1.84
31480185--31480310
27
4.7
27
87
7
157
39
8
21
30
1.83
31480069--31480273
54
3.8
54
80
6
139
34
7
21
36
1.83
31480059--31480233
81
2.2
82
77
3
183
32
8
22
37
1.83
31480188--31480310
54
2.3
54
90
2
185
39
8
21
30
1.84
31480196--31480341
54
2.7
54
84
4
143
38
9
23
28
1.86
31484369--31484727
180
2.0
179
98
0
700
53
11
8
27
1.64
31484805--31484853
16
3.0
16
82
11
64
65
0
0
34
0.93
31484819--31484952
5
27.2
5
69
19
52
58
0
5
35
1.28
31484818--31484866
25
2.0
25
88
8
73
59
0
4
36
1.17
31484845--31484871
14
1.9
14
100
0
54
44
0
11
44
1.39
31484830--31484895
30
2.2
29
80
17
73
56
0
6
37
1.24
31487085--31487395
88
3.6
88
68
16
241
27
20
19
31
1.97
31487085--31487361
88
3.2
86
67
17
253
25
21
20
32
1.98
31486868--31487406
176
3.1
176
90
0
821
27
20
18
33
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31499380--31499427
14
3.6
14
73
23
50
58
0
4
37
1.18
31499379--31499427
25
2.0
25
88
8
73
59
0
4
36
1.17
31499406--31499432
14
1.9
14
100
0
54
44
0
11
44
1.39
31499391--31499456
30
2.2
29
80
17
73
56
0
6
37
1.24
31499391--31499466
32
2.4
31
77
16
75
56
0
6
36
1.25
31499934--31499975
15
2.7
16
81
7
59
66
0
7
26
1.17
31501321--31501407
3
29.0
3
73
9
70
57
4
1
36
1.27
31501301--31501407
33
3.2
33
85
2
144
55
5
0
38
1.30
31501322--31501407
11
7.7
11
71
14
52
58
4
1
36
1.27
31502154--31502179
11
2.4
11
100
0
52
0
0
7
92
0.39
31503681--31503734
28
2.0
27
82
17
67
38
0
3
57
1.17
31504788--31504854
19
3.5
19
78
11
57
61
2
2
32
1.26
31505044--31505102
30
2.0
30
87
12
86
42
0
3
54
1.17
31526707--31526736
15
2.0
15
100
0
60
26
26
13
33
1.93
31552150--31552376
47
4.8
48
81
5
239
20
31
21
26
1.98
31552153--31552422
47
5.7
48
79
8
225
21
30
21
27
1.98
31552149--31552422
94
2.9
94
81
6
270
21
29
21
27
1.98
31559804--31560074
46
5.8
46
77
11
230
23
29
18
27
1.98
31559804--31560069
140
1.9
141
84
6
362
23
29
18
27
1.98
31569098--31569262
84
2.0
83
82
1
204
30
27
14
27
1.95
31569106--31569262
43
3.7
43
79
7
169
29
28
15
27
1.96
31577926--31577998
36
2.0
36
100
0
146
24
19
13
42
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31584063--31584144
34
2.4
34
93
0
137
42
10
7
39
1.68
31586955--31586987
17
1.9
17
100
0
66
36
21
18
24
1.95
31597123--31597148
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
31600018--31600189
46
3.7
46
77
10
197
29
26
21
22
1.99
31600023--31600193
93
1.8
93
94
0
306
28
27
21
22
1.99
31603501--31604083
27
21.6
27
87
3
762
27
22
9
40
1.85
31604035--31604096
27
2.3
27
85
0
79
32
20
8
38
1.82
31605309--31605356
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
31605399--31605457
19
3.0
20
90
5
102
33
11
20
33
1.89
31605508--31605625
24
5.0
24
87
7
161
27
21
22
27
1.99
31605509--31605604
46
2.1
47
92
2
158
28
20
21
29
1.98
31605816--31605878
30
2.1
31
90
3
101
36
15
23
23
1.94
31608712--31609294
27
21.6
27
86
4
737
27
22
9
40
1.84
31614019--31614189
93
1.8
93
94
0
306
27
29
21
21
1.98
31614011--31614186
46
3.8
46
81
10
214
28
29
21
21
1.98
31616546--31616609
28
2.3
28
89
5
103
59
15
15
9
1.60
31616556--31616607
14
3.6
14
82
12
70
61
11
15
11
1.57
31619088--31619259
46
3.7
46
78
10
197
29
27
20
22
1.99
31619093--31619263
93
1.8
93
93
0
297
28
28
21
22
1.99
31623024--31623066
2
21.5
2
100
0
86
51
0
0
48
1.00
31624658--31624829
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
31624651--31624826
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31632180--31632351
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
31632173--31632348
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
31640146--31640295
58
2.6
58
80
9
173
30
15
22
31
1.95
31648267--31648523
137
1.9
138
82
4
326
14
13
16
55
1.70
31657114--31657146
5
6.8
5
93
6
59
81
0
0
18
0.68
31661557--31661581
5
5.0
5
100
0
50
80
0
0
20
0.72
31665619--31665690
29
2.6
27
79
14
83
62
0
1
36
1.04
31665973--31666028
20
2.8
20
68
10
53
33
5
0
60
1.19
31680800--31680972
46
3.7
47
80
13
214
28
28
20
21
1.98
31680805--31680975
93
1.8
93
93
2
299
28
29
21
21
1.98
31683157--31683196
3
13.3
3
100
0
80
67
0
0
32
0.91
31687743--31687863
44
2.8
43
85
6
156
29
27
19
23
1.98
31706172--31706239
22
3.0
24
68
25
65
38
16
13
32
1.87
31706172--31706266
46
2.1
45
86
5
129
41
15
15
27
1.88
31706759--31706867
42
2.6
42
82
2
121
20
38
19
22
1.93
31707682--31707711
14
2.2
13
94
5
51
73
0
13
13
1.10
31707679--31707726
22
2.1
23
81
11
55
75
2
10
12
1.14
31714350--31714547
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
31714416--31714533
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
31714384--31714547
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
31721917--31722114
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
31721983--31722100
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31721951--31722114
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
31724962--31725134
93
1.9
93
91
0
283
27
29
21
21
1.99
31724955--31725130
46
3.8
46
78
10
187
28
28
21
21
1.98
31725006--31725149
46
3.1
47
74
18
140
29
27
20
22
1.98
31727373--31727416
16
2.7
16
80
16
54
77
0
15
6
0.97
31727749--31727776
14
2.0
14
100
0
56
50
14
0
35
1.43
31728137--31728177
21
2.0
21
90
0
64
26
12
9
51
1.70
31729100--31729133
16
2.1
17
94
5
61
11
0
20
67
1.21
31729174--31729220
21
2.2
20
85
11
58
68
2
4
25
1.19
31729462--31729526
17
3.6
17
69
26
53
23
20
4
52
1.65
31732098--31732129
16
2.0
16
100
0
64
37
37
12
12
1.81
31736256--31736295
18
2.2
18
100
0
80
50
0
10
40
1.36
31741674--31741721
16
3.1
15
80
19
62
27
0
2
70
0.98
31742606--31742649
17
2.5
18
92
7
72
15
11
0
72
1.11
31752014--31752068
16
3.4
16
76
16
51
30
0
1
67
1.01
31752948--31752987
19
2.1
19
100
0
80
15
10
0
75
1.05
31756596--31756621
13
2.0
13
100
0
52
38
7
15
38
1.76
31759344--31759373
15
1.9
16
93
6
53
56
0
0
43
0.99
31760348--31760415
34
2.0
34
100
0
136
47
2
14
35
1.60
31777698--31777735
20
2.1
19
85
14
53
23
26
10
39
1.87
31784132--31784172
18
2.2
19
91
4
66
34
4
0
60
1.18
31789198--31789464
46
5.7
45
75
15
204
27
18
30
22
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31789199--31789464
94
2.8
92
80
12
292
27
18
30
22
1.97
31790531--31790604
38
1.9
38
100
0
148
31
17
10
40
1.84
31796729--31796763
18
1.9
18
94
0
61
31
17
14
37
1.89
31797475--31797507
14
2.4
14
94
0
57
33
6
24
36
1.80
31798624--31798673
6
8.0
6
82
8
55
76
0
2
22
0.89
31798624--31798681
13
4.5
13
76
10
57
75
1
1
20
0.97
31798624--31798686
19
3.3
18
78
10
72
74
3
1
20
1.04
31807098--31807141
22
2.0
23
95
4
81
38
25
18
18
1.92
31807332--31807426
28
3.6
24
81
13
93
46
33
4
15
1.66
31807346--31807429
28
3.0
28
91
1
132
46
30
3
19
1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444