genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  128  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33478851--33478954	55	1.9	55	97	0	199	26	12	24	36	1.91
33479634--33479664	15	2.1	15	94	5	55	25	0	25	48	1.52
33486679--33486832	27	5.5	27	82	4	173	28	14	25	31	1.95
33486729--33486832	55	1.9	55	100	0	208	26	13	24	35	1.92
33488245--33488484	132	1.8	131	80	2	293	27	17	17	37	1.92
33489887--33490074	40	4.7	40	86	3	263	25	26	22	26	2.00
33491642--33492002	179	2.0	179	96	0	668	31	24	13	30	1.93
33497790--33497833	22	2.0	21	83	12	54	25	13	20	40	1.89
33499715--33499754	19	2.1	19	85	4	53	50	12	2	35	1.54
33501753--33501880	48	2.7	48	88	0	193	28	32	17	21	1.97
33502308--33502368	3	20.3	3	100	0	122	34	0	0	65	0.93
33504756--33504819	30	2.1	32	82	8	80	39	0	7	53	1.30
33505513--33505545	15	2.2	15	94	0	57	36	39	0	24	1.56
33513464--33513498	18	1.9	18	88	11	54	2	37	0	60	1.12
33514237--33514308	22	3.3	21	79	9	72	44	1	4	50	1.30
33514237--33514360	21	6.1	21	72	19	93	41	0	4	54	1.25
33514275--33514343	36	1.9	36	88	2	104	37	1	1	59	1.15
33514416--33514475	10	6.4	9	73	19	52	36	0	1	61	1.06
33514509--33514553	23	2.0	23	86	4	65	37	0	2	60	1.09
33514527--33514605	30	2.7	26	80	16	77	41	1	1	55	1.16
33515959--33516003	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
33516048--33516081	12	2.8	12	86	0	50	76	0	23	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33518454--33518492	18	2.1	19	85	4	53	46	0	23	30	1.53
33519858--33519907	19	2.4	23	68	28	56	40	0	4	56	1.18
33521265--33521603	123	2.8	123	95	0	597	29	10	25	33	1.90
33521572--33521815	40	6.1	40	87	1	292	24	20	26	27	1.99
33524823--33524867	21	2.1	21	100	0	90	40	13	17	28	1.88
33527263--33527364	30	3.4	29	85	5	116	28	23	23	24	2.00
33530297--33530348	21	2.5	21	84	6	70	53	0	0	46	1.00
33530310--33530383	21	3.9	21	67	26	65	58	0	0	41	0.98
33530340--33530397	22	2.6	22	86	8	73	55	3	1	39	1.27
33530412--33530461	23	2.1	23	85	3	64	70	6	4	20	1.25
33530438--33530472	14	2.5	14	100	0	70	68	5	11	14	1.37
33532214--33532328	27	4.3	26	85	5	131	36	21	23	18	1.95
33532214--33532328	54	2.1	54	85	3	151	36	21	23	18	1.95
33533930--33534039	26	4.2	26	92	2	168	36	23	4	35	1.76
33534993--33535043	11	4.6	11	80	0	57	7	13	5	72	1.26
33534988--33535061	22	3.3	23	77	9	73	12	12	5	70	1.32
33539460--33539492	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
33540511--33541143	314	2.0	314	98	0	1230	24	12	16	45	1.82
33547037--33547102	13	5.1	13	83	7	89	36	24	7	31	1.83
33550569--33550609	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
33552656--33552681	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
33552891--33552930	19	2.1	19	85	4	53	37	2	5	55	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33553625--33553662	5	7.8	5	83	16	53	42	0	0	57	0.98
33553940--33553966	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
33554395--33554422	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
33556699--33556735	12	3.1	13	81	18	53	43	0	0	56	0.99
33561828--33561862	16	2.2	16	89	0	52	51	20	2	25	1.61
33562411--33562439	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
33567540--33567583	2	22.0	2	95	0	79	47	0	0	52	1.00
33567682--33567745	22	2.8	22	90	7	92	46	10	3	39	1.55
33569411--33569442	17	1.9	16	93	6	55	37	0	0	62	0.95
33569772--33569853	29	2.7	30	75	7	76	45	14	8	31	1.75
33570142--33570234	9	9.9	9	71	21	66	33	2	2	62	1.19
33570306--33570339	10	3.5	10	96	4	61	44	0	5	50	1.26
33575187--33575231	23	2.0	23	95	0	81	46	20	0	33	1.51
33575189--33575242	13	4.4	13	81	13	69	48	16	0	35	1.47
33575802--33575828	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
33578060--33578087	13	2.2	13	100	0	56	14	32	35	17	1.90
33586835--33587016	96	1.9	96	86	0	256	36	16	32	13	1.88
33597278--33597304	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
33597405--33597448	13	3.6	13	76	17	58	50	13	0	36	1.42
33597406--33597457	23	2.3	23	96	0	95	50	13	0	36	1.42
33597805--33597838	18	1.9	18	88	5	52	38	2	2	55	1.30
33597877--33597915	20	2.0	19	85	5	51	56	0	5	38	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33597952--33597979	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
33602519--33602568	21	2.4	21	80	6	57	52	16	12	20	1.75
33615464--33615533	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
33615464--33615545	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
33633511--33633564	21	2.6	21	82	5	65	42	24	25	7	1.80
33633493--33633627	42	3.2	42	74	4	110	45	18	21	14	1.84
33639241--33639304	13	4.9	13	81	7	85	29	6	26	37	1.81
33639241--33639305	26	2.5	27	87	7	98	30	6	26	36	1.81
33641012--33641136	62	2.0	63	81	6	148	36	5	4	53	1.43
33642400--33642448	14	3.4	14	77	5	53	65	0	6	28	1.16
33652450--33652514	21	3.2	21	71	20	66	40	21	26	12	1.88
33652432--33652532	39	2.6	39	91	0	157	36	22	26	13	1.92
33656007--33656060	23	2.3	23	96	0	99	33	11	29	25	1.91
33658788--33658854	32	2.1	31	83	8	82	37	7	0	55	1.28
33660053--33660142	46	2.0	46	93	0	153	58	4	20	16	1.54
33666113--33666170	30	1.9	30	89	0	89	12	32	37	17	1.86
33669312--33669341	16	1.9	16	93	6	53	10	6	0	83	0.81
33670369--33670412	16	2.8	15	83	16	54	79	4	0	15	0.89
33670369--33670412	5	8.4	5	81	18	54	79	4	0	15	0.89
33672004--33672032	13	2.1	14	93	6	51	72	0	3	24	1.00
33674057--33674126	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
33674057--33674138	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33681978--33682047	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
33681978--33682059	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
33686169--33686256	40	2.3	39	88	4	124	36	36	10	17	1.83
33689548--33689606	29	2.1	29	93	3	102	35	5	16	42	1.71
33693236--33693300	34	1.9	34	100	0	130	24	13	10	50	1.74
33693888--33693929	18	2.3	19	84	12	52	64	2	2	30	1.19
33694095--33694196	27	3.7	26	73	13	80	39	5	0	53	1.32
33697418--33697721	56	5.4	56	91	0	493	34	23	13	28	1.93
33697418--33697721	111	2.7	112	94	0	529	34	23	13	28	1.93
33698553--33698586	17	1.9	18	88	5	52	5	8	2	82	0.93
33708751--33708913	43	3.8	43	77	13	165	31	26	17	23	1.97
33710634--33710682	25	2.0	25	87	0	71	34	0	20	44	1.52
33716599--33716636	20	1.9	20	84	10	51	39	7	0	52	1.31
33717066--33717123	30	1.9	30	86	6	82	36	13	10	39	1.79
33718425--33718475	22	2.3	22	82	3	57	52	3	0	43	1.19
33722960--33722999	19	2.1	19	90	0	62	35	12	12	40	1.81
33725052--33725117	25	2.6	25	82	0	78	18	10	10	60	1.57
33726247--33726298	15	3.4	15	73	5	50	42	0	5	51	1.25
33727626--33727711	39	2.2	40	85	4	111	41	2	5	50	1.39
33729606--33729796	63	3.0	63	100	0	382	38	7	17	36	1.79
33730150--33730332	92	2.0	92	93	0	312	32	18	10	38	1.85
33732821--33732859	16	2.5	16	79	4	53	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33739278--33739305	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
33740815--33740861	17	2.8	16	87	12	67	31	0	0	68	0.90
33747179--33747211	16	1.9	18	88	11	52	57	0	9	33	1.30
33756100--33756229	40	3.2	40	62	21	99	43	10	8	37	1.70
33756099--33756264	81	2.0	81	98	0	323	45	9	7	37	1.63
33756250--33756275	12	2.2	12	100	0	52	73	0	0	26	0.84
33759784--33759937	69	2.2	69	89	2	229	27	9	12	49	1.73
33761842--33761886	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
33766853--33766917	22	3.0	22	75	4	69	41	12	23	23	1.87
33768386--33768579	69	2.8	69	87	4	266	36	21	14	27	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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