genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  274  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78958315--78958540	79	2.8	80	84	4	271	28	28	18	24	1.98
78958315--78958540	40	5.7	40	80	4	217	28	28	18	24	1.98
78969934--78969981	22	2.2	22	100	0	96	31	22	31	14	1.94
78972829--78973060	27	8.6	27	87	0	311	33	20	22	24	1.97
78973196--78973296	27	3.8	27	73	1	87	20	20	20	37	1.94
78973443--78973502	28	2.2	27	84	3	75	20	26	26	26	1.99
78973466--78973529	33	1.9	33	90	0	101	25	23	26	25	2.00
78974301--78974360	30	2.1	28	87	12	86	25	23	3	48	1.66
78978845--78978991	48	3.1	47	84	7	190	25	17	30	25	1.97
78978857--78978991	46	2.9	47	84	8	175	25	18	30	25	1.98
78980903--78980972	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
78988840--78988937	28	3.5	28	86	5	119	30	27	14	27	1.95
78995202--78995276	15	5.0	15	75	0	69	54	16	16	13	1.71
79007250--79007468	96	2.3	91	79	12	212	24	28	19	27	1.99
79010055--79010110	15	3.7	15	80	20	55	62	17	7	12	1.51
79017191--79017405	46	4.6	48	73	11	151	29	17	26	26	1.97
79017191--79017397	94	2.2	94	83	5	267	29	17	26	27	1.97
79017425--79017555	49	2.7	50	79	3	149	29	20	26	22	1.99
79031269--79032435	49	24.1	49	92	4	1881	29	27	8	34	1.87
79031269--79032435	433	2.7	433	97	2	2160	29	27	8	34	1.87
79035151--79035274	40	3.1	40	82	3	133	23	25	24	26	2.00
79035177--79035274	41	2.4	40	83	8	110	23	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79036020--79036331	40	7.8	40	92	0	444	27	24	19	28	1.99
79038205--79038291	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
79038360--79039305	49	19.1	49	88	8	1332	30	26	8	34	1.87
79038360--79039305	100	9.6	98	86	8	1337	30	26	8	34	1.87
79038360--79039305	149	6.4	147	87	8	1366	30	26	8	34	1.87
79038688--79038731	18	2.5	18	96	3	81	40	18	0	40	1.50
79038639--79038780	66	2.1	67	97	1	268	33	24	5	35	1.79
79038589--79038826	115	2.1	114	93	5	419	32	26	6	34	1.83
79044159--79044330	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
79044152--79044327	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
79046351--79046437	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
79046506--79047097	49	12.1	49	96	0	1031	27	26	11	34	1.91
79054060--79054105	24	2.0	23	82	4	56	28	19	10	41	1.85
79056071--79056242	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
79056064--79056239	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
79071101--79071157	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
79071099--79071169	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
79071110--79071164	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
79071216--79071382	23	7.1	23	92	2	262	28	22	20	28	1.99
79071215--79071389	24	7.4	23	91	2	251	28	22	21	28	1.99
79071214--79071382	47	3.6	47	90	3	268	28	23	20	28	1.99
79077539--79077580	19	2.2	19	86	0	57	26	14	35	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79084000--79084245	49	5.0	49	85	2	330	28	27	18	25	1.98
79084017--79084245	100	2.3	98	86	3	323	29	27	17	24	1.98
79084413--79084466	26	2.1	26	100	0	108	50	3	11	35	1.56
79084518--79084571	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
79088773--79088822	7	7.1	7	82	8	66	46	40	0	14	1.44
79096925--79097067	40	3.6	40	91	0	214	22	27	23	26	1.99
79100188--79100217	15	2.1	15	93	6	53	20	10	30	40	1.85
79101469--79101500	13	2.5	13	94	0	55	46	6	15	31	1.71
79101929--79101986	29	2.0	29	100	0	116	13	10	20	55	1.68
79104087--79104120	17	2.0	17	100	0	68	70	11	0	17	1.16
79106872--79106931	27	2.3	26	85	8	77	33	20	23	23	1.97
79107688--79107814	27	4.7	27	90	0	173	25	22	18	33	1.97
79116177--79116216	21	1.9	21	94	0	71	37	15	20	27	1.92
79116226--79116289	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
79116972--79117028	27	2.1	27	83	6	71	38	21	19	21	1.93
79117008--79117153	27	5.4	27	82	3	168	27	21	17	33	1.96
79131989--79132077	28	3.1	28	88	3	142	24	14	32	28	1.95
79133303--79133366	31	2.1	31	88	5	94	25	25	15	34	1.95
79133559--79133700	24	6.0	24	95	4	236	28	21	21	28	1.99
79133755--79133837	20	4.2	20	95	0	148	32	18	12	37	1.87
79133768--79133826	11	5.7	11	73	15	63	32	20	11	35	1.89
79133759--79133835	9	7.9	9	71	16	55	35	19	9	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79135924--79136058	58	2.3	58	82	1	155	25	15	34	25	1.95
79135928--79136010	29	2.9	29	98	0	157	27	14	31	26	1.95
79143753--79143854	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
79145290--79145349	27	2.2	27	87	0	84	36	10	28	25	1.88
79149852--79149882	16	1.9	16	100	0	62	51	12	19	16	1.76
79150100--79150188	28	3.1	28	83	3	106	28	12	32	26	1.92
79150100--79150176	29	2.7	28	86	4	100	29	12	31	25	1.93
79164134--79164165	11	2.9	11	100	0	64	46	9	18	25	1.79
79164155--79164189	18	1.9	18	94	0	61	51	8	14	25	1.70
79164109--79164166	6	10.0	6	71	14	50	46	12	18	22	1.82
79164502--79164607	27	4.0	27	87	2	142	39	16	14	29	1.88
79164615--79164700	27	3.2	27	88	0	127	36	20	13	29	1.92
79164545--79164680	70	1.9	70	83	2	175	38	22	10	28	1.87
79164519--79164700	97	1.9	96	85	3	249	38	20	12	29	1.88
79169262--79169316	26	2.2	25	87	6	76	41	0	10	47	1.39
79170956--79171014	24	2.5	24	97	0	109	33	49	3	13	1.59
79172398--79172653	46	5.5	46	73	12	209	30	26	19	23	1.98
79172405--79172670	93	2.9	93	88	1	390	30	26	19	23	1.98
79175082--79175141	30	2.0	30	90	6	95	58	16	15	10	1.63
79175082--79175141	15	4.0	15	80	8	77	58	16	15	10	1.63
79178104--79178276	47	3.7	47	76	10	201	27	28	20	22	1.99
79178057--79178268	93	2.3	93	91	1	345	28	28	20	22	1.98
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79178050--79178227	46	3.8	46	74	11	166	28	28	21	21	1.98
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79180104--79180137	8	4.2	8	84	0	50	2	29	20	47	1.65
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79197944--79198074	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
79197944--79198074	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
79205896--79206026	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
79205896--79206026	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
79215840--79215905	28	2.4	28	92	5	109	30	27	13	28	1.94
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79231017--79231070	6	8.8	6	76	11	56	50	12	20	16	1.78
79231188--79231351	27	6.0	27	87	4	206	36	22	23	17	1.95
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79231962--79232103	27	5.3	27	87	1	196	26	19	19	35	1.95
79232088--79232241	27	5.7	26	76	10	105	28	7	24	40	1.81
79231958--79232130	81	2.1	80	77	9	190	28	16	20	35	1.94
79232088--79232244	81	1.9	81	84	0	206	29	7	23	39	1.82
79232123--79232401	27	10.3	27	79	6	226	29	8	21	39	1.84
79248428--79248488	28	2.1	29	84	3	79	32	31	9	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79255700--79255854	66	2.3	67	83	1	177	20	30	16	32	1.94
79255802--79255953	68	2.3	68	81	8	172	26	29	13	30	1.94
79257945--79257973	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
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79260439--79260653	49	4.4	49	97	0	412	29	32	9	28	1.88
79272983--79273044	24	2.6	24	94	0	106	35	25	14	24	1.93
79289516--79289697	40	4.6	40	95	1	303	23	21	27	26	1.99
79289509--79289729	80	2.8	79	86	4	284	26	21	25	26	2.00
79289956--79289999	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
79292384--79292461	6	13.0	6	83	5	86	74	2	3	19	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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