genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  91  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21763330--21763924	86	6.9	85	72	12	311	34	22	22	20	1.97
21763331--21763577	43	5.7	43	78	7	234	36	23	22	18	1.95
21763290--21763615	129	2.5	131	81	8	371	34	23	22	19	1.97
21763506--21763618	43	2.6	42	88	2	154	32	26	20	20	1.97
21763726--21764010	86	3.3	83	81	6	250	36	20	22	21	1.96
21764471--21764537	34	2.0	34	96	0	125	13	49	17	19	1.80
21766886--21767030	74	2.0	74	100	0	290	26	22	15	35	1.94
21771683--21771713	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
21775651--21775707	22	2.6	22	75	2	53	40	1	5	52	1.34
21780451--21780872	96	4.4	95	84	2	508	31	19	14	35	1.92
21780512--21780775	45	5.6	45	70	13	165	32	20	12	34	1.90
21780451--21780872	191	2.2	189	87	2	594	31	19	14	35	1.92
21780549--21780819	51	5.6	50	71	11	231	32	18	13	35	1.90
21798505--21798565	27	2.3	27	91	0	95	27	16	16	39	1.90
21798522--21798672	54	2.8	54	84	4	144	29	8	20	41	1.82
21798520--21798672	81	1.9	81	85	5	211	30	8	20	40	1.82
21798549--21798672	27	4.6	27	83	2	151	30	6	20	41	1.78
21798549--21798674	54	2.3	54	87	2	173	30	7	20	42	1.79
21800421--21800454	17	2.0	17	88	0	50	26	8	8	55	1.59
21803068--21803175	53	2.0	53	100	0	216	39	14	11	34	1.82
21805158--21805196	15	2.5	15	87	4	51	48	0	2	48	1.15
21807476--21807512	2	18.5	2	88	0	56	48	2	2	45	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21813838--21813871	17	2.0	17	88	11	52	41	0	0	58	0.98
21813822--21813892	23	3.1	24	83	6	85	43	0	0	56	0.99
21813822--21813883	22	2.7	24	82	10	83	41	0	0	58	0.98
21813841--21813892	9	5.8	9	75	6	52	48	0	0	51	1.00
21814203--21814257	28	2.0	28	85	0	74	38	7	21	32	1.81
21819607--21819669	28	2.2	28	91	0	99	31	6	30	31	1.83
21820578--21820621	21	2.0	21	86	4	61	27	2	9	61	1.38
21828222--21828263	22	1.9	22	95	0	75	19	14	28	38	1.90
21833690--21833747	29	2.0	29	96	0	107	44	15	3	36	1.63
21837501--21837540	21	1.9	21	100	0	80	40	15	25	20	1.90
21843615--21843714	25	4.0	25	80	5	103	19	22	20	39	1.93
21851191--21851219	15	1.9	15	100	0	58	20	10	27	41	1.85
21852770--21852815	21	2.2	20	84	3	56	50	4	10	34	1.57
21852781--21852830	20	2.5	21	80	9	59	52	4	10	34	1.54
21852788--21852877	34	2.7	36	86	10	86	52	3	11	33	1.53
21852812--21852878	34	2.0	33	94	5	118	53	2	10	32	1.50
21854452--21854592	73	1.9	74	89	2	221	34	21	14	29	1.93
21854553--21854704	54	2.8	55	92	4	263	34	19	13	32	1.90
21854657--21855111	172	2.7	162	80	11	506	35	20	15	28	1.93
21854948--21854977	14	2.1	14	93	0	51	66	3	6	23	1.30
21854695--21855035	89	3.9	87	81	7	422	36	19	14	28	1.92
21865790--21865960	46	3.7	45	74	12	150	29	28	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21865798--21865969	93	1.8	93	88	2	265	28	29	21	20	1.98
21869662--21869704	7	6.3	7	83	5	61	34	0	65	0	0.93
21869662--21869704	20	2.1	20	91	4	68	34	0	65	0	0.93
21877547--21877645	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
21889154--21889183	15	2.1	15	93	6	53	16	0	16	66	1.25
21898766--21898863	47	2.1	47	84	3	126	42	10	10	36	1.73
21901568--21901695	66	1.9	66	93	3	222	31	11	20	36	1.88
21921515--21921579	33	1.9	35	81	12	82	56	1	6	35	1.33
21921677--21921711	17	2.1	17	94	0	61	42	8	11	37	1.72
21922065--21922103	16	2.4	16	100	0	78	15	17	7	58	1.59
21922179--21922346	31	5.5	31	71	18	120	23	19	12	44	1.85
21922179--21922409	59	3.9	59	89	2	302	22	18	13	45	1.85
21925865--21925889	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
21926999--21927086	43	2.0	45	82	4	108	57	2	17	22	1.50
21928558--21928651	49	1.9	49	93	0	161	43	6	25	24	1.78
21930289--21930418	47	2.8	47	92	1	208	30	28	20	20	1.98
21930840--21930899	30	2.0	30	83	6	77	30	26	8	35	1.86
21936747--21936806	26	2.4	25	83	5	68	58	0	10	31	1.31
21937281--21937330	18	2.7	19	84	12	68	60	4	0	36	1.16
21937281--21937335	17	3.1	18	82	12	60	58	3	0	38	1.16
21937341--21937384	10	4.4	10	85	8	54	65	4	0	29	1.12
21937809--21937896	28	2.9	30	72	16	83	22	22	10	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21937797--21937908	59	1.9	59	86	0	161	21	19	11	47	1.81
21937797--21937899	31	3.4	30	74	12	95	23	20	11	44	1.84
21942662--21942688	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
21944153--21944193	17	2.4	18	84	12	59	53	12	0	34	1.38
21950138--21950167	16	1.9	15	93	6	51	0	10	0	90	0.47
21950138--21950167	11	2.7	11	94	0	51	0	10	0	90	0.47
21950733--21950806	10	7.4	10	74	15	55	56	1	5	36	1.31
21950729--21950768	21	1.9	21	89	0	62	57	0	2	40	1.12
21950724--21950785	31	2.0	31	87	6	90	54	0	4	40	1.22
21950872--21950928	20	2.9	20	72	12	55	54	1	5	38	1.33
21955372--21955448	20	3.6	19	70	24	55	16	20	32	29	1.95
21960739--21960782	21	2.1	21	86	0	61	43	25	0	31	1.55
21968435--21968551	43	2.7	43	81	2	135	41	23	14	21	1.90
21982626--21982681	15	3.7	15	70	15	53	35	0	32	32	1.58
21982910--21983235	166	2.0	160	95	3	580	36	17	12	33	1.87
21983840--21983867	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
21984298--21984339	21	2.0	21	90	9	68	66	4	7	21	1.35
21985549--21985597	25	2.0	24	88	4	71	38	8	2	51	1.43
21985549--21985596	23	2.0	25	84	8	64	39	8	2	50	1.44
21985888--21986104	119	1.8	121	86	4	323	30	16	11	41	1.83
21990390--21990454	32	2.0	32	100	0	130	15	18	15	50	1.78
22000903--22000941	20	2.0	20	89	0	60	53	0	28	17	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22001921--22001991	37	1.9	37	94	2	126	76	9	8	5	1.16
22004113--22004241	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
22011494--22011622	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
22014447--22014473	8	3.4	8	100	0	54	85	0	0	14	0.61
22022851--22022956	50	2.1	51	82	3	124	44	19	4	31	1.71
22022924--22023084	70	2.3	70	78	3	171	41	17	8	32	1.80
22023032--22023125	35	2.7	35	77	0	98	45	20	7	26	1.77
22030864--22030971	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
22032511--22032555	18	2.4	18	88	3	63	51	2	40	6	1.41
22032711--22032811	38	2.6	40	82	9	136	19	17	17	44	1.87
22032706--22032832	40	3.2	40	74	13	120	18	17	15	48	1.82
22032830--22032887	22	2.7	21	82	15	73	31	1	1	65	1.13
22033456--22033522	14	4.7	14	85	3	89	40	16	4	38	1.69
22033677--22033724	14	3.4	14	94	0	78	35	50	0	14	1.44
22033672--22033741	28	2.5	29	81	6	81	37	47	0	15	1.46
22033666--22033745	14	5.7	13	77	11	52	37	45	0	17	1.49
22033663--22033752	21	4.2	20	79	13	74	38	43	0	17	1.50
22033761--22033795	7	4.9	7	86	6	52	45	31	0	22	1.53
22033757--22033795	15	2.7	14	88	7	60	48	28	0	23	1.51
22034081--22034129	24	2.0	24	96	0	89	40	4	2	53	1.32
22034746--22035007	41	6.4	41	93	0	425	20	27	19	32	1.97
22036375--22036483	54	2.0	54	91	3	175	49	17	17	15	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22041691--22041761	31	2.3	31	87	4	99	29	16	4	49	1.65
22046947--22047003	19	3.1	18	80	12	62	40	1	5	52	1.34
22046958--22047003	19	2.4	19	85	0	65	39	2	6	52	1.40
22047742--22047785	22	2.0	23	81	4	54	56	4	2	36	1.32
22050168--22050324	73	2.1	74	96	3	291	54	5	6	34	1.48
22052112--22052168	31	1.9	29	83	16	73	28	10	3	57	1.48
22053033--22053063	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22055987--22056013	7	3.9	7	100	0	54	44	14	11	29	1.80
22056189--22056247	29	2.0	29	96	0	109	40	5	8	45	1.56
22057671--22057745	12	5.8	13	68	20	50	57	1	1	40	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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