genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  238  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67369292--67369333	22	1.9	22	85	0	57	38	2	40	19	1.64
67371355--67371537	39	4.6	39	91	2	260	24	31	20	23	1.98
67375983--67376019	18	2.1	18	94	0	65	29	35	0	35	1.58
67387403--67387577	46	3.8	46	75	13	196	29	30	19	20	1.97
67387411--67387579	93	1.8	93	92	0	284	29	30	19	20	1.97
67391553--67391670	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67391521--67391683	71	2.3	71	100	0	326	35	17	27	19	1.94
67394954--67395011	23	2.5	23	91	0	98	24	20	15	39	1.91
67397165--67397218	21	2.5	20	82	8	54	38	1	37	22	1.65
67398099--67398132	18	1.9	18	88	5	52	17	26	41	14	1.88
67402983--67403026	13	3.4	13	80	0	52	65	2	2	29	1.16
67405079--67405110	16	2.0	16	100	0	64	37	6	18	37	1.76
67417954--67418136	40	4.6	40	90	4	264	23	21	28	26	1.99
67417949--67418169	79	2.8	79	85	6	279	25	21	27	25	1.99
67421717--67421881	40	4.1	40	87	1	224	25	28	23	23	1.99
67421868--67421913	24	1.9	24	86	0	65	26	19	26	28	1.99
67429769--67429969	40	5.0	40	90	1	262	25	28	21	23	1.99
67431186--67431239	20	2.6	21	82	5	56	12	25	9	51	1.70
67434712--67434889	40	4.5	40	84	4	177	21	21	29	26	1.99
67442795--67443011	40	5.5	40	87	5	300	21	23	29	25	1.99
67442795--67443011	120	1.8	118	89	5	339	21	23	29	25	1.99
67442795--67443050	40	6.5	40	85	5	294	22	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67445773--67445976	53	3.8	53	81	2	212	24	20	18	37	1.94
67445774--67445971	108	1.8	108	83	2	263	23	20	18	37	1.94
67445958--67446126	47	3.6	47	93	0	284	24	24	13	36	1.92
67446263--67446349	44	2.0	44	84	4	113	24	26	12	36	1.91
67453558--67453750	49	3.9	49	80	6	219	27	27	18	25	1.98
67453567--67453746	50	3.6	49	80	7	193	28	27	17	26	1.98
67453568--67453755	101	1.9	99	86	4	270	28	27	18	25	1.98
67455545--67455698	55	2.8	56	87	2	215	24	24	15	35	1.94
67455677--67455798	47	2.6	47	94	0	208	24	23	14	36	1.93
67459299--67459502	40	5.1	39	85	7	268	26	26	22	24	2.00
67459299--67459514	80	2.7	80	86	3	328	26	26	22	24	2.00
67467410--67467613	40	5.1	40	89	2	297	25	25	23	24	2.00
67467410--67467613	80	2.6	80	89	3	331	25	25	23	24	2.00
67474999--67475181	37	4.8	38	77	13	173	27	18	27	26	1.98
67475111--67475403	42	6.7	42	78	9	200	25	16	27	29	1.97
67475134--67475272	48	2.9	48	95	2	244	27	17	28	27	1.97
67476657--67476683	12	2.2	12	100	0	54	25	14	25	33	1.95
67479483--67479573	29	3.2	29	85	1	103	25	15	31	27	1.95
67481738--67481819	27	3.1	27	85	3	105	20	23	21	34	1.97
67487155--67487215	26	2.3	26	88	0	95	36	21	6	36	1.79
67492863--67492923	26	2.3	26	85	0	86	36	22	6	34	1.81
67496374--67496440	34	2.0	34	96	0	125	32	22	7	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67497152--67497178	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
67505685--67505753	36	1.9	36	88	5	104	27	21	30	20	1.98
67505756--67505886	20	6.6	20	84	0	181	16	19	25	38	1.92
67509609--67509719	20	5.6	20	91	0	186	13	17	27	41	1.87
67519462--67519494	13	2.4	14	85	10	50	69	0	21	9	1.15
67521206--67521309	29	3.6	29	92	3	165	27	24	16	31	1.96
67529250--67529411	29	5.6	29	91	0	243	29	22	15	32	1.95
67546739--67546764	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
67551094--67551229	47	2.9	48	87	2	204	33	11	28	25	1.91
67551108--67551183	22	3.3	22	66	28	59	31	11	31	25	1.91
67551436--67551544	37	2.9	37	93	2	175	22	18	32	27	1.97
67557543--67557592	26	1.9	26	84	8	66	42	4	18	36	1.69
67560089--67560348	101	2.6	101	84	1	326	29	25	13	31	1.94
67561689--67561758	27	2.6	27	79	4	70	31	21	12	34	1.91
67568700--67568742	13	3.4	13	77	3	52	37	16	9	37	1.81
67570426--67570520	47	2.0	47	95	0	172	35	8	24	31	1.85
67574269--67574333	28	2.3	28	94	0	112	33	29	15	21	1.94
67576459--67576494	17	2.1	17	100	0	72	27	16	11	44	1.82
67579473--67579533	21	3.0	21	85	2	88	8	37	29	24	1.84
67591752--67591938	40	4.7	40	90	4	299	25	27	23	24	2.00
67598997--67599181	40	4.7	40	89	4	288	25	27	22	25	2.00
67601296--67601369	29	2.6	29	82	4	87	25	13	32	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67609317--67609379	29	2.2	29	97	0	117	25	17	33	23	1.96
67614830--67615050	40	5.6	40	80	2	232	25	23	25	24	2.00
67618205--67618238	5	6.6	5	93	6	59	79	2	0	17	0.86
67618205--67618238	16	2.2	15	94	5	59	79	2	0	17	0.86
67618792--67618822	12	2.6	12	100	0	62	29	32	22	16	1.95
67621564--67621731	46	3.6	45	80	10	187	24	29	19	26	1.99
67621460--67621730	94	2.9	91	77	11	273	24	28	19	26	1.99
67624171--67624200	15	2.0	15	93	0	51	53	16	16	13	1.73
67624967--67625097	49	2.7	49	96	0	244	25	21	29	22	1.99
67625389--67625422	12	2.8	12	100	0	68	0	38	0	61	0.96
67631873--67631930	30	1.9	30	86	6	82	29	10	25	34	1.89
67632273--67632584	47	6.6	49	70	14	165	28	19	28	23	1.98
67636407--67636483	24	3.2	24	88	0	118	31	2	42	23	1.68
67637988--67638173	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
67646131--67646314	40	4.7	40	85	8	209	26	26	21	25	1.99
67646137--67646314	78	2.3	79	80	11	213	25	26	21	25	2.00
67647713--67647789	24	3.2	24	88	0	118	31	2	42	23	1.68
67649289--67649474	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
67657427--67657610	40	4.7	40	85	8	209	26	26	21	25	1.99
67657433--67657610	78	2.3	79	80	11	213	25	26	21	25	2.00
67660237--67660269	8	4.1	8	92	0	57	48	24	24	3	1.65
67660681--67660791	27	4.1	27	86	5	145	15	24	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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67668498--67668608	27	4.2	26	83	5	132	16	24	21	37	1.93
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67672358--67672552	54	3.6	53	82	8	223	28	22	8	40	1.83
67672358--67672557	81	2.5	81	85	3	260	28	22	9	41	1.83
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67673540--67673723	30	6.1	30	84	5	192	19	17	13	49	1.79
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67691014--67691198	79	2.3	82	84	9	240	23	22	27	26	1.99
67691015--67691231	79	2.7	78	79	12	228	25	21	27	25	2.00
67695180--67695362	40	4.7	40	82	10	218	24	22	26	26	2.00
67695181--67695394	77	2.7	76	80	13	238	25	21	26	26	2.00
67703344--67703528	79	2.3	81	85	7	245	24	22	26	27	2.00
67703345--67703528	40	4.6	40	81	9	207	24	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67703345--67703561	79	2.7	79	81	7	201	25	21	26	26	2.00
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67706641--67706685	20	2.2	20	88	0	63	31	24	13	31	1.93
67707192--67707219	8	3.5	8	100	0	56	14	21	21	42	1.88
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67709754--67709820	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
67710551--67710602	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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