genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  60  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14393466--14393514	22	2.2	22	92	0	80	30	4	18	46	1.67
14393434--14393527	22	4.2	20	68	24	55	30	7	18	43	1.77
14393429--14393577	68	2.2	68	87	2	201	28	6	20	44	1.75
14393970--14394028	14	4.1	14	84	4	82	38	18	8	33	1.81
14396487--14396604	31	3.5	35	87	9	126	22	22	16	37	1.94
14396510--14396604	31	3.1	31	96	0	172	24	21	15	38	1.92
14396796--14396962	24	7.0	24	92	3	248	26	22	22	28	1.99
14396795--14396962	71	2.3	71	89	4	248	26	22	22	29	1.99
14397013--14397072	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
14398321--14398385	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
14398439--14398494	27	2.1	26	83	9	69	39	12	10	37	1.78
14398447--14398614	27	6.1	27	74	12	101	32	8	20	38	1.82
14398564--14398965	27	14.9	27	86	2	477	40	8	23	28	1.83
14398889--14399185	27	11.0	27	84	3	233	32	9	21	37	1.85
14398537--14398992	54	8.4	53	82	5	354	38	8	23	29	1.83
14398576--14399019	81	5.5	81	84	3	286	39	8	23	28	1.84
14400759--14400838	34	2.4	34	82	4	90	25	25	25	25	2.00
14406020--14406057	20	1.9	19	89	5	58	52	0	2	44	1.14
14406079--14406260	89	2.0	90	96	1	339	32	9	7	50	1.64
14408340--14408390	19	2.5	19	75	18	50	37	0	3	58	1.16
14408474--14408511	18	2.1	18	85	9	51	28	13	13	44	1.81
14409434--14409530	32	3.0	32	96	0	185	31	6	23	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14411010--14411062	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
14415557--14415588	14	2.3	14	94	0	55	65	0	0	34	0.93
14416369--14416412	17	2.6	17	77	0	52	9	9	0	81	0.87
14417483--14417619	72	1.9	71	89	1	211	27	11	17	43	1.83
14418876--14418913	18	2.1	18	85	9	51	50	2	10	36	1.51
14420777--14420801	13	1.9	13	100	0	50	64	4	16	16	1.44
14420792--14421167	68	5.5	68	93	1	630	39	16	16	27	1.90
14420792--14421167	135	2.8	135	95	0	671	39	16	16	27	1.90
14420731--14421179	68	6.7	67	90	3	618	39	16	16	27	1.90
14421219--14421468	71	3.5	71	81	7	247	29	21	16	32	1.95
14421336--14421882	161	3.4	161	97	0	1004	31	20	17	30	1.96
14421496--14421629	71	1.9	71	88	0	205	29	20	17	32	1.96
14421657--14421790	71	1.9	71	90	0	214	29	21	17	31	1.96
14434667--14434710	21	2.0	22	95	4	81	47	9	13	29	1.74
14443065--14443133	31	2.3	31	82	7	79	43	17	14	24	1.86
14444580--14444622	23	2.0	23	86	9	63	53	2	2	41	1.26
14444638--14444687	19	2.6	19	81	6	57	64	2	4	30	1.23
14446120--14446446	83	3.9	83	91	2	460	27	20	18	33	1.96
14446396--14446868	119	4.0	119	91	1	711	32	18	14	33	1.92
14458807--14458849	23	2.0	23	86	9	63	53	2	2	41	1.26
14460523--14460572	6	8.3	6	78	8	57	18	6	14	62	1.51
14460523--14460581	18	3.3	18	85	4	66	20	6	13	59	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14460538--14460581	12	3.7	12	79	11	54	20	6	13	59	1.57
14462501--14462574	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
14464831--14464914	38	2.3	38	85	4	109	41	22	13	22	1.88
14464859--14464935	36	2.1	36	83	4	93	49	23	9	18	1.75
14466698--14466825	44	3.0	42	77	17	136	26	17	25	31	1.97
14468247--14468277	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
14473247--14473280	15	2.3	15	89	0	50	73	8	14	2	1.19
14474079--14474109	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
14475327--14475351	6	4.2	6	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14476309--14476351	22	2.0	22	90	4	70	60	25	4	9	1.47
14476714--14476760	18	2.6	18	96	0	85	61	0	14	23	1.33
14477639--14477668	4	7.5	4	92	0	51	23	3	0	73	0.98
14488930--14489023	43	2.2	43	92	3	154	27	6	13	52	1.65
14493649--14493741	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
14500498--14500553	25	2.3	25	84	9	71	30	1	1	66	1.12
14501249--14501304	10	5.6	10	72	6	51	37	0	1	60	1.07
14501242--14501304	20	3.2	19	77	6	63	36	1	1	60	1.16
14501249--14501327	18	4.4	17	72	16	61	36	0	1	62	1.04
14504311--14504394	26	3.2	26	93	0	141	36	23	4	34	1.76
14504843--14504898	29	2.0	28	89	6	87	55	0	0	44	0.99
14506831--14506873	18	2.4	18	88	0	59	69	6	13	9	1.35
14507701--14507740	2	19.5	2	94	5	71	50	0	2	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14507676--14507706	10	3.1	10	90	0	53	29	0	22	48	1.51
14510438--14510515	32	2.5	32	80	10	81	37	0	2	60	1.11
14515063--14515204	3	48.0	3	74	13	100	65	1	3	29	1.18
14515559--14515644	17	5.6	16	70	21	58	20	2	47	29	1.63
14515559--14515650	30	3.1	30	90	0	139	20	2	46	30	1.63
14515630--14515669	20	2.1	19	86	13	55	20	2	42	35	1.65
14515915--14516004	45	2.0	45	82	6	112	24	24	23	27	2.00
14515900--14516421	133	3.9	132	91	1	776	26	22	21	29	1.99
14516397--14516490	45	2.1	45	87	0	134	24	24	21	29	1.99
14516485--14516577	43	2.2	44	79	11	104	29	25	17	27	1.97
14516374--14516878	176	2.9	176	89	2	764	28	22	19	28	1.98
14516570--14516666	45	2.2	45	83	3	115	27	21	19	30	1.98
14518110--14518142	15	2.3	15	90	10	52	6	9	3	81	0.95
14520970--14521017	19	2.7	18	81	15	55	43	10	22	22	1.84
14523002--14523129	3	42.0	3	76	14	95	62	1	3	32	1.23
14523530--14523565	13	2.8	13	100	0	72	8	5	52	33	1.55
14523596--14523633	20	1.9	20	94	0	67	5	26	31	36	1.79
14525878--14526023	43	3.4	43	88	0	202	30	31	19	19	1.96
14526276--14526316	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
14526242--14526315	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
14531854--14531891	17	2.3	16	83	16	51	23	2	0	73	0.95
14531865--14531909	23	2.0	23	82	8	56	15	6	2	75	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14531965--14532111	8	18.8	8	87	8	65	36	0	0	63	0.95
14531977--14532117	7	19.7	7	86	7	117	36	0	0	63	0.94
14531948--14532112	15	11.1	15	86	10	216	38	0	0	61	0.96
14531990--14532112	23	5.5	22	94	5	180	39	0	0	60	0.97
14532716--14532779	7	9.0	7	77	3	56	48	25	3	23	1.65
14532713--14532763	15	3.5	15	81	5	59	49	27	1	21	1.60
14533052--14533206	41	3.8	41	94	1	274	21	27	20	30	1.98
14533052--14533206	83	1.9	82	94	1	274	21	27	20	30	1.98
14533194--14533221	12	2.3	12	100	0	56	50	28	14	7	1.69
14534187--14534238	25	2.0	26	85	3	70	51	9	0	38	1.35
14534663--14534723	15	3.9	15	78	17	61	65	0	1	32	1.02
14534676--14534725	17	2.9	17	73	26	52	62	0	2	36	1.07
14545760--14545806	24	2.0	24	86	0	67	40	12	23	23	1.89
14548133--14548177	18	2.4	18	88	7	63	66	0	0	33	0.92
14548126--14548174	8	5.4	9	81	13	57	67	0	0	32	0.91
14548815--14548852	20	1.9	20	88	0	58	55	0	5	39	1.23
14550262--14550375	46	2.5	46	79	2	131	23	30	13	32	1.93
14550465--14550578	44	2.6	44	80	4	106	25	22	22	28	1.99
14550499--14550928	132	3.3	131	86	2	540	24	24	19	31	1.98
14550615--14550928	44	7.1	44	65	12	142	24	23	19	31	1.98
14563739--14563795	30	1.9	30	96	0	105	38	1	8	50	1.44
14564196--14564241	23	2.0	23	95	0	83	41	13	17	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14564673--14564716	19	2.3	20	80	11	56	65	6	4	22	1.35
14565643--14565689	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
14578734--14578808	37	2.0	37	97	0	141	53	5	1	40	1.32
14578740--14578817	37	2.1	36	88	6	113	56	5	2	35	1.35
14582479--14582636	41	3.9	41	96	0	289	20	24	24	30	1.99
14585747--14585777	16	1.9	16	100	0	62	32	0	38	29	1.57
14588274--14588325	3	18.0	3	79	15	56	65	1	1	30	1.14
14588697--14588737	20	2.0	22	85	9	59	56	0	7	36	1.27
14588724--14588750	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14588796--14588931	50	2.8	47	78	10	148	52	2	10	33	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
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