genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  287  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82964346--82965390	530	2.0	532	96	0	1923	30	21	11	36	1.88
82967953--82967996	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
82968016--82968057	13	2.9	14	86	13	59	57	0	0	42	0.99
82968089--82968145	15	3.5	15	73	17	60	50	0	0	49	1.00
82968569--82968607	14	2.8	14	96	0	69	38	5	2	53	1.37
82969972--82970002	15	2.1	15	100	0	62	45	0	6	48	1.28
82975145--82975208	24	2.6	24	83	9	69	40	20	25	14	1.89
82980185--82980245	18	3.4	18	93	0	95	39	22	6	31	1.80
82980584--82980615	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
82981349--82981406	27	2.1	27	93	0	98	20	39	1	37	1.63
82983149--82983233	3	28.3	3	100	0	170	32	32	0	34	1.58
82985934--82986080	65	2.3	65	89	0	222	41	25	10	21	1.86
82989912--82989956	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
82992379--82992436	27	2.1	27	93	0	98	18	37	5	37	1.74
82994170--82994204	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
82998216--82998277	26	2.3	27	83	10	74	35	12	22	29	1.91
82999601--82999658	18	3.5	17	78	19	61	60	1	13	24	1.43
83000698--83000761	6	10.0	6	80	11	56	78	1	4	15	1.00
83000698--83000755	20	2.9	19	87	5	71	77	1	3	17	0.99
83000698--83000748	13	3.9	13	82	14	54	76	0	3	19	0.94
83000698--83000761	26	2.5	26	82	10	69	78	1	4	15	1.00
83001547--83001759	45	4.7	44	71	12	162	27	19	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83001454--83001756	137	2.2	138	86	5	416	28	20	19	32	1.97
83013861--83013918	18	3.5	17	78	19	61	60	1	13	24	1.43
83014956--83014993	12	3.3	11	92	3	58	76	0	2	21	0.91
83014965--83015004	18	2.2	18	91	8	64	80	0	2	17	0.83
83020565--83020604	13	3.2	13	85	3	55	72	0	0	27	0.85
83025365--83025519	76	2.0	77	97	1	294	29	27	5	38	1.78
83027014--83027235	49	4.6	49	77	8	181	26	30	18	24	1.98
83027009--83027283	49	5.7	46	72	12	155	25	31	17	25	1.97
83027161--83027283	48	2.6	45	82	10	140	26	31	15	26	1.96
83027062--83027332	94	2.8	98	75	9	261	24	31	18	25	1.97
83036694--83036742	22	2.3	21	83	16	57	42	6	10	40	1.63
83038263--83038314	21	2.5	21	87	6	70	21	38	5	34	1.77
83038274--83038317	21	2.1	21	95	0	79	18	40	4	36	1.71
83039970--83040021	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
83041715--83041901	96	1.9	96	92	0	311	10	32	17	40	1.83
83044031--83044068	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
83045356--83045392	19	1.9	19	94	0	65	59	0	10	29	1.31
83045474--83045532	27	2.2	27	81	6	66	45	0	10	44	1.37
83047897--83048117	40	5.5	40	89	1	309	26	26	21	25	1.99
83055916--83056133	40	5.4	39	88	3	283	27	27	20	25	1.99
83058491--83058520	6	5.0	6	100	0	60	16	16	16	50	1.79
83064241--83064310	34	2.1	34	100	0	140	42	15	5	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83069724--83069769	17	2.7	17	100	0	92	21	34	23	19	1.96
83075516--83075561	25	1.9	23	82	8	56	58	8	0	32	1.28
83075963--83076027	29	2.3	27	82	10	69	64	1	6	27	1.26
83077055--83077114	28	2.1	28	87	6	86	48	0	16	35	1.47
83077087--83077216	34	3.8	33	83	8	163	39	0	16	44	1.47
83077322--83077698	125	3.0	126	84	2	490	38	17	15	27	1.90
83079682--83079788	27	4.0	27	91	0	169	21	37	3	37	1.72
83079764--83079973	93	2.3	93	87	1	287	23	29	11	35	1.91
83081642--83081673	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
83081642--83081724	12	6.9	12	73	9	62	42	2	2	53	1.27
83084279--83084514	41	5.8	41	82	5	185	37	22	20	19	1.94
83084279--83084450	82	2.1	82	83	6	215	37	20	21	20	1.94
83084554--83084616	21	3.2	20	76	21	71	49	30	0	20	1.49
83084534--83084632	37	2.6	37	78	9	110	49	32	0	18	1.48
83085529--83085610	8	9.9	8	78	15	78	63	3	0	32	1.12
83085555--83085596	7	5.7	7	97	2	66	71	0	0	28	0.86
83085529--83085596	29	2.3	29	82	9	77	66	2	0	30	1.07
83090034--83090124	45	2.0	45	93	0	155	27	14	27	30	1.95
83091117--83091218	42	2.4	42	81	1	123	26	14	26	32	1.95
83094768--83094815	25	1.9	25	83	8	62	10	0	12	77	1.00
83096732--83096783	23	2.3	23	82	0	68	63	7	0	28	1.22
83098810--83098849	15	2.7	15	88	7	55	30	2	0	67	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83099223--83099529	76	4.0	76	80	5	298	32	15	12	39	1.86
83099219--83099537	77	4.1	77	80	6	324	33	15	12	38	1.85
83099609--83099762	84	1.8	83	84	4	211	30	9	11	48	1.71
83099811--83099849	19	2.0	20	85	5	53	33	0	10	56	1.33
83103354--83103469	39	3.0	39	87	0	151	14	23	24	37	1.92
83104338--83104378	19	2.2	19	100	0	82	53	14	0	31	1.41
83106504--83106553	26	2.0	24	84	7	64	26	2	4	68	1.18
83116000--83116050	21	2.5	20	78	12	59	50	3	3	41	1.39
83116027--83116098	22	3.0	23	76	17	67	62	0	2	34	1.10
83116515--83116558	21	2.1	21	86	0	61	34	0	4	61	1.16
83116524--83116567	21	2.0	21	86	4	61	36	0	2	61	1.09
83116600--83116638	21	2.0	21	90	10	64	51	0	0	48	1.00
83120811--83121271	222	2.1	222	93	2	793	31	19	19	29	1.96
83131419--83131488	25	2.8	25	97	2	133	37	2	24	35	1.70
83131497--83131561	26	2.5	26	97	0	121	30	6	24	38	1.80
83131984--83132052	34	2.0	34	94	5	122	31	24	14	28	1.95
83136930--83137082	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
83144339--83144373	8	4.5	8	92	3	54	62	0	2	34	1.10
83144516--83144558	20	2.1	21	82	4	52	62	6	2	27	1.33
83144688--83144730	23	2.0	23	86	9	63	48	6	16	27	1.71
83144694--83144743	23	2.2	23	82	13	59	52	10	14	24	1.71
83145299--83145323	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83145563--83145639	24	3.2	24	86	1	109	3	2	24	68	1.19
83145920--83146000	3	27.0	3	91	5	128	32	1	1	65	1.08
83146251--83146284	15	2.3	15	89	0	50	32	8	0	58	1.29
83146384--83146410	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
83146548--83146580	13	2.6	13	90	4	50	24	3	0	72	0.98
83149250--83149489	132	1.8	132	88	1	365	35	20	18	25	1.95
83149791--83149853	3	20.7	3	90	3	99	63	1	1	33	1.13
83149775--83149852	24	3.2	24	89	5	95	64	5	2	28	1.28
83150197--83150311	43	2.7	43	83	5	169	27	19	29	23	1.98
83156722--83156792	24	3.0	24	91	0	115	45	7	19	28	1.76
83156840--83156973	64	2.1	64	91	0	214	47	5	9	37	1.59
83159910--83159980	36	1.9	37	82	2	90	42	26	1	29	1.64
83160068--83160106	18	2.2	18	95	0	69	51	15	0	33	1.44
83160840--83161070	41	5.7	40	83	6	286	21	23	20	34	1.97
83160840--83161070	81	2.8	81	93	1	374	21	23	20	34	1.97
83161611--83161662	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
83163863--83164039	89	2.0	90	88	4	268	25	19	22	33	1.97
83164184--83164619	133	3.3	132	70	11	393	28	23	18	29	1.97
83164056--83164487	134	3.2	135	71	12	438	29	21	17	31	1.96
83163994--83164619	267	2.3	268	92	0	1031	28	22	18	30	1.97
83176625--83176690	3	21.7	3	96	3	123	66	0	0	33	0.92
83177060--83177193	26	5.2	26	95	0	232	31	5	25	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83180368--83180425	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
83180554--83180595	9	4.7	9	82	8	50	76	7	2	14	1.10
83182173--83182205	13	2.8	12	86	13	50	9	0	9	81	0.87
83183845--83183951	27	4.0	27	86	0	151	23	33	3	39	1.73
83183847--83183952	54	2.0	54	90	3	169	22	33	4	38	1.75
83185689--83185718	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
83187343--83187400	31	1.9	30	82	3	71	63	5	6	24	1.40
83187453--83187580	26	4.8	27	75	6	100	55	1	9	33	1.41
83187659--83187740	25	3.3	23	75	20	69	60	3	6	29	1.37
83196585--83196619	17	2.1	17	100	0	70	34	37	11	17	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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