genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  118  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30157717--30157769	21	2.5	21	93	0	97	26	11	20	41	1.86
30169374--30169463	29	3.1	29	88	1	119	31	26	12	30	1.92
30169676--30169734	16	3.7	16	83	0	73	11	20	16	50	1.76
30194434--30194521	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
30194434--30194512	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
30194445--30194521	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
30197470--30197640	93	1.8	93	96	0	315	26	29	22	21	1.99
30197462--30197642	46	3.9	46	82	4	238	27	29	21	21	1.99
30203431--30203502	24	3.0	25	78	13	87	31	22	22	23	1.98
30204609--30204677	28	2.5	28	85	0	84	27	13	27	31	1.93
30211583--30211766	67	2.8	64	77	8	194	29	16	30	22	1.96
30217144--30217212	29	2.4	29	80	7	79	24	24	21	28	1.99
30217285--30217429	60	2.4	60	73	7	141	25	24	11	38	1.89
30221255--30221498	44	5.7	42	74	9	163	31	26	16	24	1.96
30221317--30221505	86	2.2	86	86	1	263	34	26	15	23	1.94
30223771--30223924	42	3.7	41	75	3	146	31	22	15	31	1.95
30229326--30229395	28	2.5	29	90	4	108	20	10	25	44	1.82
30230016--30230077	27	2.3	27	94	0	106	27	14	16	41	1.87
30230016--30230158	54	2.7	55	78	8	134	27	11	18	42	1.84
30230033--30230136	27	3.9	27	87	2	129	28	9	19	42	1.82
30230033--30230170	27	5.1	28	80	7	117	27	8	21	42	1.82
30230124--30230415	27	10.8	27	81	4	214	39	7	21	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30230205--30230415	27	7.8	27	86	0	215	39	9	22	28	1.84
30230151--30230415	54	4.9	54	86	1	309	40	7	21	29	1.82
30230152--30230415	81	3.3	81	87	2	305	40	7	21	29	1.82
30230412--30230510	27	3.7	26	78	10	83	31	9	18	41	1.81
30230404--30230510	54	2.0	54	83	3	135	31	9	19	39	1.84
30232783--30232880	42	2.3	42	85	3	135	31	21	14	32	1.93
30236383--30236412	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
30239525--30239567	22	2.0	22	85	0	59	23	11	9	55	1.64
30239903--30239965	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
30240445--30240475	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
30245024--30245061	20	1.9	19	89	5	58	42	7	15	34	1.76
30247421--30247450	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
30247696--30247759	28	2.3	27	94	2	110	34	28	7	29	1.85
30247865--30247954	27	3.2	28	87	7	130	21	23	23	32	1.98
30249035--30249068	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
30255540--30255600	28	2.2	28	93	0	104	32	27	8	31	1.86
30255706--30255795	28	3.2	28	87	7	130	21	24	22	32	1.98
30256242--30256282	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
30263469--30263633	46	3.5	44	72	17	120	27	20	29	22	1.98
30263651--30263824	49	3.6	48	71	12	133	31	19	26	22	1.98
30266480--30266571	43	2.2	41	80	9	105	25	16	26	32	1.96
30274626--30274728	43	2.4	43	83	3	129	22	19	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30274626--30274738	41	2.7	42	81	8	113	22	19	29	29	1.98
30277927--30277990	13	4.9	13	84	0	92	28	7	28	35	1.85
30277927--30277990	26	2.5	26	89	0	110	28	7	28	35	1.85
30282896--30282929	17	1.9	17	88	5	50	50	5	5	38	1.51
30285184--30285292	26	4.2	26	91	0	182	33	6	23	35	1.81
30292240--30292321	26	3.2	26	89	0	137	32	7	23	36	1.82
30298324--30298356	15	2.2	15	89	10	50	18	6	0	75	1.00
30305824--30305864	21	1.9	21	85	5	55	17	9	12	60	1.57
30310270--30310356	42	2.1	42	88	0	129	40	16	18	25	1.90
30311634--30311745	27	4.1	27	82	10	131	37	22	24	16	1.93
30311634--30311745	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
30314691--30314837	57	2.6	56	79	13	149	26	33	12	27	1.93
30314686--30314837	29	5.3	30	77	7	140	26	32	13	26	1.93
30315049--30315087	8	4.9	8	83	0	51	5	23	25	46	1.73
30315049--30315087	16	2.4	16	95	0	69	5	23	25	46	1.73
30317892--30318108	94	2.3	95	80	9	241	27	18	30	23	1.98
30319580--30319623	14	3.3	14	75	12	56	43	13	0	43	1.44
30319571--30319623	26	2.0	26	100	0	106	45	15	0	39	1.46
30326076--30326226	40	3.8	40	81	4	162	29	21	26	22	1.99
30326076--30326248	40	4.4	39	78	6	145	29	20	26	23	1.99
30334164--30334347	40	4.6	40	82	2	181	27	22	26	23	1.99
30339953--30340120	40	4.2	40	80	7	162	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30339969--30340120	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
30344240--30344311	34	2.2	33	87	7	101	27	23	23	25	2.00
30344240--30344330	34	2.7	34	81	8	89	26	21	23	28	1.99
30357753--30357837	27	3.1	27	63	24	70	29	25	3	41	1.72
30357753--30357857	54	1.9	54	96	0	192	31	25	2	40	1.70
30359460--30359492	16	2.0	17	88	5	50	39	18	21	21	1.93
30366676--30367479	44	18.1	44	76	4	583	32	16	20	30	1.95
30366678--30367477	89	9.0	89	77	5	675	32	16	21	30	1.95
30366678--30367477	133	6.0	132	78	5	631	32	16	21	30	1.95
30366678--30367477	177	4.5	178	81	5	740	32	16	21	30	1.95
30371366--30371573	40	5.2	39	81	3	193	25	25	23	25	2.00
30371366--30371572	80	2.6	80	81	3	229	25	26	23	25	2.00
30375189--30375245	29	1.9	30	82	10	73	22	17	3	56	1.56
30375316--30375383	35	2.0	34	82	8	84	35	5	1	57	1.32
30375314--30375419	33	3.1	34	78	14	96	30	6	1	61	1.32
30375556--30375609	18	3.5	15	79	16	56	37	9	0	53	1.33
30378199--30378240	22	1.9	22	95	0	75	14	33	19	33	1.91
30378299--30378358	29	2.1	29	100	0	120	26	25	6	41	1.80
30384499--30384545	20	2.3	20	96	0	85	14	31	31	21	1.94
30384514--30384717	102	2.0	103	88	0	302	23	27	20	28	1.99
30387750--30387788	20	2.0	20	89	0	60	46	20	0	33	1.51
30391756--30391947	40	4.8	40	80	6	185	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30392890--30393374	242	2.0	242	99	0	952	36	27	12	24	1.91
30399847--30400056	72	2.9	72	84	2	253	33	26	15	23	1.95
30409858--30409909	26	2.0	26	96	0	95	17	7	17	57	1.62
30411516--30411611	42	2.3	41	82	12	117	35	28	13	22	1.92
30411516--30411623	40	2.7	40	85	8	130	36	27	13	22	1.92
30422112--30422158	21	2.1	23	84	7	62	65	4	6	23	1.33
30433342--30433432	45	2.0	45	100	0	182	42	28	8	19	1.81
30441453--30441574	47	2.6	47	93	0	208	37	13	22	25	1.92
30441561--30441749	55	3.5	54	82	3	220	34	19	24	21	1.96
30445261--30445327	35	1.9	35	93	0	116	43	17	11	26	1.84
30459143--30459195	11	4.9	11	83	4	63	33	18	13	33	1.90
30459141--30459195	21	2.5	22	88	2	85	34	20	12	32	1.90
30466352--30466418	33	2.0	33	91	0	107	22	25	29	22	1.99
30472783--30472816	17	2.0	18	88	11	54	50	0	8	41	1.34
30475810--30475851	19	2.2	19	100	0	84	14	33	33	19	1.91
30476174--30476221	23	2.1	23	92	0	78	43	4	18	33	1.69
30478367--30478406	19	2.1	19	100	0	80	42	0	30	27	1.56
30484584--30484630	22	2.1	22	100	0	94	44	19	8	27	1.79
30487478--30487512	18	1.9	18	88	0	52	22	17	37	22	1.94
30493851--30493917	33	2.0	33	82	2	80	28	26	22	22	1.99
30495356--30495392	18	2.1	18	94	0	65	24	13	37	24	1.91
30501555--30501787	28	8.3	28	76	2	209	40	10	20	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30501567--30501787	84	2.6	84	87	4	286	41	10	20	27	1.85
30504994--30505054	24	2.6	24	78	2	70	42	16	9	31	1.81
30505447--30505504	26	2.2	26	78	6	64	36	5	3	55	1.39
30512762--30512790	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
30518770--30518873	54	1.9	54	100	0	208	46	13	5	34	1.67
30519244--30519280	16	2.3	16	95	0	65	45	16	5	32	1.70
30530251--30530295	2	22.5	2	95	0	81	46	0	0	53	1.00
30532420--30532472	9	5.6	9	84	8	52	64	0	3	32	1.12
30532431--30532488	9	6.3	9	78	11	55	60	0	1	37	1.07
30532680--30532743	29	2.2	29	83	8	76	32	4	3	59	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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