genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  216  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60444959--60445033	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
60445017--60445090	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
60448180--60448248	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
60451919--60451987	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
60455656--60455724	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
60459888--60460151	46	5.7	46	77	7	225	27	20	28	24	1.99
60466930--60467057	47	2.7	46	83	4	139	32	28	15	22	1.95
60472586--60472767	40	4.6	40	86	2	233	29	25	19	24	1.99
60484969--60485127	43	3.7	43	82	7	198	22	19	27	30	1.98
60495939--60496087	39	3.8	39	90	0	217	23	21	26	28	1.99
60495939--60496135	78	2.5	78	81	4	184	24	20	25	28	1.99
60503738--60503890	39	3.9	39	91	0	225	23	19	28	28	1.98
60503738--60503934	39	5.1	39	84	1	198	23	19	28	28	1.98
60503762--60503910	78	1.9	78	87	1	219	24	18	28	28	1.98
60509357--60509430	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
60509414--60509488	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
60509357--60509488	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
60516555--60516628	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
60516612--60516687	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
60521318--60521358	20	2.0	20	95	0	73	21	29	21	26	1.99
60529545--60529586	15	2.8	15	92	7	68	26	4	14	54	1.59
60550857--60551005	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60550898--60551005	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60553967--60554009	19	2.3	19	91	0	68	23	41	25	9	1.84
60574299--60574423	55	2.3	55	84	0	151	14	27	31	27	1.95
60581334--60581454	43	2.8	44	71	9	106	28	24	20	26	1.99
60582894--60583017	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
60582878--60583017	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
60583000--60583061	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
60582894--60583044	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
60582894--60583046	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
60590415--60590495	37	2.2	37	90	0	126	24	33	22	19	1.97
60590654--60590779	48	2.6	48	88	0	180	30	26	7	35	1.85
60595638--60595813	46	3.8	46	76	10	187	29	28	19	21	1.98
60595646--60595816	93	1.8	93	91	0	279	28	29	20	21	1.98
60598215--60598262	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
60601206--60601375	93	1.8	92	93	1	295	27	30	21	21	1.98
60601198--60601372	46	3.8	46	80	10	205	28	29	20	21	1.98
60601203--60601391	46	4.1	46	72	19	135	28	29	20	21	1.98
60601797--60601854	29	2.0	29	82	3	71	29	20	8	41	1.82
60604914--60604985	34	2.2	33	89	2	108	25	20	23	30	1.99
60608919--60608990	28	2.6	28	84	0	90	29	26	12	31	1.93
60614110--60614414	55	5.6	54	80	8	352	23	24	16	35	1.95
60614112--60614407	108	2.7	108	90	2	450	24	24	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60614393--60614514	47	2.6	47	89	2	183	25	25	13	36	1.92
60624327--60624517	47	4.1	47	90	2	289	32	12	29	26	1.92
60624327--60624517	93	2.1	92	90	3	294	32	12	29	26	1.92
60624476--60624622	50	3.0	50	93	3	244	37	8	24	29	1.84
60624772--60624880	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
60626136--60626442	40	7.8	40	92	3	516	25	22	27	24	2.00
60630599--60630788	47	4.1	47	88	3	271	32	12	28	26	1.92
60630599--60630788	93	2.1	91	91	4	301	32	12	28	26	1.92
60630599--60630880	50	6.0	47	86	5	281	34	10	26	27	1.90
60630611--60630843	47	5.0	43	83	11	198	34	11	27	27	1.91
60646289--60646479	39	4.8	40	78	7	185	24	24	28	23	2.00
60646289--60646472	79	2.3	81	82	8	218	24	24	27	23	2.00
60649448--60649489	22	2.0	22	85	4	59	11	38	26	23	1.90
60662278--60662432	43	3.6	43	77	1	141	22	15	28	33	1.95
60664374--60664512	45	3.2	44	83	6	142	30	28	17	22	1.97
60664399--60664512	45	2.6	45	87	1	167	30	28	19	21	1.98
60670453--60670623	47	3.7	46	79	9	177	28	20	29	22	1.98
60672192--60672362	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
60672184--60672364	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
60674735--60674823	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
60674735--60674814	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
60674746--60674823	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60677756--60677926	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
60677748--60677928	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
60682347--60682405	29	2.0	29	100	0	118	30	23	25	20	1.98
60685609--60685709	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
60690752--60690815	33	2.0	32	87	3	92	35	18	23	21	1.95
60695156--60695214	27	2.2	27	90	3	93	32	11	25	30	1.92
60697584--60697680	28	3.4	28	87	4	115	27	14	26	30	1.95
60699895--60699968	28	2.7	26	71	21	62	43	21	17	17	1.88
60706233--60706403	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
60706225--60706405	46	3.9	46	80	9	224	28	29	20	20	1.98
60711147--60711221	29	2.6	28	83	8	98	29	37	12	21	1.89
60711144--60711228	28	3.0	28	81	3	107	28	32	12	25	1.93
60711442--60711474	16	2.1	16	94	0	57	12	24	18	45	1.83
60717121--60717152	16	2.1	16	88	11	50	31	0	0	68	0.90
60717633--60717664	7	4.7	7	96	3	57	15	9	0	75	1.05
60718166--60718229	22	3.0	22	79	9	60	40	20	0	39	1.52
60727203--60727557	46	7.5	47	74	12	207	25	28	18	27	1.98
60727355--60727565	94	2.3	92	83	8	270	25	29	18	26	1.98
60736721--60736745	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
60736824--60736860	20	1.9	19	89	10	58	62	0	10	27	1.28
60742410--60742438	10	2.9	10	100	0	58	6	20	31	41	1.79
60742706--60742785	27	3.0	27	84	0	115	25	13	18	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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60744135--60744406	48	5.7	46	86	5	249	28	17	30	23	1.97
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60783128--60783327	27	7.4	27	88	0	274	35	18	21	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60788415--60788457	17	2.5	17	81	7	52	48	6	13	30	1.69
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60799860--60800040	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
60799862--60800032	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
60804296--60804333	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
60805960--60806041	26	3.0	28	92	7	150	46	25	10	17	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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