genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  102  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25095407--25095438	4	7.8	4	93	6	55	50	0	0	50	1.00
25099181--25099205	12	2.1	12	100	0	50	36	24	8	32	1.84
25102623--25102671	21	2.5	19	80	9	55	61	10	4	24	1.45
25105458--25105527	22	3.2	22	75	0	77	34	20	8	37	1.83
25120837--25121004	46	3.6	46	75	16	159	23	27	20	28	1.99
25126997--25127069	22	3.3	22	85	11	96	39	20	5	34	1.76
25138484--25138554	23	3.2	22	80	7	72	66	11	18	4	1.39
25140977--25141018	20	2.1	20	86	0	57	66	4	4	23	1.30
25148056--25148106	25	2.0	25	100	0	102	29	11	7	50	1.67
25150872--25150970	28	3.5	28	84	2	108	29	16	24	30	1.96
25150872--25150971	29	3.5	28	79	8	105	29	16	25	30	1.96
25156882--25157223	48	7.0	48	91	2	540	35	6	27	31	1.82
25156880--25157231	148	2.4	145	92	1	580	34	6	27	31	1.82
25157364--25157465	37	2.8	37	93	1	170	23	18	32	25	1.97
25158475--25158605	66	2.0	66	100	0	262	29	6	24	39	1.79
25158792--25158864	31	2.3	32	90	6	114	32	2	15	49	1.58
25160335--25160382	21	2.2	21	88	3	69	25	0	33	41	1.55
25160392--25160423	16	2.0	16	93	0	55	18	0	40	40	1.51
25160807--25160877	7	9.9	7	87	4	88	23	1	39	35	1.64
25161059--25161130	36	2.0	36	81	5	83	16	6	38	37	1.76
25161121--25161145	13	1.9	13	100	0	50	16	0	44	40	1.47
25161295--25161331	13	2.7	14	87	8	58	40	0	5	54	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25161388--25161427	19	2.1	19	90	0	62	75	2	2	20	1.04
25161794--25161832	21	1.9	20	84	5	51	2	48	25	23	1.63
25161858--25161896	20	2.0	20	94	0	69	17	10	12	58	1.61
25164741--25164779	5	8.0	5	82	5	53	25	0	0	74	0.82
25164843--25164884	10	3.4	13	78	21	54	33	0	0	66	0.92
25164461--25165257	105	7.8	105	90	7	1273	34	5	3	56	1.39
25164948--25164989	10	3.4	13	78	21	54	28	0	2	69	1.01
25164306--25165257	209	4.7	205	90	7	1414	34	5	3	56	1.39
25165164--25165188	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
25165480--25165533	9	6.0	9	75	0	54	48	14	1	35	1.55
25165480--25165566	18	4.9	18	69	13	65	49	13	1	35	1.50
25170614--25170642	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
25171334--25171408	31	2.3	32	86	4	98	13	6	20	60	1.55
25178102--25178146	18	2.5	20	75	17	53	46	0	4	48	1.22
25179784--25179967	42	4.4	42	82	3	172	32	24	20	22	1.98
25180005--25180139	72	1.9	72	92	3	227	30	23	19	26	1.98
25180093--25180254	43	3.7	43	90	4	236	27	23	20	29	1.99
25180093--25180254	87	1.9	87	89	2	254	27	23	20	29	1.99
25186192--25186231	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
25190157--25190190	11	3.2	11	87	8	52	44	29	0	26	1.55
25191333--25191363	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
25191396--25191437	22	1.9	22	90	0	66	40	33	7	19	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25191750--25191801	25	2.1	25	96	0	95	42	21	7	28	1.80
25192199--25192296	41	2.4	41	96	0	178	19	23	23	33	1.97
25192231--25192364	68	2.0	68	92	0	223	18	18	25	37	1.94
25192272--25192323	27	1.9	27	88	0	77	15	11	28	44	1.81
25192299--25192381	41	2.0	41	90	0	130	24	19	21	34	1.96
25192319--25192403	41	2.1	41	82	2	100	22	22	16	38	1.92
25200134--25200175	19	2.2	19	87	8	59	0	35	0	64	0.94
25200404--25200495	28	3.4	28	75	11	93	27	4	1	67	1.16
25200431--25200516	3	28.0	3	73	13	68	32	4	2	60	1.30
25200414--25200524	49	2.3	49	80	13	122	29	5	1	63	1.27
25208633--25208686	24	2.2	24	77	6	56	29	18	16	35	1.93
25213849--25213899	22	2.3	22	96	0	93	52	15	0	31	1.43
25221252--25221430	99	1.9	94	85	10	247	22	29	20	27	1.98
25221909--25221951	20	2.2	20	83	8	52	44	23	0	32	1.54
25224600--25224793	43	4.5	42	85	5	246	35	23	18	23	1.96
25225656--25225693	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
25228688--25228751	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
25228943--25229061	24	5.0	24	87	5	161	26	21	21	29	1.99
25228943--25229061	47	2.5	48	86	5	161	26	21	21	29	1.99
25229112--25229171	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
25229112--25229166	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
25229214--25229261	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25233679--25233777	53	1.9	49	84	8	126	42	4	7	46	1.50
25234477--25234531	28	2.2	24	78	15	58	45	9	7	38	1.64
25235530--25235629	27	3.7	28	84	6	116	39	20	11	30	1.87
25235530--25235636	54	2.0	54	83	3	135	37	20	11	30	1.88
25235625--25235834	27	7.8	27	87	3	271	28	24	8	39	1.84
25235733--25236009	27	10.2	27	76	9	98	36	19	8	35	1.83
25235571--25235954	81	4.8	80	75	5	193	32	22	9	35	1.86
25235828--25236060	54	4.3	54	71	10	170	40	18	10	30	1.84
25236068--25236131	27	2.4	27	86	5	94	34	15	25	25	1.95
25237377--25237433	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
25237375--25237445	20	3.5	20	96	0	133	35	11	19	33	1.88
25237386--25237444	11	5.7	11	73	15	63	35	11	20	32	1.89
25239124--25239281	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
25239124--25239311	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
25241330--25241377	23	2.1	23	100	0	96	20	12	25	41	1.87
25247220--25247377	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
25247220--25247407	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
25248874--25248976	23	4.4	24	91	4	149	28	19	22	30	1.98
25249184--25249247	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
25249957--25250860	467	1.9	470	95	2	1643	41	11	10	36	1.75
25265519--25265550	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
25266142--25266195	25	2.2	25	100	0	108	40	24	7	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25266354--25266402	14	2.9	18	71	22	52	40	24	4	30	1.74
25266607--25266897	41	7.1	38	77	16	180	17	21	23	36	1.95
25266716--25266812	47	2.0	49	88	7	146	17	21	28	31	1.96
25266678--25266852	88	2.0	86	86	6	246	18	22	25	33	1.96
25266763--25266928	41	4.0	41	82	6	162	18	20	21	39	1.92
25269782--25269932	74	2.0	74	93	2	259	43	14	13	28	1.84
25270218--25270257	21	2.0	20	85	14	55	27	20	35	17	1.95
25271362--25271578	46	4.7	45	77	11	190	22	29	20	28	1.98
25277757--25277831	31	2.3	32	86	4	98	61	21	5	12	1.50
25278523--25278551	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
25283556--25283622	9	7.7	9	75	9	59	35	0	16	47	1.47
25283938--25283962	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
25284142--25284182	14	3.3	13	81	18	52	68	2	0	29	1.03
25283938--25284629	103	6.7	105	89	8	1048	57	3	5	34	1.38
25284448--25284474	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
25284447--25284486	14	2.8	14	84	3	53	72	0	0	27	0.85
25287036--25287074	20	2.0	20	94	0	69	58	12	10	17	1.61
25287494--25287538	19	2.3	19	81	11	56	22	0	4	73	1.01
25287590--25287626	13	2.7	14	87	8	58	54	5	0	40	1.24
25287758--25287961	7	28.7	7	67	15	64	40	35	3	20	1.69
25287758--25287967	21	9.9	21	66	17	94	41	34	3	20	1.69
25287758--25287888	43	3.1	43	75	10	110	39	38	3	19	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25287859--25287913	23	2.4	23	78	3	67	43	29	3	23	1.71
25288059--25288144	7	12.3	7	77	3	66	43	36	1	19	1.59
25288059--25288144	21	4.1	21	77	3	84	43	36	1	19	1.59
25288060--25288119	14	4.3	14	85	4	77	43	33	1	21	1.63
25289206--25289269	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
25289462--25289627	24	7.0	24	87	4	230	26	21	22	29	1.99
25289461--25289627	47	3.5	48	88	4	232	26	20	22	29	1.99
25289462--25289627	71	2.3	71	90	3	253	26	21	22	29	1.99
25289686--25289742	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
25289682--25289744	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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