genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.335.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  335  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96714441--96714529	44	2.0	45	93	2	153	37	24	14	23	1.93
96724247--96724629	136	2.8	138	90	2	608	44	6	8	40	1.59
96726673--96726712	17	2.4	17	91	4	64	42	12	0	45	1.42
96730090--96730161	31	2.3	31	90	0	117	29	12	15	43	1.83
96731546--96731604	28	2.1	28	90	0	91	20	16	38	23	1.92
96731920--96732284	27	13.6	27	85	1	421	39	21	9	30	1.84
96731920--96732274	53	6.6	54	83	5	364	39	21	9	30	1.84
96731920--96732284	80	4.5	81	86	3	416	39	21	9	30	1.84
96731920--96732280	107	3.4	106	84	3	422	39	21	9	30	1.84
96732158--96732353	27	7.3	27	81	5	132	38	18	11	31	1.87
96732865--96732932	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
96740910--96741018	43	2.6	42	78	7	121	27	19	20	33	1.96
96742998--96743142	40	3.6	40	85	4	193	26	24	25	23	2.00
96746263--96746297	4	8.8	4	100	0	70	0	25	0	74	0.82
96759454--96759569	40	2.9	40	87	5	171	25	23	28	22	1.99
96762501--96762545	20	2.3	18	78	14	54	68	0	4	26	1.08
96766866--96766900	14	2.5	14	90	0	52	8	0	51	40	1.33
96771192--96771349	54	2.9	54	81	1	174	31	18	8	40	1.82
96771192--96771322	27	4.9	27	86	1	174	29	19	9	42	1.81
96771300--96771520	27	8.2	27	75	9	130	40	21	9	28	1.84
96771199--96771348	81	1.9	81	84	2	203	32	16	9	41	1.80
96771300--96771564	54	4.9	54	76	7	216	40	20	9	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96771179--96771363	81	2.3	81	76	1	201	34	18	8	37	1.82
96771531--96771582	27	1.9	27	92	0	86	40	11	11	36	1.78
96771636--96771696	27	2.3	27	82	5	79	36	19	24	19	1.95
96772894--96772968	31	2.4	31	93	0	132	29	26	14	29	1.95
96772992--96773083	42	2.2	42	88	0	139	34	20	14	30	1.92
96773228--96773377	26	5.8	26	86	0	212	28	21	22	28	1.99
96773218--96773377	52	3.1	52	90	1	261	27	21	21	29	1.99
96774179--96774257	27	2.9	27	81	9	97	22	21	21	34	1.97
96774296--96774513	27	8.0	27	80	2	184	32	10	18	38	1.84
96774306--96774554	27	9.1	27	78	6	171	32	8	19	38	1.83
96774505--96774716	27	7.9	27	85	2	228	40	8	23	27	1.83
96774508--96774716	81	2.6	81	83	0	265	40	8	22	27	1.83
96774722--96774810	27	3.3	27	84	4	110	31	10	17	40	1.83
96776315--96776402	42	2.1	42	91	0	140	30	13	19	36	1.90
96776430--96776508	31	2.5	31	93	0	131	29	18	24	27	1.98
96787227--96787356	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
96787227--96787390	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
96794869--96795049	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
96794871--96795041	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
96797995--96798073	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
96797986--96798072	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
96800425--96800605	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96800427--96800597	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
96806884--96806934	21	2.4	21	90	0	84	25	17	35	21	1.95
96811266--96811349	27	3.1	27	86	1	98	35	22	25	16	1.95
96812734--96812790	25	2.3	24	93	6	96	19	38	5	36	1.74
96812734--96812797	25	2.6	25	90	5	85	17	42	4	35	1.70
96819110--96819220	27	4.1	27	86	5	145	38	22	23	15	1.92
96819526--96819555	16	1.9	15	93	6	51	10	16	20	53	1.71
96820510--96820566	25	2.3	24	93	6	96	19	36	5	38	1.74
96820510--96820573	25	2.6	25	90	5	85	17	40	4	37	1.70
96822024--96822078	15	3.7	15	76	13	69	61	12	14	10	1.56
96825078--96825274	50	4.0	49	82	3	223	27	27	19	24	1.99
96825092--96825275	101	1.8	99	85	2	260	28	28	19	24	1.98
96827647--96827821	46	3.8	46	78	13	196	28	29	21	20	1.98
96827655--96827825	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	20	1.98
96831198--96831353	46	3.5	44	82	10	174	25	30	20	23	1.98
96831238--96831451	46	4.7	45	77	9	195	23	30	21	24	1.99
96831238--96831457	92	2.4	91	78	6	221	24	30	20	24	1.98
96833966--96834140	46	3.8	46	78	13	196	28	29	21	20	1.98
96833974--96834144	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	20	1.98
96835070--96835249	40	4.6	40	81	2	150	23	26	24	25	2.00
96835105--96835249	40	3.6	40	85	4	193	23	25	24	26	2.00
96843136--96843280	40	3.6	40	85	4	202	24	25	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96843989--96844018	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
96845953--96845977	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
96848064--96848235	47	3.7	47	76	13	183	22	20	28	28	1.99
96848073--96848281	93	2.2	93	91	1	330	22	18	29	30	1.97
96848120--96848289	46	3.7	47	75	13	172	22	18	28	31	1.97
96853032--96853140	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
96853287--96853425	52	2.8	48	84	8	181	30	25	7	35	1.83
96853395--96853588	47	4.1	47	88	0	271	27	28	11	32	1.91
96853348--96853559	94	2.2	95	85	5	279	26	28	12	32	1.92
96857422--96857456	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
96860524--96860638	29	4.0	29	85	6	146	26	15	29	27	1.96
96860537--96860647	57	1.9	58	88	1	170	26	16	30	27	1.96
96869828--96869982	43	3.6	42	83	9	190	22	18	29	30	1.97
96872383--96872541	46	3.4	47	79	10	148	31	20	27	20	1.97
96880410--96880527	41	2.8	43	80	7	143	26	17	24	31	1.97
96880541--96880731	56	3.4	56	90	2	278	26	13	25	34	1.93
96880540--96880758	56	3.9	56	88	3	228	25	14	25	34	1.94
96880540--96880758	112	2.0	112	81	7	266	25	14	25	34	1.94
96882063--96882095	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
96885772--96885820	25	2.0	25	87	0	71	26	14	22	36	1.92
96888094--96888123	15	2.1	15	93	6	53	13	6	10	70	1.34
96900496--96900684	24	8.0	24	90	4	278	26	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96900517--96900683	23	7.1	23	93	2	262	27	20	22	28	1.99
96900517--96900684	47	3.6	47	90	3	275	27	20	22	29	1.99
96900742--96900798	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
96900730--96900800	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
96900735--96900789	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
96902838--96902971	55	2.4	56	89	2	207	27	14	25	32	1.94
96902840--96902996	55	2.8	55	85	4	156	26	14	25	33	1.95
96904268--96904300	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
96906835--96906905	27	2.6	27	79	0	79	30	7	23	38	1.82
96908262--96908291	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
96908396--96908423	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
96911370--96911506	39	3.5	39	85	3	195	36	12	10	40	1.77
96911356--96911506	78	1.9	78	87	2	223	37	12	9	39	1.77
96911393--96911496	18	5.4	18	69	15	66	37	12	9	40	1.76
96917008--96917107	29	3.5	29	93	5	177	29	15	28	28	1.96
96917008--96917133	56	2.2	56	87	6	175	26	15	30	26	1.96
96924376--96924536	29	5.6	29	87	1	198	26	16	31	26	1.96
96931135--96931234	29	3.5	29	94	5	186	29	15	29	27	1.96
96936032--96936101	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
96943855--96943924	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
96947965--96948193	24	9.5	24	77	8	171	34	27	12	24	1.92
96947987--96948193	48	4.3	48	82	3	247	35	27	12	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96947988--96948193	96	2.1	96	97	0	385	35	26	12	25	1.91
96948622--96948653	16	2.0	16	93	0	55	56	15	0	28	1.40
96952068--96952106	14	2.8	14	96	0	69	35	2	23	38	1.68
96959498--96959559	18	3.3	18	72	12	61	38	11	4	45	1.61
96959433--96959559	39	3.3	39	85	0	182	37	11	8	41	1.73
96960646--96960697	16	3.2	17	67	10	54	50	3	1	44	1.31
96966293--96966374	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
96970979--96971083	37	2.8	36	85	7	120	21	30	24	22	1.99
96979024--96979127	36	2.8	36	86	7	129	22	28	25	24	1.99
96982469--96982651	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444