Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  347  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100562297--100562339
22
2.0
22
95
0
77
41
4
0
53
1.21
100562958--100563094
41
3.3
41
86
2
177
22
21
22
32
1.98
100566971--100567080
51
2.2
51
88
0
157
39
25
7
28
1.82
100567210--100567294
33
2.6
33
71
0
89
28
38
4
28
1.77
100568610--100568688
38
2.1
38
95
0
140
39
15
10
35
1.81
100575217--100575253
16
2.3
16
86
13
58
40
0
0
59
0.97
100575491--100575543
26
2.0
26
100
0
106
35
18
15
30
1.92
100581834--100581892
19
2.9
20
82
10
75
50
1
6
40
1.39
100581933--100582685
372
2.0
372
94
0
1317
34
17
16
31
1.92
100585258--100585404
67
2.3
64
79
11
156
30
17
29
21
1.96
100592471--100592591
40
3.0
40
73
6
109
24
16
25
33
1.96
100594301--100594523
89
2.5
86
80
9
241
34
17
19
29
1.94
100594301--100594829
44
11.5
44
68
12
249
33
16
18
31
1.93
100594337--100594638
89
3.2
96
81
7
314
34
17
18
29
1.94
100594337--100594694
95
3.8
96
80
6
367
34
17
18
29
1.94
100594528--100594846
139
2.3
138
80
6
358
33
15
19
31
1.93
100596323--100596498
46
3.8
46
80
12
225
21
21
28
28
1.98
100596320--100596490
93
1.8
93
96
0
315
21
21
29
28
1.98
100600975--100601147
46
3.7
46
80
10
217
21
21
27
29
1.99
100600972--100601142
93
1.8
93
94
0
306
21
21
28
28
1.99
100602510--100602548
19
2.1
19
95
4
71
56
17
5
20
1.60
100607323--100607440
43
2.7
43
83
5
132
50
21
16
11
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100614195--100614231
6
6.5
6
90
6
51
81
2
0
16
0.81
100614715--100614769
2
27.5
2
100
0
110
50
0
0
49
1.00
100615059--100615099
21
2.0
21
85
0
55
53
2
0
43
1.13
100620308--100620339
16
2.0
16
93
0
55
28
0
0
71
0.86
100620322--100620382
30
2.0
31
87
3
88
26
1
11
60
1.40
100623319--100623355
12
3.1
12
88
11
58
13
10
18
56
1.66
100632305--100632364
26
2.3
26
88
0
93
16
18
31
33
1.93
100636906--100636959
21
2.6
21
85
5
74
7
9
0
83
0.82
100636915--100636952
14
2.6
15
87
8
60
2
10
0
86
0.66
100636991--100637038
18
2.7
17
75
9
51
27
4
2
66
1.21
100637054--100637111
20
2.7
22
84
7
66
41
0
1
56
1.09
100637382--100637423
18
2.3
18
84
15
52
61
0
0
38
0.96
100637382--100637417
17
2.2
17
90
5
56
63
0
0
36
0.94
100637601--100637663
26
2.4
27
83
2
74
50
3
1
44
1.27
100637760--100637832
22
3.4
21
78
12
69
36
1
2
58
1.21
100640953--100641075
30
4.1
30
89
0
165
25
20
26
27
1.99
100644510--100644551
14
3.3
13
78
15
52
38
0
2
59
1.10
100644538--100644604
31
2.0
33
86
11
93
41
1
0
56
1.08
100644583--100644689
29
3.8
28
68
18
69
42
0
3
53
1.25
100644610--100644642
10
3.4
10
87
4
50
45
0
9
45
1.35
100644636--100644682
9
5.0
9
87
7
58
36
0
2
61
1.08
100644969--100645029
23
2.7
23
68
14
54
50
11
1
36
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100645255--100645294
9
4.6
9
84
6
55
77
0
2
20
0.88
100645334--100645404
37
1.9
36
85
2
97
49
5
1
43
1.35
100645497--100645548
18
2.9
18
77
5
52
65
1
3
28
1.21
100645591--100645633
9
4.8
9
82
8
52
76
0
6
16
0.99
100645513--100645623
17
5.9
18
67
21
59
68
1
8
21
1.25
100645553--100645635
39
2.2
39
82
10
91
72
1
9
16
1.17
100648776--100648845
30
2.3
29
75
20
72
47
11
1
40
1.49
100651645--100651766
35
3.5
35
88
0
190
29
13
23
33
1.93
100659252--100659373
35
3.5
35
81
2
147
25
12
25
36
1.91
100669434--100669515
18
4.6
18
79
0
83
34
14
13
37
1.85
100669422--100669515
36
2.6
35
74
3
98
36
14
12
36
1.85
100671206--100671258
26
2.0
26
82
7
63
26
15
20
37
1.92
100671267--100671319
28
1.9
27
85
11
72
26
9
9
54
1.63
100672745--100672854
26
4.2
26
95
0
175
36
23
5
34
1.78
100674055--100674122
28
2.3
30
87
12
97
52
5
1
39
1.34
100674807--100674843
17
2.2
17
100
0
74
48
10
24
16
1.77
100675893--100675932
18
2.3
18
86
4
55
62
0
2
35
1.09
100676105--100676162
28
2.1
28
84
6
75
60
1
5
32
1.29
100677730--100677777
20
2.3
20
79
10
53
12
0
6
81
0.87
100689653--100689693
12
3.6
12
74
12
50
29
4
19
46
1.71
100689653--100689738
22
3.8
23
81
4
86
32
5
18
43
1.74
100693469--100693519
3
18.0
3
77
18
56
35
0
1
62
1.06
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100695256--100695283
13
2.2
13
100
0
56
21
32
14
32
1.93
100696725--100696752
13
2.2
13
100
0
56
21
32
14
32
1.93
100698194--100698221
13
2.2
13
100
0
56
21
32
14
32
1.93
100699656--100699682
13
2.1
13
100
0
54
22
29
14
33
1.94
100703162--100703247
23
3.8
22
73
10
75
32
10
18
38
1.85
100713986--100714041
28
1.9
29
85
7
78
51
1
1
44
1.22
100713980--100714043
28
2.4
25
76
19
65
53
1
1
43
1.19
100714271--100714322
18
2.9
17
80
8
50
53
0
3
42
1.19
100714265--100714323
26
2.2
26
85
8
75
55
0
3
40
1.16
100716499--100716639
70
2.0
70
100
0
282
26
11
29
32
1.91
100716747--100716777
6
5.0
6
96
4
53
0
16
19
64
1.29
100725523--100725555
4
8.2
4
93
0
57
24
0
27
48
1.51
100735177--100735217
19
2.2
19
86
0
55
68
2
0
29
1.03
100735640--100735664
13
1.9
13
100
0
50
84
0
16
0
0.63
100742684--100742815
61
2.2
60
83
2
165
37
16
6
39
1.74
100744250--100744522
91
3.0
92
87
1
386
19
23
14
42
1.88
100744250--100744512
137
1.9
137
88
1
402
19
23
15
42
1.89
100744450--100744521
21
3.2
21
66
27
58
25
23
11
40
1.87
100744250--100744522
46
6.0
46
90
1
370
19
23
14
42
1.88
100746574--100746621
11
4.2
11
79
10
51
62
2
0
35
1.07
100749343--100749560
48
4.6
48
86
5
252
25
31
16
26
1.97
100749343--100749699
48
7.6
46
78
9
173
24
28
18
28
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100758642--100758685
22
2.0
22
81
0
52
29
20
11
38
1.87
100760621--100760702
42
2.0
42
90
0
128
34
6
9
50
1.60
100762791--100762828
18
2.1
18
85
9
51
31
5
7
55
1.51
100763335--100763373
20
1.9
20
84
5
51
43
0
2
53
1.14
100764234--100764493
46
5.6
46
71
18
189
28
28
19
22
1.98
100764234--100764497
93
2.8
93
94
0
438
28
29
19
22
1.98
100764279--100764447
47
3.6
47
75
10
193
28
28
19
23
1.98
100766404--100766490
29
3.0
29
79
12
90
57
16
16
10
1.65
100766404--100766481
15
5.3
15
80
10
90
58
14
16
10
1.62
100769499--100769667
47
3.6
47
77
10
202
27
30
19
22
1.98
100769452--100769717
93
2.9
93
94
0
442
27
30
19
22
1.98
100769445--100769707
46
5.7
46
74
18
240
28
30
19
21
1.97
100769495--100769732
46
5.1
48
69
21
170
28
28
18
23
1.98
100770680--100770710
14
2.2
14
94
0
53
12
0
6
80
0.89
100771373--100771445
20
3.6
19
71
10
56
17
28
31
21
1.97
100771373--100771462
40
2.2
41
92
2
155
18
31
30
20
1.96
100773399--100773501
51
2.0
51
94
0
179
55
10
6
27
1.59
100773689--100773720
5
6.6
5
92
7
57
81
0
0
18
0.70
100773690--100773720
9
3.3
9
95
4
53
80
0
0
19
0.71
100775934--100775963
9
3.2
9
95
4
51
80
0
0
20
0.72
100782207--100782266
24
2.5
24
86
8
77
35
3
15
46
1.62
100783459--100783491
15
2.2
15
89
10
50
42
9
3
45
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100785706--100785756
26
1.9
27
84
11
70
64
3
7
23
1.37
100785731--100785804
3
24.0
3
72
10
51
64
2
6
25
1.31
100785732--100785804
16
4.5
16
74
17
62
65
2
6
24
1.30
100790741--100790804
31
2.1
31
100
0
128
21
18
28
31
1.97
100793757--100793811
28
2.2
26
84
15
71
54
7
5
32
1.51
100794556--100794582
13
2.1
13
100
0
54
70
7
14
7
1.32
100797648--100797755
26
4.2
26
93
0
189
32
7
24
36
1.83
100799346--100799486
27
5.2
27
82
11
182
18
24
23
34
1.96
100799343--100799486
54
2.7
54
94
2
245
18
24
23
34
1.96
100799346--100799504
81
2.0
80
84
8
207
19
24
22
33
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444