genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.379.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  379  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110120033--110120141	3	36.3	3	80	12	109	60	3	0	35	1.14
110127636--110127745	26	4.2	26	94	4	177	34	5	23	36	1.78
110129229--110129281	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
110129293--110129332	22	1.9	20	90	10	62	17	10	20	52	1.72
110133405--110133514	26	4.2	26	96	0	175	34	5	23	36	1.78
110138434--110138471	16	2.4	16	90	0	58	73	2	7	15	1.17
110139374--110139414	18	2.3	18	87	8	57	65	2	2	29	1.18
110146701--110146745	19	2.6	17	83	13	56	44	6	0	48	1.29
110150137--110150171	15	2.3	15	95	0	61	31	40	22	5	1.78
110151036--110151082	18	2.6	18	90	6	69	42	0	0	57	0.98
110151040--110151082	6	7.2	6	83	0	59	41	0	0	58	0.98
110155333--110155382	23	2.2	23	89	7	75	66	4	2	28	1.21
110165036--110165094	3	19.7	3	96	0	109	66	0	1	32	1.02
110167709--110167741	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
110168186--110168210	11	2.3	11	100	0	50	64	16	12	8	1.49
110175858--110175902	18	2.4	18	82	17	65	64	4	2	28	1.25
110175968--110175994	13	2.1	13	100	0	54	62	0	7	29	1.22
110175977--110176042	20	3.3	20	79	10	64	65	1	3	30	1.17
110176004--110176042	21	1.9	21	85	15	55	66	2	2	28	1.18
110175993--110176042	19	2.6	19	82	17	59	66	2	2	30	1.14
110175993--110176070	38	2.0	40	80	12	90	61	1	3	33	1.22
110177020--110177112	39	2.4	39	92	0	150	11	23	36	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110178482--110178649	40	4.2	40	77	3	151	23	25	23	27	2.00
110181115--110181591	119	4.0	119	89	1	686	30	18	17	34	1.93
110193543--110193587	18	2.4	18	82	17	65	64	4	2	28	1.25
110193662--110193742	40	2.1	37	82	11	92	60	1	4	33	1.26
110193652--110193746	19	5.2	19	70	21	62	58	1	5	34	1.27
110194704--110194796	39	2.4	39	92	0	150	11	21	36	30	1.89
110195386--110195430	19	2.3	20	92	7	83	26	11	13	48	1.75
110196811--110196852	16	2.6	16	92	7	68	71	0	0	28	0.86
110196812--110196857	20	2.3	20	81	7	58	71	0	0	28	0.86
110197384--110197463	39	2.0	40	87	2	117	35	18	11	35	1.87
110199063--110199110	24	2.0	24	95	0	87	31	6	16	45	1.72
110203993--110204042	18	2.8	17	81	6	64	4	30	0	66	1.10
110205276--110205391	28	4.2	28	83	2	146	17	23	21	37	1.93
110208645--110208676	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
110210241--110210370	45	3.0	45	86	5	178	25	29	21	23	1.99
110214502--110214719	47	4.7	46	73	13	162	25	29	18	26	1.98
110215044--110215101	30	1.9	30	92	0	98	25	25	15	32	1.95
110215420--110215445	12	2.2	12	100	0	52	57	15	11	15	1.65
110223085--110223197	44	2.5	45	82	7	140	21	29	23	26	1.99
110223033--110223301	47	5.7	46	73	12	192	21	28	21	27	1.99
110224004--110224029	12	2.2	12	100	0	52	57	15	11	15	1.65
110230041--110230326	136	2.1	137	94	0	502	32	25	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110232108--110232217	26	4.2	26	92	0	193	37	24	4	33	1.76
110232213--110232237	10	2.5	10	100	0	50	32	12	8	48	1.69
110236094--110236265	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
110236087--110236262	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
110238845--110238925	33	2.5	33	85	0	99	45	19	18	16	1.85
110241937--110242071	26	5.2	26	92	0	200	36	5	22	36	1.76
110243684--110243825	27	5.3	27	89	2	187	16	23	23	36	1.94
110243684--110243825	54	2.6	54	90	4	207	16	23	23	36	1.94
110247729--110247778	24	2.2	21	73	26	57	36	6	22	36	1.79
110247718--110247850	25	5.2	26	92	4	209	34	5	23	36	1.77
110249466--110249607	27	5.3	27	89	2	187	16	23	23	36	1.94
110249466--110249607	54	2.6	54	90	4	207	16	23	23	36	1.94
110253395--110253419	5	5.0	5	100	0	50	40	0	60	0	0.97
110255757--110255823	33	2.0	33	94	0	116	25	26	11	35	1.91
110255978--110256017	18	2.2	18	100	0	80	15	30	5	50	1.65
110260846--110260892	11	4.4	11	81	2	51	19	6	10	63	1.47
110261289--110261326	17	2.3	17	90	4	60	39	0	0	60	0.97
110264515--110264705	43	4.4	43	78	9	174	27	16	26	29	1.97
110274513--110274547	18	2.0	17	88	5	52	48	2	0	48	1.16
110275334--110275385	24	2.2	24	82	0	59	13	32	9	44	1.76
110285969--110286007	21	1.9	21	89	5	62	46	0	5	48	1.24
110286211--110286251	20	2.1	20	86	4	57	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110287506--110287564	18	3.3	18	78	0	64	33	15	16	33	1.91
110287577--110287645	18	3.8	18	90	0	93	36	10	10	43	1.72
110292858--110292965	26	4.2	26	86	9	141	36	6	23	34	1.80
110292866--110292965	50	2.0	52	86	7	143	34	7	24	35	1.82
110294407--110294481	26	2.8	26	81	4	78	34	21	12	32	1.90
110294585--110294751	27	6.2	27	89	2	228	18	23	22	34	1.96
110294813--110294852	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
110302005--110302200	46	4.3	46	76	1	180	20	22	15	41	1.89
110302207--110302347	33	4.3	33	71	13	101	21	26	21	30	1.98
110308598--110308917	108	3.0	108	91	0	505	34	15	20	29	1.94
110310198--110310238	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
110310200--110310247	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
110312900--110313075	46	3.8	46	80	4	201	22	19	29	28	1.98
110312896--110313067	93	1.8	93	92	0	290	22	20	30	27	1.98
110317128--110317161	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
110319804--110319831	14	2.0	14	100	0	56	14	28	0	57	1.38
110322186--110322217	13	2.5	13	94	0	55	46	0	18	34	1.49
110323127--110323400	46	6.0	46	92	0	386	21	24	14	39	1.91
110325478--110325507	11	2.7	11	89	0	51	76	0	0	23	0.78
110337967--110338015	22	2.2	21	80	16	55	6	30	0	63	1.19
110341655--110341718	32	2.0	32	100	0	128	37	9	9	43	1.69
110348230--110348265	17	2.1	18	89	5	56	44	0	2	52	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110351343--110351371	6	4.8	6	100	0	58	17	13	0	68	1.20
110351593--110351622	15	1.9	16	93	6	53	53	0	6	40	1.27
110353349--110353438	45	2.0	45	100	0	180	20	26	22	31	1.98
110356358--110356533	46	3.8	46	78	12	198	19	20	30	29	1.97
110356355--110356526	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	28	1.98
110358071--110358170	39	2.6	39	88	3	148	41	22	23	14	1.89
110365621--110365688	19	3.5	20	70	20	63	44	19	19	17	1.88
110365625--110365713	39	2.3	39	92	0	142	41	21	22	14	1.89
110365631--110365695	21	3.2	21	65	20	57	43	20	23	13	1.87
110372575--110372602	13	2.2	13	100	0	56	60	0	0	39	0.97
110373262--110373304	9	4.6	9	77	11	50	32	0	0	67	0.91
110376218--110376264	17	2.8	17	78	18	53	29	0	0	70	0.88
110376311--110376369	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
110376340--110376398	26	2.4	24	83	10	75	28	0	3	67	1.06
110376947--110376981	6	5.8	6	100	0	70	0	48	17	34	1.47
110381256--110381307	18	2.8	18	80	16	54	57	0	1	40	1.10
110384210--110384246	12	2.8	14	80	16	51	48	2	13	35	1.57
110392524--110392627	14	7.3	15	72	12	76	16	0	38	44	1.54
110392525--110392569	13	3.3	13	84	6	54	17	2	28	51	1.58
110392574--110392628	29	1.9	28	92	3	92	14	0	45	40	1.45
110392580--110392671	29	3.2	29	78	6	80	20	1	35	42	1.60
110392767--110392823	21	2.7	21	88	0	87	26	0	33	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110392787--110392859	28	2.6	27	83	14	94	27	0	32	39	1.57
110394398--110394439	9	4.8	9	88	5	68	26	0	11	61	1.30
110394397--110394430	17	2.0	17	100	0	68	29	0	11	58	1.33
110394398--110394449	26	2.0	25	92	0	68	30	0	9	59	1.29
110404549--110404593	17	2.5	18	82	10	56	66	0	0	33	0.92
110404703--110404729	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
110406827--110406864	18	2.1	19	90	5	60	68	2	18	10	1.30
110406878--110406945	27	2.5	27	87	0	109	16	30	36	16	1.90
110407141--110407186	16	3.1	16	73	20	55	19	0	15	65	1.28
110407163--110407304	42	3.5	42	78	13	170	31	4	13	50	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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