genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  171  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47222406--47222554	40	3.8	38	78	7	122	22	26	23	27	2.00
47222403--47222552	80	1.9	80	82	8	189	22	26	24	26	2.00
47236552--47236592	22	1.9	21	85	5	55	21	26	39	12	1.89
47241779--47241832	24	2.2	24	81	18	60	68	1	18	11	1.28
47248086--47248246	46	3.5	46	77	6	146	29	19	28	22	1.98
47257135--47257174	19	2.1	19	95	0	71	47	2	20	30	1.63
47271876--47271924	26	2.0	24	84	8	62	57	2	6	34	1.35
47273824--47274063	131	1.8	132	79	6	281	27	22	17	32	1.97
47274064--47274514	44	10.2	44	67	8	117	24	23	21	29	1.99
47273996--47274759	177	4.3	177	89	1	1118	26	22	20	30	1.98
47274598--47274688	44	2.1	44	83	4	94	29	23	18	28	1.98
47275166--47275190	11	2.3	11	100	0	50	32	32	0	36	1.58
47276395--47276443	26	2.0	24	84	8	62	57	2	6	34	1.35
47277658--47277689	14	2.1	16	88	11	50	75	9	3	12	1.16
47284618--47284662	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
47289886--47290090	43	4.7	42	70	14	155	25	23	21	28	1.99
47289744--47290367	133	4.7	132	90	1	852	26	22	20	29	1.99
47304727--47304766	11	3.5	11	86	3	53	85	2	0	12	0.71
47305329--47305486	3	52.7	3	67	18	71	30	6	2	60	1.37
47305331--47305376	23	2.0	23	83	8	58	28	6	0	65	1.17
47305494--47305525	17	1.9	16	93	6	55	34	0	12	53	1.39
47305727--47305845	20	5.2	23	73	20	90	34	3	2	59	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47305724--47305845	21	5.5	22	78	16	96	34	3	2	59	1.27
47305723--47305841	44	2.8	42	80	13	134	34	3	2	59	1.27
47305847--47305881	16	2.1	17	89	5	54	25	0	22	51	1.48
47306027--47306092	33	2.0	34	87	3	98	37	6	4	51	1.47
47306183--47306249	34	1.9	36	82	11	86	32	14	1	50	1.52
47310641--47310691	23	2.3	22	80	6	57	31	5	0	62	1.19
47312800--47312839	19	2.1	19	100	0	80	20	5	27	47	1.70
47312953--47312999	20	2.3	20	88	0	67	10	27	19	42	1.84
47312966--47313011	20	2.3	20	84	0	56	15	32	15	36	1.88
47320426--47320477	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
47323253--47323388	46	3.0	46	90	2	193	41	14	22	22	1.90
47324312--47324414	51	2.0	52	96	1	190	32	19	8	39	1.82
47324814--47324871	30	1.9	30	89	0	89	41	1	6	50	1.39
47325265--47325315	25	2.0	25	81	7	59	9	5	29	54	1.56
47326053--47326096	17	2.5	18	96	3	81	47	0	2	50	1.13
47326370--47326411	21	2.0	22	86	13	61	47	0	4	47	1.23
47326949--47327002	20	2.6	20	80	13	56	46	3	1	48	1.30
47327131--47327174	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
47328238--47328264	12	2.2	12	100	0	54	51	0	14	33	1.43
47332348--47332417	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
47332348--47332429	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
47340364--47340433	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47340364--47340445	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
47345831--47345875	19	2.3	20	85	7	58	57	6	4	31	1.44
47348213--47348389	40	4.4	40	84	4	207	23	22	27	26	1.99
47348213--47348389	80	2.2	80	87	5	243	23	22	27	26	1.99
47348617--47348658	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
47352477--47352686	40	5.3	40	87	2	248	25	26	23	24	2.00
47354668--47354923	40	6.5	40	91	2	358	25	28	23	23	1.99
47354668--47354923	79	3.2	79	89	4	374	25	28	23	23	1.99
47361181--47361433	40	6.4	40	92	2	359	24	28	23	23	2.00
47369379--47369556	40	4.5	40	92	2	279	25	28	23	23	2.00
47376893--47377152	47	5.6	47	79	6	217	28	18	28	23	1.98
47376891--47377107	47	4.7	45	81	7	224	27	18	29	24	1.98
47376891--47377160	93	2.9	93	78	8	264	28	18	28	23	1.98
47377898--47378032	55	2.5	55	87	6	186	19	19	31	29	1.96
47378042--47378089	20	2.4	20	100	0	96	16	31	35	16	1.92
47383090--47383136	21	2.2	21	96	0	85	72	4	19	4	1.18
47383852--47383884	14	2.4	14	94	0	57	45	0	9	45	1.35
47384027--47384074	23	2.1	23	88	0	69	25	6	4	64	1.35
47384258--47384406	12	11.8	12	68	17	52	28	10	0	59	1.36
47384293--47384374	45	1.9	44	85	9	116	29	12	0	58	1.34
47384398--47384464	18	3.6	18	72	7	53	34	16	1	47	1.56
47384434--47384479	24	1.9	24	86	0	65	30	13	2	54	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47385711--47385742	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
47394877--47394914	17	2.2	18	85	4	51	28	7	7	55	1.57
47394914--47395267	117	3.0	117	94	0	620	29	12	23	35	1.91
47395508--47395646	48	2.9	48	88	2	199	25	25	21	26	2.00
47398223--47398769	48	11.0	48	84	9	729	35	6	27	31	1.81
47398310--47398347	15	2.4	16	86	13	60	34	0	23	42	1.55
47398317--47398348	15	2.1	15	100	0	64	31	0	28	40	1.57
47398269--47398396	63	2.0	63	100	0	256	32	4	28	33	1.78
47398223--47398769	144	3.7	144	90	6	808	35	6	27	31	1.81
47398916--47399024	37	2.9	37	93	0	182	22	19	30	27	1.98
47403106--47403135	12	2.5	12	100	0	60	6	46	20	26	1.75
47404018--47404065	14	3.4	14	82	0	51	41	8	31	18	1.80
47411366--47411442	39	2.0	39	92	0	127	31	10	14	44	1.79
47413847--47413917	27	2.6	27	86	2	88	73	4	19	2	1.13
47413838--47413899	20	3.2	19	71	15	54	77	1	16	4	1.02
47423020--47423091	21	3.4	20	74	12	56	16	33	26	23	1.96
47423628--47423693	34	2.0	34	93	3	116	28	21	24	25	1.99
47434226--47434450	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
47434445--47434574	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
47434407--47434574	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
47443084--47443117	15	2.3	15	100	0	68	38	17	17	26	1.92
47454268--47454392	41	3.0	43	79	9	148	25	17	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47454562--47454599	18	2.1	19	90	5	60	50	0	15	34	1.45
47455139--47455176	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
47456320--47456419	51	2.0	51	100	0	200	28	9	22	41	1.83
47458159--47458567	48	8.7	48	78	8	385	28	18	29	24	1.98
47458159--47458565	143	2.9	144	81	6	424	28	18	28	24	1.98
47479550--47479873	48	6.8	48	76	8	266	29	19	27	23	1.98
47479550--47479871	96	3.4	96	76	9	318	29	19	27	22	1.98
47479545--47479820	144	1.9	144	83	5	362	29	19	27	23	1.98
47479545--47479870	144	2.3	144	81	6	349	29	20	27	23	1.99
47482718--47482765	20	2.5	19	79	3	60	77	2	18	2	0.97
47483922--47483986	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
47490591--47490651	24	2.5	24	84	5	79	75	1	18	4	1.06
47490611--47490655	20	2.4	18	82	10	54	77	2	17	2	0.97
47491816--47491878	29	2.2	29	94	0	108	31	15	28	23	1.96
47495818--47495943	63	2.0	63	90	0	198	25	18	15	41	1.89
47498536--47498598	29	2.1	30	85	2	83	31	14	19	34	1.91
47503862--47503907	22	2.1	22	100	0	92	45	4	23	26	1.71
47505797--47505883	29	3.0	28	76	6	93	43	19	11	25	1.84
47506364--47506486	50	2.4	50	84	2	174	31	15	13	39	1.87
47506364--47506493	52	2.6	49	80	7	161	30	14	13	40	1.85
47510298--47510331	9	3.9	9	88	3	52	76	2	20	0	0.92
47512884--47512926	16	2.7	16	77	0	50	51	16	20	11	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47513138--47513255	29	4.1	29	80	4	116	28	12	30	27	1.93
47517622--47517727	29	3.7	27	76	19	83	29	15	29	26	1.96
47517927--47517956	14	2.1	14	100	0	60	13	23	13	50	1.77
47525057--47525139	27	3.1	27	82	3	96	31	20	20	27	1.97
47525121--47525298	27	6.6	27	84	2	178	38	23	9	28	1.86
47525102--47525216	54	2.1	54	83	3	142	38	22	11	27	1.88
47525294--47525649	27	13.2	27	86	1	462	30	21	6	41	1.79
47525294--47525649	81	4.4	81	90	1	525	30	21	6	41	1.79
47526053--47526078	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
47526133--47526207	6	12.3	6	72	13	64	17	14	14	53	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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