genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17526230--17526518	41	7.1	40	84	3	140	33	20	23	23	1.97
17526285--17526518	41	5.7	41	89	0	335	30	21	24	23	1.99
17526763--17526813	15	3.5	15	75	2	50	23	1	27	47	1.63
17527900--17527935	4	9.2	4	93	6	65	75	0	0	25	0.81
17527962--17527996	18	1.9	18	94	0	61	68	5	17	8	1.35
17527969--17528023	27	1.9	30	82	10	71	70	5	20	3	1.22
17529548--17529634	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
17535893--17535927	18	1.9	18	94	0	61	68	5	17	8	1.35
17535900--17535954	27	1.9	30	82	10	71	70	5	20	3	1.22
17537478--17537564	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
17544116--17544385	43	6.3	43	85	3	267	26	18	27	26	1.98
17544116--17544385	87	3.1	87	82	6	293	26	18	27	26	1.98
17544116--17544385	130	2.1	128	81	4	310	26	18	27	26	1.98
17546596--17546664	24	2.9	24	86	0	93	26	23	21	28	1.99
17546996--17547079	26	3.2	26	94	0	141	34	4	23	36	1.76
17551013--17551120	53	2.0	53	100	0	216	33	12	16	37	1.87
17552056--17552176	46	2.6	46	84	0	161	19	20	25	34	1.96
17552132--17552246	40	2.8	40	81	7	117	18	22	26	32	1.97
17560217--17560369	29	5.2	28	72	17	82	55	5	0	37	1.29
17560193--17560369	10	18.1	9	72	13	95	57	6	0	35	1.28
17561116--17561235	50	2.4	47	79	12	125	37	1	4	56	1.28
17561184--17561226	19	2.2	20	84	15	56	39	2	0	58	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17561202--17561252	26	1.9	27	92	4	86	37	0	1	60	1.08
17568307--17568340	16	2.2	16	90	10	54	26	23	8	41	1.83
17570188--17570318	40	3.3	39	70	7	104	33	22	16	27	1.95
17572042--17572078	15	2.5	15	86	0	56	29	37	5	27	1.79
17572267--17572315	19	2.7	18	78	15	55	24	6	2	67	1.24
17572389--17572443	27	2.0	28	82	3	67	47	1	0	50	1.11
17572397--17572453	27	2.0	30	86	10	84	42	3	0	54	1.17
17573140--17573184	19	2.3	20	80	3	56	46	4	0	48	1.22
17581614--17581659	22	2.1	22	95	0	83	30	10	4	54	1.55
17583299--17583360	31	2.0	31	84	6	81	43	9	11	35	1.73
17591841--17591921	34	2.4	34	82	10	87	61	2	2	33	1.22
17591921--17591978	27	2.2	26	84	12	73	55	1	10	32	1.44
17591939--17592137	10	21.6	9	65	19	56	58	3	6	32	1.37
17592087--17592136	19	2.6	19	80	3	55	58	0	6	36	1.23
17596550--17596582	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
17603436--17603495	31	1.9	31	86	6	86	26	13	18	41	1.87
17611379--17611412	16	2.1	17	94	5	61	32	0	0	67	0.91
17612790--17612962	93	1.9	93	87	0	256	28	29	21	20	1.98
17612783--17612958	46	3.8	46	72	12	162	29	28	21	20	1.98
17613103--17613169	10	6.7	10	100	0	134	41	8	19	29	1.82
17613430--17613770	171	2.0	172	95	0	621	28	23	8	39	1.83
17624452--17624484	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17624530--17624588	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
17624559--17624618	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
17624960--17625007	19	2.5	19	89	0	78	52	18	4	25	1.63
17629228--17629263	19	1.9	18	88	5	54	22	5	0	72	1.05
17631313--17631341	11	2.6	11	100	0	58	27	37	0	34	1.57
17632395--17632714	46	7.0	46	90	0	435	21	24	15	38	1.92
17634870--17634906	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
17641740--17641860	55	2.2	55	82	2	136	22	34	23	19	1.96
17654656--17654690	18	1.9	18	94	0	61	65	20	0	14	1.26
17659383--17659427	22	2.0	22	100	0	90	35	8	13	42	1.75
17659870--17660479	44	13.6	44	75	11	463	33	18	19	29	1.95
17660634--17660681	15	3.3	13	81	18	51	79	8	0	12	0.94
17661911--17661956	18	2.6	18	83	10	58	19	6	0	73	1.04
17675659--17675702	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
17675857--17676008	76	2.0	76	98	0	295	45	4	13	36	1.64
17677363--17677409	17	2.8	16	75	18	51	51	0	12	36	1.40
17683892--17683938	17	2.8	16	78	18	51	51	0	8	40	1.33
17683892--17683943	16	3.2	15	77	22	52	50	0	7	42	1.31
17686793--17686962	46	3.7	46	78	7	191	21	19	30	29	1.97
17689182--17689214	14	2.4	14	100	0	66	33	0	21	45	1.52
17690039--17690070	14	2.4	14	90	10	50	43	0	6	50	1.27
17691236--17691261	6	4.3	6	100	0	52	15	15	15	53	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17691191--17691317	57	2.2	59	85	7	170	18	20	19	41	1.90
17691434--17691501	18	3.8	18	82	0	73	35	13	16	35	1.87
17691431--17691512	36	2.3	36	86	0	119	36	13	14	35	1.86
17691454--17691536	18	4.6	18	81	4	96	33	13	15	37	1.86
17696701--17696765	31	2.2	31	86	5	89	26	1	12	60	1.41
17699962--17700005	20	2.2	20	83	0	52	27	6	0	65	1.17
17700452--17700487	18	2.0	18	88	0	54	30	13	13	41	1.84
17701305--17701360	24	2.3	25	87	3	78	60	5	3	30	1.36
17701323--17701388	24	2.7	26	80	13	77	65	7	0	27	1.20
17701615--17701702	26	3.3	27	79	7	81	60	3	7	28	1.41
17701974--17702006	16	2.0	17	88	5	50	60	0	6	33	1.21
17720231--17720289	26	2.3	26	97	2	111	25	16	20	37	1.93
17720438--17720481	20	2.2	20	84	8	54	31	6	2	59	1.36
17724004--17724097	45	2.1	45	91	0	152	40	8	14	36	1.77
17729161--17729370	115	1.9	112	84	5	273	28	18	19	33	1.95
17729848--17730150	90	3.4	90	87	2	448	27	4	11	56	1.55
17730657--17730707	25	2.0	25	100	0	102	27	15	29	27	1.96
17735609--17735704	11	9.0	11	70	17	60	20	17	2	59	1.48
17735606--17735703	5	18.6	5	76	15	74	19	17	2	61	1.45
17735606--17735703	22	4.4	21	76	13	88	19	17	2	61	1.45
17735606--17735704	16	6.6	16	69	22	63	20	17	2	60	1.45
17735648--17735703	27	2.1	27	86	0	76	19	16	1	62	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17735830--17735907	5	14.0	5	74	19	57	28	14	1	56	1.46
17735831--17735903	23	3.5	22	70	22	75	28	13	1	56	1.46
17735830--17735906	28	2.7	28	80	8	75	28	14	1	55	1.47
17735827--17735911	12	6.7	12	71	15	55	28	14	1	56	1.45
17735855--17735931	30	2.7	28	80	11	77	27	10	1	61	1.37
17735994--17736033	18	2.2	18	86	8	55	25	12	0	62	1.30
17736421--17736530	5	20.2	5	78	12	94	22	17	2	57	1.53
17736425--17736632	27	8.0	26	76	15	125	25	13	1	58	1.44
17736421--17736521	22	4.6	22	89	0	148	22	15	2	58	1.51
17736533--17736673	27	6.0	22	70	22	67	28	9	0	61	1.28
17736556--17736943	27	16.0	27	71	22	235	24	12	1	61	1.37
17736519--17736779	48	5.4	48	84	10	293	24	11	1	62	1.37
17736569--17736896	75	4.5	74	72	17	276	25	11	1	61	1.37
17736549--17736973	48	8.8	48	80	12	217	24	12	0	61	1.37
17736770--17736973	47	4.4	47	87	6	276	25	13	0	60	1.37
17736840--17736964	21	5.5	21	70	22	83	25	16	0	58	1.38
17740561--17740750	94	2.0	94	94	0	335	33	6	14	45	1.71
17744744--17744997	126	2.0	126	93	1	438	49	11	9	30	1.69
17745078--17745138	9	7.4	8	74	18	54	67	6	1	24	1.24
17746173--17746237	21	3.2	20	73	18	53	44	7	9	38	1.65
17757137--17757533	46	8.6	46	91	0	553	20	24	14	41	1.89
17757461--17757532	21	3.2	21	66	27	58	25	23	11	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17759371--17759423	27	2.0	26	85	10	72	56	1	0	41	1.10
17762355--17762674	46	7.0	46	86	0	399	20	24	14	40	1.89
17764439--17764468	8	3.6	8	95	4	51	70	0	0	30	0.88
17764450--17764526	27	2.8	27	75	17	77	57	2	0	40	1.13
17766714--17766787	24	3.1	24	94	0	121	31	5	41	21	1.76
17768135--17768214	27	3.0	26	81	5	79	20	23	18	37	1.94
17770204--17770327	37	3.3	37	94	3	214	25	32	20	21	1.98
17770376--17770572	49	4.0	49	95	0	340	28	26	10	34	1.89
17770376--17771019	98	6.7	98	76	14	553	29	27	9	33	1.88
17770376--17771019	147	4.5	147	72	16	607	29	27	9	33	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
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