genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  251  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71506167--71506208	21	2.0	22	85	4	59	66	0	16	16	1.25
71506272--71506296	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
71507891--71507931	17	2.3	18	87	4	57	48	2	4	43	1.37
71508197--71508227	11	2.8	11	100	0	62	61	0	0	38	0.96
71508771--71508842	26	2.8	26	81	6	94	34	18	8	38	1.80
71512634--71512682	25	2.0	25	84	8	64	20	24	22	32	1.98
71521989--71522046	31	2.0	30	83	10	75	29	17	1	51	1.55
71524480--71524510	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
71530969--71530995	13	2.1	13	100	0	54	22	14	22	40	1.90
71531483--71531512	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
71533299--71533361	2	31.0	2	96	3	117	49	1	0	49	1.10
71534245--71534296	23	2.3	23	90	6	79	17	15	25	42	1.88
71536043--71536196	42	3.7	41	76	10	159	31	22	14	31	1.94
71542139--71542194	25	2.2	26	87	6	80	28	19	25	26	1.99
71543463--71543540	25	3.2	25	66	23	76	32	30	3	33	1.76
71543412--71543728	47	6.7	47	86	7	433	29	31	7	32	1.84
71543412--71543728	96	3.3	94	87	6	442	29	31	7	32	1.84
71547468--71547774	43	7.1	43	96	0	533	31	31	22	14	1.93
71547757--71547968	40	5.2	42	82	4	211	25	27	22	24	2.00
71549946--71550023	25	3.2	25	66	23	76	32	30	3	33	1.76
71549895--71550211	47	6.7	47	86	7	433	29	31	7	32	1.84
71549895--71550211	96	3.3	94	87	6	442	29	31	7	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71556480--71556509	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
71556680--71556834	42	3.7	41	78	8	168	31	22	14	31	1.94
71565040--71565203	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	18	1.94
71568957--71569011	28	2.0	28	92	3	94	50	7	9	32	1.61
71574693--71574899	40	5.2	39	82	4	202	24	26	23	25	2.00
71574693--71574898	79	2.6	79	82	5	236	24	26	23	25	2.00
71591004--71591035	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
71598395--71598433	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
71600692--71600775	42	2.0	42	95	0	150	25	28	19	27	1.98
71601077--71601106	12	2.4	13	94	5	53	43	16	0	40	1.48
71610295--71610334	21	1.9	21	84	0	53	45	10	32	12	1.75
71617457--71617556	46	2.2	46	85	7	134	24	31	19	26	1.98
71617480--71617653	46	3.7	46	78	11	151	24	28	20	25	1.99
71620861--71620885	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
71622913--71623020	28	4.0	27	80	9	112	35	21	23	20	1.96
71623129--71623186	26	2.2	26	84	6	73	27	10	24	37	1.88
71624099--71624131	17	1.9	17	93	0	57	66	0	27	6	1.15
71626117--71626182	25	3.0	21	75	16	78	28	1	15	54	1.50
71627318--71627377	28	2.1	29	90	3	95	61	3	3	31	1.28
71627460--71627490	14	2.2	14	94	0	53	38	19	9	32	1.84
71631240--71631369	29	4.5	29	92	0	206	29	22	16	32	1.95
71639108--71639240	29	4.6	29	92	0	212	29	23	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71641029--71641216	39	4.8	39	89	0	223	24	30	21	22	1.99
71641065--71641217	39	3.9	39	92	0	243	24	31	20	23	1.98
71641034--71641216	78	2.3	79	88	1	260	23	30	22	23	1.99
71647853--71648023	46	3.7	46	77	10	177	23	28	18	29	1.98
71647852--71648022	94	1.8	92	87	5	254	24	28	18	28	1.98
71655356--71655417	25	2.5	24	84	10	72	3	24	0	72	0.99
71655356--71655396	5	8.2	5	84	10	57	0	21	0	78	0.76
71659991--71660104	43	2.7	42	75	6	122	31	25	12	30	1.92
71660414--71660444	16	1.9	16	100	0	62	45	12	3	38	1.59
71666834--71666947	54	2.1	55	96	1	212	20	16	22	40	1.91
71667837--71667892	27	2.1	27	93	0	94	21	19	21	37	1.94
71674245--71674283	20	2.0	20	95	5	71	30	0	20	48	1.50
71676140--71676240	28	3.5	28	87	4	130	28	12	27	30	1.93
71684052--71684152	28	3.5	28	87	4	130	28	12	27	30	1.93
71691962--71692062	28	3.5	28	87	4	130	28	12	27	30	1.93
71701370--71701577	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
71701370--71701575	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
71704375--71704504	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
71712202--71712426	124	1.8	124	87	1	335	31	10	24	34	1.89
71712421--71712550	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
71714883--71715246	50	7.5	50	78	6	274	23	30	18	27	1.98
71714975--71715255	95	2.9	98	79	4	281	24	30	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71714929--71715248	145	2.2	145	81	5	362	24	30	17	27	1.97
71718653--71718730	29	2.7	29	86	6	104	24	16	30	28	1.97
71718640--71718751	29	3.9	28	77	12	93	26	13	30	29	1.94
71719038--71719092	27	2.1	26	83	10	67	45	21	14	18	1.85
71719815--71719849	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
71723158--71723246	30	3.1	29	77	4	99	24	14	31	29	1.95
71724297--71724330	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
71735750--71735775	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
71746945--71747109	85	2.0	84	85	3	224	26	25	16	31	1.96
71746945--71747109	42	3.9	42	84	4	215	26	25	16	31	1.96
71754271--71754312	22	1.9	22	85	9	59	40	0	21	38	1.53
71762418--71762499	43	1.9	43	87	0	119	24	20	26	28	1.99
71764646--71764700	27	2.0	27	100	0	110	14	21	18	45	1.85
71765342--71765376	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
71767280--71767456	49	3.6	49	84	2	230	23	28	20	27	1.99
71767284--71767479	98	2.0	99	79	6	211	25	28	19	26	1.99
71768995--71769058	32	2.0	32	100	0	128	34	18	21	25	1.96
71774639--71774799	49	3.3	48	76	5	171	24	26	18	30	1.98
71774627--71774804	98	1.8	99	86	3	234	25	27	17	29	1.97
71774864--71774892	11	2.6	11	100	0	58	27	34	17	20	1.95
71776069--71776157	43	2.1	43	100	0	178	39	26	11	22	1.88
71777759--71777832	28	2.5	31	85	12	102	29	25	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71777759--71777832	31	2.5	29	87	10	98	29	25	13	31	1.94
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71780372--71780405	17	2.0	17	94	0	59	41	8	2	47	1.50
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71799982--71800006	13	1.9	13	100	0	50	8	40	20	32	1.81
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71828794--71828849	21	2.7	21	83	5	69	16	30	33	19	1.94
71832155--71832189	18	1.9	17	88	11	52	51	0	5	42	1.25
71832263--71832296	7	4.7	7	92	3	50	47	0	0	52	1.00
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71832678--71832736	29	2.0	30	83	3	75	52	13	0	33	1.41
71832908--71832990	40	2.1	40	100	0	166	28	13	14	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71835857--71835934	22	3.6	21	91	3	120	53	5	6	34	1.48
71838186--71838225	21	2.0	21	90	5	64	37	22	20	20	1.94
71841814--71841923	54	2.0	54	100	0	220	32	12	36	18	1.88
71849430--71849482	25	2.2	25	86	3	72	39	1	1	56	1.21
71854559--71854663	44	2.4	45	85	7	135	29	7	22	40	1.82
71854727--71854772	20	2.3	20	88	7	67	23	13	15	47	1.80
71855129--71855161	17	1.9	17	93	0	57	27	18	12	42	1.85
71880461--71880529	36	1.9	36	87	0	102	14	27	31	26	1.95
71884102--71884384	140	2.0	140	97	0	539	37	13	13	34	1.85
71890249--71890464	87	2.5	88	84	0	281	37	13	27	21	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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