genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  225  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63362632--63362703	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
63365570--63365780	40	5.3	40	78	3	185	27	23	23	25	2.00
63367443--63367543	27	3.9	27	79	12	102	32	15	23	27	1.95
63367532--63367925	27	14.7	27	81	5	302	40	20	10	29	1.85
63367642--63367747	26	4.0	26	90	2	149	38	25	10	25	1.87
63367608--63367814	53	3.9	53	80	4	168	40	21	10	27	1.85
63367698--63367898	55	3.7	52	79	9	199	40	17	10	31	1.83
63368162--63368284	41	3.0	41	87	0	192	23	21	28	26	1.99
63368430--63368490	22	2.9	21	87	4	86	21	24	21	32	1.98
63371566--63371729	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
63379093--63379254	71	2.3	69	97	2	306	34	17	28	19	1.95
63380719--63380833	42	2.7	43	79	6	110	36	28	14	20	1.92
63385099--63385304	70	3.0	69	82	7	222	31	23	16	29	1.96
63395872--63396249	47	8.1	47	93	1	564	34	10	29	26	1.89
63395967--63396091	25	5.2	25	62	30	76	31	11	29	28	1.91
63396223--63396405	46	4.0	46	94	0	294	34	9	31	24	1.87
63398594--63398798	40	5.1	40	86	4	184	25	26	21	26	1.99
63398613--63398798	80	2.3	82	84	9	258	26	26	21	25	2.00
63401249--63401525	40	6.9	40	95	0	509	25	22	27	24	2.00
63401249--63401583	120	2.9	120	90	6	509	25	22	26	24	2.00
63401500--63401551	26	2.0	26	96	0	95	28	26	21	23	1.99
63401460--63401583	66	1.9	66	98	0	239	27	24	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63403048--63403150	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
63404789--63405221	40	10.8	40	95	0	758	24	21	28	25	1.99
63405688--63405720	17	1.9	17	93	0	57	84	0	6	9	0.76
63408106--63408180	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
63408164--63408237	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
63415745--63415795	25	2.0	25	100	0	102	43	17	7	31	1.78
63416005--63416207	40	5.1	40	80	4	194	25	27	21	25	1.99
63421818--63422196	47	8.1	47	94	0	589	34	10	29	25	1.90
63421913--63422037	25	5.2	25	62	30	76	31	11	29	28	1.91
63421938--63422059	22	5.3	22	62	30	58	31	13	30	25	1.93
63422170--63422352	46	4.0	46	92	0	294	34	8	31	25	1.85
63425094--63425263	86	2.0	85	81	7	202	31	27	19	22	1.98
63432346--63432538	50	3.9	50	80	1	217	26	19	25	27	1.99
63436513--63436684	93	1.8	93	89	0	272	28	28	20	22	1.99
63436506--63436681	46	3.8	46	75	12	171	29	28	20	21	1.98
63444011--63444139	46	2.8	46	95	0	222	29	30	20	19	1.97
63444019--63444158	46	3.0	45	88	4	140	28	30	20	20	1.98
63449016--63449223	40	5.2	40	83	2	211	25	23	25	25	2.00
63449017--63449223	80	2.6	80	82	6	240	25	23	26	25	2.00
63453587--63453613	7	3.9	7	100	0	54	25	29	0	44	1.54
63453617--63453662	16	3.0	16	82	17	62	23	2	0	73	0.94
63453619--63453686	5	13.4	5	75	14	59	19	4	1	75	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63453647--63453691	19	2.4	19	81	7	56	15	4	2	77	1.02
63453733--63453761	13	2.2	13	100	0	58	20	0	10	68	1.18
63456499--63456628	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
63456515--63456666	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
63456515--63456664	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
63464429--63464558	40	3.2	40	74	8	131	23	26	23	25	2.00
63464445--63464596	40	3.8	40	76	6	139	22	25	23	28	1.99
63464447--63464594	80	1.9	80	83	8	194	22	25	23	28	1.99
63473221--63473262	14	3.2	13	83	9	59	0	19	2	78	0.86
63477210--63477374	87	1.9	87	87	2	242	36	23	16	23	1.94
63481913--63481989	29	2.7	29	89	0	118	27	28	18	25	1.98
63485319--63485378	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
63485375--63485400	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
63485434--63485484	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
63486082--63486145	27	2.4	26	82	5	74	34	18	21	25	1.96
63486136--63486253	27	4.4	27	83	1	139	25	19	19	35	1.95
63486137--63486253	54	2.2	54	84	1	155	25	19	18	35	1.95
63494135--63494301	40	4.2	40	78	2	149	23	26	22	26	2.00
63496105--63496267	71	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
63496105--63496301	71	2.8	70	90	4	258	20	28	17	33	1.95
63503403--63503563	40	4.1	39	78	12	168	25	22	27	24	2.00
63508803--63508955	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63508804--63508986	39	4.6	39	89	0	249	23	22	31	22	1.99
63516280--63516432	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
63516281--63516463	39	4.6	39	89	0	249	23	22	31	22	1.99
63522170--63522332	40	4.1	39	80	10	177	25	22	27	24	2.00
63522170--63522332	80	2.1	79	84	3	211	25	22	27	24	2.00
63529652--63529692	20	2.1	19	86	13	57	70	9	7	12	1.33
63529656--63529705	26	2.0	26	84	11	68	70	10	8	12	1.35
63529966--63530021	21	2.7	21	91	0	85	28	32	14	25	1.94
63531532--63531668	42	3.1	43	91	5	213	35	21	17	25	1.95
63532730--63532951	49	4.5	49	82	7	243	25	16	27	30	1.97
63535942--63536014	15	5.0	14	82	9	76	8	15	17	58	1.60
63535947--63536005	30	2.0	30	86	6	84	8	15	18	57	1.63
63537675--63537920	49	5.0	49	84	3	278	26	18	26	28	1.98
63540439--63540553	27	4.3	26	84	5	131	20	23	20	34	1.96
63542180--63542238	10	5.8	10	86	8	75	30	11	27	30	1.92
63542180--63542238	20	2.9	21	87	7	86	30	11	27	30	1.92
63544155--63544188	15	2.1	16	89	10	52	14	29	0	55	1.40
63544353--63544396	12	3.7	12	87	0	61	9	18	4	68	1.34
63546350--63546443	38	2.4	38	92	1	152	21	23	18	37	1.94
63546635--63546729	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
63546635--63546728	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
63546780--63546839	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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63555133--63555192	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
63555235--63555282	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
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63564197--63564389	30	6.6	30	81	11	229	49	12	16	20	1.78
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63565171--63565313	54	2.6	54	86	2	180	25	19	18	36	1.94
63565173--63565332	54	3.0	54	82	3	153	26	19	18	35	1.95
63565296--63565422	27	4.7	27	85	0	146	31	9	19	39	1.84
63565309--63565422	27	4.2	27	87	0	147	31	8	18	41	1.81
63567375--63567578	30	6.9	30	79	11	208	48	13	18	20	1.81
63567396--63567578	85	2.2	85	94	0	330	48	13	18	20	1.81
63567396--63567557	6	26.8	6	76	15	147	48	13	17	20	1.80
63567938--63567996	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63568084--63568166	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
63568365--63568506	27	5.3	27	81	3	142	25	19	19	35	1.95
63568367--63568506	54	2.6	54	81	0	163	25	20	17	36	1.94
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63595521--63595696	46	3.8	46	77	12	198	20	20	28	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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