genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.317.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  317  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91518233--91518295	25	2.5	24	84	7	72	30	4	6	58	1.43
91518357--91518412	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
91519114--91519395	141	2.0	141	97	0	528	32	19	15	31	1.94
91522801--91522863	31	2.0	31	100	0	126	46	15	3	34	1.62
91525613--91525655	21	2.0	21	100	0	86	27	4	18	48	1.68
91528776--91528830	3	18.3	3	96	0	101	34	30	0	34	1.58
91532493--91532592	27	3.7	27	74	5	85	21	21	20	38	1.94
91533342--91533386	24	2.0	23	83	16	58	42	0	22	35	1.54
91534639--91534897	131	2.0	130	87	3	369	35	21	18	25	1.96
91535178--91535209	13	2.4	14	89	10	57	56	21	0	21	1.43
91537850--91537880	15	2.1	15	100	0	62	48	12	25	12	1.77
91548626--91548684	25	2.3	25	80	8	66	23	1	11	62	1.38
91556575--91556611	16	2.3	16	100	0	74	48	0	10	40	1.38
91558656--91558931	107	2.6	105	80	9	281	31	23	16	28	1.96
91561603--91561636	5	6.8	5	89	0	50	67	0	32	0	0.91
91562058--91562090	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
91568977--91569016	21	1.9	21	90	10	64	35	5	7	52	1.51
91569201--91569264	33	1.9	32	81	12	76	46	3	1	48	1.27
91569292--91569322	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
91569349--91569415	34	2.0	32	85	5	89	50	2	1	44	1.26
91570076--91570111	5	6.8	5	90	9	54	0	44	0	55	0.99
91570076--91570111	11	3.4	10	92	7	54	0	44	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91570076--91570117	16	2.6	16	85	11	59	0	47	0	52	1.00
91575352--91575404	25	2.1	25	100	0	106	26	30	13	30	1.94
91577826--91577873	3	16.3	3	91	4	71	2	2	27	68	1.11
91579929--91580100	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
91579922--91580097	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
91590195--91590361	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
91590211--91590361	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
91591551--91591663	56	2.1	54	81	9	131	27	16	17	38	1.92
91618251--91618277	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
91621757--91621825	35	1.9	36	88	2	104	76	11	2	8	1.11
91621755--91621831	35	2.4	31	80	18	86	75	12	2	9	1.14
91622597--91622622	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
91624357--91624392	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
91631285--91631660	72	5.2	72	80	6	390	28	17	20	33	1.95
91631374--91631650	143	2.0	139	89	2	419	29	18	22	29	1.97
91632487--91632542	29	1.9	29	85	7	78	76	8	5	8	1.14
91632467--91632538	37	1.9	37	83	5	92	76	12	4	6	1.13
91633299--91633400	37	2.6	37	75	20	93	32	4	4	57	1.41
91639368--91639405	18	2.1	18	100	0	76	26	10	10	52	1.68
91639394--91639450	24	2.4	24	74	8	62	45	1	0	52	1.11
91639711--91639774	22	2.9	22	80	11	69	70	0	29	0	0.88
91639944--91640056	58	1.9	59	87	3	165	32	1	14	51	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91640257--91640511	99	2.5	102	86	7	333	31	0	16	51	1.47
91640392--91640444	23	2.3	22	75	9	52	22	0	16	60	1.36
91642827--91643063	77	3.1	77	86	4	302	28	6	8	55	1.56
91654847--91654882	7	5.0	7	86	6	54	66	0	2	30	1.06
91654847--91654882	15	2.5	14	86	8	54	66	0	2	30	1.06
91654900--91654972	10	7.2	10	73	18	62	60	0	5	34	1.20
91655130--91655166	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
91655130--91655163	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
91655171--91655197	11	2.5	11	100	0	54	59	0	7	33	1.25
91656817--91656989	44	3.9	44	88	3	242	26	28	15	29	1.96
91656966--91657034	32	2.2	32	82	5	79	26	28	18	26	1.98
91656919--91657066	76	1.9	76	95	0	269	26	27	17	28	1.98
91656876--91657113	120	2.0	120	93	1	406	26	28	16	28	1.97
91656851--91657155	164	1.9	164	92	1	513	27	27	16	28	1.97
91656817--91657197	208	1.8	208	89	3	597	27	28	14	29	1.96
91656995--91657221	44	5.2	44	90	2	357	27	27	14	30	1.95
91662769--91663003	71	3.3	71	98	0	452	35	17	27	19	1.94
91662872--91662989	41	3.1	41	60	28	98	33	17	27	21	1.96
91663549--91663618	35	2.0	35	100	0	140	40	11	11	37	1.77
91671966--91672038	10	7.2	10	73	18	62	60	1	4	34	1.24
91672193--91672229	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
91672193--91672226	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91672185--91672252	25	2.8	24	74	10	59	61	0	4	33	1.16
91672189--91672261	12	6.1	12	78	10	51	60	0	5	34	1.20
91674055--91674211	78	2.0	78	96	0	287	28	18	21	31	1.97
91677547--91677576	15	2.0	15	93	0	51	0	36	0	63	0.95
91680130--91680181	17	3.1	16	72	8	50	30	7	0	61	1.24
91687440--91687495	22	2.6	21	75	13	53	12	25	41	21	1.88
91687566--91687622	21	2.7	21	74	15	55	15	31	24	28	1.96
91691073--91691112	21	1.9	21	85	10	55	17	32	20	30	1.95
91694008--91694083	31	2.5	31	86	0	107	48	0	3	47	1.20
91695203--91695244	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
91697547--91697614	30	2.3	30	94	0	118	20	5	50	23	1.70
91707447--91707501	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
91707557--91707630	22	3.3	22	77	7	76	59	5	5	29	1.42
91707564--91707630	24	2.9	23	84	4	82	58	5	5	29	1.46
91708064--91708102	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
91708261--91708327	30	2.2	30	91	0	107	17	7	49	25	1.73
91709029--91709056	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
91709276--91709308	16	2.1	16	94	0	57	51	15	3	30	1.58
91710847--91710872	12	2.2	12	100	0	52	26	26	23	23	2.00
91715431--91715465	16	2.1	17	89	5	54	48	0	8	42	1.33
91715857--91715921	25	2.6	25	87	4	69	38	13	13	33	1.85
91715958--91716084	47	2.7	47	90	0	209	36	11	20	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91718602--91718708	22	4.9	22	81	0	97	14	24	19	41	1.89
91718611--91718708	44	2.2	44	80	3	108	13	24	21	40	1.89
91719916--91719980	32	2.0	32	96	0	121	52	12	4	30	1.59
91723688--91723728	15	3.0	14	79	13	50	73	0	2	24	0.96
91723799--91723837	4	10.0	4	88	5	62	71	2	0	25	0.98
91725221--91725707	45	10.7	45	73	8	301	29	19	18	32	1.96
91725457--91725703	89	2.8	89	87	1	361	31	20	17	30	1.96
91725232--91725849	324	1.9	323	87	1	907	30	19	17	32	1.95
91733078--91733110	15	2.2	15	94	0	57	75	3	0	21	0.93
91734444--91734476	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
91734614--91734652	13	3.0	13	92	7	62	76	0	2	20	0.90
91737685--91737847	70	2.3	71	97	2	319	19	27	17	35	1.94
91745251--91745414	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
91747665--91747836	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
91747658--91747833	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
91751649--91751695	23	2.0	23	100	0	94	38	21	8	31	1.83
91761944--91762074	27	4.9	27	87	3	192	27	21	9	41	1.83
91762052--91762325	27	10.2	27	75	8	184	40	21	8	29	1.82
91761971--91762099	54	2.4	55	84	3	156	31	20	7	40	1.81
91762066--91762299	81	2.9	80	87	2	308	41	20	8	29	1.82
91762336--91762387	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
91762428--91762500	27	2.7	27	79	12	78	34	20	21	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91763306--91763428	52	2.4	51	97	2	230	26	23	23	26	2.00
91763306--91763428	26	4.8	26	92	1	196	26	23	23	26	2.00
91763573--91763664	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
91763688--91763766	31	2.5	31	95	0	140	30	18	24	26	1.98
91766698--91766732	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
91770763--91770870	26	4.2	26	95	0	198	35	25	7	32	1.84
91773719--91773769	26	2.0	26	96	0	93	23	29	5	41	1.78
91774158--91774300	46	3.2	43	83	7	178	15	20	16	48	1.81
91774282--91774406	45	2.8	45	77	2	117	27	20	14	37	1.92
91779029--91779176	46	3.2	46	91	0	226	33	6	10	49	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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