genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  129  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33768386--33768578	103	1.9	104	88	1	298	36	21	14	27	1.93
33768386--33768580	34	5.6	34	90	1	264	36	21	14	27	1.92
33768422--33768599	34	5.2	34	88	4	151	34	21	15	28	1.94
33772198--33772232	15	2.2	16	90	5	54	51	0	0	48	1.00
33772195--33772233	16	2.4	17	83	12	55	51	0	0	48	1.00
33774627--33774654	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
33779856--33780092	34	6.7	35	72	10	110	33	21	22	21	1.97
33780637--33780670	14	2.4	14	100	0	68	44	14	11	29	1.81
33783417--33783468	26	2.0	25	85	14	70	38	3	26	30	1.74
33783973--33784083	42	2.6	42	75	8	109	31	11	21	35	1.90
33791006--33791045	5	7.8	5	84	15	55	60	0	0	40	0.97
33791000--33791066	20	3.1	22	79	14	77	53	1	1	43	1.19
33794319--33794353	17	2.1	17	100	0	70	34	0	22	42	1.54
33800189--33800372	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
33808332--33808471	40	3.5	39	78	7	129	24	22	29	23	1.99
33808332--33808480	80	1.9	80	82	2	192	22	22	30	24	1.99
33811735--33812646	372	2.5	371	97	0	1752	35	14	10	38	1.81
33812752--33812807	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
33812912--33813137	9	24.6	9	76	8	143	47	12	0	38	1.48
33812912--33813137	18	12.3	18	75	9	161	47	12	0	38	1.48
33812940--33813161	114	1.9	114	86	3	313	47	12	0	38	1.48
33818781--33818831	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33819086--33819152	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
33819226--33819339	42	2.7	42	95	2	203	21	36	20	21	1.95
33820223--33820270	18	2.5	20	80	19	57	31	2	0	66	1.03
33821950--33822014	13	4.9	13	78	10	69	38	6	13	41	1.70
33824006--33824084	40	2.0	40	92	0	131	15	13	32	37	1.87
33825868--33825959	29	3.2	29	68	17	93	27	14	29	29	1.95
33825897--33825978	27	3.0	26	65	18	67	28	13	32	25	1.93
33825867--33825978	56	2.0	56	100	0	224	26	14	32	26	1.95
33831310--33831385	40	1.9	40	94	0	134	13	11	36	38	1.81
33838721--33838945	46	4.8	46	77	10	174	22	29	20	27	1.98
33844770--33844826	24	2.4	24	93	0	96	17	28	29	24	1.97
33853562--33853660	49	2.0	49	94	0	171	12	18	26	43	1.85
33855775--33856090	46	6.7	49	77	13	267	24	29	18	28	1.98
33855781--33856088	94	3.3	92	79	12	292	24	29	17	28	1.97
33871591--33871637	19	2.5	19	96	0	85	31	6	21	40	1.78
33874684--33874785	37	2.8	37	90	0	150	40	27	13	18	1.89
33879775--33879820	21	2.2	21	88	7	67	17	39	23	19	1.92
33880641--33880731	5	18.2	5	100	0	182	59	20	0	19	1.38
33892231--33892352	59	2.1	57	90	3	190	45	12	7	35	1.70
33895354--33895439	43	2.0	43	88	0	127	20	24	17	37	1.94
33895842--33895943	40	2.6	39	81	6	125	26	18	19	35	1.95
33896099--33896308	22	9.8	21	67	13	81	21	0	31	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33896160--33896222	15	4.4	15	82	7	78	19	0	34	46	1.50
33896109--33896287	22	8.3	22	70	11	84	21	0	34	43	1.57
33896180--33896322	50	2.8	51	76	5	139	20	0	37	42	1.52
33896155--33896338	7	25.7	7	74	8	84	20	0	36	43	1.52
33896971--33897021	14	3.8	13	75	17	50	60	1	0	37	1.08
33901001--33901151	75	2.0	75	94	0	266	22	23	8	45	1.80
33901466--33901633	43	3.9	43	86	0	201	28	20	26	24	1.99
33901405--33901633	86	2.7	86	77	3	237	27	18	26	27	1.98
33908782--33908888	26	4.1	26	92	0	169	37	23	5	33	1.78
33913063--33913102	18	2.2	18	86	8	55	37	0	5	57	1.21
33916313--33916588	27	10.2	27	84	0	345	39	18	9	32	1.82
33916307--33916574	108	2.5	108	90	3	405	39	20	8	32	1.82
33916313--33916660	81	4.3	80	79	6	290	38	19	9	32	1.83
33916313--33916706	27	14.6	27	75	7	237	39	19	8	32	1.83
33916692--33916993	27	11.2	27	84	5	310	34	18	20	25	1.96
33916692--33916992	54	5.6	54	86	4	353	34	18	20	25	1.96
33917439--33917485	22	2.1	22	84	7	60	25	27	19	27	1.99
33917644--33917745	27	3.8	27	81	5	98	20	22	19	37	1.95
33917882--33918013	6	21.3	6	69	17	83	21	15	14	48	1.81
33917882--33917953	31	2.3	32	92	2	119	23	13	13	48	1.79
33917913--33918004	37	2.5	37	89	0	130	20	17	14	47	1.82
33917882--33917999	31	3.6	31	76	13	110	21	16	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33919760--33919802	17	2.5	17	96	0	77	18	32	34	13	1.90
33919967--33920186	108	2.0	108	93	0	377	38	20	9	31	1.85
33919974--33920195	27	8.2	27	83	0	291	39	19	9	31	1.85
33919981--33920186	54	3.8	54	90	0	331	37	21	9	31	1.86
33919974--33920260	81	3.5	81	82	1	290	38	20	10	30	1.86
33919974--33920261	27	10.7	27	77	5	226	38	20	10	30	1.86
33920243--33920317	27	2.8	27	77	0	87	38	21	8	32	1.82
33920299--33920573	27	10.3	27	87	1	356	34	20	20	24	1.96
33920308--33920546	80	3.0	82	88	3	358	33	20	20	24	1.97
33920297--33920574	134	2.1	134	85	5	393	35	19	20	24	1.96
33924003--33924110	26	4.2	26	93	0	189	36	26	5	31	1.80
33925272--33925362	45	2.0	45	91	0	146	26	14	24	35	1.93
33926697--33926725	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
33928429--33928465	19	1.9	19	89	10	58	32	5	21	40	1.76
33931028--33931095	35	1.9	35	87	0	100	23	27	25	23	2.00
33935451--33935497	20	2.3	20	82	7	60	53	0	6	40	1.27
33936093--33936139	19	2.4	20	82	7	60	63	4	0	31	1.13
33936107--33936162	17	3.1	17	80	16	60	57	3	0	39	1.16
33938686--33938727	17	2.5	17	76	3	50	69	0	19	11	1.19
33941559--33941592	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
33949355--33949387	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
33953144--33953270	50	2.5	50	87	2	166	28	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33959799--33959845	24	2.0	24	91	4	78	19	21	14	44	1.86
33959943--33959994	23	2.2	24	86	10	81	36	15	17	30	1.91
33965505--33965680	46	3.8	46	73	14	164	21	19	28	30	1.97
33965501--33965671	93	1.8	93	91	2	281	21	19	29	29	1.98
33968602--33968672	15	4.7	15	78	5	81	11	19	12	56	1.66
33968593--33968672	30	2.6	31	81	11	94	11	18	15	55	1.69
33971190--33971216	13	2.1	13	100	0	54	29	7	33	29	1.85
33975193--33975260	28	2.4	29	79	13	72	27	25	14	32	1.95
33980348--33980379	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
33980404--33980433	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
33981004--33981043	19	2.1	19	90	9	64	2	12	0	85	0.71
33981961--33982014	6	9.2	6	80	11	67	79	0	1	18	0.82
33985709--33985740	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
33985765--33985794	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
33987165--33987204	21	1.9	21	100	0	80	35	37	12	15	1.85
33992834--33992873	20	2.0	20	100	0	80	30	45	5	20	1.72
33996639--33996967	177	1.9	177	97	0	622	33	18	13	34	1.91
34004157--34004202	22	2.1	22	87	0	65	58	4	4	32	1.37
34004236--34004266	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
34004348--34004422	29	2.6	30	73	16	77	34	1	1	62	1.12
34017030--34017116	21	4.0	23	75	10	74	37	25	21	14	1.92
34017390--34017430	22	1.9	21	90	5	64	31	24	0	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34017491--34017530	15	2.7	14	85	11	53	52	12	2	32	1.52
34017867--34017904	2	20.0	2	89	10	62	52	0	0	47	1.00
34018280--34018317	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
34023041--34023078	16	2.4	16	95	4	69	31	5	23	39	1.77
34028353--34028394	22	1.9	22	85	9	59	59	7	11	21	1.56
34028712--34028757	19	2.3	20	88	3	67	30	0	17	52	1.45
34033285--34033324	20	2.0	20	85	9	55	37	0	15	47	1.45
34040095--34040143	20	2.5	20	78	12	57	48	6	0	44	1.27
34048795--34048824	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
34056758--34056794	19	1.9	19	94	0	65	21	21	27	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444