genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  189  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52826426--52826609	79	2.3	81	82	8	218	27	26	21	24	1.99
52834074--52834119	20	2.3	20	84	0	65	17	34	32	15	1.91
52837236--52837458	58	3.9	58	77	6	179	29	14	29	27	1.95
52837240--52837370	29	4.5	29	87	1	174	27	16	31	25	1.96
52837358--52837458	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
52838859--52838944	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
52841299--52841434	48	2.8	48	94	0	236	22	16	30	30	1.96
52841305--52841482	48	3.7	48	87	3	171	23	19	29	26	1.98
52841819--52841896	29	2.7	29	86	2	104	20	46	21	11	1.82
52845450--52845579	45	2.9	45	89	2	190	23	21	26	27	1.99
52851149--52851359	105	2.0	104	96	0	386	30	9	18	42	1.81
52851967--52852120	54	2.9	54	91	0	247	22	15	28	33	1.95
52852135--52852234	47	2.1	47	90	0	155	31	14	21	34	1.92
52857502--52857682	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
52857504--52857674	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
52860640--52860718	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
52860631--52860717	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
52863073--52863248	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
52863069--52863240	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
52864572--52864701	40	3.2	40	82	4	156	23	29	24	22	1.99
52872689--52872818	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
52876892--52876930	19	2.0	20	85	9	55	46	0	20	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52879441--52879571	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
52879441--52879571	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
52887390--52887520	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
52887390--52887520	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
52896288--52896412	47	2.6	48	88	2	180	28	20	28	22	1.99
52902512--52902676	48	3.4	48	79	6	181	27	20	26	26	1.99
52904342--52904463	43	2.8	43	75	2	129	23	18	25	32	1.97
52904342--52904444	42	2.4	42	78	1	116	24	17	25	33	1.96
52910768--52910871	6	16.8	6	71	16	61	46	12	21	20	1.83
52910768--52910862	37	2.5	37	81	5	120	45	13	22	18	1.85
52910804--52910871	25	2.7	25	83	0	91	44	11	22	22	1.85
52910768--52910871	31	3.4	31	72	15	97	46	12	21	20	1.83
52910989--52911096	27	4.0	26	86	5	126	37	22	21	18	1.94
52911661--52911963	27	11.2	27	83	2	358	27	17	18	36	1.93
52911661--52911956	54	5.5	54	90	1	434	26	18	18	36	1.94
52911959--52912078	27	4.4	27	76	4	107	30	5	22	41	1.77
52912002--52912090	27	3.3	27	82	0	106	25	6	24	42	1.79
52911986--52912090	54	1.9	54	84	0	138	26	7	23	41	1.81
52912029--52912106	27	2.9	27	86	3	77	25	6	24	43	1.78
52916748--52916807	30	2.0	30	83	6	77	38	6	26	28	1.81
52917942--52917980	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
52918633--52918692	30	2.0	30	83	6	77	38	6	26	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52919346--52919583	99	2.4	100	85	2	318	25	17	26	30	1.97
52919338--52919570	49	4.7	50	82	2	308	25	17	27	29	1.97
52925010--52925037	9	3.1	9	100	0	56	53	0	25	21	1.46
52931512--52931590	27	3.2	27	60	29	66	26	29	20	24	1.99
52931488--52931613	47	2.7	47	100	0	252	27	29	20	22	1.98
52935017--52935182	40	4.2	40	81	3	167	23	27	22	26	2.00
52937208--52937296	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
52937208--52937290	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
52937219--52937296	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
52945979--52946359	190	2.0	190	94	0	663	34	27	15	23	1.94
52951727--52951897	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
52951719--52951899	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
52954274--52954362	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
52954274--52954353	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
52954285--52954362	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
52957312--52957482	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
52957304--52957484	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
52960465--52960567	29	3.6	29	72	5	84	30	12	30	27	1.93
52964956--52965063	28	3.8	30	78	10	102	29	13	30	25	1.94
52964956--52965063	57	1.9	57	83	7	139	29	13	30	25	1.94
52968375--52968632	29	8.9	29	81	2	189	24	25	13	37	1.92
52968469--52968738	58	4.7	58	74	5	231	26	24	12	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52968469--52968738	87	3.1	84	75	6	236	26	24	12	36	1.91
52968614--52968738	29	4.3	29	83	0	142	28	25	10	36	1.89
52968405--52968724	145	2.2	145	84	1	417	26	25	12	35	1.92
52971742--52971842	43	2.3	43	86	3	132	34	24	17	22	1.96
52972354--52972406	19	2.9	18	72	8	54	43	16	0	39	1.49
52979097--52979261	56	2.9	56	88	3	190	33	23	13	30	1.93
52995298--52995359	26	2.4	26	86	5	81	33	19	16	30	1.94
53003981--53004147	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
53011964--53012130	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
53015102--53015215	39	2.9	39	80	13	128	21	31	23	22	1.98
53023201--53023311	40	2.7	42	86	8	151	24	27	24	23	2.00
53031538--53031573	13	2.8	12	88	12	54	33	13	5	47	1.67
53036390--53036491	29	3.5	29	95	0	186	29	14	29	26	1.95
53036386--53036521	29	4.7	30	88	2	138	27	14	32	25	1.95
53036386--53036512	58	2.2	58	85	4	177	29	14	30	25	1.95
53038008--53038161	55	2.8	55	79	1	184	20	24	18	37	1.94
53043479--53043507	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
53045243--53045415	46	3.8	44	75	17	165	21	19	27	31	1.97
53045240--53045410	93	1.8	93	89	2	272	21	19	28	30	1.97
53053249--53053424	97	1.8	97	83	4	239	22	29	19	27	1.98
53053249--53053566	49	6.6	48	70	13	165	23	28	20	27	1.99
53055242--53055281	20	2.1	19	85	4	53	50	10	7	32	1.64
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53059763--53059791	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
53061344--53061373	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
53073415--53073559	41	3.5	41	78	7	134	24	15	26	33	1.95
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53083957--53084229	99	2.9	99	77	13	268	26	18	29	26	1.98
53083957--53084232	46	5.8	51	80	6	228	26	18	29	25	1.98
53086014--53086184	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
53095162--53095262	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
53095162--53095312	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
53095158--53095329	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
53103190--53103360	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
53112952--53113069	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
53112920--53113083	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
53114649--53114699	27	1.9	26	88	4	75	33	21	9	35	1.86
53114692--53114864	27	6.4	28	82	6	153	39	22	9	28	1.85
53114907--53115040	27	5.0	26	82	7	142	32	20	23	23	1.98
53114907--53115040	54	2.5	54	82	2	171	32	20	23	23	1.98
53115554--53115618	22	3.0	22	84	8	87	21	24	21	32	1.98
53115768--53115878	27	4.2	26	77	11	68	18	22	20	37	1.94
53115810--53115882	27	2.8	26	87	8	103	19	24	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53116028--53116058	12	2.6	12	94	0	53	16	12	12	58	1.64
53119254--53119324	30	2.4	30	78	0	79	29	21	12	36	1.90
53121587--53121645	27	2.3	26	85	8	84	37	16	10	35	1.83
53121604--53121798	54	3.6	54	77	4	162	38	20	9	31	1.85
53121656--53121825	27	6.3	27	78	5	155	38	21	10	30	1.86
53121630--53121798	54	3.2	53	76	7	171	39	21	9	30	1.85
53121706--53121862	81	1.9	81	83	2	199	36	20	10	33	1.86
53121604--53121862	27	9.6	27	73	8	134	37	21	10	31	1.86
53121854--53121933	27	3.0	27	86	0	106	33	18	22	25	1.97
53122447--53122511	22	3.0	22	73	8	69	21	21	23	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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