Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  23  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6152705--6152737
6
5.7
6
92
3
50
33
9
0
57
1.30
6155359--6155494
26
5.2
26
94
0
236
33
5
25
36
1.78
6158347--6158386
19
2.0
20
85
4
55
45
2
10
42
1.51
6159490--6159524
16
2.3
15
90
5
52
62
2
2
31
1.24
6159673--6159715
20
2.1
21
82
4
52
62
6
2
27
1.33
6159916--6159945
11
2.7
11
89
0
51
60
0
0
40
0.97
6160465--6160518
18
3.2
18
76
21
55
77
0
7
14
0.97
6160481--6160519
17
2.3
17
86
8
53
71
0
10
17
1.12
6160732--6160792
26
2.4
25
83
5
77
3
1
29
65
1.18
6161813--6161845
14
2.4
14
94
0
57
63
6
12
18
1.48
6161456--6162421
87
11.2
86
73
14
462
36
18
16
27
1.93
6161923--6162063
75
1.9
73
88
2
210
31
21
17
30
1.96
6162106--6162330
76
2.9
77
82
9
242
35
18
18
28
1.94
6162231--6162421
93
2.1
91
84
5
242
35
17
20
26
1.95
6162324--6162479
77
2.0
77
87
0
222
30
19
20
28
1.97
6162172--6162821
170
3.8
167
91
3
901
31
20
18
29
1.96
6162505--6162650
76
1.9
77
90
2
231
26
22
19
32
1.97
6162677--6162954
62
3.9
72
76
14
256
31
23
15
29
1.95
6162678--6162819
74
1.9
75
86
5
207
28
23
16
30
1.96
6166604--6166639
16
2.2
16
100
0
72
47
22
13
16
1.82
6175236--6175341
21
4.8
20
70
17
50
53
2
9
33
1.48
6179070--6179096
4
6.8
4
100
0
54
22
0
0
77
0.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6180975--6181008
14
2.4
14
100
0
68
20
0
5
73
1.04
6181101--6181163
30
2.1
30
96
0
117
23
0
15
60
1.35
6183183--6183232
25
2.0
25
100
0
100
48
20
4
28
1.67
6184656--6184714
22
2.7
23
75
17
70
66
0
0
33
0.92
6184661--6184716
23
2.5
22
77
5
69
64
0
0
35
0.94
6194073--6194099
14
1.9
14
100
0
54
29
44
7
18
1.77
6195815--6195855
21
2.0
21
100
0
82
60
4
4
29
1.38
6196791--6196867
29
2.7
28
74
20
70
58
3
0
37
1.17
6196791--6196835
22
2.1
21
87
4
63
57
2
0
40
1.11
6198980--6199044
30
2.2
30
88
0
94
26
13
3
56
1.52
6198987--6199045
30
2.0
30
93
0
100
25
11
3
59
1.48
6198990--6199056
30
2.2
30
86
0
89
26
10
4
58
1.50
6199283--6199332
24
2.1
24
100
0
100
32
14
16
38
1.88
6204180--6204701
132
4.0
132
78
4
500
34
17
19
27
1.95
6204192--6204701
264
1.9
264
79
3
569
34
17
19
28
1.95
6205536--6205581
23
2.0
23
83
8
58
47
8
10
32
1.69
6205695--6205723
7
4.1
7
100
0
58
58
13
0
27
1.36
6207729--6209003
44
29.0
45
82
3
1032
24
29
15
29
1.96
6207749--6209003
132
9.5
132
85
1
1300
25
29
15
29
1.96
6211760--6211800
20
2.0
21
85
9
57
56
4
0
39
1.21
6212249--6212310
10
6.1
11
80
12
62
22
8
1
67
1.25
6212251--6212308
30
1.9
30
83
13
75
20
8
1
68
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6216025--6216113
10
9.3
10
69
22
66
25
1
2
70
1.05
6216035--6216105
5
13.0
5
80
11
61
23
1
2
71
1.07
6216016--6216105
28
3.2
28
92
1
146
24
1
2
72
1.03
6216016--6216120
28
3.8
28
88
3
142
24
1
1
71
1.06
6217211--6217393
95
1.9
96
82
4
226
28
13
24
32
1.94
6218047--6218096
10
5.0
10
77
22
52
20
8
2
70
1.23
6218047--6218096
20
2.5
20
81
15
59
20
8
2
70
1.23
6223046--6223078
18
1.9
17
88
11
50
30
15
12
42
1.83
6225450--6225504
29
2.0
29
85
7
78
65
0
30
3
1.10
6226731--6226774
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
6228612--6228653
16
2.5
17
80
11
50
54
9
0
35
1.33
6228612--6228652
9
4.8
9
76
11
50
56
9
0
34
1.32
6228880--6229046
36
4.5
36
70
15
110
37
7
1
53
1.37
6228883--6229083
74
2.7
73
86
5
269
38
7
1
52
1.39
6228929--6229046
38
3.2
37
72
13
98
37
11
0
50
1.44
6229268--6229325
3
19.3
3
96
0
107
65
1
0
32
1.03
6230082--6230111
15
2.0
15
93
0
51
6
30
13
50
1.67
6234655--6234769
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
6234655--6234788
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
6237792--6237845
20
2.6
21
76
5
56
37
14
7
40
1.74
6238868--6238907
18
2.2
18
86
0
53
20
30
15
35
1.93
6240864--6240915
24
2.2
24
82
6
61
5
26
5
61
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6241870--6241897
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
6243020--6243128
41
2.6
41
80
1
110
22
21
38
17
1.93
6244266--6244347
41
2.0
41
92
0
137
24
9
17
48
1.76
6244427--6244467
2
20.5
2
100
0
82
48
0
0
51
1.00
6245946--6246000
25
2.1
27
83
12
71
67
0
9
23
1.19
6246149--6246217
20
3.2
21
78
19
79
68
0
7
24
1.15
6246330--6246377
2
24.5
2
89
4
71
54
2
0
43
1.12
6246641--6246681
3
13.7
3
100
0
82
65
0
0
34
0.93
6246643--6246743
18
5.4
18
79
9
71
58
1
10
28
1.43
6246910--6247088
3
60.3
3
71
8
125
61
2
6
29
1.34
6247712--6247755
8
5.4
8
94
2
52
43
4
2
50
1.35
6247721--6247755
2
17.5
2
93
0
61
45
2
0
51
1.16
6249774--6249949
46
3.8
45
77
14
189
19
21
29
28
1.98
6249770--6249942
93
1.9
93
91
4
287
20
21
30
27
1.98
6253839--6253967
50
2.5
51
89
2
206
34
16
23
25
1.95
6253943--6254153
31
6.8
31
84
4
264
29
18
25
27
1.98
6254169--6254300
49
2.8
48
89
3
187
27
15
27
30
1.96
6255013--6255187
30
5.8
30
89
1
228
26
48
4
21
1.68
6255668--6255746
23
3.5
24
73
13
62
35
5
5
54
1.44
6255778--6255826
25
2.0
25
91
0
80
34
8
6
51
1.57
6255980--6256027
16
3.1
15
90
6
69
31
2
2
64
1.16
6255980--6256031
8
6.5
8
82
8
61
30
1
1
65
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6257600--6257635
12
3.0
12
87
0
54
25
27
5
41
1.77
6257608--6257639
16
1.9
17
93
6
57
25
28
6
40
1.79
6265924--6266492
73
7.5
73
79
12
589
29
17
21
31
1.96
6266215--6266383
92
1.8
90
87
7
250
28
17
19
34
1.94
6266142--6268109
164
12.4
164
75
17
955
28
16
21
33
1.95
6266307--6266522
75
2.9
73
90
2
315
28
17
22
32
1.96
6266902--6266929
14
2.0
14
100
0
56
14
21
7
57
1.61
6266938--6267155
73
2.9
73
91
2
337
27
17
22
32
1.96
6267143--6267170
14
2.0
14
100
0
56
14
21
7
57
1.61
6267068--6267250
91
2.1
88
87
6
262
26
18
19
36
1.94
6267176--6267325
73
2.0
74
89
5
232
28
18
20
32
1.96
6267307--6267334
14
2.0
14
100
0
56
14
21
7
57
1.61
6267324--6268111
226
3.4
226
78
12
794
29
15
20
34
1.94
6267343--6267694
75
4.7
73
84
7
442
29
16
22
31
1.96
6265921--6268111
870
2.6
833
82
12
2493
28
16
21
33
1.95
6267803--6267951
80
1.9
78
84
2
199
28
16
19
34
1.94
6267710--6268010
73
4.0
73
76
10
302
29
16
20
33
1.95
6268094--6268128
17
2.1
17
89
10
54
11
17
5
65
1.43
6268269--6268549
77
3.7
77
90
3
412
24
17
21
35
1.95
6268269--6268589
77
4.2
77
87
5
388
23
18
21
36
1.95
6268571--6268623
14
3.8
14
85
12
65
16
15
5
62
1.51
6269382--6269556
30
5.8
30
86
1
210
26
46
4
22
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6270162--6270210
25
2.0
25
91
0
80
34
8
6
51
1.57
6270364--6270415
8
6.5
8
82
8
61
32
1
1
63
1.16
6270364--6270416
24
2.2
24
83
10
72
32
3
1
62
1.24
6272422--6272497
15
5.1
15
78
7
75
10
18
14
56
1.66
6274885--6275060
46
3.8
46
76
14
191
20
21
30
27
1.98
6274881--6275053
93
1.9
93
91
4
287
20
21
30
26
1.98
6276804--6276834
13
2.5
13
94
5
55
48
9
0
41
1.36
6277446--6277485
19
2.1
19
86
9
55
27
5
5
62
1.37
6277503--6277543
22
2.0
22
85
9
59
29
0
7
63
1.21
6279879--6279913
18
1.9
18
100
0
70
28
5
34
31
1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444