genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  193  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53879415--53879529	29	4.0	29	74	9	101	28	13	31	26	1.93
53903138--53903230	29	3.2	28	85	7	116	29	15	26	29	1.96
53907446--53907526	29	2.9	28	76	9	83	25	14	29	29	1.95
53909182--53909240	23	2.6	23	100	0	118	16	28	33	20	1.95
53910434--53910567	40	3.4	40	81	6	148	28	21	23	26	1.99
53910612--53910717	40	2.7	40	84	7	128	23	22	21	32	1.98
53910870--53911469	332	1.8	320	91	4	986	34	4	17	43	1.69
53911412--53911459	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
53911407--53911456	22	2.3	21	82	3	64	22	0	32	46	1.52
53911719--53911761	22	2.0	22	85	0	59	11	0	48	39	1.40
53912573--53912645	25	3.0	25	90	5	107	8	31	26	34	1.86
53914889--53918543	23	159.7	23	75	9	2520	32	6	24	36	1.82
53914929--53915816	114	7.8	114	76	10	562	32	5	24	37	1.79
53914889--53915635	228	3.3	229	86	3	913	32	5	23	37	1.79
53914889--53918543	229	16.0	229	92	1	3630	32	6	24	36	1.82
53915289--53918543	458	7.2	458	85	6	4064	32	7	24	36	1.82
53915289--53918543	687	4.8	686	88	5	4880	32	7	24	36	1.82
53919364--53919580	42	5.2	42	85	6	289	26	29	17	25	1.98
53929726--53929828	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
53934251--53934361	37	3.2	37	73	21	132	21	33	18	26	1.97
53934280--53934334	28	2.0	28	96	0	101	20	29	21	29	1.98
53934465--53934679	49	4.4	49	96	0	403	29	31	9	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53938740--53938870	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
53938739--53938870	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
53947461--53947566	37	2.9	37	92	0	176	26	31	17	24	1.97
53947715--53947899	48	3.8	48	90	4	291	31	27	6	35	1.82
53947715--53947898	98	1.9	97	91	4	300	30	27	6	35	1.82
53947869--53948062	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
53947962--53948033	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
53947822--53948062	94	2.6	94	84	4	290	27	29	9	33	1.89
53949674--53949774	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
53958184--53958258	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
53966083--53966157	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
53968378--53968439	25	2.5	25	86	0	88	24	14	29	32	1.94
53968479--53968572	41	2.3	41	85	5	118	46	4	19	29	1.68
53969856--53969952	40	2.4	40	78	0	95	41	7	20	30	1.79
53969962--53969996	13	2.7	13	86	0	52	37	2	14	45	1.59
53981407--53981622	40	5.5	40	89	4	298	24	29	23	22	1.99
53989570--53989786	40	5.5	40	88	3	289	25	29	23	22	1.99
53999673--54000059	47	8.2	47	97	0	720	33	11	28	26	1.91
54000087--54000255	46	3.7	46	95	0	302	34	9	31	24	1.87
54009049--54009124	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
54009021--54009362	47	7.3	47	91	1	515	27	29	8	33	1.86
54014015--54014089	38	2.0	38	86	5	107	24	22	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54014066--54014283	43	5.1	43	92	2	343	11	22	33	31	1.91
54015870--54016027	42	3.7	44	76	9	148	25	18	24	30	1.98
54023451--54023558	42	2.5	43	81	10	132	23	17	25	33	1.96
54026484--54026629	40	3.7	39	77	6	141	34	14	28	21	1.93
54026484--54026634	80	1.9	80	83	2	196	35	14	27	21	1.93
54026839--54026863	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
54027960--54028129	42	4.0	43	75	10	186	22	17	28	31	1.96
54035948--54036117	43	4.0	42	76	9	173	25	15	27	31	1.95
54035946--54036125	42	4.2	42	75	10	143	25	15	28	31	1.95
54040150--54040272	43	2.9	42	81	10	142	30	14	25	30	1.95
54041326--54041361	13	2.8	13	86	0	54	2	19	36	41	1.66
54048766--54048973	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
54048766--54048971	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
54051383--54051568	27	7.0	26	74	7	149	29	12	20	37	1.90
54051382--54051567	54	3.5	53	77	9	198	29	12	21	36	1.90
54051382--54051568	81	2.3	79	78	12	193	29	12	21	36	1.90
54055210--54055367	42	3.8	42	87	5	232	26	18	21	33	1.96
54055210--54055367	82	1.9	84	89	2	248	26	18	21	33	1.96
54059764--54059808	21	2.1	22	88	12	67	24	8	17	48	1.75
54061907--54061945	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
54065257--54065359	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
54073258--54073360	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54076450--54076555	27	3.9	27	86	2	133	40	17	16	25	1.90
54079606--54079670	29	2.2	29	83	0	85	27	32	21	18	1.97
54080657--54080842	40	4.6	40	82	6	205	33	25	15	25	1.95
54080654--54080842	81	2.3	81	84	4	238	33	25	15	25	1.95
54081985--54082019	18	1.9	18	94	0	61	14	14	22	48	1.79
54083409--54083492	27	3.1	27	83	5	82	36	23	22	16	1.94
54083433--54083492	27	2.2	27	90	0	93	36	25	21	16	1.94
54085554--54085812	39	6.6	39	88	6	312	25	27	22	24	1.99
54086518--54086543	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
54093597--54093816	40	5.6	39	86	6	270	26	27	21	24	1.99
54096295--54096395	24	4.2	24	90	0	157	18	41	3	35	1.69
54106212--54106322	27	4.1	27	80	7	127	36	24	22	16	1.94
54106419--54106473	25	2.2	25	78	12	60	27	20	21	30	1.98
54113626--54113809	40	4.6	40	86	2	262	24	26	23	25	2.00
54117577--54117668	27	3.4	27	73	13	80	38	19	22	19	1.94
54124226--54124350	45	2.9	44	83	7	148	24	28	22	24	1.99
54124243--54124354	45	2.5	45	87	5	149	25	27	23	23	2.00
54128583--54128807	40	5.7	40	83	7	255	25	22	26	25	2.00
54128583--54128805	79	2.8	80	80	10	242	26	22	26	25	2.00
54128584--54128807	119	1.9	120	82	8	287	25	22	26	25	2.00
54128653--54128840	79	2.4	79	81	7	204	28	21	25	25	1.99
54135390--54135501	45	2.5	45	85	5	140	26	27	22	23	1.99
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54139620--54139677	30	2.0	30	86	3	82	41	12	10	36	1.76
54149866--54150037	93	1.8	93	94	0	308	28	30	20	20	1.98
54149859--54150034	46	3.8	46	79	12	207	29	30	19	20	1.97
54149908--54150046	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
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54165431--54165611	39	4.6	39	84	2	229	23	30	21	24	1.99
54171482--54171682	40	5.1	40	83	6	239	22	22	27	26	1.99
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54176117--54176192	22	3.3	22	64	10	62	32	10	27	28	1.90
54176258--54176333	22	3.3	22	64	10	62	28	13	31	26	1.93
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54196980--54197081	40	2.5	40	82	0	114	30	22	25	21	1.99
54205291--54205441	40	3.8	40	80	6	164	26	22	27	23	2.00
54213316--54213457	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
54213355--54213483	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
54215240--54215402	40	4.1	40	82	5	179	25	27	22	25	2.00
54215226--54215402	80	2.2	79	82	4	205	24	27	22	25	2.00
54218845--54219031	43	4.0	49	71	20	130	36	1	15	45	1.56
54218872--54219052	43	4.2	43	85	4	215	35	1	16	46	1.54
54218998--54219052	9	6.4	9	85	8	71	32	0	18	49	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54219015--54219064	24	2.1	24	85	7	66	30	2	16	52	1.55
54219066--54219099	15	2.4	14	90	5	50	50	0	0	50	1.00
54219236--54219319	15	5.7	15	73	25	81	52	0	0	47	1.00
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54219461--54219515	15	3.7	15	71	22	53	52	0	0	47	1.00
54219450--54219517	29	2.3	29	87	7	93	52	0	0	47	1.00
54219464--54219517	20	2.7	20	77	5	56	55	0	0	44	0.99
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54219651--54219711	29	2.1	29	93	6	106	50	0	0	49	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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