genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17297408--17297752	81	4.3	81	78	7	310	39	22	7	31	1.82
17297744--17298094	27	13.0	27	88	0	504	35	19	21	24	1.96
17298379--17298425	20	2.3	20	77	0	58	12	19	29	38	1.89
17298442--17298500	22	2.7	22	83	0	73	20	23	22	33	1.97
17298658--17298765	27	4.0	26	86	5	144	18	22	22	37	1.95
17298887--17298949	25	2.5	25	86	0	81	20	19	14	46	1.84
17298904--17299006	6	16.8	6	72	15	77	18	19	14	47	1.82
17298904--17298997	37	2.5	37	91	0	143	18	20	13	47	1.82
17303036--17303069	13	2.6	13	95	0	59	58	0	0	41	0.98
17303089--17303122	17	2.0	17	88	0	50	47	0	2	50	1.16
17309026--17309140	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
17309026--17309140	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
17310754--17310913	26	6.2	26	94	2	270	36	23	4	35	1.75
17310754--17310913	51	3.1	52	93	1	270	36	23	4	35	1.75
17310754--17310913	77	2.1	77	92	2	268	36	23	4	35	1.75
17313769--17313798	11	2.9	10	90	9	51	56	10	10	23	1.62
17313759--17313809	21	2.3	23	75	25	56	50	15	9	23	1.73
17314873--17315011	27	5.2	28	89	6	175	35	23	23	17	1.96
17316625--17316786	26	6.2	26	96	0	288	37	24	4	33	1.75
17318852--17318876	5	5.0	5	100	0	50	40	20	0	40	1.52
17319521--17319547	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
17319614--17319647	13	2.6	13	90	0	50	55	2	0	41	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17319667--17319700	17	2.0	17	88	0	50	47	0	2	50	1.16
17320333--17320383	16	3.1	16	74	17	50	33	1	9	54	1.44
17337983--17338015	12	2.8	12	100	0	66	54	0	15	30	1.41
17350581--17351074	257	1.9	256	88	3	744	38	13	19	29	1.90
17351529--17351664	26	5.2	26	98	0	236	33	5	24	36	1.80
17351749--17351778	10	3.0	10	95	0	51	10	26	10	53	1.66
17353294--17353433	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
17353294--17353433	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
17355957--17356049	48	1.9	49	93	2	161	39	2	1	56	1.18
17355966--17356068	48	2.1	48	84	7	129	39	1	2	55	1.26
17355957--17356068	49	2.3	48	86	6	147	40	1	2	55	1.24
17357119--17357159	12	3.4	12	86	0	55	0	17	0	82	0.66
17362881--17362938	11	5.4	10	80	10	62	63	0	25	10	1.26
17365185--17365379	53	3.6	55	89	6	294	36	15	11	36	1.83
17365185--17365376	17	10.7	18	86	10	127	36	15	11	36	1.83
17365185--17365379	36	5.4	38	91	6	277	36	15	11	36	1.83
17365744--17366664	207	4.5	207	93	0	1547	29	23	17	29	1.97
17366789--17367161	85	4.4	84	86	7	517	24	23	22	29	1.99
17367010--17367151	44	3.3	44	67	9	139	26	21	21	30	1.98
17368108--17368154	12	4.0	12	86	2	69	0	10	0	89	0.49
17373866--17374024	35	4.4	36	91	4	243	37	13	11	37	1.81
17373867--17374032	17	9.3	19	87	11	174	37	13	12	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17373866--17374024	53	2.9	54	93	6	270	37	13	11	37	1.81
17381350--17381388	20	2.0	20	85	10	53	48	10	7	33	1.66
17389544--17389729	27	6.9	27	75	2	158	24	15	18	42	1.88
17389530--17389686	81	1.9	81	88	2	235	25	15	18	40	1.89
17390607--17390750	31	4.7	31	96	2	258	28	27	16	27	1.97
17390774--17390907	42	3.2	42	98	0	259	33	20	14	31	1.93
17391055--17391112	25	2.3	25	91	5	91	25	22	29	22	1.99
17391926--17391988	27	2.3	27	81	5	74	22	22	19	36	1.95
17392017--17392300	27	10.7	27	77	6	163	30	9	19	40	1.84
17392130--17392283	26	5.8	26	85	7	213	29	9	20	40	1.84
17392020--17392283	53	4.9	52	80	6	226	30	9	19	40	1.84
17392302--17392394	27	3.4	27	88	5	143	38	7	25	27	1.83
17392302--17392419	27	4.4	27	83	4	130	35	8	26	29	1.86
17392294--17392419	54	2.4	54	82	5	150	34	8	25	30	1.86
17393859--17393893	13	2.6	14	86	9	54	85	0	2	11	0.69
17394668--17394813	31	4.7	31	97	0	258	28	28	17	26	1.97
17394837--17394928	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
17395076--17395143	24	2.8	24	88	2	100	25	23	27	23	2.00
17395076--17395144	25	2.8	26	86	8	99	24	23	27	24	2.00
17396053--17396160	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
17396057--17396186	56	2.4	55	83	5	147	30	7	19	42	1.79
17396116--17396293	27	6.6	26	81	5	160	29	8	22	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17396141--17396292	81	1.9	81	81	2	189	30	8	23	38	1.84
17396140--17396293	54	2.8	53	83	3	191	29	9	22	38	1.85
17396141--17396326	54	3.4	54	81	2	187	30	10	21	38	1.86
17396315--17396373	27	2.2	26	82	11	75	42	10	18	28	1.83
17396325--17396381	27	2.1	27	90	0	87	45	8	17	28	1.78
17398004--17398041	19	2.0	19	100	0	76	47	10	5	36	1.61
17400903--17401198	18	16.1	18	73	9	168	37	14	11	36	1.83
17400996--17401198	72	2.8	72	77	7	191	37	13	11	37	1.81
17401371--17401469	45	2.2	45	85	0	135	41	19	18	21	1.91
17403209--17403267	5	11.6	5	96	3	109	59	0	0	40	0.97
17406487--17406584	19	5.2	19	88	7	146	36	11	16	35	1.84
17406477--17406584	36	2.9	36	77	15	112	37	11	15	36	1.83
17409553--17409835	18	15.3	18	71	8	147	36	14	11	36	1.83
17410003--17410113	45	2.5	45	89	0	168	43	19	18	18	1.89
17410091--17410115	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
17411396--17411436	20	2.0	20	100	0	82	34	29	0	36	1.58
17412460--17412541	23	3.6	23	86	3	112	35	20	24	19	1.96
17414955--17415022	34	2.0	34	100	0	136	23	35	8	32	1.86
17422205--17422259	23	2.4	23	96	0	101	34	7	7	50	1.58
17427748--17427801	27	2.0	27	96	0	99	38	7	9	44	1.65
17434290--17434384	27	3.5	26	87	8	136	15	23	22	38	1.92
17441775--17441860	28	3.1	28	83	6	88	17	20	24	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17444864--17444911	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
17444950--17445006	9	5.9	9	76	15	60	35	7	21	36	1.80
17444948--17445018	20	3.5	20	92	0	115	35	9	21	33	1.86
17445065--17445279	23	9.0	24	89	6	298	27	20	22	28	1.99
17445471--17445534	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
17449778--17449825	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
17449864--17449920	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
17449864--17449932	20	3.5	20	93	0	120	34	10	21	33	1.87
17449873--17449927	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
17449979--17450172	25	8.0	24	88	5	252	28	20	22	28	1.99
17450362--17450425	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
17453946--17453988	18	2.4	18	96	0	77	39	20	25	13	1.90
17457678--17457738	28	2.2	28	90	0	95	52	1	40	4	1.33
17457686--17457744	28	2.1	28	87	0	82	61	0	35	3	1.13
17471872--17471920	25	2.0	25	84	7	66	44	22	16	16	1.86
17471993--17472233	110	2.2	110	83	3	288	27	23	15	34	1.95
17477455--17477481	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
17481530--17481554	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
17482359--17482385	14	1.9	14	100	0	54	33	7	29	29	1.85
17483814--17483902	43	2.1	43	97	0	169	22	23	20	33	1.97
17487239--17487298	27	2.2	27	90	0	93	51	5	23	20	1.66
17491449--17491502	28	1.9	28	100	0	108	37	24	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17498635--17498693	20	3.0	20	100	0	118	20	15	20	44	1.87
17508328--17508411	41	2.1	40	86	2	114	55	8	17	17	1.66
17508495--17508529	15	2.3	15	95	0	61	77	0	0	22	0.78
17512839--17513104	47	5.7	47	81	7	276	23	30	19	27	1.98
17512838--17513107	94	2.9	92	81	9	323	23	30	19	27	1.98
17512839--17513104	140	1.9	141	85	3	376	23	30	19	27	1.98
17517644--17517705	28	2.3	26	76	15	63	64	3	9	22	1.38
17518546--17518588	23	1.9	23	85	4	61	46	18	4	30	1.69
17521244--17521294	24	2.2	24	89	3	77	50	9	1	37	1.47
17521417--17521452	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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