genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  78  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18454793--18454924	68	1.9	69	89	3	203	24	25	19	31	1.98
18454794--18454939	68	2.1	69	85	5	195	27	23	19	29	1.98
18454863--18455190	88	3.7	88	89	4	462	33	22	17	25	1.96
18455127--18455352	72	3.1	72	85	3	312	36	23	15	24	1.94
18455895--18456026	39	3.3	40	73	8	117	52	4	6	37	1.47
18457383--18457444	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
18457595--18458724	77	13.7	79	67	19	338	33	19	18	29	1.95
18457215--18458702	243	6.0	239	73	17	866	34	19	17	28	1.95
18457471--18458535	414	2.6	408	83	7	1353	33	19	18	28	1.95
18458124--18458293	91	1.9	91	85	2	234	31	20	21	26	1.98
18458303--18458478	91	1.9	89	83	7	221	33	20	18	27	1.96
18458002--18458870	168	5.2	167	92	2	1341	31	20	18	28	1.97
18458394--18458535	74	1.9	75	88	2	214	27	23	19	30	1.98
18458064--18458870	335	2.4	335	93	1	1343	30	20	19	28	1.97
18458560--18458702	74	1.9	75	88	2	216	27	23	18	31	1.97
18458560--18458723	74	2.1	75	84	7	215	30	20	18	29	1.97
18458728--18458872	74	1.9	75	88	2	220	27	22	19	31	1.98
18458808--18458929	61	2.0	61	91	0	199	25	24	16	33	1.96
18458732--18459005	137	2.0	136	85	4	363	27	24	17	29	1.98
18458869--18459009	76	1.9	76	89	3	221	30	25	17	26	1.97
18469197--18469229	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
18470594--18470639	18	2.5	19	86	10	60	69	0	6	23	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18473886--18473925	9	4.4	9	81	12	55	40	22	10	27	1.86
18473946--18473992	6	7.5	6	86	9	67	19	0	2	78	0.85
18473957--18474000	20	2.1	21	91	4	72	27	0	2	70	0.99
18478471--18478512	23	1.9	22	85	9	59	40	11	0	47	1.40
18480819--18480851	16	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
18481005--18481046	2	21.5	2	95	4	77	47	0	0	52	1.00
18487072--18487811	155	4.6	155	77	12	610	37	22	8	31	1.85
18491676--18491706	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
18493930--18493974	19	2.4	18	85	3	54	62	2	0	35	1.08
18496650--18496779	40	3.2	40	85	2	172	23	26	16	33	1.96
18502997--18503238	114	2.1	115	86	2	335	26	18	21	33	1.96
18503420--18503502	27	3.0	28	78	7	89	28	6	22	42	1.77
18503425--18503511	28	3.1	27	73	3	75	31	6	21	40	1.80
18503851--18504280	90	4.8	89	85	5	471	26	6	14	51	1.67
18503898--18504280	90	4.3	90	89	2	567	27	7	14	50	1.69
18503898--18504280	179	2.1	181	87	2	567	27	7	14	50	1.69
18505871--18505915	20	2.2	21	92	4	74	24	13	0	62	1.31
18505891--18506007	60	1.9	58	80	13	130	23	12	2	60	1.45
18506083--18506164	36	2.2	36	84	2	110	17	24	32	25	1.96
18506317--18506507	44	4.3	44	96	0	346	37	0	12	50	1.44
18508811--18508900	43	2.1	43	87	0	126	13	32	26	27	1.94
18511722--18511747	12	2.2	12	100	0	52	76	15	7	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18511942--18512171	111	2.0	111	81	8	261	32	20	19	28	1.96
18511971--18512181	111	1.9	112	81	11	263	32	20	17	29	1.95
18513995--18514132	59	2.3	59	81	10	156	26	26	19	26	1.99
18514125--18514170	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
18514780--18514819	8	5.0	8	81	0	53	2	20	22	55	1.56
18514783--18514819	16	2.3	16	95	0	65	2	18	18	59	1.50
18526380--18526438	13	4.5	13	75	8	66	61	1	1	35	1.16
18526624--18526797	87	2.0	86	95	1	312	33	5	27	33	1.79
18529921--18529960	19	2.1	19	90	0	62	35	15	0	50	1.44
18529971--18530022	25	2.2	23	83	13	61	26	11	3	57	1.51
18530091--18530143	26	2.2	23	83	10	61	18	5	9	66	1.41
18543047--18543470	75	5.6	75	79	11	418	29	18	21	30	1.97
18543500--18543702	73	2.8	73	90	1	291	30	14	18	36	1.90
18543360--18543666	159	1.9	158	79	9	338	29	14	20	35	1.92
18543501--18543728	73	3.1	71	85	7	289	30	14	18	35	1.92
18543736--18544055	91	3.8	80	80	11	288	29	17	19	33	1.95
18543837--18544077	91	2.7	91	83	7	303	28	18	20	32	1.96
18544223--18544335	52	2.2	51	85	7	149	35	22	13	29	1.92
18545955--18545994	19	2.1	19	90	0	62	35	15	0	50	1.44
18546005--18546056	25	2.2	23	83	13	61	26	11	3	57	1.51
18546125--18546177	26	2.2	23	83	10	61	18	5	9	66	1.41
18548680--18548733	18	2.9	18	74	20	58	42	1	3	51	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18548680--18548823	33	4.2	35	72	18	94	43	2	3	50	1.30
18548697--18548832	68	2.0	70	89	2	213	44	2	4	49	1.34
18553415--18553463	19	2.4	21	80	6	57	61	0	6	32	1.21
18553906--18553974	36	1.9	36	82	5	86	40	0	0	59	0.97
18553925--18553981	16	3.3	16	77	15	51	35	0	1	63	1.05
18555482--18555515	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
18555907--18555961	17	2.8	20	70	27	53	41	1	0	56	1.10
18556596--18556683	31	2.8	31	78	10	99	36	9	12	42	1.75
18556995--18557023	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
18557728--18557757	11	2.9	10	90	9	51	70	0	0	30	0.88
18563456--18563480	13	1.9	13	100	0	50	16	20	0	64	1.30
18568017--18568041	11	2.3	11	100	0	50	48	16	8	28	1.74
18572792--18572836	12	3.6	12	77	11	54	37	2	2	57	1.23
18573130--18573168	17	2.3	16	83	12	51	51	0	25	23	1.49
18573255--18573325	8	8.1	8	72	16	52	15	2	5	76	1.10
18573295--18573379	11	8.0	11	72	12	52	29	3	2	64	1.22
18573244--18573330	39	2.2	37	80	11	95	16	2	6	74	1.13
18573241--18573328	15	6.1	14	71	18	56	17	2	5	75	1.11
18574159--18574201	18	2.3	18	84	11	52	51	9	2	37	1.47
18575638--18575677	21	1.9	21	84	0	53	27	20	5	47	1.70
18575814--18575890	22	3.3	22	70	19	75	29	9	1	59	1.36
18575810--18575914	48	2.2	48	98	0	201	29	7	2	60	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18575827--18575906	26	3.2	26	68	20	80	28	7	3	60	1.42
18575836--18575918	26	3.4	26	68	20	79	27	7	3	61	1.39
18577109--18577269	26	6.2	26	96	1	270	33	4	24	36	1.77
18577109--18577269	77	2.1	78	92	1	270	33	4	24	36	1.77
18582947--18583107	26	6.2	26	97	0	270	33	4	24	36	1.77
18584580--18584631	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
18587432--18587493	27	2.3	27	97	0	115	41	12	25	19	1.87
18587596--18587645	25	2.0	25	96	0	91	32	4	22	42	1.72
18588832--18588881	7	7.0	7	88	2	73	28	4	12	56	1.54
18589378--18589442	30	2.2	29	80	2	76	29	40	21	9	1.84
18590041--18590065	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
18593108--18593754	126	5.1	126	89	0	961	28	16	17	37	1.91
18593113--18593756	253	2.5	253	89	1	977	29	16	17	37	1.91
18598108--18598132	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
18598440--18598518	39	2.0	39	100	0	158	45	10	15	29	1.78
18599029--18599154	41	3.1	41	80	0	117	26	13	14	45	1.82
18599292--18599332	7	5.6	7	85	8	55	21	2	2	73	1.07
18599669--18599723	23	2.3	23	84	6	65	45	1	5	47	1.36
18599800--18599889	21	4.2	21	70	2	63	45	24	3	26	1.69
18600070--18600123	15	3.7	15	78	7	67	44	37	1	16	1.59
18600084--18600123	21	1.9	21	84	0	53	45	37	2	15	1.59
18600116--18600151	15	2.5	15	86	4	56	47	27	0	25	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18600644--18600732	38	2.3	39	82	3	108	22	21	21	34	1.97
18604732--18604807	31	2.5	30	85	6	100	43	21	11	23	1.85
18611416--18611447	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
18623972--18624031	29	2.1	29	100	0	120	26	0	26	46	1.53
18625620--18625657	19	2.0	20	84	5	51	23	7	5	63	1.42
18626225--18626250	12	2.2	12	100	0	52	23	7	26	42	1.81
18631150--18631231	26	3.2	26	82	6	112	35	7	21	35	1.82
18634604--18634638	6	5.7	6	93	3	52	82	2	0	14	0.77
18637466--18637507	16	2.6	16	96	0	75	28	30	26	14	1.95
18640104--18640143	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
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