genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.406.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  406  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118034573--118034742	20	8.3	20	73	18	104	32	4	0	62	1.18
118034574--118034740	39	4.0	41	72	21	132	32	4	0	62	1.18
118034572--118034694	13	9.3	13	65	23	53	34	3	0	62	1.11
118035039--118035087	14	3.8	14	84	13	61	42	0	0	57	0.99
118035129--118035177	7	7.4	7	81	9	50	26	2	2	69	1.10
118035134--118035170	8	4.3	9	83	13	51	27	2	0	70	1.01
118035129--118035179	16	3.2	16	81	10	68	27	1	1	68	1.11
118046905--118047869	205	4.7	205	92	0	1529	31	18	20	29	1.97
118048082--118048106	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
118049533--118049652	32	3.6	32	69	21	86	35	2	0	62	1.09
118049539--118049606	9	7.7	9	76	17	63	35	1	0	63	1.04
118049534--118049702	20	8.3	20	74	17	111	33	3	0	62	1.16
118049534--118049655	45	2.8	43	79	11	124	35	2	0	62	1.09
118049533--118049655	13	9.3	13	65	23	53	34	2	0	62	1.08
118049996--118050044	24	2.0	24	84	7	64	44	0	0	55	0.99
118049996--118050044	14	3.8	13	82	15	66	44	0	0	55	0.99
118050009--118050050	12	3.5	12	78	12	50	45	2	0	52	1.13
118054355--118054420	23	2.9	22	76	10	62	54	1	0	43	1.09
118054412--118054440	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
118054353--118054457	52	2.0	51	82	12	126	54	2	0	42	1.15
118061428--118061465	12	3.2	12	85	11	51	55	0	0	44	0.99
118061427--118061465	14	2.9	14	82	17	55	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118061428--118061509	19	4.3	20	65	21	59	54	2	0	42	1.13
118061940--118061970	12	2.5	12	94	5	53	45	22	0	32	1.53
118065712--118065745	18	1.9	17	94	5	59	17	29	41	11	1.85
118066683--118066708	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
118068882--118068917	12	3.0	12	100	0	72	16	0	25	58	1.38
118074890--118074915	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
118075517--118075554	19	2.0	20	89	5	60	36	23	15	23	1.94
118075919--118075967	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
118083915--118083954	17	2.2	19	86	8	57	25	10	0	65	1.24
118083961--118084017	22	2.6	21	78	8	69	22	8	1	66	1.29
118086351--118086574	40	5.6	40	88	4	285	24	28	24	23	2.00
118094690--118094914	40	5.7	39	87	3	290	24	28	24	23	2.00
118094690--118094914	79	2.8	78	85	4	283	24	28	24	23	2.00
118097474--118097535	6	10.3	6	81	5	54	14	9	1	74	1.15
118099333--118099389	30	1.9	30	92	0	96	28	35	24	12	1.91
118101164--118101201	16	2.4	16	91	4	60	15	0	10	73	1.09
118106570--118106673	41	2.5	43	78	10	108	32	28	15	23	1.95
118106566--118106687	43	2.9	41	78	6	120	30	28	16	24	1.96
118108379--118108535	44	3.7	42	76	12	167	24	19	26	29	1.98
118110518--118110672	42	3.7	40	73	12	125	25	18	25	30	1.98
118111198--118111251	24	2.3	23	84	12	74	20	3	27	48	1.66
118113300--118113367	28	2.5	28	92	2	111	19	8	26	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118117244--118117311	28	2.5	28	92	4	113	19	8	26	45	1.79
118121183--118121248	28	2.4	28	89	2	98	19	9	25	45	1.80
118125003--118125115	60	1.9	60	98	0	217	52	6	3	38	1.44
118128117--118128220	53	1.9	54	86	1	147	47	7	0	44	1.38
118131303--118131376	37	2.0	37	82	15	91	40	24	9	25	1.85
118140318--118140603	137	2.1	136	94	0	500	32	25	18	24	1.97
118142366--118142475	26	4.2	26	94	0	166	37	22	5	34	1.78
118144598--118144707	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
118146144--118146214	26	2.7	26	84	4	79	35	22	11	30	1.89
118146322--118146434	27	4.2	27	82	7	122	17	23	23	36	1.95
118146320--118146434	54	2.1	54	87	6	162	17	22	23	36	1.95
118146496--118146535	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
118148870--118148913	14	2.8	17	70	22	51	31	34	20	13	1.92
118155457--118155726	134	2.0	135	94	0	479	35	25	14	25	1.93
118157424--118157456	17	1.9	17	88	11	50	54	6	9	30	1.56
118159147--118159210	34	1.9	34	87	3	94	48	3	9	39	1.51
118163116--118163158	9	4.6	9	81	18	52	34	2	9	53	1.46
118163154--118163202	15	3.2	16	77	8	57	40	0	2	57	1.10
118163643--118163684	18	2.3	18	88	8	59	30	7	2	59	1.37
118176148--118176630	205	2.4	204	88	2	691	30	18	21	28	1.97
118178462--118178504	9	4.6	9	81	18	52	34	2	9	53	1.46
118178500--118178548	15	3.2	16	77	8	57	40	0	2	57	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118181480--118181575	47	2.0	47	97	0	183	53	15	8	22	1.69
118184213--118184262	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
118186551--118186617	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
118190181--118190210	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
118191334--118191443	26	4.2	26	87	2	141	36	5	21	36	1.77
118193061--118193148	27	3.3	26	85	7	113	15	22	22	38	1.92
118197174--118197228	20	2.7	20	81	16	67	40	1	1	56	1.21
118197165--118197231	26	2.6	26	79	9	66	37	1	1	59	1.16
118197478--118197529	3	17.3	3	95	0	95	34	0	0	65	0.93
118197528--118197576	14	3.7	13	78	13	55	69	0	10	20	1.17
118198628--118198735	45	2.4	45	84	6	139	21	18	17	42	1.89
118201562--118201586	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
118202926--118203043	58	2.0	58	100	0	236	32	16	5	46	1.68
118204529--118204567	19	2.0	21	85	10	55	28	5	2	64	1.28
118207474--118207514	22	1.9	21	90	5	64	46	19	14	19	1.84
118207526--118207578	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
118209067--118209121	26	2.2	25	96	3	101	36	27	5	30	1.79
118209117--118209148	10	3.2	10	100	0	64	31	9	9	50	1.66
118209765--118209794	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
118210321--118210372	24	2.2	24	89	0	77	51	9	5	32	1.58
118212282--118212333	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
118216945--118217095	43	3.5	43	77	9	155	32	23	15	27	1.96
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118223327--118223359	16	1.9	18	88	11	52	48	0	6	45	1.27
118231729--118231779	27	1.9	26	84	4	66	60	11	23	3	1.47
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118237895--118237935	14	2.7	15	88	7	57	31	4	0	63	1.15
118238045--118238086	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
118250603--118250762	44	3.7	44	71	9	157	35	21	23	19	1.96
118250569--118251024	86	5.2	85	81	7	429	36	23	21	18	1.95
118250733--118250979	45	5.7	43	72	11	146	36	25	19	18	1.94
118252654--118252723	21	3.4	20	68	26	56	25	8	1	64	1.30
118252757--118252781	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
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118256387--118256418	15	2.1	15	94	0	55	43	3	0	53	1.16
118257697--118257823	23	5.4	23	72	15	98	37	24	23	14	1.93
118259981--118260008	11	2.5	11	100	0	56	71	0	0	28	0.86
118259982--118260057	19	3.7	21	79	10	77	60	6	0	32	1.22
118261970--118262022	24	2.4	21	84	12	70	39	3	3	52	1.37
118261967--118262029	22	2.7	23	82	4	74	38	3	3	55	1.32
118262100--118262153	30	2.0	28	82	17	69	29	16	3	50	1.63
118263325--118263389	36	1.9	33	84	12	87	60	1	0	38	1.07
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118277534--118277566	17	1.9	17	100	0	66	60	6	3	30	1.36
118278721--118278797	27	2.8	28	72	14	79	61	1	0	37	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118278750--118278789	19	2.0	21	85	9	57	60	2	0	37	1.11
118279236--118279278	18	2.4	18	77	14	54	53	0	6	39	1.28
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118281580--118281626	21	2.3	21	82	10	53	44	4	2	48	1.34
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118285004--118285093	40	2.4	37	87	9	121	34	11	25	28	1.90
118285004--118285134	35	3.6	35	77	13	113	32	12	23	31	1.91
118286711--118286927	40	5.4	40	81	4	258	33	23	16	26	1.96
118286714--118286927	80	2.7	80	94	0	356	33	23	16	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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