genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  233  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65799216--65799369	40	3.9	40	94	0	274	22	28	22	25	1.99
65802010--65802082	15	4.9	15	77	9	69	56	12	17	13	1.68
65804291--65804468	78	2.2	81	82	8	215	25	28	21	24	1.99
65804285--65804468	40	4.6	39	80	9	187	26	27	21	24	1.99
65807870--65807996	60	2.1	60	98	0	245	44	22	6	26	1.76
65808451--65808576	46	2.8	46	90	3	193	30	29	19	21	1.97
65809879--65809971	29	3.2	29	93	3	170	32	27	12	26	1.93
65810182--65810224	16	2.7	16	77	0	50	9	16	18	55	1.67
65818339--65818370	13	2.5	13	94	0	55	25	28	28	18	1.98
65830931--65831093	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
65834199--65834254	29	1.9	29	88	0	85	39	8	23	28	1.85
65841666--65841725	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
65853291--65853734	219	2.0	219	99	0	881	26	31	14	27	1.95
65861695--65861958	93	2.8	93	83	1	341	30	27	18	23	1.98
65861688--65861859	46	3.7	46	72	13	154	30	29	19	20	1.97
65864054--65864118	6	10.3	6	79	11	51	73	4	6	15	1.19
65864230--65864273	21	2.0	22	83	12	56	11	2	68	18	1.30
65864400--65864429	12	2.4	13	94	5	53	53	0	43	3	1.17
65888697--65888740	22	2.0	21	82	4	52	75	4	6	13	1.17
65893851--65893985	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
65893797--65893986	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
65908265--65908328	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65913092--65913262	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
65919931--65920112	39	4.6	39	87	2	240	24	22	30	23	1.99
65929197--65929238	19	2.3	19	88	8	61	35	4	14	45	1.66
65930733--65930845	27	4.2	26	85	7	145	38	22	23	15	1.93
65930733--65930845	54	2.1	54	90	3	174	38	22	23	15	1.93
65932660--65932722	24	2.6	24	94	0	108	36	25	15	22	1.94
65939729--65939840	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
65939729--65939840	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
65944972--65945083	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
65944972--65945083	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
65950857--65950968	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
65950857--65950968	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
65955275--65955559	100	2.9	100	97	1	538	31	8	29	31	1.87
65955275--65955559	49	5.7	49	96	2	507	31	8	29	31	1.87
65955618--65955693	39	1.9	39	97	0	143	34	7	27	30	1.85
65955733--65955823	37	2.4	37	92	1	146	24	17	31	26	1.97
65957709--65957869	45	3.7	44	75	12	145	28	28	18	24	1.98
65957709--65957880	43	4.0	43	74	11	136	30	27	17	24	1.97
65960003--65960132	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
65960019--65960170	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
65960019--65960170	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
65969521--65969645	29	4.3	29	86	1	171	29	30	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65971870--65972109	121	2.0	122	99	0	473	44	15	5	35	1.69
65974298--65974361	30	2.2	29	91	2	101	35	25	14	25	1.93
65975746--65975878	45	3.0	44	80	7	139	34	27	15	22	1.95
65977845--65977872	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
65981751--65981777	7	3.9	7	100	0	54	74	11	0	14	1.08
65990938--65991111	45	3.8	45	82	9	226	28	29	20	21	1.98
65990946--65991116	93	1.8	92	96	1	315	28	30	20	21	1.98
65996429--65996600	46	3.8	44	79	11	195	28	30	19	21	1.98
65996434--65996620	46	4.1	43	70	22	107	28	29	19	21	1.98
65998619--65998705	30	2.9	31	83	10	83	20	24	19	35	1.96
65998637--65998705	30	2.3	30	87	7	95	21	20	20	37	1.94
65998781--65998825	19	2.5	17	83	13	63	35	2	15	46	1.58
65998781--65998824	18	2.4	18	85	10	63	34	2	15	47	1.58
65999611--65999646	11	3.3	11	92	0	54	38	19	25	16	1.92
65999609--65999660	22	2.4	22	80	0	59	34	17	26	21	1.95
66003684--66003717	16	2.1	16	94	0	59	35	20	14	29	1.93
66011169--66011217	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
66012035--66012201	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
66019168--66019216	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
66020033--66020199	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	23	2.00
66024457--66024531	22	3.4	22	77	0	69	14	33	24	28	1.94
66031880--66031919	18	2.3	17	86	4	53	15	25	45	15	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66034016--66034239	40	5.6	40	94	3	355	26	27	22	24	2.00
66037059--66037100	20	2.1	20	100	0	84	19	14	35	30	1.91
66045125--66045310	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
66052823--66052989	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
66052839--66052989	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
66058696--66058862	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
66058712--66058862	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
66062577--66062728	40	3.8	40	77	6	148	26	23	26	23	2.00
66070570--66070719	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
66070605--66070735	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
66074425--66074474	14	3.4	14	80	8	55	72	0	20	8	1.10
66076403--66076630	46	5.0	46	92	1	323	38	14	24	22	1.91
66077772--66077835	23	2.8	23	87	0	92	39	18	20	21	1.93
66081565--66081596	16	2.0	16	100	0	64	50	31	6	12	1.65
66083409--66083515	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
66088423--66088660	57	4.2	57	92	5	389	28	36	18	17	1.93
66088422--66088660	111	2.1	111	93	3	408	28	35	18	17	1.94
66090631--66090737	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
66093292--66093406	29	4.0	28	82	6	133	30	14	26	28	1.95
66100887--66101066	54	3.3	54	79	1	191	22	18	33	25	1.96
66103270--66103321	20	2.6	19	88	8	77	42	19	11	26	1.85
66103666--66103731	32	2.0	33	91	2	107	34	21	6	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66105159--66105296	53	2.6	53	82	2	159	37	20	21	20	1.94
66112995--66113023	14	2.1	14	100	0	58	58	0	13	27	1.36
66117322--66117482	67	2.4	67	90	3	243	44	6	5	44	1.52
66117455--66117489	18	1.9	18	88	0	52	51	2	0	45	1.16
66124025--66124065	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
66126168--66126193	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
66129952--66130176	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
66130171--66130300	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
66138063--66138287	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
66138282--66138411	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
66143967--66144139	21	8.3	21	74	12	126	49	16	19	15	1.79
66144002--66144087	32	2.7	32	96	1	156	51	17	18	12	1.76
66144023--66144072	11	4.6	11	75	5	57	56	18	14	12	1.68
66143978--66144129	53	2.9	52	81	6	182	50	16	19	14	1.79
66145638--66145716	24	3.5	22	83	11	97	24	22	21	31	1.98
66146315--66146397	41	2.0	41	97	0	157	37	4	20	37	1.74
66148465--66148512	15	3.2	15	87	0	78	33	0	12	54	1.38
66156377--66156432	28	2.0	28	100	0	112	35	14	25	25	1.93
66161776--66161832	24	2.5	22	76	20	71	24	21	17	36	1.94
66161790--66161855	24	2.7	24	86	6	80	28	22	16	31	1.96
66168014--66168184	46	3.7	45	77	16	163	28	21	28	22	1.99
66168056--66168279	47	4.8	48	78	9	198	27	20	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66168014--66168279	140	1.9	141	80	8	319	27	19	28	23	1.98
66171728--66171897	47	3.7	46	84	9	204	28	18	30	22	1.98
66186815--66187135	47	6.7	47	73	13	221	29	20	28	21	1.98
66186815--66187135	94	3.4	95	82	7	348	29	20	28	21	1.98
66193709--66193733	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
66194447--66194729	47	5.9	48	75	10	238	29	20	27	22	1.98
66194403--66194723	47	6.7	47	75	11	212	29	20	28	22	1.98
66194403--66194723	94	3.4	93	79	9	296	29	20	28	22	1.98
66200627--66200817	101	1.9	101	84	6	262	33	16	21	27	1.95
66200623--66200835	101	2.1	101	82	5	261	34	16	22	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444