genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  243  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68948028--68948084	29	2.0	29	100	0	114	36	7	14	42	1.72
68957271--68957344	31	2.5	31	87	10	93	29	25	13	31	1.94
68957270--68957373	28	3.5	29	82	6	111	29	26	13	29	1.94
68965169--68965269	28	3.5	29	86	6	125	29	26	13	29	1.94
68978690--68978792	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
68984923--68985130	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
68984925--68985130	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
68992971--68993176	40	5.2	40	83	2	209	25	22	26	25	2.00
68992973--68993176	78	2.6	80	84	3	243	25	23	26	25	2.00
68994562--68994625	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
69004836--69004967	40	3.3	40	87	3	178	23	19	28	28	1.98
69004817--69005000	79	2.3	77	77	10	174	26	19	26	27	1.99
69008202--69008364	39	4.2	39	86	0	218	23	32	20	23	1.98
69012961--69013061	28	3.5	28	87	4	130	28	12	27	30	1.93
69020873--69020973	28	3.5	28	87	4	130	28	12	27	30	1.93
69027095--69027283	39	4.8	40	87	3	208	23	32	21	22	1.98
69027139--69027280	76	1.9	77	96	1	268	21	32	21	24	1.98
69027131--69027291	39	4.2	39	90	4	254	23	32	20	22	1.98
69029465--69029687	53	4.2	53	73	5	162	39	18	22	19	1.92
69032316--69032466	40	3.8	40	77	10	148	27	24	26	21	2.00
69032353--69032482	40	3.2	40	78	2	145	24	23	27	23	2.00
69032315--69032482	80	2.1	80	81	6	198	26	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69036489--69036535	24	2.0	24	83	8	60	42	0	29	27	1.56
69041161--69041190	15	2.0	15	100	0	60	26	0	20	53	1.46
69043427--69043607	85	2.1	85	93	0	308	27	24	13	35	1.92
69051401--69051458	30	1.9	30	89	6	91	17	29	32	20	1.95
69056407--69056504	6	18.2	5	75	14	65	73	1	5	20	1.08
69056435--69056492	6	9.3	6	81	7	71	79	1	3	15	0.95
69056407--69056504	17	5.6	17	71	15	76	73	1	5	20	1.08
69056442--69056501	9	6.3	9	73	22	52	78	1	3	16	0.97
69056436--69056504	26	2.6	26	80	13	86	78	1	2	17	0.95
69064777--69064872	16	6.3	15	71	27	62	75	1	5	18	1.05
69064777--69064873	6	18.2	5	73	17	72	75	1	5	18	1.05
69064777--69064873	11	9.0	11	72	15	69	75	1	5	18	1.05
69064800--69064865	26	2.7	25	81	9	73	78	1	4	15	0.98
69064783--69064871	21	4.4	20	81	9	92	76	1	4	17	1.02
69072914--69072955	22	2.0	21	85	4	57	50	2	7	40	1.43
69073052--69073082	3	10.3	3	92	0	53	38	0	0	61	0.96
69073090--69073124	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
69075939--69076042	42	2.4	44	76	9	108	26	18	24	30	1.98
69083496--69083724	108	2.1	110	85	9	306	23	27	22	26	1.99
69084787--69084922	68	2.0	68	92	0	227	41	16	10	30	1.82
69086684--69086763	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
69091274--69091311	19	2.0	20	85	15	53	39	21	0	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69091541--69091711	93	1.8	93	94	0	306	29	28	20	21	1.98
69091536--69091708	46	3.7	46	80	10	217	30	27	20	21	1.98
69099105--69099275	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
69099100--69099272	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
69101675--69101854	35	5.1	35	80	0	189	41	18	11	28	1.85
69107530--69107568	12	3.2	12	88	0	51	10	25	38	25	1.87
69118421--69118588	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
69118421--69118588	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
69121373--69121399	14	1.9	14	100	0	54	33	7	22	37	1.82
69122475--69122625	42	3.6	41	80	8	171	30	15	26	27	1.96
69125294--69125342	25	2.0	25	88	8	73	40	22	24	12	1.88
69126017--69126112	40	2.4	40	78	0	93	27	22	20	29	1.99
69126945--69126997	21	2.5	21	78	0	61	50	28	0	20	1.48
69127351--69127396	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
69129888--69130127	27	8.9	27	79	3	243	31	20	7	41	1.79
69129863--69130125	81	3.2	81	84	1	321	31	20	7	39	1.81
69130050--69130216	27	6.2	27	79	4	113	37	23	7	31	1.82
69129888--69130181	54	5.4	54	83	0	320	32	20	7	39	1.80
69129912--69130151	81	3.0	81	82	4	304	31	20	7	41	1.79
69130086--69130216	54	2.4	54	83	2	147	38	23	7	30	1.83
69130106--69130299	27	7.2	27	75	7	117	36	22	11	29	1.89
69130260--69130477	27	8.0	27	84	0	283	35	19	20	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69130680--69130774	25	3.8	25	86	5	129	28	25	22	24	1.99
69130678--69130799	50	2.5	51	77	8	135	28	24	22	24	1.99
69130995--69131067	31	2.4	30	86	4	119	30	17	24	27	1.97
69134509--69134686	40	4.5	40	87	3	236	24	26	24	24	2.00
69136578--69136768	27	7.1	27	89	0	274	28	20	9	40	1.84
69136578--69136790	81	2.6	81	86	0	300	30	20	8	40	1.83
69136578--69136815	81	2.9	81	83	3	203	31	20	8	39	1.82
69136776--69136842	27	2.5	27	100	0	134	41	17	2	37	1.65
69136836--69136989	27	5.8	26	78	10	107	37	22	12	26	1.91
69136950--69137167	27	8.0	27	85	0	292	35	18	21	24	1.96
69137370--69137464	25	3.8	25	88	5	147	28	25	22	24	1.99
69137370--69137477	25	4.4	24	84	9	119	30	23	22	24	1.99
69137368--69137489	50	2.5	51	80	8	153	28	24	22	24	1.99
69137685--69137767	31	2.7	31	94	3	143	28	15	26	28	1.96
69139610--69139656	24	2.0	24	91	0	76	29	21	6	42	1.77
69139875--69140006	14	10.0	13	68	21	53	46	0	3	50	1.22
69139871--69139928	19	3.0	19	73	16	57	43	0	3	53	1.17
69139875--69139975	50	2.0	51	94	1	177	45	0	3	49	1.27
69139953--69140008	29	1.9	29	88	0	85	50	0	0	50	1.00
69140277--69140424	9	16.7	9	81	4	131	44	19	2	33	1.65
69145428--69145456	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
69146308--69146514	43	4.7	43	80	8	207	28	30	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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69147896--69148067	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
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69162051--69162113	12	5.5	12	77	7	51	66	3	20	9	1.34
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69177538--69177708	46	3.7	45	79	10	184	20	30	22	26	1.98
69177824--69177883	27	2.3	26	91	2	93	38	13	5	43	1.66
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69185338--69185506	46	3.7	44	79	15	132	23	28	21	26	1.99
69185904--69185937	12	2.9	11	91	8	50	85	0	0	14	0.60
69186060--69186157	19	5.2	19	88	7	146	37	9	16	36	1.80
69186050--69186157	36	2.9	35	78	20	112	37	9	15	37	1.80
69193884--69194332	44	10.2	44	70	11	240	32	16	23	27	1.96
69193884--69194334	132	3.4	132	87	1	625	32	16	23	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69194407--69194728	87	3.7	86	67	17	196	32	18	19	28	1.96
69194288--69194687	175	2.3	175	94	0	683	33	19	19	27	1.96
69194612--69194769	87	1.8	84	80	10	185	32	16	22	28	1.95
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69195163--69195219	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
69195163--69195241	36	2.1	38	90	9	126	37	10	16	35	1.82
69195163--69195241	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
69199138--69199242	27	3.9	27	85	7	133	16	24	21	37	1.93
69199138--69199249	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	37	1.93
69200878--69200933	19	2.9	19	79	10	53	67	1	3	26	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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