genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  260  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74302647--74302824	5	30.3	6	69	28	95	32	1	0	65	1.07
74302648--74302834	100	1.9	100	82	10	240	32	1	1	65	1.09
74304186--74304222	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
74312712--74312838	44	2.8	46	74	5	118	27	22	19	29	1.98
74312570--74312971	143	2.9	141	82	5	483	25	21	21	31	1.98
74313335--74313473	46	3.0	46	87	1	197	24	23	17	34	1.96
74313920--74314023	53	2.0	53	92	0	172	52	8	15	23	1.70
74315767--74315802	18	2.0	18	100	0	72	66	0	5	27	1.13
74317863--74317911	24	2.0	24	84	0	62	12	18	18	51	1.76
74320219--74320243	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
74321345--74321380	17	2.1	17	89	0	54	11	0	41	47	1.39
74327613--74327755	37	3.9	37	94	0	241	25	30	18	25	1.98
74327896--74328132	48	4.9	48	92	0	366	31	27	6	34	1.83
74338148--74338415	47	5.7	46	74	11	177	29	20	27	22	1.99
74340499--74340827	75	4.4	75	81	3	342	31	22	20	26	1.98
74340701--74340817	35	3.2	35	73	11	108	31	23	19	24	1.98
74340498--74340831	150	2.2	150	81	4	406	31	22	20	26	1.98
74347987--74348020	14	2.4	15	85	14	54	32	0	23	44	1.54
74348907--74348938	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
74349265--74349676	199	2.1	198	97	0	788	33	17	20	27	1.96
74351914--74352163	134	1.9	133	96	0	464	19	10	18	50	1.76
74354224--74354263	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74355864--74355919	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
74356024--74356276	9	27.6	9	77	7	170	47	13	1	38	1.51
74356025--74356276	18	13.7	18	76	8	195	47	13	1	38	1.50
74356079--74356300	114	1.9	114	85	3	304	46	13	1	38	1.51
74361507--74361608	50	2.0	50	100	0	204	27	5	9	56	1.54
74362374--74362472	43	2.3	43	80	3	110	25	26	22	26	2.00
74363690--74363715	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
74366136--74366229	40	2.4	39	82	5	118	38	37	10	13	1.80
74368128--74368153	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
74374575--74374762	39	4.8	39	88	0	223	23	30	21	23	1.99
74374611--74374763	39	3.9	39	92	0	243	23	31	20	24	1.98
74374580--74374762	78	2.3	79	88	1	260	22	30	22	24	1.99
74377790--74377823	16	2.1	16	88	0	50	41	2	20	35	1.68
74382341--74382396	22	2.6	21	83	8	76	21	26	39	12	1.89
74386287--74386437	22	6.7	22	82	7	144	23	21	18	35	1.95
74389089--74389175	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
74389250--74389448	49	4.0	49	98	0	371	31	26	8	34	1.85
74392460--74392598	40	3.5	39	73	5	116	25	27	23	24	2.00
74393345--74393456	40	2.8	40	91	0	170	25	24	19	30	1.98
74395508--74395652	47	3.0	47	95	4	263	30	27	8	33	1.86
74395508--74395652	49	3.0	49	96	2	267	30	27	8	33	1.86
74396687--74396738	20	2.5	21	87	6	79	53	7	0	38	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74397257--74397293	11	3.2	12	88	11	60	45	0	54	0	1.00
74397255--74397304	11	4.5	11	82	9	57	44	0	56	0	0.99
74397565--74397597	13	2.4	14	95	5	59	18	6	15	60	1.54
74397564--74397598	14	2.5	15	86	13	56	17	5	14	62	1.49
74397562--74397637	33	2.4	31	82	8	100	11	6	18	63	1.49
74398038--74398143	35	3.0	35	95	0	194	22	12	49	16	1.78
74398850--74398995	53	2.9	50	78	14	174	34	19	16	28	1.94
74398849--74399001	48	3.0	52	80	12	174	35	18	16	28	1.94
74399051--74399639	70	8.2	70	91	5	962	31	20	15	32	1.94
74399051--74399639	147	4.1	140	92	4	962	31	20	15	32	1.94
74399051--74399639	217	2.7	217	96	2	1075	31	20	15	32	1.94
74407859--74407896	2	19.0	2	84	10	51	50	5	0	44	1.24
74408415--74408451	11	3.2	12	88	11	60	45	0	54	0	1.00
74408413--74408462	11	4.5	11	82	9	57	44	0	56	0	0.99
74408720--74408790	31	2.3	29	81	13	88	14	5	16	63	1.48
74408722--74408757	14	2.5	15	95	4	65	16	5	13	63	1.47
74408721--74408759	15	2.6	16	84	16	64	15	5	15	64	1.46
74408721--74408788	15	4.5	15	72	24	63	14	5	17	61	1.52
74408719--74408790	32	2.3	31	81	11	94	13	5	16	63	1.47
74409197--74409302	35	3.0	35	95	0	194	22	12	49	16	1.78
74409439--74409547	49	2.2	50	91	6	186	33	24	7	34	1.83
74415607--74415677	22	3.2	22	67	15	56	63	16	4	15	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74419024--74419068	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
74423619--74423663	22	2.0	22	87	8	65	51	13	2	33	1.53
74431235--74431261	14	1.9	14	100	0	54	7	7	3	81	0.97
74434510--74434609	48	2.1	48	86	3	139	24	18	26	32	1.97
74434535--74434629	48	2.0	48	85	0	127	28	18	22	30	1.97
74442358--74442423	26	2.6	26	83	11	75	33	1	0	65	1.02
74442378--74442423	17	2.8	17	87	9	60	36	0	0	63	0.95
74442379--74442434	19	3.1	18	75	12	53	39	0	1	58	1.08
74446560--74446600	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
74448866--74448936	32	2.2	32	85	7	92	52	8	7	32	1.59
74449053--74449139	42	2.1	42	97	0	165	44	4	11	39	1.61
74451000--74451336	178	1.9	174	85	4	462	44	10	13	31	1.78
74452097--74452134	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
74452758--74452800	17	2.7	16	85	7	61	60	4	0	34	1.17
74452758--74452795	16	2.3	17	90	4	60	63	5	0	31	1.17
74455347--74455531	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
74455340--74455531	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
74462664--74462765	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
74466473--74466657	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
74466466--74466657	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
74471556--74471801	124	2.0	124	99	0	483	42	25	4	27	1.75
74472790--74472860	35	2.0	35	94	0	124	45	16	0	38	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74477515--74477623	43	2.6	42	78	11	107	23	22	26	27	1.99
74477510--74477634	42	3.0	41	76	12	119	25	20	27	27	1.99
74484453--74484487	18	1.9	18	88	0	52	34	0	11	54	1.37
74484855--74484883	11	2.5	12	94	5	51	17	24	0	58	1.38
74485280--74485327	17	3.1	15	77	13	53	83	4	4	8	0.90
74485280--74485327	14	3.3	14	80	11	51	83	4	4	8	0.90
74488728--74488865	69	2.0	69	95	0	249	36	8	22	32	1.85
74489942--74489977	18	2.0	18	100	0	72	27	33	5	33	1.80
74491396--74491424	11	2.5	12	94	5	51	17	24	0	58	1.38
74493195--74493277	43	1.9	44	85	7	116	24	16	27	31	1.97
74496207--74496239	13	2.6	13	90	4	50	30	3	15	51	1.58
74497749--74497898	42	3.6	41	83	8	178	31	24	13	31	1.93
74502301--74502386	42	2.0	42	81	2	100	36	25	10	27	1.89
74502323--74502425	42	2.5	42	83	3	127	31	26	13	29	1.94
74509102--74509265	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
74509102--74509299	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
74512193--74512268	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
74523078--74523241	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
74523078--74523275	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
74528706--74528907	46	4.4	47	77	7	175	30	20	28	20	1.98
74528877--74529012	47	2.8	48	80	10	136	29	16	30	23	1.97
74530621--74530758	40	3.5	40	89	3	181	24	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74538469--74538643	40	4.4	40	93	2	273	25	28	21	24	1.99
74542801--74543115	47	6.5	47	90	5	459	29	30	8	32	1.87
74542801--74543115	96	3.3	96	92	3	501	29	30	8	32	1.87
74547967--74548002	18	1.9	19	88	5	56	22	11	0	66	1.22
74557600--74557650	21	2.5	21	87	6	70	35	17	1	45	1.60
74558390--74558428	21	1.9	21	84	5	53	10	12	7	69	1.37
74560366--74560464	48	2.1	48	86	0	135	32	29	17	21	1.96
74562138--74562265	39	3.3	39	88	0	202	19	19	38	22	1.94
74562495--74562525	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
74564034--74564077	3	14.7	3	95	0	79	31	0	2	65	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444