genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  187  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52369278--52369373	45	2.1	45	82	3	113	34	21	18	25	1.96
52369249--52369753	176	2.9	176	90	0	769	29	19	21	29	1.98
52369699--52370220	133	3.9	132	90	2	760	28	21	22	27	1.99
52370481--52370559	13	5.2	16	68	26	55	29	51	2	16	1.57
52370472--52370563	30	3.1	30	90	0	139	30	48	2	18	1.60
52370918--52371042	3	42.0	3	71	17	75	29	3	1	65	1.17
52370923--52371040	14	8.8	14	69	19	58	28	3	1	66	1.18
52370920--52371037	17	6.8	17	72	13	82	28	3	1	66	1.18
52377184--52377407	40	5.6	40	83	8	267	25	26	23	24	2.00
52377184--52377407	83	2.8	80	83	8	258	25	26	23	24	2.00
52379392--52379458	28	2.5	27	90	7	102	19	10	28	41	1.84
52383671--52383738	28	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
52387919--52388086	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
52395943--52396110	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
52400236--52400333	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
52407899--52407996	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
52420060--52420098	17	2.3	17	100	0	78	20	5	12	61	1.50
52425318--52425524	53	3.8	54	77	5	204	20	23	18	38	1.94
52425321--52425513	55	3.6	53	79	4	176	20	23	18	37	1.94
52428420--52428470	23	2.2	24	82	10	61	41	11	13	33	1.81
52433849--52433963	31	3.7	31	92	1	196	28	26	16	28	1.97
52433990--52434077	41	2.1	42	91	2	142	32	20	14	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52434225--52434294	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
52434852--52434916	33	2.0	33	100	0	130	30	24	6	38	1.80
52438236--52438437	53	3.7	54	80	2	217	19	22	18	38	1.93
52452551--52452758	55	3.9	54	84	4	249	22	25	17	35	1.95
52452737--52453092	47	7.6	47	80	8	343	23	25	16	35	1.95
52452667--52453226	92	5.9	90	72	11	316	23	25	16	35	1.95
52452716--52453227	234	2.2	234	93	0	862	23	25	16	34	1.95
52452783--52453219	187	2.3	186	80	7	460	22	24	17	34	1.96
52452716--52453227	47	11.0	45	75	11	315	23	25	16	34	1.95
52453855--52453912	30	1.9	31	86	10	84	27	22	13	36	1.92
52463507--52463633	45	2.9	45	82	8	138	25	28	22	23	1.99
52466067--52466105	7	5.6	7	100	0	78	12	0	46	41	1.42
52468505--52468647	39	3.6	40	89	3	211	23	22	29	25	1.99
52468505--52468680	39	4.5	39	84	6	171	24	22	28	24	2.00
52473051--52473221	93	1.8	92	94	1	306	27	29	22	20	1.98
52473043--52473217	46	3.8	46	81	10	223	28	29	21	20	1.98
52473093--52473236	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
52479427--52479641	78	2.7	78	86	8	294	24	23	28	23	1.99
52479427--52479608	39	4.6	39	93	2	294	23	23	29	24	1.99
52484848--52484980	26	5.2	26	87	2	189	27	24	20	27	1.99
52484848--52484980	51	2.6	51	90	2	205	27	24	20	27	1.99
52485030--52485104	20	3.8	20	91	6	111	34	18	9	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52485030--52485085	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
52485047--52485103	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
52492833--52492920	37	2.4	37	98	1	169	39	40	10	9	1.71
52492971--52493092	26	4.8	26	87	1	167	27	22	22	27	1.99
52492959--52493092	52	2.7	51	89	4	202	27	22	21	28	1.99
52493142--52493198	20	2.9	21	85	10	68	33	17	8	40	1.81
52494387--52494430	22	2.0	23	86	8	65	59	20	18	2	1.49
52498232--52498341	42	2.6	41	76	9	123	32	17	22	27	1.96
52498507--52498536	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
52499001--52499057	23	2.5	23	88	11	98	17	3	26	52	1.60
52506026--52506187	26	6.2	26	93	0	252	32	4	24	37	1.77
52506026--52506187	78	2.1	78	95	0	288	32	4	24	37	1.77
52507790--52507893	29	3.7	29	82	7	117	19	24	21	35	1.96
52507789--52507905	27	4.3	27	81	10	103	19	23	20	36	1.95
52508820--52508930	43	2.6	42	82	2	132	31	16	24	27	1.96
52509103--52509132	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
52519780--52519828	25	2.0	25	100	0	98	24	10	24	40	1.86
52521687--52521747	30	2.0	30	83	0	77	36	8	26	29	1.85
52522249--52522395	67	2.3	64	79	11	156	30	17	29	21	1.96
52522409--52522481	36	2.0	36	100	0	146	31	16	30	21	1.95
52525010--52525070	30	2.0	30	83	0	77	36	8	26	29	1.85
52525539--52525718	67	2.8	63	73	10	157	28	17	30	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52528924--52528976	26	2.0	26	100	0	106	41	15	11	32	1.82
52529261--52529312	22	2.4	21	83	6	59	28	19	28	23	1.98
52533603--52533942	27	12.7	26	77	7	92	37	22	7	32	1.82
52533668--52533823	54	2.9	54	87	0	204	32	19	7	40	1.79
52533783--52533943	81	2.0	82	87	3	220	42	21	6	29	1.78
52533790--52533941	27	5.7	27	84	0	198	42	21	7	28	1.79
52533929--52534172	27	9.1	27	84	0	319	36	18	20	23	1.95
52534379--52534448	25	2.8	25	88	0	104	27	28	18	25	1.98
52536827--52536889	27	2.4	26	79	10	74	41	23	6	28	1.79
52536841--52537050	27	7.8	27	80	6	149	30	23	8	37	1.85
52536870--52537050	82	2.2	80	88	1	263	28	22	9	39	1.85
52536874--52537050	55	3.3	54	85	2	239	29	21	9	39	1.85
52537029--52537197	27	6.3	27	85	3	180	39	20	8	30	1.83
52537043--52537194	81	1.9	80	88	1	232	42	20	8	28	1.81
52537186--52537425	27	8.9	27	85	2	286	35	17	21	25	1.95
52537631--52537712	25	3.4	24	91	5	121	28	23	23	25	2.00
52542670--52542736	24	2.9	23	78	12	66	28	16	32	22	1.95
52544577--52544706	40	3.2	40	81	4	156	23	28	25	23	1.99
52546509--52546550	22	1.9	22	100	0	84	26	23	14	35	1.93
52549575--52549710	47	3.0	43	77	14	132	29	27	19	22	1.98
52552100--52552154	15	3.7	15	81	13	78	60	10	16	12	1.60
52555118--52555253	47	3.0	43	77	14	132	29	27	19	22	1.98
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52557640--52557694	15	3.7	15	81	13	78	60	10	16	12	1.60
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52572632--52572767	40	3.4	40	90	3	211	28	28	19	22	1.98
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52580546--52580772	119	1.9	120	91	2	377	28	27	21	22	1.99
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52604921--52605089	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
52611355--52611572	40	5.5	40	89	2	318	27	27	21	23	1.99
52619832--52620050	40	5.5	40	94	2	372	26	27	22	22	1.99
52623302--52623397	43	2.3	42	78	12	106	31	16	22	29	1.96
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52643924--52644127	40	5.1	40	85	4	245	25	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52646104--52646277	49	3.5	49	85	1	240	25	15	27	31	1.96
52646096--52646277	99	1.8	99	92	0	310	25	15	27	30	1.96
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52650160--52650357	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
52656698--52656846	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
52656739--52656846	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
52664837--52664944	40	2.7	38	85	8	128	21	30	25	22	1.98
52671084--52671237	70	2.2	71	96	3	287	19	27	17	35	1.94
52671084--52671271	70	2.7	69	87	6	224	21	28	17	33	1.95
52678127--52678290	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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