genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  131  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34376346--34376391	15	2.8	17	87	6	60	2	23	0	73	0.94
34376483--34376545	30	2.1	30	85	5	83	26	1	14	57	1.47
34376491--34376564	30	2.5	30	75	4	78	24	0	13	62	1.31
34385370--34385495	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
34385309--34385495	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
34392164--34392335	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
34392156--34392331	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
34394710--34394798	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
34394710--34394789	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
34394721--34394798	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
34397728--34397901	46	3.8	46	78	14	214	28	29	21	20	1.98
34397736--34397906	92	1.8	93	94	1	308	27	30	21	20	1.98
34401592--34401759	40	4.2	40	80	3	169	25	26	21	26	1.99
34414598--34414739	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
34414637--34414765	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
34417665--34417885	40	5.6	40	87	1	302	23	20	29	27	1.99
34423483--34423643	29	5.6	29	93	0	259	26	32	14	26	1.95
34423425--34423643	87	2.5	87	83	2	253	26	33	15	25	1.95
34431572--34431732	29	5.6	29	93	0	259	26	32	14	26	1.95
34434227--34434266	8	4.9	8	81	6	53	55	0	2	42	1.13
34434214--34434266	17	3.1	17	82	15	65	56	0	1	41	1.10
34434213--34434273	18	3.4	18	78	10	63	57	0	1	40	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34434211--34434282	25	2.8	24	79	12	72	56	0	4	38	1.18
34443520--34443637	59	2.0	59	93	3	202	44	16	24	15	1.86
34450218--34450332	28	3.9	28	70	14	88	24	17	26	31	1.97
34450185--34450318	61	2.2	61	91	0	223	20	19	29	30	1.97
34450185--34450333	61	2.4	61	87	2	183	23	18	27	30	1.98
34450496--34450557	27	2.3	27	80	5	72	48	20	14	16	1.81
34459441--34459572	29	4.5	29	93	1	228	36	13	25	25	1.92
34459409--34459572	59	2.8	58	87	2	229	34	13	25	26	1.93
34464489--34464520	6	5.3	6	92	0	55	21	18	12	46	1.82
34472663--34472769	28	3.9	27	75	9	101	37	22	22	17	1.94
34475341--34475507	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
34483366--34483533	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
34485439--34485509	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
34487454--34487582	46	2.8	46	93	0	222	30	28	20	20	1.98
34494132--34494157	12	2.2	12	100	0	52	7	0	23	69	1.14
34514166--34514205	19	2.2	19	86	4	55	15	0	25	60	1.35
34521404--34521786	48	8.0	48	86	0	435	28	26	16	27	1.97
34521416--34521786	144	2.6	144	84	0	483	28	26	16	27	1.97
34527914--34527938	13	1.9	13	100	0	50	8	24	36	32	1.84
34527998--34528121	55	2.3	55	82	2	151	17	31	27	23	1.97
34532184--34532210	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
34535829--34535874	20	2.3	19	82	17	58	47	10	8	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34539215--34539249	6	5.8	6	86	0	52	77	0	5	17	0.96
34544917--34544955	11	3.5	11	82	0	51	38	5	7	48	1.54
34545670--34545706	17	2.2	17	90	0	56	35	13	13	37	1.84
34550062--34550164	29	3.6	28	78	5	107	22	16	32	29	1.96
34557106--34557208	29	3.6	28	78	5	107	22	16	32	29	1.96
34568419--34568454	16	2.3	16	90	4	56	36	0	22	41	1.54
34570053--34570088	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
34571192--34571342	66	2.3	64	82	3	178	23	31	15	28	1.96
34572076--34572135	30	2.0	29	83	3	75	31	23	5	40	1.76
34575137--34575188	24	2.2	24	86	6	70	32	17	26	23	1.96
34578517--34578632	58	2.0	58	100	0	232	32	18	12	36	1.88
34578536--34578627	29	3.2	29	61	11	71	34	18	9	36	1.84
34580080--34580182	44	2.4	42	81	10	127	26	18	22	33	1.97
34580080--34580225	42	3.4	42	79	9	143	27	19	21	31	1.97
34585104--34585130	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
34586486--34586652	60	2.8	60	77	5	167	16	21	26	35	1.94
34588283--34588364	40	2.0	40	100	0	164	36	7	21	34	1.82
34588574--34588619	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
34606434--34606623	41	4.6	41	83	0	227	21	26	15	36	1.93
34611303--34611333	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
34614595--34614637	20	2.3	18	88	8	59	41	6	6	44	1.58
34616589--34616662	37	2.0	37	89	0	112	33	9	9	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34624516--34624589	37	2.0	37	94	0	130	32	10	12	44	1.76
34627850--34627892	17	2.3	18	84	15	52	41	6	4	46	1.51
34635916--34636473	48	11.7	48	76	12	456	28	17	29	24	1.97
34635916--34636378	191	2.4	191	93	1	779	28	17	29	23	1.97
34643654--34644070	47	8.8	47	74	14	270	27	17	30	24	1.97
34643654--34643829	46	3.8	46	81	8	171	27	18	31	22	1.97
34643655--34643976	95	3.4	98	75	13	282	27	17	31	24	1.97
34647647--34647709	19	3.4	19	66	27	53	53	11	6	28	1.60
34647638--34647724	37	2.3	38	90	6	131	54	12	4	28	1.58
34667571--34667721	60	2.5	60	74	5	153	43	4	11	41	1.61
34672646--34672797	40	3.8	38	75	17	141	30	23	20	25	1.98
34672644--34672793	80	1.9	79	87	4	221	29	24	20	26	1.99
34673140--34673178	14	2.7	15	84	8	53	17	0	33	48	1.48
34673186--34673244	22	2.7	22	78	5	66	22	0	33	44	1.53
34673581--34673689	43	2.5	43	93	0	173	29	29	21	20	1.98
34673938--34673978	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
34679548--34679586	18	2.2	17	95	4	69	20	2	0	76	0.90
34679556--34679611	25	2.2	25	83	3	67	17	5	1	75	1.09
34679663--34679756	7	13.6	7	77	10	77	29	0	1	69	0.96
34679662--34679686	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
34679650--34679756	22	5.0	22	81	13	109	32	0	0	66	0.98
34679643--34679744	15	7.1	15	81	12	108	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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34680662--34680888	87	2.7	82	83	8	287	23	26	20	29	1.99
34681599--34681711	41	2.8	40	86	9	165	48	15	10	24	1.77
34686079--34686178	43	2.3	43	81	5	112	26	20	24	30	1.98
34687486--34687515	6	4.8	6	95	4	51	66	0	0	33	0.92
34687654--34687713	22	2.7	22	76	0	66	35	20	25	20	1.96
34691613--34691712	36	2.8	35	80	4	112	27	20	10	43	1.83
34691613--34691712	35	2.8	36	83	1	121	27	20	10	43	1.83
34692906--34693131	65	3.5	65	77	8	201	30	17	12	39	1.87
34699515--34699779	47	5.6	48	80	9	251	24	28	16	29	1.97
34699562--34699828	94	2.8	93	82	10	337	24	29	17	28	1.97
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34718443--34718487	19	2.4	19	81	7	56	71	0	11	17	1.14
34718532--34718589	28	2.0	29	90	3	91	36	24	3	36	1.72
34718595--34718653	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
34719413--34719552	48	3.0	45	72	14	124	50	5	4	40	1.46
34719573--34719678	53	2.0	53	86	0	149	34	13	15	36	1.86
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34731742--34731871	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
34731758--34731908	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34731742--34731908	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
34734251--34734582	164	2.0	164	97	0	628	31	22	10	35	1.88
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34739040--34740620	681	2.3	669	80	8	1706	40	10	10	38	1.74
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34747268--34747294	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
34758821--34758845	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
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34766495--34766519	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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