genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  200  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55927810--55928009	108	1.8	109	86	3	287	35	18	24	22	1.96
55928247--55928277	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
55932377--55932598	68	3.4	65	74	11	211	31	15	28	23	1.95
55934891--55935022	40	3.3	40	80	5	142	23	22	26	27	2.00
55937751--55937968	40	5.5	40	92	3	334	25	28	22	23	1.99
55940868--55940985	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
55940836--55940999	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	18	1.94
55947213--55947292	40	2.0	40	92	0	133	27	26	22	23	2.00
55949060--55949195	51	2.7	51	74	4	139	40	13	7	38	1.72
55951878--55952013	51	2.7	51	75	4	148	41	13	6	38	1.70
55958574--55958699	40	3.2	40	93	1	200	26	27	22	23	1.99
55961891--55962094	54	3.8	54	77	5	189	23	23	17	35	1.95
55962125--55962233	48	2.3	48	98	0	209	17	20	22	39	1.92
55964410--55964442	16	2.1	16	88	5	50	12	33	30	24	1.91
55973253--55973436	48	3.8	48	94	1	314	32	6	27	34	1.82
55973256--55973593	47	7.1	47	87	5	275	31	7	29	31	1.86
55973256--55973546	96	3.1	96	84	8	339	31	7	28	31	1.86
55973410--55973614	47	4.4	47	91	0	320	32	8	29	28	1.87
55988685--55989061	50	7.5	50	75	6	280	28	17	24	29	1.97
55988675--55989068	151	2.6	151	84	1	549	27	17	24	29	1.97
55988675--55989020	101	3.4	100	75	7	240	28	17	23	29	1.97
55989273--55989302	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55991503--55991546	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
55991771--55991989	40	5.6	41	87	6	312	27	26	23	22	2.00
55999498--55999541	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
55999768--55999982	40	5.4	40	88	1	308	28	26	22	22	1.99
56002223--56002441	46	4.8	44	74	12	147	26	19	28	25	1.98
56019329--56019376	22	2.1	24	85	14	66	39	6	0	54	1.26
56024973--56025189	79	2.7	81	83	6	241	25	26	22	25	2.00
56024987--56025190	40	5.1	40	84	5	245	25	26	22	25	2.00
56028793--56028974	40	4.6	40	78	8	167	24	24	28	23	2.00
56028793--56028974	78	2.3	80	81	6	201	24	24	28	23	2.00
56031958--56032139	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
56031958--56032139	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
56039934--56040115	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
56039934--56040115	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
56043305--56043386	27	3.1	26	71	5	65	40	15	13	30	1.86
56043509--56043554	18	2.6	18	100	0	92	10	41	30	17	1.84
56048868--56048935	23	2.8	25	84	10	97	25	23	19	32	1.97
56048875--56048942	23	2.9	23	91	6	102	22	23	22	32	1.98
56048888--56048952	23	2.8	23	90	4	87	24	24	21	29	1.99
56050431--56050462	5	6.4	5	92	0	55	3	37	0	59	1.13
56051807--56051907	18	5.6	18	80	0	103	25	18	12	42	1.86
56058967--56059053	18	4.8	18	82	0	111	27	22	11	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56063626--56063663	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
56071530--56071630	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
56078563--56081098	44	58.4	44	88	2	3583	29	16	31	21	1.96
56078563--56081098	304	8.3	305	89	2	3436	29	16	31	21	1.96
56081389--56081433	8	5.5	8	85	12	56	84	0	6	8	0.78
56082322--56082349	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
56082617--56082654	19	2.0	19	89	0	58	31	21	13	34	1.91
56084054--56084165	43	2.6	42	79	8	127	27	15	25	32	1.95
56089923--56089987	25	2.6	24	77	15	69	27	21	23	27	1.99
56098596--56098695	27	3.7	28	80	9	109	39	21	10	30	1.86
56098596--56098702	54	2.0	54	81	7	128	37	21	10	30	1.87
56098598--56098714	54	2.2	53	79	10	121	37	22	11	29	1.88
56098691--56098902	27	7.9	27	85	4	259	26	23	9	40	1.85
56098880--56099019	27	5.2	27	82	3	183	38	22	8	30	1.84
56098880--56099101	54	4.1	54	83	4	223	39	20	9	31	1.83
56098768--56098928	81	2.0	81	82	0	196	28	21	10	39	1.86
56098882--56099046	27	6.1	28	83	5	153	38	22	9	29	1.85
56098895--56099049	81	1.9	81	85	7	217	39	21	9	29	1.85
56099058--56099109	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
56099163--56099227	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
56100464--56100520	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
56100462--56100532	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56100473--56100527	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
56100577--56100790	24	9.0	24	86	5	276	28	21	21	27	1.99
56100577--56100769	71	2.7	71	94	0	325	29	21	21	27	1.99
56103862--56104054	40	4.8	40	89	1	273	22	24	29	24	1.99
56110079--56110209	29	4.5	29	87	0	163	29	16	31	23	1.96
56113244--56113291	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
56113334--56113394	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
56113444--56113562	24	5.0	24	86	5	161	28	21	22	27	1.99
56113444--56113562	47	2.5	48	86	5	161	28	21	22	27	1.99
56113754--56113817	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
56132156--56132226	26	2.8	26	72	4	65	40	18	19	21	1.91
56132299--56132420	65	1.9	64	83	5	156	37	21	16	24	1.93
56134676--56134747	35	2.1	35	100	0	144	40	16	2	40	1.63
56134892--56135063	45	3.9	45	87	3	226	26	29	20	22	1.99
56135874--56135966	47	2.0	47	91	8	154	46	15	10	27	1.79
56142472--56142634	45	3.7	44	87	6	224	24	28	22	24	2.00
56143455--56143550	47	2.0	47	89	0	147	42	15	13	28	1.85
56143797--56144005	104	2.0	104	100	0	418	36	33	4	25	1.77
56146984--56147045	31	2.0	31	93	0	106	35	32	19	12	1.90
56151431--56151474	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
56153266--56153333	27	2.5	28	92	4	113	42	27	10	19	1.83
56161583--56161666	43	2.0	43	83	9	109	27	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56162468--56162509	16	2.7	16	77	3	50	19	9	19	52	1.72
56165318--56165400	31	2.6	31	80	3	85	59	19	6	15	1.57
56165645--56165684	21	1.9	21	94	0	71	0	52	20	27	1.46
56166101--56166129	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
56171249--56171330	9	9.1	9	72	10	60	32	4	20	41	1.74
56171332--56171361	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
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56172222--56172328	50	2.1	51	84	5	137	45	6	11	36	1.66
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56175204--56175325	40	3.1	39	78	4	129	22	24	24	28	1.99
56175175--56175359	79	2.3	79	77	13	191	23	26	24	25	2.00
56177529--56177561	16	2.1	16	94	0	57	57	15	12	15	1.65
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56177936--56178200	84	3.2	84	83	5	245	30	23	14	31	1.94
56178449--56178479	15	2.1	15	93	0	53	41	45	0	12	1.42
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56178465--56178568	21	5.0	21	72	11	79	44	35	2	17	1.64
56178518--56178597	42	1.9	42	87	5	117	45	33	1	20	1.59
56178446--56178591	49	3.0	49	83	6	145	45	34	2	18	1.61
56179645--56179726	27	3.0	27	82	7	103	32	21	24	20	1.98
56179832--56179922	28	3.3	28	90	6	141	30	6	27	35	1.82
56179835--56179919	27	3.1	27	91	5	127	30	7	27	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56187505--56187603	40	2.5	41	77	9	105	26	23	24	26	2.00
56190756--56190870	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
56190781--56190870	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
56190976--56191095	28	4.3	28	95	2	206	30	7	26	35	1.84
56191343--56191374	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
56193175--56193230	14	3.9	14	79	9	51	30	0	23	46	1.53
56193175--56193217	22	2.0	22	86	9	61	30	0	23	46	1.52
56193755--56193909	74	2.1	75	79	3	170	27	19	18	35	1.95
56202950--56203079	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
56207976--56208002	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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