genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.390.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  390  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113112733--113112845	54	2.1	54	86	3	156	17	23	21	37	1.94
113112909--113112948	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
113117068--113117241	53	3.3	54	78	8	178	34	16	25	24	1.95
113118765--113118834	19	3.5	19	69	16	52	61	17	1	20	1.42
113131145--113131225	7	11.4	7	92	2	108	13	0	37	49	1.42
113136590--113136734	40	3.6	40	82	4	175	26	24	24	23	2.00
113142052--113142218	46	3.5	46	75	12	156	28	28	16	25	1.97
113143283--113143388	21	5.0	22	82	10	114	36	25	22	15	1.93
113143283--113143389	44	2.5	41	79	10	126	36	25	22	15	1.94
113143579--113143673	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
113143593--113143676	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
113147147--113147222	31	2.4	33	85	10	104	52	0	1	46	1.08
113156380--113156650	38	7.1	38	89	0	389	18	21	23	36	1.95
113157523--113157550	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
113161002--113161039	18	2.1	18	90	0	58	21	15	0	63	1.31
113171697--113171727	15	2.1	15	93	0	53	61	3	22	12	1.46
113172876--113172957	41	2.0	42	87	2	121	35	23	23	18	1.96
113173076--113173154	28	2.9	27	79	3	68	49	22	16	11	1.77
113175431--113175468	17	2.1	19	90	9	62	52	23	0	23	1.47
113176130--113176192	32	2.0	32	84	3	83	47	3	7	41	1.48
113179068--113179108	16	2.6	16	88	3	57	56	19	7	17	1.64
113181526--113181572	21	2.3	21	88	3	69	25	2	6	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113183211--113183372	26	6.2	26	91	0	243	33	6	24	36	1.80
113183211--113183372	78	2.1	78	94	0	279	33	6	24	36	1.80
113184986--113185098	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
113184984--113185098	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
113189041--113189150	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
113190768--113190880	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
113190766--113190880	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
113192652--113192689	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
113193912--113193962	23	2.2	22	80	10	57	54	9	0	35	1.33
113196760--113196800	21	2.0	21	90	0	64	39	19	12	29	1.88
113204765--113204794	16	1.9	15	93	6	51	46	6	0	46	1.29
113217406--113217445	19	2.1	19	90	0	62	42	0	17	40	1.49
113217410--113217452	19	2.2	20	80	12	54	41	0	13	44	1.44
113218426--113218476	26	2.0	25	88	3	75	45	3	0	50	1.20
113218840--113218909	29	2.3	31	81	13	85	41	8	7	42	1.63
113223892--113223938	24	2.0	24	83	8	60	36	23	2	38	1.67
113228692--113228762	37	1.9	37	83	11	92	60	2	1	35	1.20
113235772--113235822	22	2.4	22	86	3	68	15	31	35	17	1.92
113242715--113242763	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
113243585--113243751	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
113250722--113250770	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
113251589--113251755	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113253040--113253075	1	36.0	1	100	0	72	100	0	0	0	0.00
113253229--113253273	22	2.0	22	95	0	81	57	4	17	20	1.56
113255166--113255204	14	2.8	14	84	0	51	41	10	17	30	1.83
113255798--113255853	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
113268795--113268841	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
113269102--113269282	46	3.9	46	87	1	229	20	23	14	40	1.90
113274037--113274083	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
113274226--113274255	13	2.3	13	94	0	51	36	26	0	36	1.57
113274344--113274525	46	4.0	46	89	1	240	20	24	14	40	1.90
113277984--113278053	21	3.3	21	85	0	95	17	21	14	47	1.82
113277993--113278080	42	2.1	42	91	0	140	21	18	14	45	1.85
113277995--113278075	21	3.9	21	80	0	90	20	18	13	46	1.83
113286841--113286913	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
113287004--113287036	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
113302408--113302457	20	2.5	20	75	15	50	60	2	32	6	1.32
113304795--113304965	42	4.0	43	81	8	172	22	16	28	31	1.96
113318686--113318725	20	2.0	20	100	0	80	45	10	20	25	1.81
113321957--113322031	3	25.3	3	90	2	98	36	1	4	58	1.25
113322144--113322171	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
113324163--113324198	17	2.0	17	89	10	54	72	0	11	16	1.12
113330932--113331062	31	4.3	31	74	5	97	41	16	12	29	1.85
113332243--113332457	114	1.9	115	85	2	299	34	16	17	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113332845--113332877	17	1.9	17	88	11	50	45	3	9	42	1.51
113334301--113334339	20	2.0	20	84	0	51	71	0	7	20	1.10
113334897--113334943	22	2.1	22	92	4	76	42	6	0	51	1.27
113344019--113344060	21	2.0	20	82	13	50	33	0	16	50	1.46
113347369--113347411	24	1.9	23	81	13	54	37	13	2	46	1.57
113352851--113353009	45	3.5	45	81	0	201	45	13	21	19	1.85
113355820--113355864	20	2.3	19	85	14	56	37	26	0	35	1.57
113357157--113357196	16	2.5	16	87	0	62	20	12	30	37	1.89
113361834--113361874	18	2.4	18	84	15	52	39	7	2	51	1.43
113370526--113370594	34	2.0	34	100	0	138	17	23	5	53	1.65
113370931--113371012	39	2.1	39	84	4	103	43	26	14	14	1.84
113373040--113373079	19	2.2	19	90	4	64	37	15	5	42	1.68
113373270--113373324	3	18.7	3	96	3	103	69	0	0	30	0.89
113375933--113375977	6	7.5	6	100	0	90	33	0	15	51	1.44
113377591--113377623	16	2.1	16	100	0	66	27	6	36	30	1.81
113380152--113380205	17	3.1	17	78	17	56	29	1	3	64	1.21
113382017--113382312	147	2.0	147	100	0	592	37	20	6	35	1.79
113383448--113383505	23	2.5	22	78	8	62	56	3	1	37	1.26
113385317--113385367	15	3.2	15	75	20	50	58	15	0	25	1.37
113385317--113385385	33	2.1	34	83	8	88	62	13	0	24	1.31
113385351--113385412	30	2.1	30	87	0	88	61	11	1	25	1.39
113385437--113385475	11	3.5	11	78	0	51	69	7	2	20	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113385601--113385630	13	2.3	13	94	0	51	33	3	0	63	1.11
113388438--113388481	13	3.3	13	78	15	54	45	0	0	54	0.99
113389554--113389603	26	2.0	25	84	4	64	30	26	8	36	1.85
113394979--113395019	16	2.7	16	92	7	68	9	0	19	70	1.14
113395005--113395077	34	2.1	34	84	7	92	26	0	15	58	1.37
113396253--113396297	22	2.1	22	87	4	65	46	0	31	22	1.52
113398965--113399137	85	2.0	85	98	0	337	49	11	5	34	1.61
113400953--113400991	20	2.0	20	94	0	69	5	30	15	48	1.66
113400941--113400976	15	2.4	15	95	0	63	8	30	16	44	1.77
113404003--113404052	3	16.3	3	91	4	82	66	0	2	32	1.03
113406020--113406044	12	2.1	12	100	0	50	20	8	16	56	1.65
113406533--113406580	24	2.0	24	95	0	87	37	16	14	31	1.89
113411089--113411132	22	2.0	22	95	0	79	59	9	11	20	1.59
113411298--113411520	67	3.3	67	83	2	270	39	15	21	23	1.91
113411298--113411559	67	3.9	67	79	5	264	39	16	21	22	1.92
113415044--113415080	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
113415234--113415328	47	2.0	47	82	10	113	30	26	13	29	1.94
113415242--113415328	24	3.7	24	83	7	106	29	27	13	28	1.94
113416190--113416435	123	2.0	123	99	0	483	40	5	16	37	1.73
113417339--113417414	22	3.5	22	89	5	118	59	1	3	35	1.24
113417338--113417409	23	3.2	23	92	4	119	59	1	4	34	1.25
113417337--113417432	45	2.2	45	83	5	124	61	1	4	33	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113418590--113418616	14	1.9	14	100	0	54	44	0	22	33	1.53
113418676--113419061	44	8.8	44	78	4	357	27	13	20	39	1.89
113418691--113419061	132	2.8	131	88	1	528	26	13	20	38	1.90
113430151--113430265	29	4.0	28	81	8	133	27	28	15	27	1.96
113430142--113430252	58	1.9	58	87	1	161	27	29	16	27	1.97
113431154--113431243	33	2.7	33	92	0	153	30	8	24	36	1.86
113434684--113434792	58	1.9	58	84	1	148	26	28	16	28	1.97
113434693--113434807	29	4.0	29	82	2	117	27	26	15	29	1.96
113435018--113435068	24	2.1	24	88	0	75	9	19	17	52	1.72
113442541--113442755	46	4.6	48	82	5	253	29	19	27	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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