genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  104  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25544177--25544268	10	9.2	10	67	21	50	59	0	7	32	1.25
25544209--25544258	17	3.1	16	77	11	57	58	0	4	38	1.17
25544217--25544285	19	3.5	19	79	13	68	56	0	7	36	1.27
25544458--25544502	12	3.8	11	80	13	54	62	0	2	35	1.08
25554211--25554352	40	3.6	40	87	2	198	25	21	27	26	1.99
25560095--25560192	45	2.2	45	83	7	119	27	20	8	43	1.80
25561811--25561840	4	7.2	4	92	7	51	50	0	0	50	1.00
25562356--25562382	13	2.1	13	100	0	54	14	33	29	22	1.94
25563414--25563456	19	2.2	20	83	8	52	39	0	0	60	0.97
25563342--25563454	43	2.6	41	75	18	104	30	1	2	64	1.17
25563802--25563835	15	2.3	15	89	0	50	29	0	2	67	1.05
25568667--25568691	12	2.1	12	100	0	50	36	24	8	32	1.84
25571680--25571723	22	2.0	22	95	0	79	34	22	9	34	1.86
25575002--25575027	10	2.6	10	100	0	52	38	23	7	30	1.83
25574942--25575020	22	3.5	22	70	3	68	39	16	7	36	1.77
25575947--25575984	20	1.9	20	84	10	51	57	15	5	21	1.57
25584308--25584429	46	2.7	44	81	12	142	22	29	20	27	1.99
25591862--25592129	46	5.7	45	77	15	158	22	30	20	26	1.98
25591912--25592134	46	4.8	43	78	14	164	22	30	20	26	1.98
25591861--25592131	94	2.9	93	79	12	281	22	30	20	26	1.98
25591862--25592129	140	1.9	141	81	9	332	22	30	20	26	1.98
25598128--25598200	22	3.3	22	87	11	105	41	20	4	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25603597--25603652	28	2.0	28	100	0	112	42	21	17	17	1.89
25603924--25603998	39	1.9	39	100	0	150	48	30	0	21	1.51
25609369--25609439	23	3.2	22	82	7	81	67	9	18	4	1.35
25609428--25609454	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
25611684--25611745	32	2.0	32	96	3	117	32	9	24	33	1.88
25611894--25611939	20	2.2	20	84	3	56	65	4	4	26	1.30
25612986--25613060	26	3.2	26	60	25	65	36	16	24	24	1.94
25612983--25613075	45	2.1	45	100	0	186	34	15	24	25	1.94
25618701--25618773	31	2.3	32	90	6	114	32	2	15	49	1.58
25620349--25620402	29	1.9	29	85	7	76	38	3	27	29	1.74
25624521--25624782	139	1.9	139	92	0	443	39	6	20	33	1.79
25633055--25633173	41	2.9	41	86	8	152	26	29	16	27	1.97
25633055--25633173	43	2.9	41	86	6	152	26	29	16	27	1.97
25637109--25637299	103	1.9	103	85	2	267	27	23	15	34	1.94
25645764--25645789	4	6.5	4	100	0	52	23	0	50	26	1.50
25646894--25646933	19	2.2	19	86	4	55	35	2	7	55	1.42
25650555--25650607	26	2.0	26	100	0	106	39	15	11	33	1.83
25662971--25662995	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
25666539--25666608	27	2.6	27	86	0	86	20	24	14	41	1.89
25666763--25666863	45	2.2	45	80	3	123	27	20	10	40	1.86
25669910--25670039	47	2.8	47	83	0	170	23	16	27	31	1.96
25673147--25673193	24	2.0	24	100	0	94	27	29	8	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25673689--25673820	45	2.9	45	83	5	142	23	20	14	41	1.89
25681973--25682075	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
25695879--25695948	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
25701332--25701368	19	1.9	19	94	0	65	37	18	18	24	1.94
25703617--25703668	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
25703707--25703766	27	2.3	27	85	2	77	21	25	18	35	1.96
25706376--25706478	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
25724800--25725355	206	2.7	206	92	0	889	30	17	22	29	1.97
25726992--25727051	26	2.6	23	73	19	61	45	5	0	50	1.23
25726998--25727050	26	2.1	26	85	3	72	47	5	0	47	1.26
25727090--25727160	24	2.8	25	83	12	83	32	2	1	63	1.18
25727151--25727215	28	2.3	28	84	5	87	30	4	3	61	1.31
25727167--25727214	16	3.2	16	69	19	50	29	4	2	64	1.23
25727410--25727463	26	2.1	27	83	10	69	31	1	0	66	1.02
25727444--25727469	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
25727766--25727795	16	1.9	15	93	6	51	33	6	16	43	1.74
25729948--25730006	27	2.2	26	84	3	73	22	22	18	37	1.94
25734369--25734637	49	5.6	49	75	9	182	22	27	19	30	1.98
25734365--25734637	98	2.9	97	79	7	254	22	27	19	30	1.98
25734413--25734637	46	4.8	46	75	13	165	21	28	20	29	1.98
25737841--25737897	24	2.4	24	81	0	60	50	10	22	15	1.74
25739827--25740094	48	5.9	46	75	11	189	27	18	27	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25739981--25740094	42	2.7	42	90	0	174	28	20	26	25	1.99
25739934--25740181	132	1.9	131	82	5	311	28	18	26	26	1.98
25743719--25743759	18	2.2	19	87	12	59	12	7	14	65	1.45
25745002--25745092	45	2.0	46	97	2	175	28	13	13	45	1.81
25747146--25747170	11	2.3	11	100	0	50	32	0	16	52	1.44
25751136--25751176	21	1.9	22	85	5	57	60	2	0	36	1.10
25752293--25752363	19	3.7	19	72	12	56	29	1	0	69	0.98
25753907--25753939	15	2.1	16	88	5	50	48	3	0	48	1.17
25755397--25755489	33	2.8	32	79	17	84	51	0	5	43	1.24
25756472--25756505	12	2.7	13	86	9	52	35	5	20	38	1.77
25756604--25756647	23	1.9	23	100	0	88	25	18	18	38	1.92
25760782--25760842	20	3.1	19	75	13	61	42	9	4	42	1.59
25760789--25760842	19	2.8	18	78	10	63	40	11	5	42	1.64
25761137--25761296	80	2.0	80	96	0	293	17	24	20	38	1.93
25766665--25766703	14	2.7	15	88	11	55	58	5	0	35	1.20
25766981--25767036	24	2.2	26	81	12	64	32	1	10	55	1.45
25768914--25768947	16	2.1	16	88	0	50	64	8	8	17	1.47
25771296--25771356	30	2.0	30	96	0	113	39	24	1	34	1.65
25772077--25772245	43	4.0	43	79	6	157	33	24	14	27	1.94
25777889--25777922	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
25779780--25779813	17	1.9	18	88	5	52	58	0	2	38	1.13
25781566--25781627	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25781651--25781693	22	2.0	22	90	0	68	74	2	2	20	1.04
25785924--25786098	46	3.8	45	77	7	190	28	30	20	21	1.98
25785931--25786102	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	21	1.98
25785932--25786118	46	4.0	46	69	19	120	27	29	20	21	1.98
25790278--25790494	46	4.7	46	90	1	301	38	15	24	21	1.92
25790229--25790494	138	2.0	130	85	7	354	37	15	24	21	1.92
25790755--25790801	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
25792575--25792660	45	1.9	45	100	0	172	34	16	15	33	1.90
25804619--25804643	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
25812753--25812828	22	3.2	25	80	12	81	59	1	0	39	1.06
25812924--25812959	8	4.6	8	86	6	56	36	0	11	52	1.37
25813468--25813503	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
25831689--25831873	40	4.6	40	83	6	239	22	28	24	24	2.00
25842149--25842178	8	3.8	8	90	0	51	50	0	33	16	1.46
25843567--25843644	9	8.2	9	68	14	50	37	0	2	60	1.11
25843568--25843644	29	2.7	30	91	4	115	37	0	2	59	1.11
25843596--25843668	20	3.8	19	75	7	58	45	0	1	53	1.09
25843560--25843661	29	3.5	29	82	6	91	41	0	1	56	1.10
25853212--25854499	643	2.0	643	97	0	2423	25	16	23	34	1.96
25860353--25860384	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
25866593--25866622	15	2.0	15	93	0	51	36	6	3	53	1.44
25871393--25871668	55	4.9	55	80	7	286	26	9	14	50	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25871395--25871664	115	2.4	110	81	7	287	26	9	14	50	1.73
25872506--25872539	16	2.1	16	88	0	50	70	2	17	8	1.25
25879905--25879978	36	2.1	36	100	0	148	37	10	10	40	1.75
25880639--25880682	23	1.9	23	90	0	70	61	11	0	27	1.30
25884216--25884374	38	4.1	37	80	10	117	46	11	9	32	1.73
25884247--25884380	38	3.4	38	80	8	128	46	12	8	32	1.72
25891560--25891676	3	39.3	3	85	5	148	67	1	0	29	1.06
25897210--25897234	13	1.9	13	100	0	50	24	24	48	4	1.68
25899539--25899586	20	2.4	21	82	10	64	68	6	2	22	1.23
25902638--25902667	16	1.9	15	93	6	51	0	23	3	73	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
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