genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.354.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  354  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102587468--102587507	16	2.6	15	84	7	53	17	5	0	77	0.94
102587521--102587580	17	3.6	17	73	11	61	36	0	0	63	0.95
102587526--102587610	18	4.8	18	67	17	52	34	0	4	61	1.17
102594638--102594677	13	3.1	13	92	0	71	27	7	25	40	1.82
102606069--102606143	21	3.2	22	73	19	64	10	21	12	56	1.66
102608457--102608519	18	3.6	18	82	8	85	30	9	23	36	1.87
102610252--102610295	9	4.9	9	91	0	61	0	31	0	68	0.90
102610509--102610550	12	3.5	12	86	0	57	11	45	2	40	1.54
102637285--102637335	25	2.0	25	100	0	102	19	19	11	49	1.79
102638857--102638911	6	9.2	6	91	0	74	58	0	25	16	1.38
102639055--102639129	26	2.9	27	86	4	91	45	6	17	30	1.74
102640762--102640791	3	10.0	3	92	0	51	0	30	0	70	0.88
102641050--102641247	43	4.6	43	87	1	238	28	29	17	24	1.97
102641186--102641328	74	1.9	74	80	2	162	37	23	14	25	1.93
102641328--102641353	10	2.6	10	100	0	52	65	0	0	34	0.93
102645300--102645340	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
102645816--102645846	15	2.1	15	100	0	62	67	6	0	25	1.14
102646117--102646264	7	20.3	7	71	13	75	39	39	1	19	1.60
102646117--102646241	15	8.5	14	69	17	58	37	40	0	20	1.59
102646573--102646624	15	3.5	15	78	5	61	48	28	1	21	1.61
102646568--102646640	36	2.1	35	87	7	103	45	30	2	21	1.66
102646577--102646640	7	9.0	7	75	3	56	46	28	1	23	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102646763--102646846	38	2.2	39	91	2	134	17	1	32	48	1.55
102646865--102646951	41	2.2	40	82	12	106	17	20	20	41	1.90
102650832--102650877	6	7.7	6	95	4	76	32	0	2	65	1.05
102652429--102652503	38	2.0	37	82	7	89	61	1	6	30	1.30
102652772--102652897	9	13.4	9	73	17	96	31	0	2	65	1.11
102652772--102652897	19	6.8	17	72	21	69	31	0	2	65	1.11
102652771--102652840	28	2.5	28	86	9	90	31	1	2	64	1.17
102652780--102652870	10	9.3	10	76	10	73	34	1	1	63	1.09
102653687--102653744	29	2.0	29	83	6	73	25	10	25	37	1.88
102661831--102661899	30	2.3	30	82	9	79	27	23	14	34	1.94
102663092--102663196	48	2.3	47	83	8	126	36	0	55	7	1.35
102663217--102663288	30	2.4	30	85	0	90	33	11	25	30	1.90
102674226--102674282	28	2.0	28	80	12	64	33	7	26	33	1.83
102676831--102676989	27	5.9	26	81	8	176	19	25	20	33	1.96
102676828--102676989	54	3.0	54	90	2	229	19	25	20	33	1.96
102684420--102684483	28	2.3	27	80	17	69	31	4	28	35	1.78
102684427--102684483	28	2.0	28	83	12	73	33	5	28	33	1.79
102698251--102698392	26	5.7	26	72	12	100	16	26	21	35	1.94
102698312--102698380	24	2.8	24	74	12	77	18	30	20	30	1.97
102698372--102698501	24	5.3	24	67	6	66	17	26	23	33	1.96
102698816--102698861	15	2.9	17	78	12	53	47	0	19	32	1.50
102702637--102702819	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102710699--102710881	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
102719288--102719388	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
102724066--102724200	29	4.7	29	85	5	157	24	31	15	28	1.96
102724041--102724199	57	2.8	58	81	1	176	23	33	15	27	1.95
102725773--102726182	203	2.0	203	89	0	624	33	22	13	29	1.93
102728146--102728269	48	2.6	48	84	0	158	23	21	20	33	1.97
102732274--102732309	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
102733566--102733625	28	2.2	26	82	5	75	36	0	0	63	0.95
102733569--102733624	20	2.7	20	81	10	60	33	0	0	66	0.92
102736287--102736316	4	7.2	4	92	7	51	70	0	3	26	1.03
102736287--102736318	12	2.5	13	90	10	57	68	0	6	25	1.12
102737848--102737889	13	3.3	13	83	16	61	30	0	2	66	1.04
102737782--102737870	16	5.1	16	69	22	63	32	3	1	62	1.19
102737773--102737886	33	3.7	30	70	20	83	31	2	1	64	1.18
102741792--102741848	29	2.0	29	82	6	71	28	12	33	26	1.92
102741750--102741910	72	2.2	72	98	0	313	27	12	35	24	1.91
102741864--102741966	29	3.6	29	80	2	109	24	15	32	28	1.95
102753520--102754411	206	4.3	206	90	2	1396	29	18	22	29	1.98
102753520--102754411	411	2.2	412	91	1	1432	29	18	22	29	1.98
102754678--102754706	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
102756177--102756265	16	5.1	16	69	22	63	32	3	1	62	1.19
102756259--102756284	11	2.4	11	100	0	52	26	0	7	65	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102756679--102756737	17	3.6	16	74	21	59	33	3	0	62	1.12
102763955--102764442	44	11.0	45	73	11	278	29	25	15	29	1.96
102763988--102764505	176	2.9	172	82	5	513	29	25	15	29	1.96
102764248--102764505	89	2.9	86	74	17	285	30	25	15	28	1.96
102764158--102764529	176	2.1	178	86	3	518	31	25	15	28	1.96
102764247--102764534	87	3.3	87	73	16	279	31	24	15	28	1.95
102771584--102771609	13	2.0	13	100	0	52	7	30	15	46	1.74
102776861--102777028	40	4.2	40	83	5	198	27	28	20	23	1.99
102784712--102784904	29	6.7	29	93	0	305	30	21	15	33	1.94
102784712--102784931	87	2.5	87	88	1	325	29	24	15	31	1.95
102784714--102784931	58	3.8	58	89	1	303	29	24	15	31	1.95
102785973--102786034	31	2.0	31	100	0	124	41	25	6	25	1.79
102788155--102788322	40	4.2	40	83	5	198	26	28	21	23	1.99
102788171--102788322	80	1.9	80	87	5	227	25	27	22	24	2.00
102793413--102793589	40	4.5	40	82	4	182	25	28	23	23	2.00
102798791--102798996	47	4.2	49	76	8	145	23	14	28	33	1.94
102798789--102798943	47	3.1	51	78	12	151	25	14	27	32	1.95
102801858--102802141	127	2.2	127	90	0	442	36	19	17	26	1.94
102805416--102805519	25	3.9	24	75	15	73	55	7	2	33	1.43
102805447--102805530	2	43.5	2	72	11	59	53	7	1	38	1.36
102805447--102805524	15	4.7	16	69	20	61	53	7	1	37	1.38
102805833--102805873	11	3.9	11	75	12	50	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102807102--102807160	30	2.0	30	90	6	93	42	27	10	20	1.84
102807062--102807219	87	1.8	84	89	4	244	38	20	12	28	1.89
102807131--102807252	57	2.2	55	86	5	165	41	17	12	28	1.85
102807492--102807681	72	2.6	72	85	4	256	36	23	14	25	1.93
102807864--102808009	76	1.9	77	90	2	231	26	22	19	31	1.98
102807801--102808517	169	4.2	167	89	4	1125	30	19	18	30	1.96
102807943--102808272	91	3.7	89	73	18	321	31	19	19	29	1.96
102807800--102808517	340	2.1	339	92	2	1196	31	19	18	30	1.96
102808205--102808350	76	1.9	77	91	2	240	27	22	16	33	1.95
102808461--102808575	61	1.9	61	94	0	203	24	26	15	33	1.95
102808404--102808651	137	1.8	135	86	3	363	29	24	16	30	1.96
102818763--102818846	2	43.5	2	72	11	59	53	7	1	38	1.36
102818751--102818846	34	2.8	33	79	11	104	54	7	2	36	1.40
102820300--102820325	10	2.6	10	100	0	52	57	0	34	7	1.27
102828870--102828925	24	2.3	24	80	20	64	37	0	0	62	0.95
102831505--102831733	95	2.5	93	83	2	280	31	18	10	39	1.84
102831508--102831792	95	3.0	93	80	4	234	33	17	9	39	1.82
102831860--102831930	34	2.1	34	100	0	142	39	8	14	38	1.76
102838503--102838770	40	6.7	40	88	0	376	26	28	20	23	1.99
102838483--102838770	80	3.6	80	91	1	427	27	28	20	23	1.99
102846605--102846673	32	2.2	31	85	10	95	21	27	23	27	1.99
102846642--102846858	40	5.5	40	90	6	320	25	29	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102846642--102846858	78	2.8	79	92	4	343	25	29	20	23	1.99
102849347--102849484	70	2.0	70	86	0	195	36	18	4	40	1.71
102854650--102854710	9	6.7	9	74	9	52	36	1	0	62	1.05
102854648--102854697	20	2.5	22	75	18	54	38	2	0	60	1.09
102854655--102854716	29	2.1	28	88	8	88	37	0	0	62	0.95
102854685--102854722	19	2.0	19	94	0	67	34	0	0	65	0.93
102854736--102854840	19	5.7	18	70	21	60	32	1	2	62	1.20
102854682--102854791	47	2.2	51	76	13	115	36	1	2	59	1.23
102854779--102854839	10	6.1	9	75	17	50	34	1	1	62	1.15
102854785--102854837	11	4.8	12	71	17	51	33	1	1	62	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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