genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  109  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27285824--27285902	28	2.9	27	90	5	115	36	5	5	53	1.45
27285830--27285877	15	3.3	15	69	30	50	33	2	6	58	1.35
27289013--27289066	21	2.5	22	84	3	74	57	3	5	33	1.40
27289312--27289521	113	1.9	109	88	5	314	60	12	0	25	1.39
27289424--27289618	106	1.8	105	92	1	327	56	13	0	29	1.42
27289673--27289718	23	2.0	22	87	4	65	71	6	0	21	1.08
27289789--27289845	4	13.5	4	82	10	69	0	26	0	73	0.83
27289800--27289854	27	2.1	25	90	6	83	0	34	0	65	0.93
27290268--27290292	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
27296387--27296443	25	2.3	25	87	3	80	43	12	15	28	1.83
27305195--27305239	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
27306193--27306260	6	11.5	6	75	7	50	73	7	2	16	1.18
27319357--27319427	21	3.2	21	65	18	54	40	26	12	19	1.88
27321508--27321564	28	2.0	28	100	0	114	29	3	21	45	1.68
27321856--27321894	21	1.9	21	89	5	62	41	5	0	53	1.23
27326123--27326225	29	3.6	29	78	2	109	22	16	32	29	1.96
27338107--27339550	723	2.0	722	87	3	2084	30	21	14	33	1.93
27340456--27340599	49	2.9	49	92	0	225	29	29	10	29	1.90
27343321--27343541	40	5.6	40	83	2	250	24	25	23	25	2.00
27349571--27349700	45	2.9	45	90	2	192	22	21	30	26	1.99
27352293--27352366	29	2.6	29	84	0	94	28	33	16	21	1.95
27360604--27360706	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27368375--27368477	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
27370273--27370518	49	5.0	49	92	2	415	31	25	7	35	1.84
27370273--27370518	96	2.5	98	94	2	415	31	25	7	35	1.84
27386034--27386078	21	2.1	21	91	0	72	26	0	2	71	0.98
27393350--27393382	9	3.8	9	88	8	50	27	0	0	72	0.85
27393350--27393382	17	1.9	17	93	0	57	27	0	0	72	0.85
27393448--27393480	16	2.1	16	94	0	57	21	3	0	75	0.93
27396379--27396429	25	2.0	25	88	0	75	29	23	19	27	1.98
27397990--27398019	12	2.5	12	100	0	60	10	26	50	13	1.73
27404197--27404247	25	2.0	25	92	0	84	31	23	17	27	1.97
27406034--27408948	663	4.4	665	90	1	4388	27	14	14	43	1.84
27409199--27409225	12	2.2	12	100	0	54	18	11	40	29	1.85
27434422--27434649	50	4.6	50	80	3	271	30	25	19	24	1.98
27434422--27434697	50	5.5	50	78	6	254	31	25	17	25	1.97
27434419--27434697	151	1.8	151	87	1	416	31	25	17	24	1.97
27438013--27438046	10	3.4	10	91	0	50	29	5	0	64	1.17
27441855--27441938	35	2.3	38	80	15	97	22	5	0	71	1.07
27441885--27441953	28	2.5	28	97	0	129	26	2	1	69	1.11
27441915--27441965	13	3.8	13	73	19	50	21	1	3	72	1.11
27441883--27441971	10	9.3	10	67	22	57	25	2	2	69	1.11
27441941--27441978	20	1.9	20	100	0	76	18	0	5	76	0.97
27444018--27444065	10	4.8	10	82	10	53	25	8	2	64	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27459321--27459514	50	3.9	50	83	1	237	28	27	19	24	1.99
27459332--27459517	101	1.9	99	88	2	282	29	26	18	24	1.98
27461730--27461772	21	2.0	21	82	8	52	30	20	4	44	1.72
27462031--27462086	27	2.1	27	100	0	112	41	28	0	30	1.57
27465393--27465542	43	3.5	42	77	1	165	35	25	13	26	1.93
27475055--27475158	55	1.9	55	100	0	208	31	20	7	40	1.80
27477834--27477876	20	2.1	21	86	4	61	6	25	0	67	1.15
27487928--27488091	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
27487928--27488125	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
27495038--27495201	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
27495038--27495235	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
27496201--27496232	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
27497573--27497613	21	1.9	22	95	5	75	41	9	12	36	1.76
27497573--27497618	21	2.2	21	88	7	67	43	10	10	34	1.75
27498178--27498286	40	2.8	40	88	1	157	27	25	18	28	1.98
27498863--27498894	15	2.1	15	100	0	64	18	6	43	31	1.75
27498877--27498936	21	2.8	22	80	7	61	20	3	46	30	1.66
27502026--27502295	23	12.0	23	70	13	152	34	6	21	38	1.79
27502236--27502307	23	3.1	23	72	18	69	27	11	25	36	1.90
27502730--27502776	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
27502697--27502788	31	3.0	30	76	19	100	27	4	2	66	1.22
27502886--27502932	23	2.0	23	100	0	94	46	4	4	44	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27502937--27502965	11	2.7	11	94	5	51	48	0	10	41	1.37
27503532--27505278	668	2.6	667	89	2	2688	27	14	14	43	1.84
27508991--27509038	24	2.0	25	87	4	71	22	4	10	62	1.44
27509191--27509231	21	1.9	22	85	5	57	68	2	2	26	1.15
27514316--27514482	39	4.3	39	89	1	210	22	23	20	33	1.97
27517705--27517767	20	3.0	22	81	9	85	14	28	25	31	1.95
27517703--27517770	22	3.2	22	81	8	95	13	29	26	30	1.94
27521236--27521282	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
27523427--27523593	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
27531439--27531589	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
27536586--27536683	28	3.5	29	93	6	159	32	27	12	27	1.92
27544313--27544410	28	3.5	29	93	6	159	32	27	12	27	1.92
27549939--27550055	46	2.6	45	83	5	146	22	27	18	31	1.97
27552715--27552915	92	2.2	93	93	0	341	26	16	21	35	1.95
27556338--27556383	18	2.4	19	85	7	58	58	2	15	23	1.48
27556589--27557140	272	2.0	272	87	1	784	36	15	16	31	1.90
27561050--27561079	7	4.3	7	100	0	60	13	0	43	43	1.43
27566723--27566947	49	4.5	50	84	2	292	25	17	26	29	1.98
27566722--27566947	101	2.3	98	87	2	308	25	17	26	29	1.98
27569695--27569733	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
27572417--27572660	50	4.9	50	83	3	305	25	18	27	28	1.98
27572419--27572660	99	2.4	99	84	3	308	25	19	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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27574114--27574337	83	2.8	79	87	5	297	25	26	23	24	2.00
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27606983--27607028	17	2.9	16	87	12	69	28	0	2	69	1.00
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27647865--27648028	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
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27659901--27660023	49	2.5	49	82	5	133	30	20	26	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27661256--27661295	21	2.0	20	85	14	55	22	32	20	25	1.98
27663252--27663284	16	2.1	16	100	0	66	18	12	24	45	1.83
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27671292--27671424	48	2.7	48	78	11	128	72	0	7	20	1.09
27671309--27671424	49	2.4	48	78	16	123	73	0	6	19	1.06
27672471--27672545	27	2.8	26	84	9	96	40	21	22	16	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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