genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.340.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  340  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98412914--98413183	46	5.7	49	73	12	172	23	28	19	28	1.98
98419410--98419630	110	2.0	111	99	0	435	19	23	19	38	1.94
98421602--98421692	46	2.0	46	95	0	164	47	9	13	29	1.75
98421945--98422156	46	4.5	46	75	12	166	24	29	18	27	1.98
98423508--98423890	191	2.0	190	96	2	714	36	15	18	30	1.92
98424358--98424456	3	32.7	3	78	15	82	60	2	2	35	1.20
98424586--98424640	15	3.7	15	75	2	58	52	3	7	36	1.47
98425210--98425293	30	2.8	30	87	10	127	3	7	15	73	1.18
98426113--98426170	30	2.0	29	89	3	89	41	29	8	20	1.82
98425894--98426353	88	5.4	87	73	11	319	36	19	15	27	1.93
98426278--98426631	76	4.7	75	83	6	407	33	17	16	31	1.93
98426587--98426680	49	2.0	47	93	4	161	31	20	17	30	1.95
98426634--98426856	72	3.0	72	84	10	290	34	19	16	30	1.94
98426820--98426925	54	1.9	55	84	5	144	38	19	14	27	1.90
98426916--98426940	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
98426776--98427542	140	5.5	140	98	1	1457	37	20	17	24	1.94
98426776--98427542	279	2.7	280	98	1	1457	37	20	17	24	1.94
98427099--98427204	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
98426776--98427542	419	1.8	422	97	1	1461	37	20	17	24	1.94
98427239--98427344	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
98427379--98427484	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
98427475--98427639	71	2.3	71	88	5	244	41	20	15	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98436155--98436221	3	21.7	3	80	17	59	59	1	1	37	1.16
98436995--98437099	36	3.0	34	77	5	111	3	5	18	72	1.20
98437005--98437099	35	2.7	36	83	1	138	3	6	18	71	1.21
98442060--98442114	18	2.9	19	81	7	67	36	1	0	61	1.06
98442061--98442106	19	2.4	19	85	10	58	34	0	0	65	0.93
98443616--98443652	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
98443739--98443788	2	26.5	2	78	11	52	56	4	0	40	1.18
98443745--98443788	11	3.8	11	84	6	52	56	4	0	38	1.20
98444525--98444563	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
98451868--98451912	6	7.5	6	94	0	63	26	48	6	17	1.72
98453327--98453368	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
98453431--98453515	22	3.7	22	78	9	71	8	1	29	61	1.33
98453414--98453487	21	3.4	21	74	20	71	9	2	32	55	1.46
98453431--98453540	23	4.7	23	72	18	84	10	1	29	58	1.43
98453470--98453515	22	2.1	21	96	4	83	6	0	28	65	1.17
98453843--98453926	3	27.3	3	73	15	66	30	3	1	64	1.18
98454282--98454313	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
98456750--98456796	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
98459597--98459637	1	41.0	1	90	0	64	95	4	0	0	0.28
98459596--98459637	22	1.9	22	100	0	84	92	7	0	0	0.37
98460778--98460904	66	1.9	66	96	0	236	33	19	11	35	1.88
98460968--98461605	86	7.3	85	73	11	436	35	21	22	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98460956--98461428	129	3.6	130	80	8	509	35	21	22	19	1.96
98461142--98461822	87	7.8	86	70	12	438	36	21	21	21	1.95
98461061--98461604	173	3.1	173	88	2	729	36	22	21	20	1.96
98460969--98461685	131	5.5	129	83	7	647	36	21	22	20	1.96
98461493--98461822	175	1.9	175	83	5	425	36	20	20	22	1.95
98461230--98461717	131	3.7	130	90	3	687	36	21	20	20	1.95
98461622--98461757	43	3.1	42	82	8	137	36	21	16	25	1.94
98461841--98462039	68	2.9	67	87	3	283	28	23	21	26	1.99
98462151--98462527	44	8.6	44	77	6	361	31	18	23	26	1.97
98462151--98462586	176	2.5	175	85	5	544	31	18	23	26	1.97
98462092--98462485	132	3.0	132	95	1	718	31	18	23	26	1.97
98462092--98462586	44	11.2	44	75	6	349	31	18	23	25	1.97
98463036--98463143	23	4.7	23	73	15	89	11	1	28	58	1.43
98463076--98463115	21	2.0	21	95	5	73	5	0	22	72	1.04
98463443--98463549	3	35.3	3	79	14	114	31	1	0	65	1.10
98463923--98463971	24	2.0	24	100	0	98	32	0	8	59	1.27
98463748--98463982	123	1.9	125	80	9	275	30	4	5	59	1.41
98465352--98465476	58	2.1	59	82	8	144	32	6	4	56	1.43
98476540--98476589	19	2.7	18	75	6	55	58	0	0	42	0.98
98476640--98476666	11	2.5	11	100	0	54	77	0	7	14	0.97
98477743--98477796	27	2.0	26	82	10	65	50	3	1	44	1.30
98484332--98484424	30	3.2	30	64	27	83	17	26	17	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98484328--98484441	56	2.0	56	98	0	219	19	28	15	36	1.92
98484282--98484487	102	2.0	102	90	0	322	19	26	15	37	1.92
98484236--98484533	148	2.0	148	90	0	461	20	25	15	38	1.91
98484222--98484551	46	7.0	46	85	7	347	20	25	15	39	1.91
98488072--98488179	3	36.0	3	90	3	173	62	0	35	0	1.08
98488174--98488292	37	3.2	36	64	4	94	41	1	29	27	1.66
98488158--98488306	74	2.0	74	98	0	289	43	2	29	24	1.65
98498148--98498186	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
98504925--98505003	37	2.1	37	97	0	149	24	16	25	34	1.95
98509773--98509827	23	2.5	22	82	11	67	20	0	5	74	1.01
98511272--98511443	47	3.7	46	72	10	161	29	27	19	22	1.98
98511225--98511440	93	2.3	93	88	3	310	29	27	19	22	1.98
98511218--98511393	46	3.8	46	71	11	126	30	26	20	22	1.98
98516174--98516274	28	3.5	28	82	4	112	29	13	27	28	1.95
98524121--98524221	28	3.5	28	84	4	121	28	14	27	28	1.96
98531396--98531812	131	3.2	131	78	6	398	34	14	13	37	1.85
98537600--98537747	63	2.3	63	84	2	181	38	6	9	45	1.61
98540434--98540705	3	88.7	3	70	13	117	30	9	3	56	1.46
98540777--98540839	26	2.8	21	71	26	56	25	12	0	61	1.31
98552531--98552872	131	2.6	131	95	0	603	36	20	20	21	1.95
98552532--98553300	131	5.9	129	77	12	568	35	20	22	21	1.96
98552849--98553392	86	6.3	86	92	1	844	35	20	23	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98552664--98553392	172	4.2	172	86	4	868	35	20	22	20	1.96
98552664--98553392	258	2.8	258	84	5	857	35	20	22	20	1.96
98555397--98555684	3	92.7	3	71	14	147	30	8	3	57	1.46
98555756--98555818	26	2.8	21	71	26	56	25	12	0	61	1.31
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98563878--98564273	92	4.5	85	89	6	546	37	14	24	23	1.93
98564535--98564580	23	1.9	25	82	8	60	56	0	15	28	1.39
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98586428--98586472	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
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98592404--98592462	23	2.6	23	81	5	66	16	15	23	44	1.86
98594032--98594074	19	2.3	19	83	0	50	25	23	23	27	2.00
98601931--98602084	53	2.8	55	81	8	197	28	34	18	18	1.95
98609123--98609277	54	2.8	54	75	5	159	29	33	18	18	1.95
98614108--98614295	40	4.7	40	89	1	261	25	29	21	23	1.99
98614088--98614299	80	2.7	80	83	3	284	26	28	20	24	1.99
98616569--98616652	42	2.1	40	88	6	125	25	30	20	23	1.98
98618746--98618775	15	2.0	15	100	0	60	46	0	13	40	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98618807--98618832	10	2.6	10	100	0	52	34	7	0	57	1.27
98622972--98623014	21	2.0	21	90	0	68	23	18	18	39	1.92
98627692--98627905	46	4.7	44	79	10	207	23	30	19	27	1.98
98627692--98627908	94	2.3	92	82	8	264	23	30	18	26	1.98
98627634--98627900	140	1.9	141	84	9	357	23	28	19	28	1.98
98641000--98641034	17	1.9	19	88	11	56	20	2	11	65	1.37
98641177--98641210	11	3.0	12	87	12	54	67	0	0	32	0.91
98644103--98644133	5	6.2	5	100	0	62	61	0	0	38	0.96
98644201--98644250	24	2.1	23	85	14	66	42	0	2	56	1.11
98649649--98649682	11	3.0	11	86	4	50	26	11	8	52	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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