genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.163.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  163  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44988811--44988978	40	4.2	40	87	2	223	23	22	28	26	1.99
44990975--44991197	46	4.8	46	77	13	199	22	28	19	29	1.98
44993385--44993421	18	2.1	18	100	0	74	40	10	5	43	1.63
44994772--44994801	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
44999694--44999722	15	1.9	15	100	0	58	37	13	20	27	1.91
45001869--45001938	26	2.8	24	70	18	61	25	11	4	58	1.51
45001869--45001972	52	2.0	52	83	9	133	27	10	2	58	1.46
45002209--45002262	13	4.2	14	73	20	55	20	5	7	66	1.37
45004828--45004889	23	2.7	23	76	2	61	35	19	24	20	1.96
45012989--45013030	21	2.0	21	85	0	57	42	14	0	42	1.45
45013001--45013030	10	2.8	11	90	10	53	40	16	0	43	1.48
45014355--45014619	47	5.7	48	73	13	189	29	18	28	23	1.98
45020489--45020573	39	2.2	39	100	0	170	34	16	21	28	1.95
45021152--45021319	40	4.2	40	79	12	166	23	22	27	26	1.99
45021152--45021319	80	2.1	79	85	4	221	23	22	27	26	1.99
45025663--45025835	49	3.6	47	78	12	174	26	22	27	23	2.00
45027596--45027719	48	2.6	48	87	2	160	23	27	21	27	1.99
45027641--45027760	48	2.6	46	85	9	147	23	27	20	29	1.98
45031422--45031467	22	2.1	22	100	0	92	23	8	13	54	1.66
45038254--45038283	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
45040904--45040966	23	2.8	23	79	11	76	41	17	1	39	1.59
45050332--45050499	40	4.2	40	77	12	157	23	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45050332--45050499	80	2.1	79	84	4	212	23	20	28	27	1.99
45055302--45055359	25	2.3	24	80	13	64	58	6	3	31	1.41
45056855--45057137	86	3.3	86	84	3	275	20	22	19	36	1.95
45057427--45057885	43	10.5	42	73	10	302	19	22	21	35	1.96
45057594--45057710	45	2.7	43	84	10	139	21	20	24	33	1.97
45057464--45057885	87	4.9	85	73	11	329	19	22	21	36	1.96
45070559--45070599	18	2.3	18	84	12	50	68	2	14	14	1.32
45074482--45074545	27	2.4	27	89	0	101	34	1	7	56	1.38
45074875--45074900	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
45075985--45076030	23	2.0	23	100	0	92	21	26	30	21	1.99
45076584--45076689	40	2.7	40	85	1	133	52	4	13	29	1.60
45079394--45079446	19	2.8	19	88	0	70	56	0	1	41	1.10
45079755--45079799	20	2.3	19	81	11	54	44	0	2	53	1.13
45079808--45079845	20	2.0	20	89	5	60	36	5	2	55	1.37
45079841--45079922	41	1.9	43	80	14	98	35	1	3	59	1.23
45079903--45079943	19	2.2	19	90	0	64	36	2	2	58	1.24
45079908--45079949	19	2.2	19	86	0	57	30	4	2	61	1.29
45080621--45080706	2	45.5	2	78	15	85	47	1	0	51	1.08
45083050--45083211	67	2.4	67	90	1	243	40	16	19	24	1.91
45085626--45085776	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
45085663--45085792	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
45093640--45093790	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45093677--45093806	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
45102332--45102378	23	2.0	23	95	0	85	44	12	12	29	1.80
45102485--45102509	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
45108352--45108522	43	4.0	43	78	6	157	32	25	16	25	1.96
45119451--45119801	46	7.4	48	75	10	264	28	19	28	23	1.98
45119545--45119765	100	2.3	92	83	9	250	27	19	28	24	1.99
45123261--45123305	2	22.5	2	90	0	72	53	2	0	44	1.13
45124858--45124958	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
45132634--45132734	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
45135981--45136011	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
45140774--45140810	7	5.3	7	93	0	65	40	27	0	32	1.57
45147779--45147810	13	2.4	14	94	5	57	50	21	6	21	1.71
45150703--45150754	23	2.3	23	93	0	86	40	36	11	11	1.78
45152837--45152885	25	2.0	25	83	0	62	22	8	28	40	1.82
45157136--45157185	23	2.1	24	88	3	75	30	20	24	26	1.98
45161076--45161251	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
45161073--45161243	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
45163248--45163423	46	3.8	44	81	9	183	21	31	19	27	1.98
45166679--45166896	46	4.7	45	76	14	187	29	20	27	22	1.98
45167940--45167997	28	2.0	28	87	9	82	20	22	41	15	1.90
45172264--45172388	48	2.6	48	84	6	162	28	26	17	27	1.98
45172264--45172442	99	1.8	98	85	4	252	29	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45176341--45176529	49	3.9	49	97	2	364	32	8	28	30	1.87
45176339--45176529	96	2.0	96	100	0	382	32	8	28	30	1.87
45176521--45176624	48	2.2	48	94	0	181	34	8	25	30	1.86
45176664--45176754	37	2.4	37	92	1	146	23	16	32	27	1.96
45180096--45180136	22	1.9	22	95	5	75	19	29	41	9	1.83
45181271--45181441	46	3.7	47	79	10	167	22	29	18	29	1.98
45183156--45183214	25	2.3	26	91	2	93	25	30	18	25	1.98
45184634--45184661	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
45188140--45188178	19	2.1	19	95	0	69	15	23	10	51	1.73
45190565--45190627	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
45193231--45193462	49	4.7	49	79	3	275	28	26	18	26	1.98
45197560--45197595	18	2.0	18	89	10	56	63	5	2	27	1.30
45197813--45197899	20	4.3	21	72	17	67	25	2	3	68	1.16
45197813--45197909	30	3.2	29	76	12	90	24	2	3	70	1.13
45197813--45197900	11	8.7	10	73	18	58	25	2	3	69	1.16
45197882--45197912	16	2.0	16	93	6	55	19	0	3	77	0.90
45197932--45197960	10	2.9	10	100	0	58	0	17	41	41	1.49
45198430--45198474	19	2.4	18	85	3	54	33	2	4	60	1.29
45198449--45198516	34	2.0	34	83	13	88	41	1	1	55	1.18
45198430--45198532	17	5.8	19	69	18	69	35	1	1	60	1.19
45198499--45198569	21	3.3	21	69	21	56	33	1	4	60	1.25
45198446--45198542	23	4.0	24	74	13	81	40	1	1	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45198499--45198552	23	2.3	23	80	0	63	35	1	1	61	1.18
45199453--45199504	23	2.2	23	83	10	61	23	0	7	69	1.14
45199586--45199654	31	2.3	30	85	5	93	33	8	13	44	1.74
45201280--45201374	44	2.2	44	86	1	129	31	10	22	35	1.88
45203238--45203272	17	2.1	17	88	0	52	34	0	8	57	1.29
45204358--45204454	32	3.3	32	66	26	97	28	11	6	53	1.60
45204341--45204461	54	2.2	54	97	0	224	28	9	6	55	1.58
45209540--45211562	673	3.0	673	99	0	3965	34	19	19	27	1.96
45215360--45215508	35	4.3	34	76	7	120	26	9	20	42	1.82
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45233785--45233819	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
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45235831--45235953	65	1.9	65	91	3	203	23	23	39	13	1.89
45239815--45239950	38	3.5	38	83	4	157	30	25	22	21	1.98
45247559--45247707	38	3.9	38	82	5	156	31	26	20	21	1.98
45247547--45247716	38	4.4	38	81	5	146	32	26	20	20	1.97
45252837--45252884	17	2.8	17	100	0	96	43	6	27	22	1.77
45253503--45253541	19	2.1	19	100	0	78	58	15	20	5	1.55
45257789--45258026	39	6.1	39	93	1	388	23	23	30	22	1.99
45263081--45263310	39	5.9	39	94	0	397	23	24	29	22	1.99
45265644--45265721	40	2.0	40	89	0	120	29	24	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45270391--45270575	40	4.6	40	78	6	155	26	23	26	23	2.00
45270391--45270578	80	2.3	80	80	12	206	26	23	26	23	2.00
45278295--45278452	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
45278295--45278482	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
45283170--45283414	23	10.6	22	84	6	249	22	21	25	30	1.99
45283170--45283414	46	5.3	46	85	3	316	22	21	25	30	1.99
45283180--45283414	69	3.4	69	85	4	305	22	21	25	30	1.99
45287843--45287924	41	2.0	41	100	0	164	36	17	4	41	1.71
45289625--45289760	43	3.2	43	69	15	138	24	28	18	28	1.98
45289623--45289801	84	2.1	84	86	2	252	26	29	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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