genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.369.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  369  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107308109--107308147	20	2.0	20	85	10	53	46	0	2	51	1.14
107308135--107308175	17	2.3	18	84	12	50	53	0	2	43	1.13
107308133--107308223	44	2.0	45	91	2	148	50	0	3	46	1.17
107308152--107308202	27	1.9	26	88	11	77	52	0	1	45	1.12
107317906--107318121	108	2.0	108	100	0	432	37	18	14	28	1.91
107323016--107323090	29	2.6	29	93	0	123	25	30	20	24	1.98
107322980--107323090	58	1.9	58	83	1	143	26	31	18	24	1.97
107323314--107323359	16	2.9	16	100	0	92	10	19	19	50	1.77
107323314--107323376	32	2.0	32	84	6	83	7	20	20	50	1.73
107327425--107327507	29	2.9	29	74	1	87	31	28	12	27	1.92
107327428--107327531	29	3.7	29	75	2	86	28	28	13	28	1.94
107329279--107329392	29	4.0	28	81	3	113	27	14	28	28	1.96
107335034--107335486	46	9.9	46	90	2	662	22	23	14	40	1.90
107337642--107337693	20	2.5	20	87	3	77	25	13	11	50	1.75
107337832--107337892	31	2.0	30	83	3	77	59	4	0	36	1.19
107352210--107352244	18	1.9	18	88	0	52	40	20	2	37	1.67
107352280--107352363	18	4.7	18	86	2	107	33	17	16	32	1.93
107352257--107352363	54	2.0	54	83	7	137	33	16	16	32	1.92
107352254--107352363	36	3.1	36	81	5	125	34	16	16	32	1.91
107352488--107352603	51	2.2	54	83	7	141	43	19	18	17	1.88
107353675--107353708	13	2.7	13	86	4	52	2	14	5	76	1.09
107353718--107353776	3	20.0	3	96	3	111	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107354189--107354231	14	3.0	14	80	16	52	51	2	0	46	1.13
107359085--107359127	18	2.2	20	84	8	54	53	13	6	25	1.65
107366291--107366342	25	2.1	25	92	7	88	40	5	25	28	1.78
107368504--107368765	46	5.8	45	83	6	221	38	16	24	20	1.92
107368619--107368768	46	3.3	46	92	1	239	42	14	24	20	1.88
107368731--107368793	30	2.1	30	84	0	81	42	17	22	17	1.89
107368697--107368841	76	1.9	76	94	0	254	42	14	24	18	1.88
107368780--107368888	46	2.4	45	76	1	119	41	14	24	19	1.89
107372244--107372292	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
107375576--107375807	21	11.0	21	75	6	155	43	15	22	18	1.87
107375571--107375812	42	5.7	42	81	5	247	44	14	22	18	1.86
107376960--107377040	40	2.0	40	100	0	162	35	4	17	41	1.71
107378326--107378390	19	3.4	19	80	17	64	72	1	4	21	1.11
107379479--107379516	15	2.4	16	78	8	51	60	0	2	36	1.11
107379500--107379525	11	2.4	11	100	0	52	57	0	0	42	0.98
107388414--107388449	7	5.1	7	100	0	72	41	27	0	30	1.56
107394553--107394609	5	11.2	5	83	10	62	35	15	26	22	1.94
107394805--107394879	37	2.0	39	81	5	91	48	0	8	44	1.32
107395111--107395171	16	3.5	17	72	20	54	47	0	29	22	1.52
107395272--107395358	30	2.9	30	81	1	104	43	0	34	21	1.53
107398063--107398095	15	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
107404386--107404425	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107405025--107405078	3	18.7	3	81	11	60	29	0	0	70	0.88
107405049--107405585	146	3.8	138	81	10	611	31	3	4	59	1.36
107405190--107405368	3	57.7	3	67	14	62	33	5	3	58	1.36
107405616--107405658	17	2.5	18	77	11	54	34	4	0	60	1.17
107405801--107405830	13	2.3	13	94	0	51	26	3	0	70	1.03
107417820--107417987	78	2.2	77	86	2	237	27	16	19	36	1.93
107417928--107418050	63	2.0	63	86	0	174	25	20	21	32	1.98
107417850--107418116	141	1.9	140	89	0	417	27	18	23	30	1.98
107417991--107418160	77	2.2	77	81	0	196	31	18	20	29	1.96
107419090--107419124	2	17.5	2	87	0	52	51	0	5	42	1.25
107419085--107419128	6	7.2	6	92	2	52	50	2	9	38	1.47
107419085--107419128	12	3.6	12	87	3	61	50	2	9	38	1.47
107419718--107419776	3	19.7	3	79	6	66	30	1	0	67	1.00
107420201--107420302	12	7.8	14	91	6	53	34	0	2	62	1.10
107419891--107420266	3	123.7	3	72	16	194	31	2	3	61	1.29
107420434--107420467	18	2.0	16	88	11	50	35	0	2	61	1.11
107420288--107420871	137	4.2	137	89	6	749	30	3	5	60	1.37
107420230--107420871	279	2.3	284	89	6	957	30	3	5	60	1.36
107423641--107423676	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
107430534--107430695	73	2.2	71	88	4	234	22	15	21	40	1.90
107430628--107430946	139	2.3	142	98	1	617	24	17	21	35	1.95
107433945--107434110	72	2.3	71	87	4	235	22	14	21	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107434043--107434797	140	5.4	140	96	1	1381	25	16	20	37	1.93
107434646--107434679	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
107434812--107435023	72	3.0	72	97	0	390	32	16	17	33	1.93
107434977--107435070	47	2.0	48	95	2	172	28	17	21	32	1.95
107435025--107435366	72	4.6	73	90	4	510	32	16	17	33	1.92
107434812--107435561	271	2.8	267	84	7	891	32	16	17	33	1.93
107435248--107435487	121	2.0	121	95	0	435	31	16	17	33	1.93
107435419--107436359	78	11.5	78	72	18	419	29	18	18	33	1.95
107435473--107435651	90	2.0	91	88	2	270	31	18	16	33	1.93
107435566--107435732	74	2.2	75	86	7	230	26	20	21	31	1.98
107435717--107435751	14	2.5	14	95	0	61	17	17	5	60	1.55
107435659--107435830	94	1.8	93	83	3	229	26	20	20	31	1.98
107435731--107435907	76	2.3	77	87	4	248	27	19	18	33	1.96
107435464--107436526	170	6.4	167	80	10	1096	28	18	18	34	1.94
107435887--107435921	14	2.5	14	95	0	61	17	17	5	60	1.55
107435811--107436163	91	4.0	89	84	6	445	28	17	16	37	1.92
107435811--107436700	88	10.7	83	73	13	444	28	17	17	36	1.93
107436075--107436526	79	5.7	76	77	13	373	28	16	18	36	1.93
107436322--107436785	88	5.4	85	70	15	260	28	15	19	36	1.92
107436508--107436569	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
107436393--107436698	166	1.8	166	82	10	397	28	15	18	37	1.92
107436159--107436736	254	2.3	248	85	7	755	27	16	18	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107437392--107437454	27	2.4	26	89	5	92	73	19	3	4	1.15
107437392--107437467	26	2.9	26	88	5	100	71	22	2	3	1.16
107438025--107438055	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
107440706--107440745	6	6.5	6	82	5	53	77	0	5	17	0.94
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107451697--107451722	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
107462308--107462492	10	19.9	9	66	20	62	60	1	2	35	1.21
107462310--107462341	16	1.9	17	93	6	57	65	3	0	31	1.08
107462376--107462492	10	12.2	10	68	17	70	63	0	4	31	1.20
107462313--107462492	19	9.6	19	67	20	69	61	1	2	33	1.20
107462774--107462827	20	2.8	19	78	10	56	40	0	0	59	0.98
107462790--107462837	20	2.4	21	82	10	64	37	0	0	62	0.95
107462790--107462836	19	2.3	20	89	7	69	38	0	0	61	0.96
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107468870--107468899	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
107469161--107469252	43	2.1	42	83	15	109	27	29	18	25	1.98
107469386--107469429	15	2.9	15	80	16	54	38	15	0	45	1.47
107470132--107470168	16	2.2	17	90	4	58	29	5	5	59	1.42
107470400--107470433	15	2.2	15	89	5	50	76	5	0	17	0.98
107470737--107470780	23	2.0	22	86	13	63	38	11	11	38	1.77
107472969--107473004	6	5.8	6	90	3	54	22	0	0	77	0.76
107475576--107475610	17	2.0	18	88	5	54	11	51	28	8	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107481479--107481701	110	2.0	110	95	0	401	37	15	10	36	1.82
107482001--107482047	20	2.4	19	76	16	51	46	17	6	29	1.72
107490441--107490478	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
107492378--107492627	46	5.9	39	80	15	252	37	17	24	21	1.94
107492417--107492671	46	5.7	46	85	8	312	39	16	23	20	1.92
107492371--107492581	84	2.5	84	96	0	386	36	17	23	22	1.94
107492381--107492627	130	2.0	122	87	6	350	37	17	23	21	1.94
107499361--107499388	13	2.2	13	100	0	56	14	7	14	64	1.48
107500291--107500477	94	2.0	94	98	0	365	25	22	8	43	1.81
107511989--107512424	217	2.0	217	93	3	739	36	15	15	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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