genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  254  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72526845--72526956	42	2.7	42	92	2	181	22	33	21	23	1.98
72526992--72527017	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
72527140--72527183	20	2.1	22	87	8	65	54	20	4	20	1.62
72527839--72527864	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
72528349--72528430	20	4.2	20	70	9	78	37	19	29	13	1.90
72534748--72534960	42	5.1	41	85	3	266	28	24	19	27	1.99
72534747--72534960	84	2.5	83	86	4	313	28	24	19	27	1.99
72539317--72539374	30	1.9	31	89	3	91	39	10	24	25	1.87
72546756--72546885	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
72546772--72546923	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
72546772--72546921	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
72554494--72554571	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
72554585--72554622	17	2.2	17	100	0	76	21	42	21	15	1.89
72557861--72557990	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
72557877--72558028	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
72557877--72558026	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
72574998--72575065	28	2.5	28	92	4	113	19	10	26	44	1.82
72576675--72576712	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
72583425--72583576	40	3.8	40	82	5	155	23	26	21	28	1.99
72587563--72587631	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
72589725--72589761	11	3.5	11	78	14	51	10	32	29	27	1.90
72589717--72589762	20	2.3	20	100	0	92	10	32	28	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72591551--72591700	75	2.0	75	93	0	255	31	12	28	27	1.93
72597636--72597898	136	1.9	138	87	1	386	46	6	7	40	1.56
72597807--72597986	88	2.1	86	88	2	261	46	6	6	41	1.53
72597982--72598123	73	2.0	73	86	8	202	28	15	10	45	1.80
72601333--72601579	39	6.3	39	82	3	228	32	17	29	20	1.96
72601366--72601464	19	5.1	19	67	9	74	34	20	30	15	1.93
72601385--72601488	20	5.3	20	67	9	70	30	19	32	17	1.95
72601333--72601579	78	3.2	78	85	1	316	32	17	29	20	1.96
72601333--72601581	117	2.1	116	87	1	354	32	18	29	20	1.96
72611338--72611511	48	3.8	45	75	12	156	27	28	18	25	1.98
72616445--72616508	30	2.2	29	94	2	110	34	21	17	26	1.95
72622611--72622650	20	2.0	20	85	9	55	47	25	0	27	1.52
72631315--72631583	48	5.6	47	79	8	222	27	28	16	26	1.97
72631372--72631583	48	4.5	47	83	6	234	27	30	16	26	1.96
72631372--72631583	96	2.2	93	85	4	264	27	30	16	26	1.96
72636079--72636227	73	2.0	73	100	0	298	37	5	17	39	1.73
72640112--72640257	48	3.0	48	89	0	220	27	24	19	28	1.99
72643012--72643189	40	4.5	40	90	3	263	23	28	24	24	2.00
72651267--72651482	40	5.5	40	92	3	341	24	28	23	24	2.00
72653318--72653482	43	3.9	41	75	9	152	22	18	27	32	1.97
72654179--72654224	23	2.0	22	91	4	74	13	0	26	60	1.32
72654179--72654222	10	4.1	10	78	16	52	13	0	27	59	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72654807--72654860	27	2.0	27	92	7	92	29	20	16	33	1.95
72656871--72656897	11	2.5	11	100	0	54	29	0	7	62	1.22
72661048--72661121	27	2.8	26	84	9	89	28	20	12	39	1.88
72666726--72666902	47	3.8	46	80	14	211	21	20	28	29	1.98
72675924--72676021	44	2.3	42	84	8	126	23	16	25	34	1.95
72675995--72676075	43	1.9	42	82	2	99	25	18	22	33	1.97
72678520--72678622	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
72683231--72683413	40	4.7	39	84	9	239	24	22	27	25	2.00
72683231--72683411	78	2.3	79	85	7	244	24	22	27	25	2.00
72691412--72691593	40	4.7	39	83	11	230	24	22	27	25	2.00
72691413--72691591	77	2.3	79	83	9	233	24	22	27	25	2.00
72695019--72696305	641	2.0	641	97	0	2439	30	14	22	32	1.93
72699127--72699288	43	3.8	43	80	11	170	22	19	27	31	1.97
72703578--72703745	43	3.9	43	92	0	282	12	24	32	30	1.92
72704143--72704603	232	2.0	232	97	0	868	30	16	23	29	1.96
72710449--72710548	40	2.5	40	85	0	119	28	23	25	24	2.00
72710487--72710603	40	2.9	42	86	7	154	28	21	26	23	1.99
72710491--72710635	40	3.6	39	80	3	128	26	22	27	23	2.00
72717847--72717956	40	2.8	40	85	0	139	27	22	26	23	2.00
72717847--72717996	40	3.8	39	80	7	124	26	22	26	24	2.00
72719422--72719504	43	2.0	42	95	2	148	12	25	31	31	1.92
72719429--72719520	43	2.1	43	89	0	139	14	23	33	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72724679--72724730	24	2.2	24	86	6	70	19	26	21	32	1.97
72729168--72729374	24	8.6	24	96	0	351	20	18	25	35	1.95
72731781--72731850	27	2.5	28	90	2	106	25	14	28	31	1.95
72733307--72733382	33	2.3	33	86	2	100	19	23	18	38	1.93
72741859--72741901	21	2.0	21	95	0	77	39	23	11	25	1.88
72749519--72749727	38	5.0	38	75	18	175	29	25	15	29	1.96
72749559--72749692	48	2.8	48	88	1	198	30	23	15	30	1.95
72756804--72756834	16	1.9	16	93	0	53	35	0	32	32	1.58
72763470--72763640	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
72763462--72763637	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
72766013--72766101	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
72766013--72766092	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
72766024--72766101	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
72769049--72769222	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
72769057--72769226	92	1.8	93	94	1	306	28	29	21	20	1.98
72771587--72771675	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
72771587--72771666	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
72771598--72771675	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
72774633--72774803	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
72774625--72774800	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
72782123--72782192	27	2.6	27	90	2	104	31	28	12	27	1.93
72787504--72787601	18	5.4	18	86	2	117	75	5	5	14	1.15
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72787504--72787601	12	8.2	12	83	0	106	75	5	5	14	1.15
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72856438--72856536	50	2.0	50	95	0	180	32	13	24	30	1.93
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72857436--72857584	49	3.0	49	78	3	122	23	24	19	32	1.97
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72867713--72867822	43	2.5	42	80	11	132	19	13	22	44	1.85
72867673--72868094	86	4.9	84	76	8	356	21	14	22	40	1.90
72867754--72868069	43	7.4	42	75	6	127	22	14	23	40	1.90
72867673--72868094	170	2.5	171	82	4	503	21	14	22	40	1.90
72869723--72870059	35	9.8	34	79	5	311	22	10	21	44	1.84
72869723--72870007	35	8.3	35	81	4	330	23	10	21	43	1.84
72869723--72869982	139	1.9	139	92	0	439	23	11	21	43	1.84
72869723--72870007	69	4.1	69	89	1	401	23	10	21	43	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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