genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  261  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74565498--74565554	26	2.2	26	81	6	62	28	3	5	63	1.33
74576182--74576349	40	4.2	40	85	5	207	26	27	22	23	1.99
74576182--74576349	80	2.1	80	87	4	241	26	27	22	23	1.99
74583964--74584016	22	2.3	23	80	3	63	28	11	1	58	1.43
74584502--74584540	20	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
74585664--74585768	26	4.0	26	88	0	165	34	6	22	36	1.81
74592827--74592863	17	2.4	16	83	16	51	48	2	13	35	1.57
74596393--74596418	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
74597002--74597052	3	17.3	3	76	11	52	62	1	35	0	1.06
74597601--74597739	59	2.4	59	88	0	215	35	11	20	32	1.88
74598136--74598190	21	2.7	20	88	5	74	27	7	40	25	1.82
74598907--74599084	43	4.2	43	86	2	220	43	17	8	29	1.80
74598911--74599084	85	2.1	83	84	6	226	44	17	9	28	1.80
74600723--74600756	15	2.2	16	94	5	61	35	41	5	17	1.74
74601050--74601152	46	2.2	46	96	0	188	45	10	12	31	1.76
74601156--74601310	48	3.2	48	91	0	247	45	16	13	24	1.84
74601252--74601384	64	2.1	64	92	0	221	43	15	17	23	1.87
74601254--74601356	32	3.1	34	62	25	85	43	14	18	23	1.87
74601522--74601561	12	3.3	12	89	6	55	50	15	5	30	1.65
74601521--74601603	42	2.0	42	86	9	116	48	14	8	28	1.73
74601623--74601671	12	4.1	12	89	0	71	57	14	6	22	1.59
74601633--74601671	6	6.5	6	90	0	60	61	15	5	17	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74602200--74602272	31	2.4	29	82	8	92	21	9	20	47	1.78
74611529--74611868	46	7.4	46	89	2	445	42	13	24	19	1.87
74617261--74617308	19	2.6	18	90	9	78	37	2	14	45	1.57
74617325--74617413	42	2.1	42	87	0	124	28	7	13	50	1.69
74620422--74620470	22	2.2	22	100	0	98	32	24	8	34	1.85
74621477--74621524	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
74621541--74621629	42	2.1	42	91	0	142	28	6	14	50	1.68
74627755--74627827	20	3.8	20	76	20	91	43	23	0	32	1.54
74627769--74627848	38	2.2	36	85	12	103	42	22	0	35	1.54
74627942--74627988	23	2.0	23	100	0	94	46	27	0	25	1.53
74657684--74657833	41	3.7	41	84	1	212	20	22	28	28	1.99
74665755--74665900	41	3.6	41	83	1	204	19	21	28	29	1.98
74675325--74675420	48	2.0	48	100	0	192	22	8	22	45	1.79
74680165--74680295	29	4.5	29	96	0	244	29	14	29	26	1.95
74680165--74680353	87	2.2	87	82	3	229	26	15	31	25	1.96
74686082--74686183	43	2.4	43	86	3	134	27	14	24	33	1.94
74688451--74688496	24	2.0	23	86	4	65	45	8	13	32	1.73
74690271--74690364	29	3.2	29	98	0	179	26	27	15	29	1.96
74690234--74690364	58	2.3	58	86	2	174	25	32	16	25	1.96
74698095--74698158	29	2.2	29	97	0	119	25	28	17	29	1.97
74706242--74706409	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
74706242--74706409	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74712191--74712339	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
74712232--74712339	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
74717536--74717703	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
74717536--74717703	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
74719919--74720139	40	5.6	40	87	3	320	24	23	29	22	1.99
74719919--74720139	79	2.8	80	89	2	320	24	23	29	22	1.99
74719919--74720139	119	1.9	119	87	1	327	24	23	29	22	1.99
74728066--74728275	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
74729695--74729730	18	2.0	18	88	0	54	19	19	13	47	1.83
74731604--74731647	21	2.1	21	83	8	54	20	0	38	40	1.53
74733178--74733458	27	10.4	27	86	0	382	31	13	15	39	1.86
74733332--74733494	27	6.0	27	86	7	120	33	14	16	34	1.90
74733855--74733900	18	2.6	18	85	0	65	23	17	15	43	1.87
74734853--74734981	49	2.6	49	83	2	152	22	27	21	28	1.99
74741286--74741358	34	2.1	34	85	5	94	26	21	23	28	1.99
74752334--74752451	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
74752302--74752465	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
74760935--74761110	46	3.8	46	81	10	223	21	21	28	28	1.98
74760931--74761102	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
74763747--74763913	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
74765665--74765828	71	2.3	71	97	0	319	35	17	27	18	1.94
74771544--74771612	36	1.9	36	96	0	129	42	11	23	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74771723--74771787	19	3.4	19	68	19	62	30	21	7	40	1.81
74771723--74771802	39	2.1	39	100	0	160	33	20	7	38	1.80
74771742--74771802	20	3.1	20	65	21	56	36	21	6	36	1.79
74774854--74775112	39	6.6	39	94	3	389	22	23	26	27	1.99
74781951--74782170	40	5.6	40	91	2	331	23	23	25	27	2.00
74789492--74789600	29	3.8	28	81	4	128	29	27	15	27	1.96
74793751--74793869	29	4.2	29	82	2	134	30	25	14	30	1.95
74803697--74803833	60	2.2	61	89	6	215	54	8	21	14	1.67
74805078--74805334	40	6.5	39	86	3	322	23	23	28	24	2.00
74813935--74814013	39	2.0	39	82	0	95	44	24	3	27	1.71
74814656--74814692	18	2.1	18	100	0	74	24	10	32	32	1.90
74817124--74817167	22	2.0	22	100	0	88	31	13	9	45	1.75
74817624--74817722	39	2.5	39	83	3	110	43	21	4	31	1.71
74819990--74820030	17	2.3	18	80	12	50	31	17	2	48	1.60
74826284--74826396	27	4.2	26	84	8	136	37	23	23	16	1.94
74826284--74826396	55	2.1	54	86	5	156	37	23	23	16	1.94
74827824--74827883	24	2.5	24	100	0	120	28	38	0	33	1.57
74831723--74831774	20	2.6	19	74	17	52	11	25	26	36	1.90
74832525--74832565	20	2.0	20	85	0	55	17	24	21	36	1.94
74835497--74835574	29	2.7	29	85	0	84	23	33	16	26	1.96
74843340--74843417	29	2.7	29	85	0	84	23	33	16	26	1.96
74844564--74844595	16	2.1	16	88	11	50	9	12	0	78	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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74853627--74853997	185	2.0	184	91	0	598	43	16	7	31	1.76
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74874502--74874714	50	4.3	49	84	7	234	36	25	12	25	1.91
74874511--74874692	99	1.8	100	86	3	269	34	26	13	25	1.93
74877397--74877578	49	3.7	49	85	2	220	27	27	19	25	1.99
74879695--74879761	15	4.5	15	78	9	66	56	16	16	10	1.66
74879695--74879761	30	2.3	30	84	7	93	56	16	16	10	1.66
74882767--74882987	48	4.5	49	90	2	320	28	27	18	26	1.98
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74887116--74887313	68	2.9	67	84	8	192	33	15	29	21	1.94
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74896166--74896234	15	4.7	15	79	15	81	7	13	18	60	1.55
74901451--74901601	42	3.4	42	88	8	160	30	29	12	27	1.93
74901515--74901727	50	4.3	50	93	0	338	30	28	15	24	1.96
74905593--74905662	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
74917501--74917615	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
74917526--74917615	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74917721--74917785	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
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74919832--74919934	24	4.2	24	73	13	93	15	24	21	38	1.92
74919852--74919944	24	3.8	24	76	8	89	16	23	21	38	1.92
74920586--74920618	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
74921594--74921618	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
74925610--74925670	25	2.4	25	81	5	79	19	19	24	36	1.95
74934205--74934299	50	1.9	50	88	0	145	29	27	22	21	1.99
74934247--74934354	40	2.7	41	86	5	148	25	27	24	22	2.00
74942360--74942489	40	3.2	40	94	0	224	24	20	26	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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