genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.325.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  325  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93744795--93744880	33	2.6	33	96	1	154	40	11	18	29	1.86
93747370--93747420	23	2.1	25	82	10	61	70	0	5	23	1.09
93747306--93747420	24	4.7	23	70	18	65	62	1	6	28	1.31
93747487--93747558	29	2.5	28	77	20	69	65	0	8	26	1.21
93747495--93747540	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
93748116--93748149	12	3.1	11	91	8	52	73	8	0	17	1.08
93753033--93753093	30	2.1	29	96	3	113	27	16	19	36	1.93
93760688--93760721	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
93777466--93777514	22	2.2	22	82	7	55	20	18	6	55	1.64
93777551--93777613	30	2.1	30	93	0	108	26	3	14	55	1.54
93777695--93777734	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
93777736--93777768	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
93784380--93784421	16	2.7	15	79	13	50	59	0	2	38	1.10
93786098--93786147	13	3.5	15	71	18	52	54	0	10	36	1.34
93786632--93786672	15	2.9	15	75	24	52	21	2	12	63	1.40
93787388--93787445	24	2.3	26	82	5	66	43	12	3	41	1.59
93788823--93788855	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
93790758--93790784	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
93794040--93794256	46	4.6	46	81	8	242	28	20	29	21	1.98
93794039--93794256	94	2.3	93	82	12	250	28	20	29	22	1.98
93804176--93804238	7	9.0	7	92	0	108	44	39	0	15	1.47
93806896--93806935	21	1.9	21	85	10	55	42	10	2	45	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93810927--93810972	19	2.4	18	85	7	56	0	28	0	71	0.86
93811169--93811208	20	1.9	22	90	10	66	52	0	0	47	1.00
93811169--93811227	28	2.0	30	81	12	70	55	1	0	42	1.09
93817276--93817407	27	4.9	26	83	7	149	34	21	24	18	1.96
93817294--93817407	54	2.1	54	93	3	194	35	23	23	17	1.95
93818998--93819105	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
93824340--93824498	27	5.9	27	81	11	175	35	22	23	18	1.96
93824358--93824498	54	2.6	54	90	2	221	35	23	23	17	1.95
93824891--93824920	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
93826095--93826202	26	4.2	26	92	0	180	36	23	7	33	1.83
93826095--93826202	52	2.1	52	98	0	207	36	23	7	33	1.83
93839978--93840015	16	2.3	17	86	13	53	78	0	21	0	0.74
93840732--93840798	3	22.3	3	96	0	125	0	31	0	68	0.90
93842595--93842644	10	5.0	10	83	9	66	22	6	2	70	1.20
93843372--93843453	39	2.2	39	89	8	125	23	14	4	57	1.57
93852372--93852425	28	1.9	28	92	0	90	44	16	0	38	1.48
93852615--93852654	22	1.9	22	90	10	66	42	15	27	15	1.86
93856185--93856225	18	2.3	18	86	0	55	29	12	9	48	1.72
93857801--93857831	11	2.8	11	95	0	53	3	25	58	12	1.50
93857997--93858035	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
93858226--93858273	17	2.8	17	70	0	51	64	0	0	35	0.94
93858611--93858774	45	3.7	44	81	11	167	25	14	9	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93858611--93858774	90	1.8	89	88	5	251	25	14	9	50	1.72
93862275--93862322	26	1.9	25	91	8	80	54	12	4	29	1.56
93862270--93862324	26	2.3	24	85	14	78	56	10	3	29	1.51
93882436--93882504	10	6.6	11	69	21	51	53	1	1	43	1.18
93882449--93882537	39	2.2	41	82	9	105	55	1	4	39	1.28
93882563--93882708	9	14.7	9	68	22	64	33	2	2	61	1.22
93882568--93882708	66	2.1	66	81	12	157	34	2	2	60	1.23
93882627--93882708	11	7.4	11	68	21	55	36	2	0	60	1.10
93882676--93882733	20	3.0	20	82	12	59	34	6	0	58	1.25
93882698--93882761	20	3.2	20	78	13	60	39	4	1	54	1.31
93882770--93882821	20	2.7	19	80	11	70	34	1	3	59	1.27
93882775--93882899	9	13.7	9	65	15	60	28	4	3	64	1.27
93882848--93882910	29	2.1	30	85	8	85	31	4	0	63	1.15
93882851--93882899	19	2.6	18	78	9	53	32	4	0	63	1.13
93886648--93886688	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
93890780--93890855	31	2.4	31	82	2	89	25	18	9	47	1.78
93891667--93891710	15	2.8	16	83	13	56	25	0	2	72	0.96
93891670--93891720	7	6.9	7	77	20	50	27	0	1	70	0.98
93891667--93891719	16	3.4	16	82	12	65	26	0	1	71	0.96
93903940--93903981	21	2.0	21	81	9	50	19	2	7	71	1.20
93905699--93905887	30	6.5	30	73	19	84	42	1	14	41	1.53
93905764--93905894	28	4.3	29	76	12	120	37	1	16	45	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93905947--93906323	126	3.0	127	94	1	634	38	18	15	27	1.91
93907439--93907505	18	3.7	18	81	0	89	38	14	10	35	1.81
93907627--93907746	53	2.3	53	89	0	177	44	20	16	18	1.87
93907620--93907757	53	2.4	57	76	14	149	44	19	17	18	1.87
93909555--93909617	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
93912538--93912607	30	2.3	30	85	2	86	24	12	22	40	1.89
93913898--93913989	46	2.0	46	91	0	148	25	28	21	25	1.99
93914094--93914139	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
93914101--93914145	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
93921774--93921819	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
93921781--93921825	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
93923824--93923850	13	2.1	13	100	0	54	44	25	0	29	1.54
93927082--93927344	46	5.6	46	91	2	384	20	23	14	42	1.88
93927082--93927358	138	2.0	141	89	4	427	20	23	13	42	1.88
93929371--93929402	16	2.0	16	93	0	55	0	28	0	71	0.86
93929433--93929473	17	2.4	18	88	8	59	7	17	0	75	1.02
93930490--93930575	30	2.9	30	87	0	109	13	13	38	33	1.85
93930526--93930582	30	1.9	30	100	0	114	14	14	38	33	1.85
93931214--93931383	85	2.0	85	92	0	286	41	10	7	41	1.66
93932116--93932187	33	2.2	32	92	7	126	66	2	2	27	1.19
93933571--93933616	22	2.1	22	95	0	83	34	6	8	50	1.59
93937504--93937529	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93942683--93942739	25	2.2	26	78	3	62	68	0	1	29	1.00
93948450--93948592	42	3.4	42	74	1	160	26	25	18	29	1.98
93954845--93954875	11	2.8	11	95	0	53	25	22	0	51	1.48
93955475--93955515	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
93955552--93955614	30	2.1	30	88	11	94	28	4	9	57	1.51
93957298--93957335	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
93957970--93958002	12	2.8	12	90	4	50	24	0	0	75	0.80
93957738--93958110	128	2.9	128	90	3	592	35	4	4	55	1.40
93961185--93961460	126	2.2	126	89	1	412	27	17	16	38	1.91
93961553--93961598	24	2.0	23	82	4	56	56	28	0	15	1.39
93964268--93964335	28	2.4	27	83	7	82	55	4	10	29	1.52
93972088--93972129	5	8.6	5	89	10	61	16	0	0	83	0.65
93977439--93977478	16	2.5	16	83	0	53	30	25	5	40	1.77
93977256--93977611	118	3.0	118	88	2	522	38	21	6	33	1.79
93982137--93982182	22	2.1	22	95	0	83	45	21	15	17	1.85
93990432--93990479	22	2.3	21	80	13	55	35	4	0	60	1.16
93990533--93990602	33	2.1	33	82	10	81	42	0	2	54	1.15
93994921--93994995	39	1.9	39	88	0	114	34	13	5	46	1.66
93996020--93996075	22	2.6	21	86	8	76	62	5	19	12	1.49
94002199--94002287	45	2.0	45	93	4	153	17	25	12	43	1.84
94004152--94004184	5	6.4	5	96	3	57	21	57	21	0	1.41
94011030--94011097	36	1.9	35	87	3	100	54	1	4	39	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94016440--94016481	21	2.0	21	90	9	68	28	11	7	52	1.64
94016807--94016856	19	2.5	19	87	6	64	32	0	2	66	1.03
94016807--94016858	20	2.6	21	81	9	63	32	0	1	65	1.04
94016864--94016905	19	2.2	19	87	8	59	40	0	7	52	1.29
94020895--94020929	17	2.1	17	89	5	54	42	8	14	34	1.76
94021209--94021249	18	2.3	18	95	4	75	19	17	4	58	1.56
94025853--94025922	12	6.2	12	71	17	60	41	1	2	54	1.24
94031698--94031838	27	5.2	27	82	11	182	34	23	24	17	1.96
94031698--94031838	54	2.6	54	92	2	239	34	23	24	17	1.96
94033447--94033554	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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