genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  61  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14588798--14588931	25	5.5	24	67	14	87	52	2	9	34	1.49
14588917--14589000	14	5.5	15	68	22	52	59	2	2	35	1.23
14588870--14588971	13	8.2	12	69	17	57	59	1	2	35	1.23
14588903--14588975	25	2.7	27	79	10	78	60	4	0	35	1.16
14588895--14588971	40	2.0	37	82	12	93	61	2	0	36	1.10
14589061--14589106	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
14589172--14589263	12	7.7	11	74	13	67	60	4	3	31	1.32
14589183--14589263	24	3.4	23	81	6	83	61	4	2	30	1.30
14590767--14590888	45	2.7	45	82	3	140	27	23	18	30	1.97
14591062--14591394	44	7.6	44	66	6	165	20	23	21	34	1.96
14591012--14591430	87	4.8	87	92	0	649	21	23	20	35	1.96
14598628--14598659	15	2.1	15	94	0	55	65	0	3	31	1.08
14598620--14598652	3	11.0	3	87	12	50	66	0	0	33	0.92
14598848--14598899	26	2.0	26	84	0	68	59	1	7	30	1.36
14599076--14599102	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14599132--14599267	50	2.8	47	80	10	157	53	2	9	33	1.48
14599134--14599267	25	5.5	24	68	14	96	53	2	8	34	1.47
14599206--14599306	12	8.2	12	68	18	57	60	1	2	34	1.23
14599231--14599306	38	2.0	39	85	10	104	61	2	0	35	1.10
14601309--14601339	16	1.9	16	100	0	62	32	0	38	29	1.57
14613079--14613211	52	2.6	52	93	0	221	27	13	23	36	1.92
14615915--14615974	26	2.3	26	97	0	111	21	15	30	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14621154--14621179	12	2.2	12	100	0	52	11	7	30	50	1.67
14629137--14629188	27	1.9	27	92	0	86	53	5	0	40	1.25
14630069--14630116	21	2.4	21	83	13	57	2	29	2	66	1.14
14631358--14631387	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
14636820--14636995	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
14636817--14636988	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
14644375--14644550	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
14644372--14644543	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
14646439--14646617	38	4.6	38	82	9	195	25	26	22	25	2.00
14646438--14646618	77	2.3	79	82	10	221	25	26	22	24	2.00
14656713--14656785	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
14656713--14656845	29	4.6	30	84	6	141	26	16	31	25	1.96
14656878--14656910	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
14658313--14658721	44	9.3	43	71	11	260	30	17	24	26	1.97
14658321--14658721	132	3.0	132	94	0	703	29	17	24	27	1.98
14658716--14658800	44	1.9	44	85	0	116	30	16	24	28	1.96
14662948--14662977	12	2.5	12	100	0	60	43	0	6	50	1.28
14665788--14665827	13	2.9	13	82	13	53	40	2	0	57	1.12
14665725--14665822	17	6.4	17	64	30	51	35	3	1	60	1.19
14665723--14665827	35	3.0	35	72	18	94	36	2	0	60	1.18
14667057--14667116	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
14667599--14667777	35	5.0	36	90	4	247	36	15	11	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14667599--14667777	53	3.3	54	92	3	283	36	15	11	36	1.83
14667611--14667777	88	1.9	90	96	2	311	36	16	10	36	1.83
14667599--14667774	18	9.8	18	86	10	111	36	15	11	36	1.83
14667602--14667789	88	2.1	89	88	7	294	37	14	11	36	1.83
14668774--14668803	12	2.5	12	100	0	60	50	6	0	43	1.28
14671602--14671906	44	6.8	45	69	6	190	28	25	18	28	1.98
14671602--14671906	89	3.4	89	88	0	405	28	25	18	28	1.98
14673097--14673201	52	2.0	52	92	0	174	14	23	19	42	1.87
14673370--14673423	27	2.0	27	100	0	108	29	25	11	33	1.91
14683309--14683414	28	3.7	27	73	19	90	25	27	19	27	1.99
14683302--14683422	60	2.0	60	87	6	172	28	25	19	27	1.98
14684776--14685063	49	5.8	49	83	3	378	28	26	19	26	1.99
14684781--14685064	100	2.8	100	98	0	541	28	27	19	25	1.99
14690563--14690850	49	5.8	49	80	3	333	28	26	18	26	1.98
14690568--14690851	100	2.8	100	95	0	514	28	27	19	25	1.98
14699697--14700402	206	3.4	206	89	1	1024	31	18	20	29	1.96
14702361--14702391	14	2.3	13	94	5	53	22	0	3	74	0.96
14702360--14702408	17	2.8	18	80	17	59	30	0	2	67	1.02
14702366--14702399	14	2.4	14	90	0	50	29	0	2	67	1.05
14707617--14707717	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
14715536--14715636	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
14725707--14725816	26	4.2	26	84	0	148	33	7	22	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14727256--14727330	26	2.8	26	81	4	78	34	21	12	32	1.90
14727434--14727546	27	4.2	27	86	3	129	19	23	23	34	1.96
14728811--14729516	206	3.4	206	90	1	1024	31	18	20	28	1.97
14734397--14734435	18	2.2	18	86	9	53	69	0	2	28	1.02
14734801--14734843	17	2.6	16	89	7	68	67	4	11	16	1.38
14734808--14734842	17	2.1	17	100	0	70	65	5	11	17	1.43
14735591--14735646	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
14735597--14735660	17	3.6	17	87	8	92	37	12	14	35	1.83
14735589--14735667	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
14735589--14735660	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
14735589--14735683	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
14735950--14735986	19	2.0	19	89	5	58	27	2	0	70	1.01
14736704--14736728	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
14745444--14745580	60	2.3	60	83	6	161	24	24	21	29	1.99
14749400--14750110	44	16.2	44	79	9	691	28	14	27	30	1.95
14749400--14750110	88	8.1	88	81	8	775	28	14	27	30	1.95
14749400--14750110	132	5.4	133	87	3	776	28	14	27	30	1.95
14749488--14750237	131	5.7	130	85	3	775	29	14	26	29	1.95
14750188--14750482	78	3.8	77	90	3	430	32	19	23	24	1.97
14750422--14750695	45	6.1	45	76	10	218	33	15	24	25	1.95
14750515--14750692	89	2.0	90	86	3	252	34	14	25	25	1.94
14750956--14751011	19	2.9	19	91	0	94	39	10	14	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14751003--14751047	21	2.0	23	83	8	58	37	4	13	44	1.64
14753060--14753097	13	2.8	14	88	4	60	7	0	15	76	1.01
14755014--14755047	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
14755018--14755047	12	2.5	12	100	0	60	50	6	0	43	1.28
14756674--14756808	67	2.0	67	100	0	270	33	13	10	42	1.78
14757464--14757534	31	2.3	32	88	7	103	47	8	22	21	1.77
14757708--14757757	25	2.0	25	92	0	82	20	12	18	50	1.78
14760662--14760699	12	3.2	12	85	3	51	78	2	0	18	0.86
14760662--14760699	18	2.2	17	90	4	58	78	2	0	18	0.86
14762298--14762385	15	6.0	15	70	18	60	70	4	5	19	1.25
14762308--14762394	3	28.7	3	71	9	52	71	3	4	20	1.19
14777678--14777813	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
14779599--14779884	136	2.1	137	94	0	502	24	18	25	32	1.97
14781185--14781259	39	1.9	39	94	0	132	29	16	28	26	1.96
14785325--14785496	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
14785318--14785493	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
14785913--14785972	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
14794259--14794291	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
14794326--14794455	29	4.5	28	81	8	136	26	30	16	26	1.97
14797128--14797174	1	47.0	1	82	0	58	2	6	0	91	0.49
14797110--14797174	12	5.4	12	81	7	78	3	9	0	87	0.64
14797119--14797174	25	2.2	24	87	12	78	3	7	0	89	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14803122--14803181	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
14803661--14803821	17	8.9	18	85	8	213	36	15	11	36	1.84
14803661--14803813	35	4.3	35	93	2	252	35	15	12	36	1.85
14804116--14804181	23	2.9	22	80	8	71	31	4	0	63	1.14
14804153--14804179	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
14804160--14804227	17	4.0	17	76	19	70	33	2	1	61	1.20
14804144--14804223	34	2.4	33	82	2	106	35	2	1	61	1.18
14804142--14804197	14	4.1	13	75	24	53	35	1	1	60	1.17
14816210--14816872	289	2.3	289	90	0	1040	31	16	21	30	1.95
14818546--14818657	22	5.1	21	69	16	68	34	3	0	60	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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